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动物线粒体编码序列相邻碱基组成对核苷酸替换的影响 被引量：11
1
作者 刘运强 廖顺尧 +2 位作者 鲁成 周泽扬 向仲怀 《西南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2001年第3期270-272,共3页
核苷酸替换偏好性受其相邻碱基组成的影响现象已经在核基因组假基因序列和叶绿体基因组的非编码序列和编码序列中发现。通过对动物线粒体基因组编码序列 12SrRNA和Cytb基因的核苷酸替换与其相邻碱基组成关系的调查发现 ,12SrRNA基因序... 核苷酸替换偏好性受其相邻碱基组成的影响现象已经在核基因组假基因序列和叶绿体基因组的非编码序列和编码序列中发现。通过对动物线粒体基因组编码序列 12SrRNA和Cytb基因的核苷酸替换与其相邻碱基组成关系的调查发现 ,12SrRNA基因序列核苷酸替换中转换和颠换之比 (TS/TV)随其相邻碱基A +T含量的增加而减少 。 展开更多
关键词 线粒体编码序列 核苷酸替换 相邻碱基组成 动物
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肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型
2
作者 克德尔亚·艾山江 傅怡 +2 位作者 赖冬林 邬海龙 龚伟 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-12,共12页
目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的... 目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的基因表达谱和临床数据。核编码的线粒体基因(nuclear encoded mitochondrial gene,NEMG)从MitoCarta3.0数据库获得。使用“DEseq2”R包和单变量Cox分析选择与HCC患者OS相关并参与氧化磷酸化、三羧酸循环和细胞凋亡通路的NEMG[(泛素细胞色素C还原酶铰链蛋白(ubiquinol cytochrome C reductase hinge protein,UQCRH)、腺苷三磷酸柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,PCK2)、Bcl-2同源拮抗剂1(Bcl-2 homologous antagonist/killer 1,BAK1)、Bcl-2相关X蛋白(Bcl-2-associated X protein,BAX)和Bcl-2/腺病毒E1B相互作用蛋白3样(Bcl-2/adenovirus E1B interacting protein 3-like,BNIP3L)]。应用多变量Cox回归来确定HCC OS的独立危险因素。建立一个基于独立危险因素(6个NEMG风险特征和TNM分期)的综合预后模型和预后列线图,计算中位预后评分。以中位预后评分作为分界点,将HCC患者分为高风险组和低风险组。进行Kaplan-Meier生存曲线分析,并进行对数秩检验来评估低风险组和高风险组患者OS的差异。使用“timeROC”软件包计算受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)。用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载HCC队列(GSE14520)验证综合预后模型对1、3、5年OS的预测性能。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)在来自上海交通大学医学院附属新华医院的34例HCC临床样本中验证6-NEMG的相对表达水平。结果·ROC分析结果显示,与仅6-NEMG风险特征(1、3、5年AUC分别为0.77、0.66、0.65)或仅TNM分期(1、3、5年AUC分别为0.66、0.67、0.63)相比,该综合预后模型对1年(AUC,0.78)、3年(AUC,0.73)和5年(AUC,0.69)HCC OS显示出更好的预测性能。