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儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA筛选及竞争性内源RNA网络的构建
1
作者 刘田恬 赵奕琳 +2 位作者 宁菁菁 张育才 王春霞 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期282-291,共10页
目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的... 目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的潜在应用价值。方法·基于GEO转录组学数据集(GSE4607、GSE26440、GSE26378和GSE9692),对比儿童脓毒症休克患儿存活组与非存活组中lncRNA的表达差异,利用多元线性回归和LASSO分析筛选潜在特征lncRNA,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析其预后评估能力。预测lncRNA、微小RNA(microRNA,miRNA)和mRNA的互作,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,进行通路富集分析。结果·筛选出55个预后相关的差异表达lncRNA。LASSO回归分析明确6个潜在lncRNA,包括miR503宿主基因(miR503 host gene,MIR503HG)、TAPT1反义RNA1(TAPT1 antisense RNA 1,TAPT1-AS1)、膀胱癌细胞凋亡相关转录物(apoptosis associated transcript in bladder cancer,AATBC)、SBF2反义RNA1(SBF2 antisense RNA 1,SBF2-AS1)、MGC16275及宿主小核仁RNA基因15(small nucleolar RNA host gene 15,SNHG15),组成6-lncRNA特征(6-lncRNA signature,lncSig6);lncSig6预测儿童脓毒症休克预后内部验证及外部验证的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.859(95%CI 0.722~0.996)和0.854(95%CI 0.687~1.000)。进一步构建基于差异表达MIR503HG,SNHG15和SBF2-AS1的lncRNA-miRNA-mRNA网络,根据核心蛋白PPI网络和GO/KEGG信号通路分析结果提示:lncRNA经海绵化miRNA调控靶基因,涉及叉头盒蛋白O(forkhead box O,FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-AKT)信号通路、细胞衰老信号通路、胰岛素信号通路、缺氧诱导蛋白-1(hypoxia-inducible protein-1,HIF-1)信号通路,和晚期糖化终产物(advanced glycation end products,AGEs)及其受体(receptor of AGEs,RAGE)信号通路。结论·lncSig6可以作为预测儿童脓毒症休克预后的评估方法,构建的ceRNA分子网络可为信号通路研究提供依据。 展开更多
关键词 儿童脓毒症 长链非编码rna 竞争性内源rna 预后标志物
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长链非编码RNA及竞争性内源RNA网络在银屑病中调控机制的研究进展
2
作者 何月 段妍 +1 位作者 李睿亚 莎娜 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期382-384,共3页
银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制... 银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制病情和改善预后具有重要意义,为进一步阐明该疾病的遗传学发病机制、基因诊断以及下一步的基因治疗等奠定理论基础。 展开更多
关键词 银屑病 长链非编码rna 竞争性内源性rna
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竞争性内源性RNA在牙周炎中的作用及机制的研究进展
3
作者 范兴丽 潘乐 +2 位作者 赵家园 项秋猛 陈启林 《国际口腔医学杂志》 北大核心 2025年第3期317-322,共6页
竞争性内源性RNA (ceRNA)可以通过转录调节炎症相关介质的反应进而调控牙周炎的进展。ceRNA,包括长链非编码RNA、环状RNA、信使RNA等,可与微小RNA结合,构成ceRNA网络,调控下游靶基因的表达,影响牙周炎的发生、发展。本文总结了已经通过... 竞争性内源性RNA (ceRNA)可以通过转录调节炎症相关介质的反应进而调控牙周炎的进展。ceRNA,包括长链非编码RNA、环状RNA、信使RNA等,可与微小RNA结合,构成ceRNA网络,调控下游靶基因的表达,影响牙周炎的发生、发展。本文总结了已经通过实验验证的ceRNA在调控牙周炎发生发展中的作用及机制,对包括抑制和促进牙周炎发生发展两个方面的研究进展进行综述,为未来牙周炎的研究提供新思路。 展开更多
关键词 竞争性内源性rna 牙周炎 微小rna 长链非编码rna 环状rna
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肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建 被引量：1
4
作者 李晓凤 唐明政 +4 位作者 刘禧禧 宋子晴 张国欣 杨开银 张凌云 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期70-81,共12页
目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京... 目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺移植 缺血-再灌注损伤 核心基因 竞争性内源性rna(cerna) 微小rna 长链非编码rna 环状rna 信号通路
