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基于SLAF-seq简化基因组技术的疆岳驴遗传进化分析 被引量：1
1
作者 肖海霞 阿布来提·苏来曼 +10 位作者 托乎提·阿及德 努尔尼萨·莫拉尼亚孜 张国庭 帕热哈提江·吾甫尔 王琼 苏玲玲 谢立荣 刘应进 买买提·克玉木 田可川 刘武军 《安徽农学通报》 2023年第1期15-18,32,共5页
畜禽资源是中国种业创新、打赢种业翻身仗的根基。疆岳驴是陕西关中驴(大型驴)和新疆驴(小型驴)经过半个多世纪杂交改良、横交固定、选育提高、培育而成的良种驴,旨在基因组水平上揭示疆岳驴的遗传进化,解析疆岳驴的遗传结构及遗传多样... 畜禽资源是中国种业创新、打赢种业翻身仗的根基。疆岳驴是陕西关中驴(大型驴)和新疆驴(小型驴)经过半个多世纪杂交改良、横交固定、选育提高、培育而成的良种驴,旨在基因组水平上揭示疆岳驴的遗传进化,解析疆岳驴的遗传结构及遗传多样性。该研究利用SLAF-seq简化基因组测序鉴定疆岳驴SNP标记,构建125头样品群体进化树并进行分析。共鉴定SNP标记4887196个;通过MEGA 5软件neighbor-joining算法,构建的群体进化树显示,125头疆岳驴聚集为2个大的分支:一个分支46头聚集在一起,亲缘关系较近;另一分支79头聚集在一起,亲缘关系较近。这2个分支间亲缘关系较远。通过admixture软件、EIGENSOFT软件、SPAGe⁃Di软件进一步佐证了125头疆岳驴可分为2个群体,利用SLAF-seq简化基因组测序能全面准确地揭示疆岳驴的遗传多样性和遗传结构,为疆岳驴的关联遗传学研究和重要性状QTL定位提供依据,为争取在第3次全国畜禽遗传资源普查申报新培育品种(配套系)和疆岳驴重要性状QTL定位奠定基础。 展开更多
关键词 疆岳驴 简化基因组技术 遗传进化分析
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澜沧裂腹鱼4个地理群体遗传多样性分析 被引量：4
2
作者 金方彭 左鹏翔 +6 位作者 冷云 吴俊颉 熊合勇 高海涛 雷春云 周睿 李光华 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期851-859,共9页
利用简化基因组测序(SLAF-seq)的方法对澜沧江中上游4个地理群体的40尾澜沧裂腹鱼野生样本进行遗传多样性分析,旨在为澜沧裂腹鱼种质资源的保护提供参考。结果显示,平均测序深度29.36×,得到467.67 Mb读长,测序Q30碱基含量平均为94.... 利用简化基因组测序(SLAF-seq)的方法对澜沧江中上游4个地理群体的40尾澜沧裂腹鱼野生样本进行遗传多样性分析,旨在为澜沧裂腹鱼种质资源的保护提供参考。结果显示,平均测序深度29.36×,得到467.67 Mb读长,测序Q30碱基含量平均为94.88%,GC含量平均为40.32%,获得498 199个特异位点扩增片段(SLAF)标签,其中多态性SLAF标签共213 644个,得到736 515个群体单核苷酸多态性(SNP)。遗传分析结果显示:在黄登—大华桥、里底、乌弄龙和苗尾—功果桥4个地理群体中,观测等位基因数和期望等位基因数分别为1.90~1.97和1.36~1.57;观测杂合度和期望杂合度的分布分别为0.16~0.50和0.21~0.33;根井正利基因多样性指数和香农—维纳指数分别为0.25~0.34和0.32~0.50;多态信息含量依次为0.2655、0.2499、0.2463、0.1709,处于中低等多态水平;最小等位基因频率依次为0.2653、0.2579、0.2561、0.2724;所有遗传多样性指数中,以黄登—大华桥群体最大且群体间差异显著(P<0.05);群体间变异占2.91%,群体内变异占97.09%,说明变异多发生在群体内;群体间遗传距离为0.0323~0.2588,遗传分化指数为-0.019~0.0817(P>0.05);系统进化树显示,4个地理群体出现交叉聚类的现象。综上,4个地理群体的遗传多样性水平中等,遗传距离与聚类结果和实际情况相符,濒危的原因可能是过度人为干扰,建议澜沧江中上游流域应当加大云南土著鱼类资源监控,加强人工增殖放流的质量和力度。 展开更多
关键词 澜沧裂腹鱼 简化基因组测序技术 简化基因组 遗传多样性
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极小种群馨香玉兰特异性单核苷酸多态性位点开发
3
作者 张涛 李学 +2 位作者 张竞 印轩鹏 贺水莲 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2022年第4期68-74,共7页
在馨香玉兰全基因组范围内进行特异性单核苷酸多态性(SNP)位点开发,为馨香玉兰濒危保护以及资源利用提供理论依据。利用以云南省5个野生居群和2个栽培居群共70个个体为材料,进行简化基因组测序技术(SLAF-seq),成功开发了843082个用于馨... 在馨香玉兰全基因组范围内进行特异性单核苷酸多态性(SNP)位点开发,为馨香玉兰濒危保护以及资源利用提供理论依据。利用以云南省5个野生居群和2个栽培居群共70个个体为材料,进行简化基因组测序技术(SLAF-seq),成功开发了843082个用于馨香玉兰SLAF建库的标签,其中多态性SLAF标记有287843个,通过数据质控,共获得了180650个高度一致性的群体SNP位点,利用SNP位点对馨香玉兰居群进行遗传多样性分析,结果显示:馨香玉兰的观测杂合度H_(o)为0.2697,期望杂合度H_(e)为0.3355,Shannon指数为0.5069,Nei多样性指数为0.3553。结果表明,利用SLAF-seq技术能够实现全基因组范围内的大量SNP标记位点开发,利用大量的SNP位点解析物种的遗传多样性更具准确性和先进性。 展开更多
关键词 馨香玉兰 特异性单核苷酸多态性 遗传多样性 简化基因组测序技术
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