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肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型: 1; 作者克德尔亚·艾山江傅怡 +2 位作者赖冬林邬海龙龚伟《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页; 目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的... 展开更多; 关键词核编码线粒体基因肝细胞癌癌症基因组图谱(TCGA) 基因表达数据库(GEO) 总生存率; 在线阅读下载PDF 职称材料

一氧化氮诱导食管癌细胞线粒体DNA编码基因过表达被引量：2: 2; 作者李恩民许丽艳 +2 位作者杨帆袁兰陈跃《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期378-384,共7页; 以人食管癌细胞系EC10 9作为驱赶方 (driver) ,以被一氧化氮 (nitricoxid ,NO)诱导的EC10 9作为实验方 (tester) ,应用抑制消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)、反向mRNA斑点印迹和RNA印迹等技术手段研究了NO诱导的... 展开更多; 关键词一氧化氮诱导食管癌细胞线粒体DNA编码基因基因过表达抑制消减杂交; 在线阅读下载PDF 职称材料

盲蝽科线粒体蛋白编码基因的比较研究被引量：4: 3; 作者赵婉清史淦琳 +1 位作者高诗聪张虎芳《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2021年第5期96-103,共8页; [目的]本研究旨在比较分析盲蝽科线粒体蛋白编码基因的碱基组成、密码子使用情况、基因进化速率等序列特征,并基于13个蛋白编码基因(PCGs)构建盲蝽科的系统发育关系,试图对盲蝽科进行系统全面的比较线粒体基因组学研究。[方法]通过NCBI... 展开更多; 关键词盲蝽科线粒体蛋白编码基因比较基因组学系统发育; 在线阅读下载PDF 职称材料

绵羊线粒体基因变异与产羔数性状的关联分析被引量：2: 4; 作者陈晓勇孙洪新 +3 位作者袁明康振江敦伟涛赵兴波《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期449-456,共8页; 本研究旨在分析mtDNA变异与产羔数性状的关系。以杜泊、陶赛特、萨福克绵羊为研究对象,通过线粒体基因组测序、基因型分析等技术发现,杜泊羊线粒体基因组编码区存在25个突变位点,包括rRNA突变位点2个,tRNA突变位点2个,多肽编码基因突变... 展开更多; 关键词线粒体编码基因产羔数绵羊遗传变异基因效应; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型: 1; 作者克德尔亚·艾山江傅怡赖冬林邬海龙龚伟; 机构上海交通大学医学院附属新华医院普外科上海健康医学院协同科研中心南昌大学江西医学院第一附属医院上海健康医学院药学院上海市胆道疾病研究重点实验室; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页; 基金国家自然科学基金(31870905,82172628,81974371) 上海市卫生健康委员会基金(201940352) +3 种基金上海市胆道疾病重点实验室研究基金(17DZ2260200)。; 文摘目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的基因表达谱和临床数据。核编码的线粒体基因(nuclear encoded mitochondrial gene,NEMG)从MitoCarta3.0数据库获得。使用“DEseq2”R包和单变量Cox分析选择与HCC患者OS相关并参与氧化磷酸化、三羧酸循环和细胞凋亡通路的NEMG[(泛素细胞色素C还原酶铰链蛋白(ubiquinol cytochrome C reductase hinge protein,UQCRH)、腺苷三磷酸柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,PCK2)、Bcl-2同源拮抗剂1(Bcl-2 homologous antagonist/killer 1,BAK1)、Bcl-2相关X蛋白(Bcl-2-associated X protein,BAX)和Bcl-2/腺病毒E1B相互作用蛋白3样(Bcl-2/adenovirus E1B interacting protein 3-like,BNIP3L)]。应用多变量Cox回归来确定HCC OS的独立危险因素。建立一个基于独立危险因素(6个NEMG风险特征和TNM分期)的综合预后模型和预后列线图,计算中位预后评分。以中位预后评分作为分界点,将HCC患者分为高风险组和低风险组。进行Kaplan-Meier生存曲线分析,并进行对数秩检验来评估低风险组和高风险组患者OS的差异。使用“timeROC”软件包计算受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)。