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lncRNA-TUG1作为竞争性内源RNA在心血管疾病中的研究进展 被引量：1
5
作者 常晨 苏强 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期557-563,共7页
长链非编码RNA(long no-coding RNA,lncRNA)是指长度超过200个核苷酸的RNA分子,虽然本身并不具备直接编码蛋白质的作用,却可通过参与多种生物过程,包括细胞增殖、分化、凋亡等介导疾病的发生[1]。lncRNA-牛磺酸上调基因1(taurine up-reg... 长链非编码RNA(long no-coding RNA,lncRNA)是指长度超过200个核苷酸的RNA分子,虽然本身并不具备直接编码蛋白质的作用,却可通过参与多种生物过程,包括细胞增殖、分化、凋亡等介导疾病的发生[1]。lncRNA-牛磺酸上调基因1(taurine up-regulated gene 1,TUG1)被认为与人类疾病进展密切[2]。此外,过表达lncRNA-TUG1是心血管疾病后心脏预后不良的生物标志物[3]。 展开更多
关键词 牛磺酸上调基因1 竞争性内源rna 心血管疾病
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基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络 被引量：3
6
作者 李新洋 连相尧 +6 位作者 白璐 员文静 赵如涵 钮淋 刘镭 王阳 朱翠敏 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第3期283-290,共8页
目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应... 目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、miRDB、miRCode和lncBase数据库预测DEmiRNA的靶mRNA和与之作用的lncRNA,整合miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA作用对,构建NSCLC的ceRNA网络。进一步,将靶mRNA基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选关键模块和基因。应用Kaplan-Meier Plotter在线数据库对关键基因进行生存分析,基于生存分析结果进一步提取与NSCLC患者预后相关的亚ceRNA网络。结果筛选在NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异最显著的20个miRNA,根据数据库预测结果成功构建了包含有3个miRNA、130个mRNA和6个lncRNA的ceRNA网络。GO和KEGG分析结果显示共富集出有意义的861个生物过程、66个细胞组分、107个分子功能、32个KEGG条目。通过分析PPI网络结果,得到了3个关键模块和11个关键基因,其中8个关键基因与NSCLC患者预后有关。基于这8个基因,提取了包含有2个miRNA、5个lncRNA和8个mRNA预后相关的亚ceRNA网络。结论成功构建NSCLC预后相关的ceRNA网络,为NSCLC的机制研究提供了新的参考依据。 展开更多
关键词 基因芯片 非小细胞肺癌 预后 内源性竞争性rna
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通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子 被引量：1
7
作者 王拓 吴文娟 +2 位作者 杜明丽 赵磊 李桂香 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期678-684,共7页
目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ce RNA调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法:从TCGA数据库下载HCC转录组数据,通过"Perl"语言处理转化得到mRN... 目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ce RNA调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法:从TCGA数据库下载HCC转录组数据,通过"Perl"语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵。通过"Edge R"包提取3种RNA的差异表达基因(differential expression genes,DGEs),其阈值为|log FC|>2.0且P<0.01。通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异m RNA关系对,导入至Cytoscape软件构建ceRNA调控网络图。整理3种DGEs相关的生存数据,通过"Survival"包及Kaplan-Meier Plotter分析软件进行生存分析,绘制DGEs的生存曲线,分析获取预后相关基因。结果:成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络,通过该网络分析DGEs间的相互作用和调控关系,获取3条lncRNA-miRNA-mRNA调控关系对,其中1条调控通路(CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2)符合ceRNA理论。预后分析显示,14个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组,可作为HCC不良预后的生物标志物;1个lncRNA(TSPEAR-AS1)和2个mRNA(CPEB3和PROK2)低表达组患者生存率低于高表达组(P<0.05或P<0.01),可能是HCC的保护性基因。结论:通过HCC lncRNA相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14个mRNA可能为HCC不良预后相关分子,低表达的1个lncRNA和2个mRNA可能为HCC良好预后相关分子,研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据。 展开更多
