西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ~细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群

1

作者 李兴安 牛庆生 薛运波 《中国蜂业》 2016年第10期16-17,20,共3页

西方蜜蜂（Apis砌ZZ澹ra）的线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）细胞色素氧化酶亚基-I（cytochrome C oxidase subunit I,COI）～细胞色素氧化酶亚基-II（COII）富含A＋T非编码区（AT-rich noncoding region，NC）属于高变异DNA序... 西方蜜蜂（Apis砌ZZ澹ra）的线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）细胞色素氧化酶亚基-I（cytochrome C oxidase subunit I,COI）～细胞色素氧化酶亚基-II（COII）富含A＋T非编码区（AT-rich noncoding region，NC）属于高变异DNA序列，既呈现mtDNA长度变异又呈现mtDNA序列变异，它作为mtDNA多态性标记广泛地应用于A．m．地理亚种的DraI酶限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism, DraI RFLP）分析和单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism, SNP）分析。在本文中，A．m．非洲世系mtDNA的28种DraI RFLP谱图被归纳为3种COI—COIINC单倍型类群，即P0、Q元件组成类群，P1、Q元件组成类群以及P2、Q元件组成类群；A．m.西部欧洲世系mtDNA的90种DraI RFLP谱图被归纳为1种COI—COIINC单倍型类群，即P、Q元件组成类群；A．砚东部欧洲世系mtDNA的25种SNP谱图被归纳为1种COI—COIINC单倍型类群，即Q元件组成类群；A．m．亚洲世系mtDNA的29种DraIRFLP谱图被归纳为3种COI—COIINC单倍型类群，即P0、Q元件组成类群，P0’、Q元件组成类群以及P1＇,Q元件组成类群。本文综述了这个研究进展。 展开更多

关键词 西方蜜蜂 细胞色素氧化酶亚基-I~细胞色素氧化酶亚基-II非编码区 线粒体dna单倍型类群

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西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ～细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群(续)

2

作者 李兴安 牛庆生 薛运波 《中国蜂业》 2016年第11期12-16,共5页

因此，根据A．m．的COI—COIINC单倍型类群分析的原始数据，A．m.非洲世系为DraI RFLP谱图表征的3个COI—COII NC单倍型类群（表1）。在A．耽进化过程中，阿尔卑斯山以北直至乌拉尔山的宽阔地域及其比邻的突尼斯、摩洛哥、撒哈拉沙漠近... 因此，根据A．m．的COI—COIINC单倍型类群分析的原始数据，A．m.非洲世系为DraI RFLP谱图表征的3个COI—COII NC单倍型类群（表1）。在A．耽进化过程中，阿尔卑斯山以北直至乌拉尔山的宽阔地域及其比邻的突尼斯、摩洛哥、撒哈拉沙漠近地中海地带等地是A．m.的一个自然分布区。 展开更多

关键词 细胞色素氧化酶 单倍型 线粒体dna 非编码区 西方蜜蜂 亚基 阿尔卑斯山 自然分布区

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致病疫霉线粒体DNA单倍型的分子鉴别 被引量：6

3

作者 赵志坚 李先平 +3 位作者 李成云 隋启君 Rebecca J.Nelson J.Soledad Gamboa 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2002年第4期434-435,共2页

关键词 植物病原卵菌 马铃薯 致病疫霉线粒体 dna单倍型 分子鉴别

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甘肃省部分地区马铃薯晚疫病菌交配型及线粒体DNA单倍型分析 被引量：2

4

作者 惠娜娜 王立 +4 位作者 李继平 郑果 李培玲 马生彪 吕昭龙 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期177-182,共6页

由致病疫霉Phytophthora infestans(Mont.)de Bary侵染引起的马铃薯晚疫病是一种世界范围内的毁灭性病害。为了明确甘肃省马铃薯晚疫病菌的遗传结构,对2018年甘肃省定西市、张掖市和陇南市采集的130株晚疫病菌进行了交配型和线粒体DNA(m... 由致病疫霉Phytophthora infestans(Mont.)de Bary侵染引起的马铃薯晚疫病是一种世界范围内的毁灭性病害。为了明确甘肃省马铃薯晚疫病菌的遗传结构,对2018年甘肃省定西市、张掖市和陇南市采集的130株晚疫病菌进行了交配型和线粒体DNA(mtDNA)单倍型测定。结果表明:从130株晚疫病菌中检测到A1和A2两种交配型,A1交配型为14株(10.77%),A2交配型为116株(89.23%);检测到Ⅰa、Ⅱa和Ⅱb 3种线粒体DNA单倍型,发生频率分别为88.46%、3.85%和7.69%。Ⅰa单倍型菌株的交配型为A1和A2,Ⅱa单倍型菌株交配型为A1和A2,Ⅱb单倍型菌株交配型为A1。该结果表明甘肃省部分地区马铃薯晚疫病菌以A2交配型,Ⅰa mtDNA单倍型为主。甘肃省各采集地晚疫病菌群体结构或与当地种薯繁育、调运有关。 展开更多