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示高风险组患者的OS明显比低风险组差(P=0.001)。此外,在GEO外部队列中发现该预后模型的预测性能较好(1、3、5年AUC分别为0.67、0.66、0.74),高、低风险组患者的预后差异有统计学意义(P=0.001),与TCGA数据的结果一致。在临床HCC队列中,与癌旁肝脏组织相比,除BNIP3L外,其他5个NEMG在肿瘤组织的表达水平上调或者下调。相关性分析显示,在GSE14520与临床HCC队列中预后评分与HCC肿瘤的大小和数量呈正相关。结论·构建并验证了一个将6-NEMG风险特征与TNM分期相结合的HCC预后预测模型。该模型可能有助于HCC患者的预后预测。 展开更多
关键词 核编码线粒体基因 肝细胞癌 癌症基因组图谱(TCGA) 基因表达数据库(GEO) 总生存率
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一氧化氮诱导食管癌细胞线粒体DNA编码基因过表达 被引量：2
3
作者 李恩民 许丽艳 +2 位作者 杨帆 袁兰 陈跃 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期378-384,共7页
以人食管癌细胞系EC10 9作为驱赶方 (driver) ,以被一氧化氮 (nitricoxid ,NO)诱导的EC10 9作为实验方 (tester) ,应用抑制消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)、反向mRNA斑点印迹和RNA印迹等技术手段研究了NO诱导的... 以人食管癌细胞系EC10 9作为驱赶方 (driver) ,以被一氧化氮 (nitricoxid ,NO)诱导的EC10 9作为实验方 (tester) ,应用抑制消减杂交 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)、反向mRNA斑点印迹和RNA印迹等技术手段研究了NO诱导的食管癌细胞中基因的过表达情况 .然后对过表达基因的表达序列标签 (expressedsequencetag ,EST)实施序列测定 ,并与GenBank进行BLAST同源性比较和序列突变分析 .结果先后两次从 6 9个SSH阳性克隆中共鉴定出 6个线粒体DNA (mitochondrialDNA ,mtDNA)编码的基因 ,即ND 4L、ND 4、COX 2、Lys tRNA、ATP 8和ATP 6 .表明NO可以诱导食管癌细胞mtDNA编码的基因过表达 .另外 ,在ND 4L/ND 4基因的片段 (10 736～ 114 4 9)上发现了三处同型单核苷酸置换 (10 872T→C ,110 0 1A→G ,11346A→G) ,在COX 2 /Lys tRNA/ATP 8/ATP 6基因片段 (80 11～ 85 89)上发现了一处单核苷酸缺失(8380A) .氨基酸序列分析表明 ,在NO诱导的EC10 9中可能存在着一种结构异常的ATP 8肽链 (一条在N端被截短的只有 11个氨基酸残基的肽链 ,而正常的ATP 8肽链为 6 8个氨基酸残基 ) . 展开更多
关键词 一氧化氮 诱导 食管癌细胞 线粒体DNA编码基因 基因过表达 抑制消减杂交
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线粒体DNA编码区的多态性 被引量：2
4
作者 刘雅诚 郝金萍 +4 位作者 严江伟 唐晖 王静 任贺 任嘉诚 《法医学杂志》 CAS CSCD 2006年第1期45-47,共3页
目的研究线粒体DNA(mtDNA)编码区单核苷酸多态性,建立mtDNA编码区多态性在法庭科学中应用的理论基础。方法针对mtDNA编码区nt8162-8483以及nt13070-13299两段序列设计引物,应用直接测序技术研究其多态性。结果两对引物扩增片段长分别为3... 目的研究线粒体DNA(mtDNA)编码区单核苷酸多态性,建立mtDNA编码区多态性在法庭科学中应用的理论基础。方法针对mtDNA编码区nt8162-8483以及nt13070-13299两段序列设计引物,应用直接测序技术研究其多态性。结果两对引物扩增片段长分别为322bp和230bp,共检测到21种变异,24种单倍型,基因多样性为0.7511,两个无关个体的偶合概率为0.2564。结论线粒体DNA编码区多态性位点作为线粒体DNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高线粒体DNA在法医学应用中的个体识别能力。 展开更多
