构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示...构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示问题,其次将不同代谢路径的相似度定义为图的核部分与非核部分各自匹配程度的加权之和,利用距离矩阵构建物种间的系统发生树.通过大量试验数据和NCBI(National Center for Biotechnology Information)分类法进行比较,验证了本文方法的有效性.展开更多
利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生...利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生细菌分别鉴定为分属于6和8个属。其中,人工栽培云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和肠杆菌属(Enterobacter)分离频率分别为35%、27.5%,是其优势内生细菌群;野生云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)分离频率分别为36.4%、20.4%,是其优势内生细菌群。本研究结果体现了人工栽培和野生云南重楼内生细菌分布的差异及云南重楼根中内生细菌的多样性,也为后续重楼内生菌的多样性开发提供了理论和实验基础。展开更多
从四川藏区高原威代尔冰葡萄渣泥中分离纯化出5株酵母,用18S r DNAD1/D2区域序列,通过序列比对及构建系统发育树分析,通过WL培养基的培养观察和普通光学显微镜观察,并且进一步对5种酵母菌的发酵性能进行测定。结果表明:JH、JH1、JH2、JH...从四川藏区高原威代尔冰葡萄渣泥中分离纯化出5株酵母,用18S r DNAD1/D2区域序列,通过序列比对及构建系统发育树分析,通过WL培养基的培养观察和普通光学显微镜观察,并且进一步对5种酵母菌的发酵性能进行测定。结果表明:JH、JH1、JH2、JH3和JH4分别鉴定为葡萄汁有孢汉逊酵母(Hanseniaspora uvarum)、美极梅奇酵母(Metschnikowia pulcherrima)、酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、解脂耶罗维亚酵母(Yarrowia lipolytica)和异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)。该5种酵母菌均有一定的发酵能力,并且发酵液总酚、还原糖、果糖以及总酸含量等均有不同变化。总体来说,JH2的发酵性能最好。展开更多
文摘构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示问题,其次将不同代谢路径的相似度定义为图的核部分与非核部分各自匹配程度的加权之和,利用距离矩阵构建物种间的系统发生树.通过大量试验数据和NCBI(National Center for Biotechnology Information)分类法进行比较,验证了本文方法的有效性.
文摘利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生细菌分别鉴定为分属于6和8个属。其中,人工栽培云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和肠杆菌属(Enterobacter)分离频率分别为35%、27.5%,是其优势内生细菌群;野生云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)分离频率分别为36.4%、20.4%,是其优势内生细菌群。本研究结果体现了人工栽培和野生云南重楼内生细菌分布的差异及云南重楼根中内生细菌的多样性,也为后续重楼内生菌的多样性开发提供了理论和实验基础。
