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花斑裸鲤红细胞发育相关基因KLF17启动子区域互作蛋白筛选
1
作者
寇若彬
刘丹
+6 位作者
高强
晁燕
张存芳
聂苗苗
谭瑾
郭守全
祁得林
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期808-819,共12页
为了进一步解析鱼类在高原低氧环境下的适应性进化机制,确定相关基因KLF17是否在红细胞发育过程中发挥功能。将高原裂腹鱼亚科鱼类的代表物种——花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)作为实验对象,以实验室前期花斑裸鲤全基因组测序数据为基...
为了进一步解析鱼类在高原低氧环境下的适应性进化机制,确定相关基因KLF17是否在红细胞发育过程中发挥功能。将高原裂腹鱼亚科鱼类的代表物种——花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)作为实验对象,以实验室前期花斑裸鲤全基因组测序数据为基础,鉴定出红细胞发育相关基因KLF17启动子序列,以其启动子DNA为诱饵,对花斑裸鲤肾脏组织蛋白进行筛选,采用LC-MS/MS技术对候选结合蛋白进行鉴定分析,并进行生物信息学分析。结果表明,在花斑裸鲤肾脏组织中共筛选到576个与KLF17启动子区域特异性结合的蛋白,去除未能鉴定到的蛋白,共有306个候选结合蛋白,其中包括真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白、含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶、丙酮酸脱氢酶、红细胞膜蛋白带4.1蛋白等与红细胞或造血相关的蛋白。GO功能富集分析表明,这些候选结合蛋白涉及多种生物学功能,包括参与细胞生长、细胞周期、免疫反应、信号传导、核酸与转录因子结合等过程。KEGG通路分析表明,以上蛋白参与多条信号通路,包括氨基酸代谢通路、细胞凋亡信号通路、PPAR信号通路、Hippo信号通路、细胞色素P450代谢信号通路、HIF-1信号通路及神经营养因子信号通路等。研究筛选出的KLF17启动子候选结合蛋白主要有参与红细胞发育相关的真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白等,经过功能分析发现它们参与HIF-1信号通路,通过调控血红素、珠蛋白基因表达、铁代谢、血管生成、糖酵解等途径激发红细胞的生成与发育,提示KLF17在转录水平上参与调控红细胞中血红素、铁和珠蛋白间的相互作用,为红细胞分化机制研究提供重要信息。同时,转铁蛋白作为参与铁和氧调节的交叉调控因子,它能够促进血液中铁的运输和增强血氧的结合能力,使得机体在低氧环境中长期生存,这也揭示了花斑裸鲤的低氧适应机制与HIF-1下游的转铁蛋白有关。研究可对下一步验证该蛋白与KLF17的互作机制提供研究基础,为解析高原土著鱼类造血系统发育和低氧环境适应性进化的分子机制提供科学数据。
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关键词
红细胞发育
启动子
结合蛋白
KLF17
DNA
pulldown-MS
花斑裸鲤
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职称材料
鱼类早期红细胞发育与抗逆性状形成的研究进展
2
作者
陈慧可
沈铮
+1 位作者
刘思遥
刘静霞
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期2133-2148,共16页
随着水产领域的设施化和高密度集约化养殖的发展,培育具有适应集约化养殖模式的耐低氧(抗非生物逆境)、抗病(抗生物逆境)、低应激等性状的鱼类新品种是解决水产养殖产业问题的关键。造血系统是维持鱼类正常生命活动最重要的系统之一,其...