关键词 马铃薯 晚疫病菌 交配型 线粒体dna单倍型

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不同类型肉鸡线粒体单倍型与遗传起源研究 被引量：1

5

作者 唐修君 樊艳凤 +5 位作者 贾晓旭 葛庆联 陆俊贤 周倩 陈大伟 高玉时 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3748-3758,共11页

旨在探讨鸡线粒体D-loop区单倍型特性以及与生长速度的相关性,并分析其遗传起源。选取不同类型肉鸡品种(配套系)6个,测定其生产性能,并对6个群体共计314个个体线粒体D-loop区全长进行测序,分析其单倍型特性;同时与不同红色原鸡亚种进行... 旨在探讨鸡线粒体D-loop区单倍型特性以及与生长速度的相关性,并分析其遗传起源。选取不同类型肉鸡品种(配套系)6个,测定其生产性能,并对6个群体共计314个个体线粒体D-loop区全长进行测序,分析其单倍型特性;同时与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列共检测到37个突变位点,构成40种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中AA肉鸡、罗斯308、禽雁麻鸡和裕禾1号肉鸡主要为E单倍型,占比分别为85.92%、50.00%、100.00%和70.21%;园丰麻鸡2号和港丰瑶黑麻鸡E单倍型占比相对较低,分别为15.00%和22.39%,园丰麻鸡2号B单倍型含量最高,占比66.67%,港丰瑶黑麻鸡C单倍型含量最高,占比40.30%。相关性分析显示,初生重与E单倍型比例之间呈极显著正相关(P<0.01),与A、B和C单倍型比例之间均呈负相关;E单倍型比例与公母平均体重约1.8 kg时日龄之间呈显著负相关(P<0.05),而与公母平均体重约1.8 kg时饲料转化比之间呈极显著负相关(P<0.01)。聚类分析显示,A、B单倍型所有个体均与原鸡滇南亚种聚为一枝;E单倍型所有个体均与原鸡印度亚种聚为一枝;C单倍型所有个体与原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一类。结果提示,线粒体单倍型与肉鸡生长速度之间相关显著,E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的正相关;我国家鸡群体母系起源丰富,但主要起源于原鸡滇南亚种。 展开更多

关键词 鸡 线粒体单倍型 生产性能 遗传起源

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微单倍型遗传标记研究新进展及其在法医混合DNA分析中的应用 被引量：4

6

作者 于文帅 康克莱 +5 位作者 张驰 缪磊 冯耀森 季安全 叶健 王乐 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1245-1252,共8页

微单倍型是2013年被引入法庭科学领域的一类新型遗传标记。由于其遗传多态性优于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传标记,且不像短串联重复序列(short tandem repeat, STR)遗传标记一样受到影子峰的干扰,微单倍... 微单倍型是2013年被引入法庭科学领域的一类新型遗传标记。由于其遗传多态性优于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传标记,且不像短串联重复序列(short tandem repeat, STR)遗传标记一样受到影子峰的干扰,微单倍型在法医混合DNA分析中具有显著优势。本文作者更新梳理了微单倍型的检测方法,综述了各团队筛选微单倍型基因座的情况和基于二代测序检测体系的研究现状,介绍了微单倍型数据库、数据分析软件和系统命名法,并着重分析了微单倍型在混合DNA鉴定中的优势以及最新应用研究进展,最后对微单倍型未来发展进行展望,希冀为相关研究和应用提供参考。 展开更多

关键词 法医遗传学 微单倍型 混合dna分析

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基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性 被引量：34

7

作者 贡潘偏抽 刘丽仙 +6 位作者 李大林 袁跃云 孙利民 杨润 刘文瑜 刘伟 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期211-214,223,共5页

采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位... 采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19%;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值)为0.015 03±0.000 99,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富。瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源。 展开更多

关键词 瓢鸡 线粒体dna D—loop 单倍型 遗传变异 核苷酸多样度

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基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性 被引量：20

8

作者 吴婵 李辉 +4 位作者 李敬瑞 张大权 谢国午 孔嫣 易恒洁 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第12期137-140,共4页

