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不同物种糖原合成酶激酶基因(gsk3)的进化分析
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作者 杨献光 翟欢欢 徐存拴 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期111-114,共4页
糖原合成酶激酶(GSK3)是一种广泛存在的丝/苏氨酸蛋白激酶,它涉及许多信号传导通路,在糖尿病等疾病发生中起重要作用.我们从NCBI数据库中搜索出22种物种的gsk3序列,利用DNAstar软件比对gsk3的基因长度、开放阅读框的序列长度、终止密码... 糖原合成酶激酶(GSK3)是一种广泛存在的丝/苏氨酸蛋白激酶,它涉及许多信号传导通路,在糖尿病等疾病发生中起重要作用.我们从NCBI数据库中搜索出22种物种的gsk3序列,利用DNAstar软件比对gsk3的基因长度、开放阅读框的序列长度、终止密码子的多样性和氨基酸序列同源性,并建立各物种之间的系统进化树,从而分析不同物种的gsk3基因在进化过程中的多样性. 展开更多
关键词 糖原合成酶激酶生物信息学系统进化
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伞形科13种植物CHS基因的生物信息学分析 被引量:1
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作者 王堃 钟秀来 +3 位作者 朱顺华 罗庆 张新圻 谭国飞 《贵州农业科学》 2025年第2期9-21,共13页
【目的】探明查尔酮合成酶(CHS)基因在伞形科不同植物中的结构特征,为了解类黄酮化合物在伞形科植物中的生物学功能及其综合利用提供参考。【方法】以伞形科六合黄心芹(Apium graveolens‘Liuhe Huangxinqin’)、津南实芹(A.graveolens... 【目的】探明查尔酮合成酶(CHS)基因在伞形科不同植物中的结构特征,为了解类黄酮化合物在伞形科植物中的生物学功能及其综合利用提供参考。【方法】以伞形科六合黄心芹(Apium graveolens‘Liuhe Huangxinqin’)、津南实芹(A.graveolens‘Jinnan Shiqin’)、文图拉(A.graveolens‘Ventura’)、八卦洲水芹(Oenanthe javanica‘Baguazhou’)、溧阳白芹(O.javanica‘Liyang Baiqin’)、老山芹(Heracleum moellendorffii)、积雪草(Centella asiatica)、天胡荽(Hydrocotyle sibthorpioides)、白芷(Ammi majus)、茴香(Foeniculum vulgare)、明日叶(Angelica keiskei)、野生胡萝卜(Daucus carota)以及欧芹(Petroselinum crispum)13种植物为研究对象,通过NCBI数据库检索及基因克隆测序,比对所得各物种CHS基因序列及推导的氨基酸序列,并进行氨基酸理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位预测及构建系统进化树等生物信息学分析。【结果】伞形科13种植物的CHS基因开放阅读框(ORF)全长在1187~1197 bp,编码395~398个氨基酸,CHS基因序列比对一致性为90.02%,所编码的氨基酸序列比对的一致性为93.51%;CHS蛋白均为亲水性蛋白,不含跨膜区域,亚细胞定位预测结果均定位于细胞质中。系统进化树显示,除野生胡萝卜DcCHS外,其余伞形科12种植物的CHS处于同一分枝上,其他相同科植物的CHS均能聚在一起。【结论】CHS蛋白在伞形科六合黄心芹、津南实芹等12种植物中具有较高保守性及稳定性,预测其可发挥类似的功能,而野生胡萝卜DcCHS在进化树中与伞形科植物距离较远,在功能上可能存在差异。 展开更多
关键词 查尔酮合成酶 伞形科 野生胡萝卜 生物信息学 系统进化
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21种植物八氢番茄红素合成酶的生物信息学分析 被引量:7
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作者 李宁 王柏柯 +5 位作者 杨生保 唐亚萍 王强 杨涛 帕提古丽 余庆辉 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2157-2165,共9页
【目的】对番茄等21种植物的八氢番茄红素合成酶(phytoene synthase,PSY)进行生物信息学分析,为研究植物八氢番茄红素合成酶的结构与功能分析奠定基础。【方法】采用Blast、Prot Param和Signal P等生物信息学软件,对番茄、拟南芥、辣椒... 【目的】对番茄等21种植物的八氢番茄红素合成酶(phytoene synthase,PSY)进行生物信息学分析,为研究植物八氢番茄红素合成酶的结构与功能分析奠定基础。【方法】采用Blast、Prot Param和Signal P等生物信息学软件,对番茄、拟南芥、辣椒和胡萝卜等21种植物PSY的理化性质、蛋白结构和系统发生树等进行分析。【结果】21种植物PSY氨基酸不存在信号肽,不具有跨膜结构,推测PSY可能定位于细胞质叶绿体中发挥功能,二级结构由α螺旋、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成。【结论】PSY蛋白为较不稳定亲水性蛋白,亚细胞定位于叶绿体上。不经过跨膜转运,而是直接在细胞质基质中形成。 展开更多
关键词 八氢番茄红素合成酶 系统进化 生物信息学分析
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花生黄曲霉抗性与糖原合成酶激酶-3的关系 被引量:1
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作者 严海燕 宗成志 +1 位作者 包文志 单世华 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第5期1-4,共4页