关键词 肝细胞癌 TCGA 竞争性内源rna lncrna MIrna Mrna 预后
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激素性股骨头坏死mRNA与非编码RNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析 被引量：2
8
作者 李嘉程 杨曦 +3 位作者 梁学振 阎博昭 许波 李刚 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1230-1237,共8页
目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得... 目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得到差异miRNAs。利用miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库分别预测SONFH相关miRNAs的靶向mRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络。采用clusterProfiler包对上述调控网络中的mRNAs进行功能富集分析,利用Starbase数据库预测其lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果共筛选出422个显著差异mRNAs、22个显著差异miRNAs和416个显著差异lncRNAs。通过miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库预测的靶向mRNAs与上述差异mRNAs交叉映射,确定46个mRNAs参与SONFH相关miRNA-mRNA调控网络的构建;GO功能富集分析显示,miRNA-mRNA网络可能参与细胞增殖和细胞周期等生物学过程。通过Starbase数据库预测的靶向lncRNAs与上述差异lncRNAs交叉映射,确定3个lncRNAs参与SONFH相关lncRNA-miRNA调控网络的构建,最终构建VASH1-AS1相关的ceRNA调控网络,SLC5A6、NQO2和THAP6可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接被VASH1-AS1调控。结论VASH1-AS1可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接调控SLC5A6、NQO2和THAP6,而VASH1-AS1、has-let-7d-5p和NQO2可能作为调控因子,通过调控网络参与调节“血管新生-骨形成耦联”机制,在SONFH发病过程中起关键作用。 展开更多
关键词 激素性股骨头坏死 生物信息学 竞争性rna 调控网络
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circRNA-miRNA-mRNA调控网络的挖掘以筛选缺血性脑卒中的潜在治疗药物 被引量：1
9
作者 吴玉敏 王钟兴 于瑜 《中山大学学报(医学科学版)》 北大核心 2025年第3期456-465,共10页
【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选... 【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选差异表达的mRNA(DEmRNA)、DEcircRNA和DEmiRNA。采用MiRWalk、StarBase等多种生物信息学方法结合的综合策略来挖掘与脑卒中相关的circRNA-miRNA-mRNA网络,由Cytoscape软件完成核心子网络的筛选和可视化输出。通过基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析研究ceRNA网络的功能,以富集超过10个基因且假发现率(FDR)<0.05的通路认为具有统计学意义。最后使用药物基因组学数据库connectivity map(CMap)筛选潜在的脑卒中治疗药物,并对野生型小鼠构建MCAO模型验证药物治疗效果。【结果】共筛选得出1249个DEmRNA、294个DEmiRNA和70个DEcircRNA,并发现3个circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能与缺血性脑卒中密切相关。根据上述结果筛选得出Austricine、Metyrapone和Desoxypeganine这3种最有可能逆转由脑卒中相关ceRNA网络引起的改变的药物,并以Metyrapone为例验证所筛选药物对缺血性脑卒中确实可以改善术后第一(P=0.0014)、二天(P=0.0161)的神经功能损伤和减少脑梗死体积(P=0.0049),发挥脑保护作用。【结论】本研究从circRNA-miRNA-mRNA网络视角为缺血性脑卒中的发病机制提供了新的见解,本文预测得出的3种药物为缺血性脑卒中的治疗方法提供了新的线索。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 circrna Mrna 竞争性内源性rna CMap数据库
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竞争性内源RNA的生物学功能及其调控 被引量：11
10
作者 李静秋 杨杰 +2 位作者 周平 乐燕萍 龚朝辉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期756-764,共9页