用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载HCC队列(GSE14520)验证综合预后模型对1、3、5年OS的预测性能。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)在来自上海交通大学医学院附属新华医院的34例HCC临床样本中验证6-NEMG的相对表达水平。结果·ROC分析结果显示,与仅6-NEMG风险特征(1、3、5年AUC分别为0.77、0.66、0.65)或仅TNM分期(1、3、5年AUC分别为0.66、0.67、0.63)相比,该综合预后模型对1年(AUC,0.78)、3年(AUC,0.73)和5年(AUC,0.69)HCC OS显示出更好的预测性能。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示高风险组患者的OS明显比低风险组差(P=0.001)。此外,在GEO外部队列中发现该预后模型的预测性能较好(1、3、5年AUC分别为0.67、0.66、0.74),高、低风险组患者的预后差异有统计学意义(P=0.001),与TCGA数据的结果一致。在临床HCC队列中,与癌旁肝脏组织相比,除BNIP3L外,其他5个NEMG在肿瘤组织的表达水平上调或者下调。相关性分析显示,在GSE14520与临床HCC队列中预后评分与HCC肿瘤的大小和数量呈正相关。结论·构建并验证了一个将6-NEMG风险特征与TNM分期相结合的HCC预后预测模型。该模型可能有助于HCC患者的预后预测。; 关键词核编码线粒体基因肝细胞癌癌症基因组图谱(TCGA) 基因表达数据库(GEO) 总生存率; Keywords nuclear encoded mitochondrial gene hepatocellular carcinoma TCGA GEO overall survival; 分类号 R657.3 [医药卫生—外科学] R735.7 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一氧化氮诱导食管癌细胞线粒体DNA编码基因过表达被引量：2: 2; 作者李恩民许丽艳杨帆袁兰陈跃; 机构汕头大学医学院生物化学与分子生物学教研室汕头大学医学院肿瘤病理研究室北京大学医药卫生分析中心; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期378-384,共7页; 基金广东省自然科学基金资助项目 (990 799 9840 68) 广东省医学科学技术研究基金资助项目 (B199910 5 ) .~~; 文摘以人食管癌细胞系EC10 9作为驱赶方 (driver) ,以被一氧化氮 (nitricoxid ,NO)诱导的EC10 9作为实验方 (tester) ,应用抑制消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)、反向mRNA斑点印迹和RNA印迹等技术手段研究了NO诱导的食管癌细胞中基因的过表达情况 .然后对过表达基因的表达序列标签 (expressedsequencetag ,EST)实施序列测定 ,并与GenBank进行BLAST同源性比较和序列突变分析 .结果先后两次从 6 9个SSH阳性克隆中共鉴定出 6个线粒体DNA (mitochondrialDNA ,mtDNA)编码的基因 ,即ND 4L、ND 4、COX 2、Lys tRNA、ATP 8和ATP 6 .表明NO可以诱导食管癌细胞mtDNA编码的基因过表达 .另外 ,在ND 4L/ND 4基因的片段 (10 736～ 114 4 9)上发现了三处同型单核苷酸置换 (10 872T→C ,110 0 1A→G ,11346A→G) ,在COX 2 /Lys tRNA/ATP 8/ATP 6基因片段 (80 11～ 85 89)上发现了一处单核苷酸缺失(8380A) .氨基酸序列分析表明 ,在NO诱导的EC10 9中可能存在着一种结构异常的ATP 8肽链 (一条在N端被截短的只有 11个氨基酸残基的肽链 ,而正常的ATP 8肽链为 6 8个氨基酸残基 ) .; 关键词一氧化氮诱导食管癌细胞线粒体DNA编码基因基因过表达抑制消减杂交; Keywords esophageal carcinoma mitochondrial DNA coding genes overexpression nitric oxide suppression subtractive hybridization; 分类号 R735.1 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名盲蝽科线粒体蛋白编码基因的比较研究被引量：4: 3; 作者赵婉清史淦琳高诗聪张虎芳; 机构忻州师范学院生物系; 出处《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2021年第5期96-103,共8页; 基金山西省高等学校科技创新项目(2019L09841) 忻州师范学院院级科研基金资助项目(2018KY04)。; 文摘 [目的]本研究旨在比较分析盲蝽科线粒体蛋白编码基因的碱基组成、密码子使用情况、基因进化速率等序列特征,并基于13个蛋白编码基因(PCGs)构建盲蝽科的系统发育关系,试图对盲蝽科进行系统全面的比较线粒体基因组学研究。