采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点... 采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点,均为转换位点,未检测到插入/缺失和颠换,核苷酸多样度(Pi)为0.0059,单倍型变异度(Hd)为0.538,中性检验Tajima’s D值为-0.67065。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵妃鸡起源于红原鸡。 展开更多

关键词 贵妃鸡 线粒体dna D-LOOP 遗传多样性 单倍型

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贵州关岭黄牛线粒体DNAD-loop区全序列遗传多样性分析 被引量：7

9

作者 刘若余 杨公社 +3 位作者 夏先林 刘培琼 张明忠 雷初朝 《山地农业生物学报》 2005年第1期33-36,共4页

为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了 22个个体的线粒体DNAD-loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D-loop区全序列中,A+T平均含量为 61 5%,G+C含量为 38 5%。经比对,共检测到关岭黄牛D-loop区 14种单倍型,核苷酸多态位点 54个... 为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了 22个个体的线粒体DNAD-loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D-loop区全序列中,A+T平均含量为 61 5%,G+C含量为 38 5%。经比对,共检测到关岭黄牛D-loop区 14种单倍型,核苷酸多态位点 54个,其中 12种为普通牛血统的单倍型, 2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛 22个个体中,其单倍型多样度为 0 909,核苷酸歧异度(π值)为 2 29%,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。 展开更多

关键词 关岭黄牛 线粒体dna D—kp 单倍型 邻接树 遗传多样性 序列分析

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线粒体DNA基因组全序列揭示克里雅人母系遗传结构 被引量：3

10

作者 刘树虎 王德萍 +1 位作者 伊力哈木.乃扎木 多力坤.买买提玉素甫 《解剖学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期571-577,614,共8页

目的:探知克里雅人线粒体DNA(mtDNA)遗传结构和遗传多样性,构建人群mtDNA遗传数据库。方法:运用二代测序技术对70个来自达里雅布依的克里雅人mtDNA基因组全序列进行了测序和分型。结果:70个个体共检出变异位点256处,控制区变异位点71处... 目的:探知克里雅人线粒体DNA(mtDNA)遗传结构和遗传多样性,构建人群mtDNA遗传数据库。方法:运用二代测序技术对70个来自达里雅布依的克里雅人mtDNA基因组全序列进行了测序和分型。结果:70个个体共检出变异位点256处,控制区变异位点71处,编码区变异位点185,其中多态性位点245处。A263G、A750G、A4769G、A8860G、A15326G5个位点变异率为100%。界定了20种单倍型,高频率单倍型有F1a1(15.7%)、M8a2a1(12.9%)、H1t(11.4%)、M11a2(10.0%)。主成分分析结果表明:克里雅人与维吾尔族相聚的最近,与藏族和壮族相离较远,且中亚各人群相聚的较近。多态性指标显示,克里雅人π=0.1827、HD=0.9264、DP=0.9132,遗传多样性丰富。人群邻接系统进化树结果揭示,克里雅人与新疆维吾尔族人群亲缘关系最近,与藏族人群亲缘关系远。结论:克里雅人mtDNA遗传结构与维吾尔族人群最接近、亲缘关系最近,具有明显的亚欧混合现象。这与丝绸之路贸易的兴起昌盛衰落伴随着人群交流密不可分,是人群长期基因融合的结果。 展开更多

关键词 克里雅人 线粒体dna 隔离人群 单倍型 遗传结构 遗传多样性

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利用SSR标记研究甘蓝型油菜叶绿体基因组DNA多态性 被引量：1

11

作者 陈碧云 吕培军 +1 位作者 许鲲 伍晓明 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期46-55,共10页

叶绿体基因组具有母性遗传、单倍性、高度的保守性和明显的种内差异等特点。研究不同品种叶绿体基因多样化程度,可为甘蓝型油菜的收集与引种及遗传改良提供指导。利用15对特异性叶绿体SSR标记对287份国内外甘蓝型油菜叶绿体基因组多样... 叶绿体基因组具有母性遗传、单倍性、高度的保守性和明显的种内差异等特点。研究不同品种叶绿体基因多样化程度,可为甘蓝型油菜的收集与引种及遗传改良提供指导。利用15对特异性叶绿体SSR标记对287份国内外甘蓝型油菜叶绿体基因组多样性进行了分析,结果显示,在15对叶绿体SSR特异引物中,5对引物扩增产生多态性条带合计19条,平均每对引物检测出3.8条多态性条带;287份材料共划分成14个单倍型,优势单倍型H01占比74.91%、H02占比13.59%、H03占比4.88%,其余11种单倍型(H04-H14)占比合计6.62%;H02为波里马、陕2A胞质类型,为中国特有单倍型;国外甘蓝型油菜中,俄罗斯与瑞典的单倍型较丰富,引进俄罗斯与瑞典的资源能更高效拓宽中国甘蓝型油菜的遗传多样性本底。本研究还获得2对引物(MF-4和ccmp2)得到特异条带,并为此建立了快速鉴定波里马、陕2A胞质类型的方法,为波里马与陕2A细胞质类型材料的鉴定与保护提供了方法。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 叶绿体SSR dna多态性 单倍型