最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者... 最新研究表明,RNA之间可以通过竞争结合共同的microRNA反应元件(micro RNA response element,MRE)实现相互调节,这种调控模式构成竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA,ceRNA)。已发现的ceRNA包括蛋白编码mRNA和非编码RNA,其中后者包括假基因转录物、长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(Circular RNA,circ RNA)等。文章主要从ceRNA分类的角度,阐述各类ceRNA构成的调控网络发挥的生物学功能在病理和生理相关过程中的作用,以及可能影响ceRNA调控有效性的因素。 展开更多
关键词 竞争性内源rna 微rna反应元件 假基因 长链非编码rna 环状rna
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竞争性内源RNA(ceRNAs)研究进展——RNA对话的新机制 被引量：6
11
作者 汤锋 刘昆梅 +1 位作者 李润乐 奚涛 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期481-485,共5页
microRNAs(miRNAs)是一类长度约为22 nt的非编码单链小RNA分子,通过其种子序列与靶基因的3'UTR互补并引导沉默复合体(RISC)降解或抑制靶基因的翻译,在转录后水平调控靶基因的表达。一个miRNA可调控多个靶基因,同一个靶基因也可以受... microRNAs(miRNAs)是一类长度约为22 nt的非编码单链小RNA分子,通过其种子序列与靶基因的3'UTR互补并引导沉默复合体(RISC)降解或抑制靶基因的翻译,在转录后水平调控靶基因的表达。一个miRNA可调控多个靶基因,同一个靶基因也可以受多个miRNA调控。最新的研究发现mRNA之间可以通过miRNAs反应原件(MREs)达到相互调控的目的,这种新的调控机制被称作竞争性内源RNA(ceRNAs)假说,这种RNA之间新的对话机制的出现不仅在转录组学水平赋予了mRNAs、长链非编码RNA及假基因的转录产物新的生物学功能,扩大人类基因组中的功能性遗传信息,并且绘制了一个更庞大的miRNAs与mRNA相互调控的网络,为深入研究肿瘤等疾病的发病机制提供新的理论依据。本文从ceRNAs调控网络的成员、ceRNAs调控机制的作用基础、作用方式及ceRNAs与肿瘤等多方面对ceRNAs调控机制的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 竞争性内源rna 微小rna 基因表达调控 肿瘤
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lncRNA作为竞争性内源RNA调控胃癌进程的研究进展 被引量：8
12
作者 董宪喆 胡园 +1 位作者 刘屏 路玉盼 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1185-1189,共5页
长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt的非编码RNA,参与多种疾病进程。近年来的研究表明,lncRNAs可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs),与胃癌发生发展进程密切相关的驱动基因竞争miRNA... 长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt的非编码RNA,参与多种疾病进程。近年来的研究表明,lncRNAs可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs),与胃癌发生发展进程密切相关的驱动基因竞争miRNA反应元件(miRNA response elements,MREs),削弱miRNA对靶基因的抑制作用,间接调节靶基因表达水平,进而参与调控胃癌进程。该文从lncRNA作为ceRNA发挥生物学功能的角度,概述了相关lnRNAs在胃癌发生发展进程中的作用及机制,为胃癌的诊断和治疗提供新思路。 展开更多
关键词 长链非编码rna 竞争性内源rna 胃癌 microR-NAs mirna反应元件 靶基因
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竞争性内源RNA：一种全新的基因表达调控模式 被引量：9
13
作者 夏天 肖丙秀 郭俊明 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1075-1081,共7页
竞争性内源RNA(ceRNA)假说是一种全新的基因表达调控模式:mRNA、假基因转录物和长链非编码RNA等转录物通过microRNA应答元件竞争结合相同的microRNA来调控各自的表达水平,从而影响细胞的功能.迄今为止,多家实验室已从生物信息学、细胞... 竞争性内源RNA(ceRNA)假说是一种全新的基因表达调控模式:mRNA、假基因转录物和长链非编码RNA等转录物通过microRNA应答元件竞争结合相同的microRNA来调控各自的表达水平,从而影响细胞的功能.迄今为止,多家实验室已从生物信息学、细胞生物学和动物实验等层面验证了该假说.本文追溯了ceRNA假说提出的历程,讨论了ceRNA调控网络的影响因素,并提出了一些有待进一步完善的内容.ceRNA假说大大拓展了人类基因组中功能遗传信息的范畴,也为解析一些人类疾病发生的机制提供了新线索. 展开更多
关键词 基因表达调控 竞争性内源rna(cerna) 转录物 microrna应答元件
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竞争性内源RNA在肝癌中的研究进展 被引量：6
14
作者 张德元 曹金玉 刘繁荣 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1145-1148,共4页