[方法]通过NCBI中的GenBank数据库下载盲蝽科14属代表物种的线粒体基因组,利用Geneious8.0.4抽提13个蛋白编码基因序列。利用MEGA7.0统计碱基组成、起始和终止密码子使用情况、同义密码子使用频率以及序列信息位点。在DNAsp 6.0中计算蛋白编码基因的非同义替换率(Ka)、同义替换率(Ks)和Ka/Ks值,用以评估基因的进化速率。在RAxML⁃7.0.3和MrBayes3.2.2软件中,分别构建基于最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)的系统发育树。利用PartitionFinder选择2种建树方法采用的最优分区和模型。[结果]盲蝽科昆虫线粒体蛋白编码基因的A+T含量为75.5%,atp8的A+T含量最高(83.4%)。起始密码子均为典型的ATN,且ATG和ATT的使用频率较高;终止密码子TAA和T的使用频率较高,TAG较少使用。使用频率最高的同义密码子是UUA(L),且第三位点为A/T的密码子使用频率较高。所有蛋白编码基因的Ka/Ks值都小于1,受到纯化选择的作用。其中,cox1的进化速率最慢,atp8的进化速率最快。ML和BI发育树结果一致,且节点支持率均较高(PP=1.00/BP>73),网蝽科作为外群为一支,盲蝽亚科和叶盲蝽亚科互为姐妹群。在盲蝽亚科中,狭盲蝽族Stenodemini和盲蝽族Mirini互为姐妹群关系。盲蝽族内系统发育关系为:(Apolygus+Lygus)+(Adelphocoris+Creontiades)。[结论]本研究为盲蝽科昆虫的分子进化信息增添了有益的数据,同时也为后续的盲蝽科系统发生关系奠定了科学基础。; 关键词盲蝽科线粒体蛋白编码基因比较基因组学系统发育; Keywords Miridae Mitochondrial protein-coding gene Comparative genomics Phylogeny; 分类号 S433 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名绵羊线粒体基因变异与产羔数性状的关联分析被引量：2: 4; 作者陈晓勇孙洪新袁明康振江敦伟涛赵兴波; 机构中国农业大学动物科技学院河北省畜牧兽医研究所河北省畜牧良种工作站; 出处《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期449-456,共8页; 基金转基因生物新品种培育重大专项(2014ZX08009-002) 河北省科技支撑计划项目(14226315D 15226308D); 文摘本研究旨在分析mtDNA变异与产羔数性状的关系。以杜泊、陶赛特、萨福克绵羊为研究对象,通过线粒体基因组测序、基因型分析等技术发现,杜泊羊线粒体基因组编码区存在25个突变位点,包括rRNA突变位点2个,tRNA突变位点2个,多肽编码基因突变位点21个(包括错义突变9个和同义突变12个);陶赛特羊线粒体基因组编码区存在20个突变位点,包括rRNA突变位点5个,tRNA突变位点1个,多肽编码基因突变位点14个(包括错义突变3个和同义突变11个);萨福克羊线粒体基因组编码区存在77个突变位点,包括rRNA突变位点7个,tRNA突变位点3个,多肽编码基因突变位点67个(包括错义突变7个和同义突变60个)。杜泊、陶赛特绵羊mtDNA各突变位点均与产羔数关联不显著;萨福克绵羊中发现的14个变异位点与产羔数显著相关(P<0.05),其中单个突变位点(T7759C)和单倍型(ATTCATTAAACTTT)最大效应均为0.22只·胎-1。结果表明,杜泊、陶赛特绵羊产羔数性状线粒体基因效应不显著;萨福克绵羊mtDNA变异与产羔数显著相关。; 关键词线粒体编码基因产羔数绵羊遗传变异基因效应; Keywords mitochondrial coding genes litter size sheep genetic variation genetic effect; 分类号 S826 [农业科学—畜牧学] S813.3 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型	克德尔亚·艾山江傅怡赖冬林邬海龙龚伟	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	一氧化氮诱导食管癌细胞线粒体DNA编码基因过表达	李恩民许丽艳杨帆袁兰陈跃	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2002	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	盲蝽科线粒体蛋白编码基因的比较研究	赵婉清史淦琳高诗聪张虎芳	《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心	2021	4	在线阅读下载PDF 职称材料
4	绵羊线粒体基因变异与产羔数性状的关联分析	陈晓勇孙洪新袁明康振江敦伟涛赵兴波	《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心	2016	2	在线阅读下载PDF 职称材料