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安徽新安江水牛mtDNA D-Loop区遗传多样性与系统进化研究

12

作者 赵拴平 金海 +5 位作者 刘峻 李永胜 金磊 李倩 徐磊 贾玉堂 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第1期1-7,共7页

试验旨在分析安徽省黄山市新安江流域上游地区新安江水牛群体的分子遗传特性,探究其母系起源与遗传多样性。利用PCR扩增和测序技术测定28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列,下载GenBank数据库中24个中国水牛群体的693条D-Loop序列,利用生... 试验旨在分析安徽省黄山市新安江流域上游地区新安江水牛群体的分子遗传特性,探究其母系起源与遗传多样性。利用PCR扩增和测序技术测定28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列,下载GenBank数据库中24个中国水牛群体的693条D-Loop序列,利用生物信息学分析其遗传多样性,构建Neighbor-joining系统发生树和Media-joining网络,探索不同水牛群体的遗传距离。结果显示,28头新安江水牛的mtDNA D-Loop序列共有117个变异位点,构成25种单倍型,其核苷酸多样性为0.02602±0.00303,单倍型多样性为0.989±0.014。新安江水牛群体的变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统进化树显示,新安江水牛25个单倍型分为A、B两个支系,具有A支系和B支系2个母系来源,其中A支系占据主导地位。Media-joining进化网络显示,中国水牛主要为沼泽型水牛,分为沼泽型水牛A支系和B支系,B支系又分为b1亚支系和b2亚支系。综上,新安江水牛群体变异水平与中国其他地方水牛群体接近,群体遗传多样性丰富;且新安江水牛属于沼泽型水牛,具有2个线粒体母系来源,与我国其他地方水牛群体具有一定的遗传距离。 展开更多

关键词 水牛 线粒体dna 遗传多样性 单倍型

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香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究 被引量：6

13

作者 李兴才 潘成勇 +3 位作者 李辉 杨华婷 陈林 肖涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期2633-2641,共9页

试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D... 试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D-Loop区全长序列为1 231~1 233 bp,A、T、C、G碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中单一多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失。遗传多样性分析发现,单倍型多样度为0.814,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,保种效果较好,具有一定的选育空间。经Tajima Test检测发现,Tajima’s D值为0.39378,检验结果不显著(P>0.10),符合中性突变。聚类分析结果显示,香炉山鸡与红色原鸡聚为一支,说明香炉山鸡起源于红色原鸡;在分支内部又有4个分支,说明香炉山鸡存在多个母系起源。研究结果可为香炉山鸡种质资源保护与开发利用提供一定的参考数据。 展开更多

关键词 香炉山鸡 线粒体dna D-Loop区(mtdna D-Loop) 遗传多样性 单倍型多样性

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拉萨藏族人群线粒体DNA多态性分析 被引量：2

14

作者 裴林国 贺生 +1 位作者 张园园 席焕久 《解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期539-543,共5页

目的：获得拉萨藏族人群mtDNA特异性的单倍群，丰富西藏藏族遗传学资料。方法：利用PCR-RFLP技术对86例藏族个体mtDNA663、13259、5176、12406、4831、10394、9824、4715、3391、5417和1031011个位点和V区9bp缺失进行分析。结果：得到... 目的：获得拉萨藏族人群mtDNA特异性的单倍群，丰富西藏藏族遗传学资料。方法：利用PCR-RFLP技术对86例藏族个体mtDNA663、13259、5176、12406、4831、10394、9824、4715、3391、5417和1031011个位点和V区9bp缺失进行分析。结果：得到拉萨藏族人群14个单倍群类型，以D（17．4％）、M9（10．5％）、M（14．0）和A（12．8％）为主。拉萨藏族和东乡族聚为一类后再与辽宁汉族、山东汉族、保安族、吉尔吉斯、蒙古及朝鲜族聚为一类；拉萨藏族和中亚人群（哈萨克、吉尔吉斯）也有较近的亲缘关系；欧洲人群单独聚在一起。结论：拉萨藏族人群的单倍群类型属于亚洲类型。拉萨藏族人群有我国北方起源的少数民族特征，与北方汉族也有较近的亲缘关系，可能是一个多起源地的民族融合群体。 展开更多