关键词 线粒体DNA编码区 单核苷酸多态性 测序
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盲蝽科线粒体蛋白编码基因的比较研究 被引量：4
5
作者 赵婉清 史淦琳 +1 位作者 高诗聪 张虎芳 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2021年第5期96-103,共8页
[目的]本研究旨在比较分析盲蝽科线粒体蛋白编码基因的碱基组成、密码子使用情况、基因进化速率等序列特征,并基于13个蛋白编码基因(PCGs)构建盲蝽科的系统发育关系,试图对盲蝽科进行系统全面的比较线粒体基因组学研究。[方法]通过NCBI... [目的]本研究旨在比较分析盲蝽科线粒体蛋白编码基因的碱基组成、密码子使用情况、基因进化速率等序列特征,并基于13个蛋白编码基因(PCGs)构建盲蝽科的系统发育关系,试图对盲蝽科进行系统全面的比较线粒体基因组学研究。[方法]通过NCBI中的GenBank数据库下载盲蝽科14属代表物种的线粒体基因组,利用Geneious8.0.4抽提13个蛋白编码基因序列。利用MEGA7.0统计碱基组成、起始和终止密码子使用情况、同义密码子使用频率以及序列信息位点。在DNAsp 6.0中计算蛋白编码基因的非同义替换率(Ka)、同义替换率(Ks)和Ka/Ks值,用以评估基因的进化速率。在RAxML⁃7.0.3和MrBayes3.2.2软件中,分别构建基于最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)的系统发育树。利用PartitionFinder选择2种建树方法采用的最优分区和模型。[结果]盲蝽科昆虫线粒体蛋白编码基因的A+T含量为75.5%,atp8的A+T含量最高(83.4%)。起始密码子均为典型的ATN,且ATG和ATT的使用频率较高;终止密码子TAA和T的使用频率较高,TAG较少使用。使用频率最高的同义密码子是UUA(L),且第三位点为A/T的密码子使用频率较高。所有蛋白编码基因的Ka/Ks值都小于1,受到纯化选择的作用。其中,cox1的进化速率最慢,atp8的进化速率最快。ML和BI发育树结果一致,且节点支持率均较高(PP=1.00/BP>73),网蝽科作为外群为一支,盲蝽亚科和叶盲蝽亚科互为姐妹群。在盲蝽亚科中,狭盲蝽族Stenodemini和盲蝽族Mirini互为姐妹群关系。盲蝽族内系统发育关系为:(Apolygus+Lygus)+(Adelphocoris+Creontiades)。[结论]本研究为盲蝽科昆虫的分子进化信息增添了有益的数据,同时也为后续的盲蝽科系统发生关系奠定了科学基础。 展开更多
关键词 盲蝽科 线粒体蛋白编码基因 比较基因组学 系统发育
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反义线粒体非编码RNA-2在高糖环境下的肾小球系膜细胞中的表达及作用机制 被引量：1
6
作者 马红霞 殷万元 王玭 《海南医学院学报》 CAS 2018年第14期1307-1310,共4页
目的:观察长链非编码RNA反义线粒体非编码RNA-2(ASncmtRNA-2)在高糖环境下肾小球系膜细胞中的表达,探讨ASncmtRNA-2在氧化应激介导的糖尿病肾病纤维化中的作用。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测各组细胞ASncmtRNA-2、... 目的:观察长链非编码RNA反义线粒体非编码RNA-2(ASncmtRNA-2)在高糖环境下肾小球系膜细胞中的表达,探讨ASncmtRNA-2在氧化应激介导的糖尿病肾病纤维化中的作用。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测各组细胞ASncmtRNA-2、TGF-β1和FN mRNA表达。DCFH-DA法测定细胞内活性氧(ROS)相对水平。