肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建 被引量：1

1

作者 李晓凤 唐明政 +4 位作者 刘禧禧 宋子晴 张国欣 杨开银 张凌云 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期70-81,共12页

目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京... 目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。 展开更多

关键词 肺移植 缺血-再灌注损伤 核心基因 竞争性内源性rna(cerna) 微小rna 长链非编码rna 环状rna 信号通路

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竞争性内源性RNA在牙周炎中的作用及机制的研究进展

2

作者 范兴丽 潘乐 +2 位作者 赵家园 项秋猛 陈启林 《国际口腔医学杂志》 北大核心 2025年第3期317-322,共6页

竞争性内源性RNA (ceRNA)可以通过转录调节炎症相关介质的反应进而调控牙周炎的进展。ceRNA,包括长链非编码RNA、环状RNA、信使RNA等,可与微小RNA结合,构成ceRNA网络,调控下游靶基因的表达,影响牙周炎的发生、发展。本文总结了已经通过... 竞争性内源性RNA (ceRNA)可以通过转录调节炎症相关介质的反应进而调控牙周炎的进展。ceRNA,包括长链非编码RNA、环状RNA、信使RNA等,可与微小RNA结合,构成ceRNA网络,调控下游靶基因的表达,影响牙周炎的发生、发展。本文总结了已经通过实验验证的ceRNA在调控牙周炎发生发展中的作用及机制,对包括抑制和促进牙周炎发生发展两个方面的研究进展进行综述,为未来牙周炎的研究提供新思路。 展开更多

关键词 竞争性内源性rna 牙周炎 微小rna 长链非编码rna 环状rna

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长链非编码RNA及竞争性内源RNA网络在银屑病中调控机制的研究进展

3

作者 何月 段妍 +1 位作者 李睿亚 莎娜 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期382-384,共3页

银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制... 银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制病情和改善预后具有重要意义,为进一步阐明该疾病的遗传学发病机制、基因诊断以及下一步的基因治疗等奠定理论基础。 展开更多

关键词 银屑病 长链非编码rna 竞争性内源性rna

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基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络 被引量：3

4

作者 李新洋 连相尧 +6 位作者 白璐 员文静 赵如涵 钮淋 刘镭 王阳 朱翠敏 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第3期283-290,共8页

目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应... 目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、miRDB、miRCode和lncBase数据库预测DEmiRNA的靶mRNA和与之作用的lncRNA,整合miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA作用对,构建NSCLC的ceRNA网络。进一步,将靶mRNA基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选关键模块和基因。应用Kaplan-Meier Plotter在线数据库对关键基因进行生存分析,基于生存分析结果进一步提取与NSCLC患者预后相关的亚ceRNA网络。结果筛选在NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异最显著的20个miRNA,根据数据库预测结果成功构建了包含有3个miRNA、130个mRNA和6个lncRNA的ceRNA网络。GO和KEGG分析结果显示共富集出有意义的861个生物过程、66个细胞组分、107个分子功能、32个KEGG条目。通过分析PPI网络结果,得到了3个关键模块和11个关键基因,其中8个关键基因与NSCLC患者预后有关。基于这8个基因,提取了包含有2个miRNA、5个lncRNA和8个mRNA预后相关的亚ceRNA网络。结论成功构建NSCLC预后相关的ceRNA网络,为NSCLC的机制研究提供了新的参考依据。 展开更多

关键词 基因芯片 非小细胞肺癌 预后 内源性竞争性rna

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激素性股骨头坏死mRNA与非编码RNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析 被引量：2

5

作者 李嘉程 杨曦 +3 位作者 梁学振 阎博昭 许波 李刚 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1230-1237,共8页

目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得... 目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得到差异miRNAs。利用miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库分别预测SONFH相关miRNAs的靶向mRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络。采用clusterProfiler包对上述调控网络中的mRNAs进行功能富集分析,利用Starbase数据库预测其lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果共筛选出422个显著差异mRNAs、22个显著差异miRNAs和416个显著差异lncRNAs。通过miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库预测的靶向mRNAs与上述差异mRNAs交叉映射,确定46个mRNAs参与SONFH相关miRNA-mRNA调控网络的构建;GO功能富集分析显示,miRNA-mRNA网络可能参与细胞增殖和细胞周期等生物学过程。通过Starbase数据库预测的靶向lncRNAs与上述差异lncRNAs交叉映射,确定3个lncRNAs参与SONFH相关lncRNA-miRNA调控网络的构建,最终构建VASH1-AS1相关的ceRNA调控网络,SLC5A6、NQO2和THAP6可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接被VASH1-AS1调控。结论VASH1-AS1可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接调控SLC5A6、NQO2和THAP6,而VASH1-AS1、has-let-7d-5p和NQO2可能作为调控因子,通过调控网络参与调节“血管新生-骨形成耦联”机制,在SONFH发病过程中起关键作用。 展开更多

关键词 激素性股骨头坏死 生物信息学 竞争性rna 调控网络

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circRNA-miRNA-mRNA调控网络的挖掘以筛选缺血性脑卒中的潜在治疗药物 被引量：1