关键词 藏族 线粒体dna 单倍群 多态性

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不同产地铁皮石斛的DNA条形码特征分析

15

作者 田中佳 胡欢 +3 位作者 何芋岐 李昊 秦琳 王倩 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第7期949-956,共8页

目的为了探讨不同省份基地栽培的铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是否存在分子水平的遗传差异,为种质筛选和栽培选育提供参考。方法通过采集5个省份的30份人工栽培铁皮石斛样品,并利用ITS及叶绿体条形码标记对其进行种... 目的为了探讨不同省份基地栽培的铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是否存在分子水平的遗传差异,为种质筛选和栽培选育提供参考。方法通过采集5个省份的30份人工栽培铁皮石斛样品,并利用ITS及叶绿体条形码标记对其进行种水平遗传分析。结果在种水平上,部分叶绿体条形码在不同产地的铁皮石斛上可以检测到变异,而ITS片段的种内变异少。其中trnH-psbA长度为790 bp(1 indel,2 SNP),pbsI-pbsK为473 bp(3 indel,1 SNP),trnF-ndhJ为682 bp(1 SNP);而ITS为551 bp(2 SNP)。在叶绿体的NETWORK图和NJ树上可以看出,贵州的铁皮石斛样品具有特有的单倍型,而部分贵州安龙铁皮石斛样品的遗传距离与金钗石斛最接近,ITS分析的结果显示浙江的铁皮石斛样品与金钗石斛遗传距离更近。结论贵州的铁皮石斛样品具有更高的遗传多样性,提示其可能具有多个种质来源,而贵州和浙江的铁皮石斛样品与金钗石斛的遗传距离更近,说明其在种源上可能属于进化过程中较早的一支,其他样本更有可能是由其发展而来。研究结果表明,虽然目前不能依靠种内的遗传变异对各地区的铁皮石斛进行产地区分,但可用于揭示不同地区铁皮石斛在种质来源上的遗传差异性,为铁皮石斛的栽培选育提供一定的科学依据。 展开更多

关键词 铁皮石斛 dna 条形码 单倍型 遗传资源 种质

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西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量：25

16

作者 黄道平 李大林 +3 位作者 袁峰 林聪 李辉建 苏绍华 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期373-376,共4页

为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.... 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.014 52±0.000 98;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 展开更多

关键词 西畴乌骨鸡 线粒体dna D-LOOP 单倍型 遗传变异

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云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量：3

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作者 钱林东 李大林 +4 位作者 张自芳 陆润峰 侬胜虎 田应华 凌军 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期622-625,共4页

为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位... 为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.024 16;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。 展开更多

关键词 文山黄牛 线粒体dna D-LOOP 单倍型 遗传变异

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中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究 被引量：4

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作者 杨虹 赛娜 芒来 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1473-1477,共5页

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性。对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析。结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(... 本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性。对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析。结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%)。共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型。核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mt DNA遗传多样性并不十分丰富。对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先。 展开更多

关键词 西南马 线粒体dna ND4基因 单倍型 遗传多样性

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苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析 被引量：2

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作者 韩大勇 周春宝 +2 位作者 倪黎纲 陈章言 赵锦明 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1472-1479,共8页

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序... 【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。 展开更多

关键词 苏姜猪 线粒体dna D-loop区 遗传变异 单倍型多样度 核苷酸多样性

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丁鱥不同群体线粒体COⅡ基因序列分析 被引量：4

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作者 凌去非 李思发 殷建国 《水利渔业》 北大核心 2007年第1期14-15,共2页

我国新疆朱家湖、73水库2个地方丁鱥群体和引进的捷克丁鱥群体线粒体DNA的COⅡ基因3种单倍型碱基组成中,A+T含量分别为59.67%、59.84%和59.33%。单倍型Ⅰ在3群体中均有分布,单倍型Ⅱ只在2个新疆地方性丁鱥群体中有分布,单倍型Ⅲ仅为捷... 我国新疆朱家湖、73水库2个地方丁鱥群体和引进的捷克丁鱥群体线粒体DNA的COⅡ基因3种单倍型碱基组成中,A+T含量分别为59.67%、59.84%和59.33%。单倍型Ⅰ在3群体中均有分布,单倍型Ⅱ只在2个新疆地方性丁鱥群体中有分布,单倍型Ⅲ仅为捷克群体独有。单倍型Ⅰ与单倍型Ⅱ所编码的蛋白质相比较,一级结构发生了1个碱基替换,由赖氨酸替换为谷氨酸。 展开更多

关键词 丁鱥 线粒体COⅡ基因 序列 单倍型

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