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及... 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及mRNA拥有microRNA应答元件(microRNA response element,MRE),通过竞争性结合microRNA,发挥相互调控作用。这类RNA称为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文将按照ceRNA分类,对其在肝癌发生、发展机制中的生物学功能及临床意义进行系统综述。 展开更多
关键词 竞争性内源性rna MICROrna lncrna circrna Mrna 文献综述
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云南宣威地区肺癌长链非编码RNA、mRNA基因表达谱检测与竞争性内源RNA分析 被引量：3
15
作者 胡家伦 王玉明 +3 位作者 陈冉 肖成 郎昆 柳杰 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2018年第8期818-823,共6页
目的云南宣威地区是中国乃至世界肺癌高发区,探究长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA的差异表达,构建竞争性内源RNA(ceRNA)共表达网络,为宣威地区肺癌的分子诊断和治疗提供新思路。方法采用晶芯lncRNA+mRNA表达谱芯片对10对宣威地区肺癌组织... 目的云南宣威地区是中国乃至世界肺癌高发区,探究长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA的差异表达,构建竞争性内源RNA(ceRNA)共表达网络,为宣威地区肺癌的分子诊断和治疗提供新思路。方法采用晶芯lncRNA+mRNA表达谱芯片对10对宣威地区肺癌组织及癌旁正常组织进行检测,用生物信息学的方法(GO,Pathway和networkanalysis)对差异表达的mRNAs进行分析。结果通过肺癌标本与癌旁正常组织对比,从中找到差异表达的lncRNA有384条(差异倍数≥2.0,P<0.05),其中表达上调的有78条,表达下调的有306条。上调表达差异最大的是ab Parts(差异倍数:7.522),下调表达差异最大的是XLOC_012046(差异倍数:9.001)。946条差异表达的mRNA(差异倍数≥2.0,P<0.05),其中上调和下调最具意义的是SPP1(差异倍数:16.500)和AGER(差异倍数:14.377)。lncRNA和mRNA在宣威地区肺癌中呈现出高低表达的两种趋势,差异表达的mRNA在生物过程、分子功能、细胞组成中分别以单一生物过程、结合和膜功能方面的数目差异最明显。上调表达的mRNA主要参与的信号通路有钙离子信号通路、吞噬体、造血细胞谱系等,下调表达差异的mRNA主要参与了造血细胞谱系、钙离子信号通路等方面的通路。lncRNA和mRNA之间呈一对一或一对多的相关,其中p14245(LINC00472)与Q9H8W2和XLOC_005764共表达。ENSG00000244513.2(ceRNA-score:0.461)和ENSG00000257424.1(ceRNA-score:0.372)所调节的SEMA5A和SEMA6A在mRNA表达谱中都呈下调表达。SEMA5A主要参与细胞黏附、生物黏附、脉管系统发展等功能,SEMA6A主要参与细胞表面受体连锁信号转导、细胞运动、细胞骨架组织等功能。结论通过微阵列找到宣威地区肺癌组织中差异表达的lncRNA表达谱可能会成为宣威地区肺癌的新型生物标志物或治疗靶点。 展开更多
关键词 宣威地区 肺癌 长链非编码rna 竞争性内源rna 基因芯片
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竞争性内源RNA与肿瘤发生 被引量：5
16
作者 蔺新秀 杨蔓 +1 位作者 夏天 郭俊明 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期563-566,共4页
微小RNA（microRNA, miRNA）、长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）等转录物在肿瘤发生发展中发挥着重要作用[1-4],越来越多的研究表明,它们之间存在着复杂的网络关系[5-6].
关键词 竞争性内源rna MICROrna 肿瘤发生
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lncRNA作为竞争性内源分子的作用机制及研究进展 被引量：7
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作者 刘梦馨 杜双杨 +5 位作者 杨京沧 黄娴雅 郭宇兵 李滢硕 郭凯军 曹素英 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第10期3604-3613,共10页
竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)假说提出具有相同短序列非编码微小(microRNA,miRNA)应答元件(microRNA response element,MRE)的转录物通过竞争的方式结合miRNA,从而影响转录物的表达水平。ceRNA假说颠覆了miRNA与靶基... 竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)假说提出具有相同短序列非编码微小(microRNA,miRNA)应答元件(microRNA response element,MRE)的转录物通过竞争的方式结合miRNA,从而影响转录物的表达水平。ceRNA假说颠覆了miRNA与靶基因单向调控的传统观念,在RNA调控网络中具有重要的生物学意义。在众多转录物中,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类序列长度超过200个核苷酸的非编码RNA,对lncRNA的研究涉及到遗传、分子生物、基因调控、疾病(癌症、神经系统疾病等)等领域。miRNA与lncRNA形成了一个相互作用的调控网络,lncRNA可作为ceRNA抑制miRNA的功能,从而影响后续基因的表达。近年来,随着生物信息学技术的发展,科研人员发现ceRNA作用机制不仅涉及到人类癌症疾病,而且在各种复杂动物的肌细胞分化、脂肪细胞分化和颗粒细胞凋亡等生物过程中也发挥重要的调控作用。作者追溯了ceRNA调控机制,分析了ceRNA网络调控的影响因素,综述了ceRNA在不同动物中调控miRNA的研究进展,为进一步研究lncRNA与miRNA的调控网络提供参考,为畜牧业发展及复杂动物疾病治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 长链非编码rna 竞争性内源rna 微小rna 微小rna反应元件