结果:与0h组比较,8h组ASncmtRNA-2mRNA的相对表达量无明显变化,但是从16h起,高糖组与高糖+L-NAME组ASncmtRNA-2 mRNA相对表达量显著高于低糖组(P均<0.05),高糖+L-NAME组ASncmtRNA-2mRNA相对表达量显著低于高糖组(P均<0.05)。高糖组细胞内ROS相对水平显著高于低糖组(P<0.05),高糖+LNAME组细胞内ROS相对水平显著低于高糖组(P<0.05)。高糖组细胞ASncmtRNA-2、TGF-β1和FN mRNA相对表达量显著高于低糖组(P均<0.05),高糖+L-NAME组ASncmtRNA-2、TGF-β1和FN mRNA相对表达量显著低于高糖组(P均<0.05)。高糖+ASncmtRNA-2siRNA组细胞ASncmtRNA-2、TGF-β1和FN mRNA相对表达量显著低于高糖组(P<0.05)。结论:ASncmtRNA-2在高糖环境下的肾小球系膜细胞中高表达,并且可能通过正调节促纤维化因子的表达来促进糖尿病肾病中的肾小球纤维化,这就为糖尿病肾病治疗提供新的靶点。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 反义线粒体非编码RNA-2 肾小球系膜细胞 糖尿病肾病
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绵羊线粒体基因变异与产羔数性状的关联分析 被引量：2
7
作者 陈晓勇 孙洪新 +3 位作者 袁明 康振江 敦伟涛 赵兴波 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期449-456,共8页
本研究旨在分析mtDNA变异与产羔数性状的关系。以杜泊、陶赛特、萨福克绵羊为研究对象,通过线粒体基因组测序、基因型分析等技术发现,杜泊羊线粒体基因组编码区存在25个突变位点,包括rRNA突变位点2个,tRNA突变位点2个,多肽编码基因突变... 本研究旨在分析mtDNA变异与产羔数性状的关系。以杜泊、陶赛特、萨福克绵羊为研究对象,通过线粒体基因组测序、基因型分析等技术发现,杜泊羊线粒体基因组编码区存在25个突变位点,包括rRNA突变位点2个,tRNA突变位点2个,多肽编码基因突变位点21个(包括错义突变9个和同义突变12个);陶赛特羊线粒体基因组编码区存在20个突变位点,包括rRNA突变位点5个,tRNA突变位点1个,多肽编码基因突变位点14个(包括错义突变3个和同义突变11个);萨福克羊线粒体基因组编码区存在77个突变位点,包括rRNA突变位点7个,tRNA突变位点3个,多肽编码基因突变位点67个(包括错义突变7个和同义突变60个)。杜泊、陶赛特绵羊mtDNA各突变位点均与产羔数关联不显著;萨福克绵羊中发现的14个变异位点与产羔数显著相关(P<0.05),其中单个突变位点(T7759C)和单倍型(ATTCATTAAACTTT)最大效应均为0.22只·胎-1。结果表明,杜泊、陶赛特绵羊产羔数性状线粒体基因效应不显著;萨福克绵羊mtDNA变异与产羔数显著相关。 展开更多
关键词 线粒体编码基因 产羔数 绵羊 遗传变异 基因效应
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线粒体细胞色素C与细胞凋亡 被引量：16
8
作者 马伟科 张宏艳 《实用医学杂志》 CAS 2007年第23期3786-3788,共3页
细胞色素C（cytochromec，Cyt-c）是线粒体呼吸链中传递电子的载体，由核基因编码的多肽和线粒体编码的亚铁血红素组成。表面带正电荷，松散地结合在富含不饱和脂肪酸的线粒体内膜外侧心磷脂上．不能自由通过线粒体外膜。在呼吸链的电... 细胞色素C（cytochromec，Cyt-c）是线粒体呼吸链中传递电子的载体，由核基因编码的多肽和线粒体编码的亚铁血红素组成。表面带正电荷，松散地结合在富含不饱和脂肪酸的线粒体内膜外侧心磷脂上．不能自由通过线粒体外膜。在呼吸链的电子传递过程中，电子由复合体-Ⅰ或复合体-Ⅱ，通过泛醌依次传递给复合体-Ⅲ（Cyt-c还原酶）：Cyt-c、复合体一Ⅳ（Cyt-c氧化酶）． 展开更多
关键词 线粒体细胞色素C 细胞凋亡 线粒体呼吸链 电子传递 不饱和脂肪酸 亚铁血红素 线粒体编码 CYT-C
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