前期研究证明糖原合成酶激酶(GSK3β)在花生黄曲霉敏感品种中上调表达。本研究对花生黄曲霉抗性品种和易感品种发育种子表达的GSK3进行了生物信息学和定量PCR的分析验证。结果表明,在抗性品系中,GSK3β基因在小果时期上调表达。由于GSK... 前期研究证明糖原合成酶激酶(GSK3β)在花生黄曲霉敏感品种中上调表达。本研究对花生黄曲霉抗性品种和易感品种发育种子表达的GSK3进行了生物信息学和定量PCR的分析验证。结果表明,在抗性品系中,GSK3β基因在小果时期上调表达。由于GSK3β是油菜类甾醇信号传导的负调控因子,在细胞延长中起着抑制作用。因此推测GSK3β在花生果实发育中是种子和果实大小的抑制因子,与黄曲霉抗性有间接或直接的关系。 展开更多
关键词 花生 糖原合成酶激酶-3 生物信息学 黄曲霉抗性 果实发育
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小立碗藓LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析 被引量:3
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作者 高梅 辛健康 姜山 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期979-988,共10页
植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息... 植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella patens)LysM型类受体激酶基因家族成员进行鉴定及分析。通过分析小立碗藓LYK家族成员的基本物理信息、基因结构、染色体定位及系统发生关系,初步探讨了其LYK基因结构、进化与功能间的联系。结果表明:(1)小立碗藓中共有21个LYK基因,其氨基酸序列大小在625~755 aa之间,分子量为69.54~82.02 kDa,等电点在5.98~7.78之间。(2)将小立碗藓所有LYK蛋白与3种典型模式植物(水稻、拟南芥和蒺藜苜蓿)的LYK蛋白共同构建系统进化树,所有LYK蛋白被分为4个亚组(LYK-I、LYK-Ⅱ、LYR-I和LYR-Ⅱ)。小立碗藓各亚组内成员的基因结构、保守域特征显示出较为相似的特征,由此推测其可能具有相同或相似的功能。(3)染色体定位发现21个LYK基因集中分布于4条染色体上并出现小型基因簇,这可能与基因功能相联系。该文分析了小立碗藓LysM型类受体蛋白激酶基因家族的基本信息,可为后续深入研究其LYK基因家族成员的生理生化功能奠定基础。 展开更多
关键词 小立碗藓 LysM型类受体激酶 基因家族 生物信息学 基因结构 染色体定位 系统进化关系
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菠萝蜜AhSS2基因克隆及生物信息学预测
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作者 薛亚茹 李莹 李映志 《热带农业科学》 2021年第12期89-95,共7页
蔗糖合成酶(sucrose synthase,SS)作为催化蔗糖代谢的关键酶之一,能够参与蔗糖的代谢和运输,调节细胞分化与细胞壁的形成,对调控作物的品质和产量也有重要作用。克隆出菠萝蜜AhSS2基因并对其进行生物信息学分析。菠萝蜜AhSS2基因的开放... 蔗糖合成酶(sucrose synthase,SS)作为催化蔗糖代谢的关键酶之一,能够参与蔗糖的代谢和运输,调节细胞分化与细胞壁的形成,对调控作物的品质和产量也有重要作用。克隆出菠萝蜜AhSS2基因并对其进行生物信息学分析。菠萝蜜AhSS2基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)全长2436 bp,共编码811个氨基酸,其蛋白理化性质预测显示,相对分子量是92.583 ku,等电点pI为5.77,属亲水性酸性蛋白质,二级结构主要为Alpha helix(α-螺旋)。保守结构域分析显示,菠萝蜜AhSS2基因属于PLN00142超级家族成员,主要包括蔗糖合成酶结构域(Sucrose_synth)与糖基转移酶结构域(Glycos_transf_1)2个保守结构域。磷酸化位点预测显示,菠萝蜜AhSS2基因蛋白的磷酸化位点主要是丝氨酸(Ser)磷酸化位点。系统发育树分析显示,菠萝蜜AhSS2基因在分类上属SSⅡ。本研究为进一步研究菠萝蜜蔗糖合成酶家族成员的功能提供依据。 展开更多
关键词 菠萝蜜 蔗糖合成酶 生物信息学 系统进化分析
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杧果FPPS基因的鉴定和序列分析
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作者 盖江涛 朱敏 +3 位作者 党志国 陈华蕊 陈振玺 王鹏 《广东农业科学》 CAS 2016年第6期69-75,F0002,共8页
法尼基焦磷酸合成酶(Farnesyl Pyrophosphate Synthase,FPPS,EC∶2.5.1.1)是倍半萜合成中的一个关键酶,在植物萜类合成过程中有关键作用。以杧果FPPS基因为研究对象,以拟南芥FPPS基因为参考,通过BLAST方法从番木瓜、金钱橘、甜橙、苹果... 法尼基焦磷酸合成酶(Farnesyl Pyrophosphate Synthase,FPPS,EC∶2.5.1.1)是倍半萜合成中的一个关键酶,在植物萜类合成过程中有关键作用。以杧果FPPS基因为研究对象,以拟南芥FPPS基因为参考,通过BLAST方法从番木瓜、金钱橘、甜橙、苹果、小果野蕉、桃子、白梨、葡萄、中华猕猴桃、无油樟基因组数据中获得了FPPS基因,共19条FPPS基因序列,对其进行了系统进化分析和生物信息学分析。系统进化结果显示:双子叶植物纲果树与单子叶植物纲果树关系较远,同是双子叶植物纲的果树关系较近,同科果树亲缘关系更近。生物信息学分析结果显示:氨基酸序列中,酸性蛋白占94.7%,稳定性蛋白占84.2%,有信号肽的蛋白占5.3%,有导肽的蛋白占10.5%,所有蛋白均为有明显跨膜现象的亲水性蛋白;所有FPPS基因亚细胞定位于线粒体中,均有蛋白活性位点。 展开更多
关键词 杧果 萜类 法尼基焦磷酸合成酶 系统进化 生物信息学
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