随着水产领域的设施化和高密度集约化养殖的发展,培育具有适应集约化养殖模式的耐低氧(抗非生物逆境)、抗病(抗生物逆境)、低应激等性状的鱼类新品种是解决水产养殖产业问题的关键。造血系统是维持鱼类正常生命活动最重要的系统之一,其中,红细胞参与鱼类氧气、营养物质运输和免疫防御应答等功能,在鱼类抗病和耐低氧过程中发挥重要调控作用。红细胞发育及其功能调控的分子元件是鱼类抗病抗逆性状形成的重要遗传基础。文章以鱼类红细胞发育为切入点,关注调控红细胞发育、成熟、功能的经典信号和分子,并从氧气运输和免疫防御应答两方面详细阐述了鱼类红细胞的生理功能,同时,关注鱼类在逆境胁迫下的红细胞发育及其功能调控的适应性机制。文章探讨了鱼类红细胞发育及其抗逆性状形成的遗传基础研究,鱼类逆境胁迫下的红细胞生成及其生理响应,为水产养殖动物抗逆新种质创制提供理论依据。
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关键词
造血系统
红细胞发育
红细胞
免疫
耐低氧
抗病
环境胁迫
抗逆育种
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职称材料
BHC80基因抑制对斑马鱼胚胎红细胞发育的影响
被引量：
2
3
作者
侯嘉云
蒋璆
+2 位作者
张洁
谭理
宋后燕
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第11期1469-1474,共6页
胚胎整体RNA原位杂交显示,BHC80基因表达主要集中在中枢神经系统部位.应用吗啡啉修饰的反义寡核苷酸技术抑制BHC80基因表达,显示胚胎红细胞减少并堆积在PBI区,用胚胎期红细胞标志βe3globin以及造血过程中的重要转录因子gata1、c-myb、l...
胚胎整体RNA原位杂交显示,BHC80基因表达主要集中在中枢神经系统部位.应用吗啡啉修饰的反义寡核苷酸技术抑制BHC80基因表达,显示胚胎红细胞减少并堆积在PBI区,用胚胎期红细胞标志βe3globin以及造血过程中的重要转录因子gata1、c-myb、lmo2的胚胎整体RNA原位杂交实验显示,BHC80基因表达下调使gata1标记胚胎红系前体细胞增殖增多并且分化延迟,导致红细胞减少和PBI区红细胞堆积.血管内皮标志基因flk-1的RNA探针原位杂交和荧光显微造影显示,BHC80基因表达下调组血管与对照组相比清晰可见无明显差异.
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关键词
斑马鱼
BHC80
红细胞发育
整体原位杂交
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职称材料
题名
花斑裸鲤红细胞发育相关基因KLF17启动子区域互作蛋白筛选
1
作者
寇若彬
刘丹
高强
晁燕
张存芳
聂苗苗
谭瑾
郭守全
祁得林
机构
青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室
青海大学生态环境工程学院
青海大学农牧学院动物科学系
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期808-819,共12页
基金
青海省自然科学基金(2020-ZJ-907)
国家自然基金(31960127)资助。
文摘
为了进一步解析鱼类在高原低氧环境下的适应性进化机制,确定相关基因KLF17是否在红细胞发育过程中发挥功能。将高原裂腹鱼亚科鱼类的代表物种——花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)作为实验对象,以实验室前期花斑裸鲤全基因组测序数据为基础,鉴定出红细胞发育相关基因KLF17启动子序列,以其启动子DNA为诱饵,对花斑裸鲤肾脏组织蛋白进行筛选,采用LC-MS/MS技术对候选结合蛋白进行鉴定分析,并进行生物信息学分析。结果表明,在花斑裸鲤肾脏组织中共筛选到576个与KLF17启动子区域特异性结合的蛋白,去除未能鉴定到的蛋白,共有306个候选结合蛋白,其中包括真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白、含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶、丙酮酸脱氢酶、红细胞膜蛋白带4.1蛋白等与红细胞或造血相关的蛋白。GO功能富集分析表明,这些候选结合蛋白涉及多种生物学功能,包括参与细胞生长、细胞周期、免疫反应、信号传导、核酸与转录因子结合等过程。KEGG通路分析表明,以上蛋白参与多条信号通路,包括氨基酸代谢通路、细胞凋亡信号通路、PPAR信号通路、Hippo信号通路、细胞色素P450代谢信号通路、HIF-1信号通路及神经营养因子信号通路等。研究筛选出的KLF17启动子候选结合蛋白主要有参与红细胞发育相关的真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白等,经过功能分析发现它们参与HIF-1信号通路,通过调控血红素、珠蛋白基因表达、铁代谢、血管生成、糖酵解等途径激发红细胞的生成与发育,提示KLF17在转录水平上参与调控红细胞中血红素、铁和珠蛋白间的相互作用,为红细胞分化机制研究提供重要信息。同时,转铁蛋白作为参与铁和氧调节的交叉调控因子,它能够促进血液中铁的运输和增强血氧的结合能力,使得机体在低氧环境中长期生存,这也揭示了花斑裸鲤的低氧适应机制与HIF-1下游的转铁蛋白有关。研究可对下一步验证该蛋白与KLF17的互作机制提供研究基础,为解析高原土著鱼类造血系统发育和低氧环境适应性进化的分子机制提供科学数据。