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LncRNA MALAT1作为竞争性内源RNA在肝癌中的研究进展 被引量：6
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作者 孙永康 赵志坚 +2 位作者 赵秀芬 马波 唐才喜 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期438-440,445,共4页
肝癌的发病机制复杂,病死率高,远期疗效差,深入研究肝癌发生、发展的机制尤为重要。MALAT1在肝癌中呈高表达,并作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调节miRNA下游靶基因或信号通路的网络机制成为肝癌的主要特征。该文系... 肝癌的发病机制复杂,病死率高,远期疗效差,深入研究肝癌发生、发展的机制尤为重要。MALAT1在肝癌中呈高表达,并作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调节miRNA下游靶基因或信号通路的网络机制成为肝癌的主要特征。该文系统地阐述MALAT1作为ceRNA在肝癌干细胞更新、血管生成、增殖、侵袭、转移、凋亡、自噬、上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)以及化疗耐药中的作用机制,以期为肝癌提供新的诊断和治疗靶点。 展开更多
关键词 肝肿瘤 竞争性内源rna MALAT1 文献综述
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竞争性内源RNA在骨骼肌细胞增殖分化中的作用 被引量：2
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作者 杜天宁 刘捷明 史新娥 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1131-1137,共7页
骨骼肌是动物体的重要组成部分,与机体运动、能量消耗和生产性能等息息相关,其发育过程受多种因子调控。研究骨骼肌生长发育的相关分子机制,不仅与畜牧业生产密切相关,还能为肌肉疾病(例如肌萎缩、肌营养不良等)的治疗提供理论依据。非... 骨骼肌是动物体的重要组成部分,与机体运动、能量消耗和生产性能等息息相关,其发育过程受多种因子调控。研究骨骼肌生长发育的相关分子机制,不仅与畜牧业生产密切相关,还能为肌肉疾病(例如肌萎缩、肌营养不良等)的治疗提供理论依据。非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一类不具有编码能力的RNA。其中,环状RNA(circular RNA,circRNA)、长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)以及微RNA(micro RNA,miRNA)均被证实在骨骼肌发育过程中发挥着重要作用。miRNA可通过其种子序列与靶基因的3′非翻译区(3′untranslated regions,3′UTR)特异性结合,从而抑制靶基因的翻译过程或直接降解靶基因,成为多种生物过程的突出参与者。研究表明,具有miRNA反应元件(microRNA response element,MRE)的circRNA、lncRNA、假基因以及mRNA等能够竞争性结合miRNA,从而达到调控基因的表达的作用,构成竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络模式,这一假说的提出颠覆了以往miRNA单方向调控靶基因的观念,在转录组学上赋予了它们新的生物学功能,具有重大的生物学意义。近年来的研究发现,ceRNA在骨骼肌生长发育的过程中发挥着重要的调控作用。本文针对ceRNA机制中的重要成员miRNA及lncRNA和circRNA在动物骨骼肌细胞增殖分化中的作用进行综述,以期拓宽骨骼肌机制研究方向,为畜牧业发展及肌肉疾病治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 竞争性内源rna 骨骼肌细胞 微rna 长非编码rna 环状rna
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竞争性内源RNA在支气管哮喘中的研究进展 被引量：3
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作者 何山川 钱粉红 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第1期113-119,共7页
支气管哮喘是一种以气道炎症、气道高反应性和气道重塑为特征的慢性气道疾病,常表现为反复的喘息、咳嗽和胸闷。近期许多研究表明,lncRNA和circRNA可通过与microRNA应答元件与靶miRNA分子发生相互作用,形成竞争性内源RNA调控网络,参与... 支气管哮喘是一种以气道炎症、气道高反应性和气道重塑为特征的慢性气道疾病,常表现为反复的喘息、咳嗽和胸闷。近期许多研究表明,lncRNA和circRNA可通过与microRNA应答元件与靶miRNA分子发生相互作用,形成竞争性内源RNA调控网络,参与转录后水平基因表达的调控,影响哮喘发生发展过程。本文就ceRNA调控机制及其对哮喘的影响进行综述。 展开更多
关键词 哮喘 竞争性内源rna 长链非编码rna 微小rna 环状rna
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