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基于线粒体全基因组结构的鲳属鱼类分子分类研究
被引量:
5
1
作者
闫永斌
程起群
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2022年第1期31-44,共14页
为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P.cinereus、银鲳P.argenteu...
为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P.cinereus、银鲳P.argenteus、珍鲳P.minor、翎鲳P.punctatissimus)的线粒体全基因组序列,并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示:1)鲳属线粒体基因组全序列长度在16551 bp到18062 bp之间,其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致;比较特别的是,银鲳和镰鲳具有两个tRNA;结构,珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2)银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构,灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3)ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开,可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4)东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种,灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
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关键词
鲳属鱼类
线粒体全基因组
分子鉴定
DNA条形码
系统发育
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职称材料
黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析
2
作者
黄振
郭琼霞
《安徽农业科学》
CAS
2024年第19期77-80,共4页
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用W...
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。
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关键词
黑漆实蝇
线粒体全基因组
相对密码子使用频率
trnA
基因
二级结构
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职称材料
基于全线粒体基因组的草地贪夜蛾系统地位探究及其防控建议
3
作者
崔浩然
张茹悦
+3 位作者
李晓影
李瑽
王玉玉
李静
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期46-50,共5页
草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda是一种重要的世界性害虫,2019年1月传入我国云南。草地贪夜蛾可以为害玉米、高粱、水稻等350余种植物,给我国农林生产带来巨大威胁。随着测序技术的飞速发展,全线粒体基因组越来越多地被应用到昆虫学研...
草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda是一种重要的世界性害虫,2019年1月传入我国云南。草地贪夜蛾可以为害玉米、高粱、水稻等350余种植物,给我国农林生产带来巨大威胁。随着测序技术的飞速发展,全线粒体基因组越来越多地被应用到昆虫学研究领域。本研究以灯蛾科2种昆虫作为外群,基于全线粒体基因组数据,重建了夜蛾科22种昆虫的系统发育关系,对草地贪夜蛾的系统发育地位进行了探究。研究结果发现草地贪夜蛾与斜纹夜蛾和甜菜夜蛾的亲缘关系最近,与斜纹夜蛾构成姐妹群关系。研究结果为未来的草地贪夜蛾的防控研究提供了理论基础,同时为草地贪夜蛾的防控方法提出了一些建议。
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关键词
草地贪夜蛾
全
线粒体
基因组
系统发育关系
防控
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职称材料
颈链血苔虫线粒体基因组的测定及其系统发育学意义
被引量:
2
4
作者
孙名安
吴志刚
+4 位作者
申欣
任建峰
刘锡兴
刘斌
刘会莲
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2010年第1期89-94,共6页
本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔...
本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。
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关键词
苔藓动物
颈链血苔虫
线粒体全基因组
系统发生
基因
排列顺序
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职称材料
题名
基于线粒体全基因组结构的鲳属鱼类分子分类研究
被引量:
5
1
作者
闫永斌
程起群
机构
中国水产科学研究院东海水产研究所
上海海洋大学海洋科学学院
出处
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2022年第1期31-44,共14页
基金
上海市自然科学基金项目(编号:19ZR1470100)。
文摘
为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P.cinereus、银鲳P.argenteus、珍鲳P.minor、翎鲳P.punctatissimus)的线粒体全基因组序列,并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示:1)鲳属线粒体基因组全序列长度在16551 bp到18062 bp之间,其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致;比较特别的是,银鲳和镰鲳具有两个tRNA;结构,珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2)银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构,灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3)ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开,可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4)东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种,灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
关键词
鲳属鱼类
线粒体全基因组
分子鉴定
DNA条形码
系统发育
Keywords
Pampus
complete mitochondrial genome
molecular identification
DNA barcode
phylogeny
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析
2
作者
黄振
郭琼霞
机构
福州长乐机场海关
福州海关技术中心
出处
《安徽农业科学》
CAS
2024年第19期77-80,共4页
基金
福建省自然科学基金项目(2011J01066,2012JO1061)
福州海关科研项目(FK2022-09)。
文摘
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。
关键词
黑漆实蝇
线粒体全基因组
相对密码子使用频率
trnA
基因
二级结构
Keywords
Bactrocera(Zeugodacus)scutellaris
Mitochondrial whole genome
Relative codon usage frequency
Secondary structure of trn A gene
分类号
S433 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
基于全线粒体基因组的草地贪夜蛾系统地位探究及其防控建议
3
作者
崔浩然
张茹悦
李晓影
李瑽
王玉玉
李静
机构
河北农业大学植物保护学院
出处
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期46-50,共5页
基金
河北省自然科学基金优秀青年基金(C2019204149)
河北农业大学引进人才科研启动专项(YJ201817)
文摘
草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda是一种重要的世界性害虫,2019年1月传入我国云南。草地贪夜蛾可以为害玉米、高粱、水稻等350余种植物,给我国农林生产带来巨大威胁。随着测序技术的飞速发展,全线粒体基因组越来越多地被应用到昆虫学研究领域。本研究以灯蛾科2种昆虫作为外群,基于全线粒体基因组数据,重建了夜蛾科22种昆虫的系统发育关系,对草地贪夜蛾的系统发育地位进行了探究。研究结果发现草地贪夜蛾与斜纹夜蛾和甜菜夜蛾的亲缘关系最近,与斜纹夜蛾构成姐妹群关系。研究结果为未来的草地贪夜蛾的防控研究提供了理论基础,同时为草地贪夜蛾的防控方法提出了一些建议。
关键词
草地贪夜蛾
全
线粒体
基因组
系统发育关系
防控
Keywords
Spodoptera frugiperda
complete mitochondrial genome
phylogenetic relationship
prevention&control
分类号
S433.4 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
颈链血苔虫线粒体基因组的测定及其系统发育学意义
被引量:
2
4
作者
孙名安
吴志刚
申欣
任建峰
刘锡兴
刘斌
刘会莲
机构
中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室
中国科学院研究生院
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2010年第1期89-94,共6页
基金
中国科学院百人计划(L97052417)
国家自然科学基金(30570212)共同资助
文摘
本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。
关键词
苔藓动物
颈链血苔虫
线粒体全基因组
系统发生
基因
排列顺序
Keywords
Bryozoa Watersipora subtorquata Complete mitochondrial genome Phylogenetic Gene arrangement
分类号
Q782 [生物学—分子生物学]
Q959.230.5 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于线粒体全基因组结构的鲳属鱼类分子分类研究
闫永斌
程起群
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2022
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析
黄振
郭琼霞
《安徽农业科学》
CAS
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于全线粒体基因组的草地贪夜蛾系统地位探究及其防控建议
崔浩然
张茹悦
李晓影
李瑽
王玉玉
李静
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
在线阅读
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职称材料
4
颈链血苔虫线粒体基因组的测定及其系统发育学意义
孙名安
吴志刚
申欣
任建峰
刘锡兴
刘斌
刘会莲
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2010
2
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职称材料
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