关键词
红细胞发育
启动子
结合蛋白
KLF17
DNA
pulldown-MS
花斑裸鲤
Keywords
Erythrocyte development
Promoter
Binding protein
KLF17
DNA pulldown-MS
Gymnocypris eckloni
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
鱼类早期红细胞发育与抗逆性状形成的研究进展
2
作者
陈慧可
沈铮
刘思遥
刘静霞
机构
华中农业大学生命科学技术学院
华中农业大学水产学院
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期2133-2148,共16页
基金
国家重点研发计划(2022YFF1000302)
国家自然科学基金(32070807)
+1 种基金
国家重大项目(2023ZD04065)
湖北省大学生创新创业训练计划(S202410504082)资助。
文摘
随着水产领域的设施化和高密度集约化养殖的发展,培育具有适应集约化养殖模式的耐低氧(抗非生物逆境)、抗病(抗生物逆境)、低应激等性状的鱼类新品种是解决水产养殖产业问题的关键。造血系统是维持鱼类正常生命活动最重要的系统之一,其中,红细胞参与鱼类氧气、营养物质运输和免疫防御应答等功能,在鱼类抗病和耐低氧过程中发挥重要调控作用。红细胞发育及其功能调控的分子元件是鱼类抗病抗逆性状形成的重要遗传基础。文章以鱼类红细胞发育为切入点,关注调控红细胞发育、成熟、功能的经典信号和分子,并从氧气运输和免疫防御应答两方面详细阐述了鱼类红细胞的生理功能,同时,关注鱼类在逆境胁迫下的红细胞发育及其功能调控的适应性机制。文章探讨了鱼类红细胞发育及其抗逆性状形成的遗传基础研究,鱼类逆境胁迫下的红细胞生成及其生理响应,为水产养殖动物抗逆新种质创制提供理论依据。
关键词
造血系统
红细胞发育
红细胞
免疫
耐低氧
抗病
环境胁迫
抗逆育种
Keywords
Hematopoietic system
Erythrogenesis
Red blood cell immunity
Hypoxia tolerance
Disease resistance
Environmental stress
Resistance breeding
分类号
S965.1 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
BHC80基因抑制对斑马鱼胚胎红细胞发育的影响
被引量：
2
3
作者
侯嘉云
蒋璆
张洁
谭理
宋后燕
机构
复旦大学分子医学教育部重点实验室
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第11期1469-1474,共6页
文摘
胚胎整体RNA原位杂交显示,BHC80基因表达主要集中在中枢神经系统部位.应用吗啡啉修饰的反义寡核苷酸技术抑制BHC80基因表达,显示胚胎红细胞减少并堆积在PBI区,用胚胎期红细胞标志βe3globin以及造血过程中的重要转录因子gata1、c-myb、lmo2的胚胎整体RNA原位杂交实验显示,BHC80基因表达下调使gata1标记胚胎红系前体细胞增殖增多并且分化延迟,导致红细胞减少和PBI区红细胞堆积.血管内皮标志基因flk-1的RNA探针原位杂交和荧光显微造影显示,BHC80基因表达下调组血管与对照组相比清晰可见无明显差异.
关键词
斑马鱼
BHC80
红细胞发育
整体原位杂交
Keywords
zebrafish
BHC80
erythropoiesis
in situ hybridization
分类号
Q3 [生物学—遗传学]
Q7 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
花斑裸鲤红细胞发育相关基因KLF17启动子区域互作蛋白筛选
寇若彬
刘丹
高强
晁燕
张存芳
聂苗苗
谭瑾
郭守全
祁得林
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
鱼类早期红细胞发育与抗逆性状形成的研究进展
陈慧可
沈铮
刘思遥
刘静霞
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
BHC80基因抑制对斑马鱼胚胎红细胞发育的影响
侯嘉云
蒋璆
张洁
谭理
宋后燕
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
2
在线阅读
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职称材料
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