6

作者 吴玉敏 王钟兴 于瑜 《中山大学学报(医学科学版)》 北大核心 2025年第3期456-465,共10页

【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选... 【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选差异表达的mRNA(DEmRNA)、DEcircRNA和DEmiRNA。采用MiRWalk、StarBase等多种生物信息学方法结合的综合策略来挖掘与脑卒中相关的circRNA-miRNA-mRNA网络,由Cytoscape软件完成核心子网络的筛选和可视化输出。通过基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析研究ceRNA网络的功能,以富集超过10个基因且假发现率(FDR)<0.05的通路认为具有统计学意义。最后使用药物基因组学数据库connectivity map(CMap)筛选潜在的脑卒中治疗药物,并对野生型小鼠构建MCAO模型验证药物治疗效果。【结果】共筛选得出1249个DEmRNA、294个DEmiRNA和70个DEcircRNA,并发现3个circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能与缺血性脑卒中密切相关。根据上述结果筛选得出Austricine、Metyrapone和Desoxypeganine这3种最有可能逆转由脑卒中相关ceRNA网络引起的改变的药物,并以Metyrapone为例验证所筛选药物对缺血性脑卒中确实可以改善术后第一(P=0.0014)、二天(P=0.0161)的神经功能损伤和减少脑梗死体积(P=0.0049),发挥脑保护作用。【结论】本研究从circRNA-miRNA-mRNA网络视角为缺血性脑卒中的发病机制提供了新的见解,本文预测得出的3种药物为缺血性脑卒中的治疗方法提供了新的线索。 展开更多

关键词 缺血性脑卒中 circrna Mrna 竞争性内源性rna CMap数据库

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竞争性内源RNA在肝癌中的研究进展 被引量：6

7

作者 张德元 曹金玉 刘繁荣 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1145-1148,共4页

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及... 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及mRNA拥有microRNA应答元件(microRNA response element,MRE),通过竞争性结合microRNA,发挥相互调控作用。这类RNA称为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文将按照ceRNA分类,对其在肝癌发生、发展机制中的生物学功能及临床意义进行系统综述。 展开更多

关键词 竞争性内源性rna MICROrna lncrna circrna Mrna 文献综述

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子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA的表达谱分析

8

作者 李瑞 郭依琳 +4 位作者 王璐 许星月 卢富华 李梦琦 赵虎 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第3期223-229,共7页

目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序... 目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序技术分析circRNA表达谱,并对差异表达circRNA来源的母基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,行数据库预测构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。对差异表达最显著的circRNA分析其与临床病理特征的关系,行子宫颈癌细胞系转染circRNA小干扰RNA(siRNA),分为circ RNA敲低组和阴性对照(si-NC)组,并采用活细胞计数(CCK-8)方法检测子宫颈癌SiHa细胞和HeLa细胞的增殖情况。结果:①共检测到2039个差异表达circRNA,差异表达circRNA来源的母基因主要富集在泛素介导的蛋白质水解、MAPK信号通路、内吞作用、细胞凋亡等信号通路。②筛选出转移组中差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,即hsa_circ_0067492、hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718。qRT-PCR技术验证显示,hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718在淋巴结转移的子宫颈癌组织中均高表达(P<0.01)。hsa_circ_0004904可与hsa-miR-3916等微小RNA(miRNA)相互作用、hsa_circ_0085465可与hsa-miR-4659b-3p等miRNA相互作用、hsa_circ_0007718可与hsa-miR-127-5p等miRNA相互作用。③hsa_circ_0004904的高表达与低表达在有无淋巴结转移和脉管癌栓中差异有统计学意义(P<0.05)。与si-NC组相比,沉默hsa_circ_0004904转染24、48、72 h后,SiHa细胞和HeLa细胞的增殖能力均明显降低(P<0.05)。结论:伴有淋巴结转移的子宫颈癌中存在差异表达的circRNA,沉默后可显著抑制子宫颈癌细胞的增殖,其可能参与了淋巴结转移的发生发展,有望成为淋巴结转移的特异性生物标志物。 展开更多

关键词 子宫颈癌 环状rna 淋巴结转移 竞争性内源性rna 非编码rna

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胃腺癌中ceRNA网络的构建和miR-204-5p、HOXC8基因的表达及其相关性检测 被引量：3

9

作者 王蕾 任凯凯 +5 位作者 马佳康 陈小华 张萌迪 李丹丹 李晓娜 马军 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2019年第5期737-740,共4页

目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表... 目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表达,并分析了两基因间的相互关系。结果:成功构建胃腺癌ceRNA网络,miR-204-5p是重要节点基因,并预测到其靶基因HOXC8;在32例胃腺癌中检测到miR-204-5p低表达,HOXC8高表达,两者呈负相关关系;上调胃腺癌SGC7901细胞中miR-204-5p的表达可以抑制HOXC8 mRNA的表达。结论:miR-204-5p和HOXC8可能是潜在的胃腺癌诊断指标,两者可能存在ceRNA调控关系。 展开更多

关键词 胃腺癌 竞争性内源rna网络 miR-204-5p HOXC8

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非小细胞肺癌中PTCH1-3’-UTR调控的lncRNAs的ceRNA网络（英文） 被引量：1

10

作者 赵琛 万学超 +3 位作者 伊传友 秦睿 孔哲 黄燕 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期305-315,共11页

目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通... 目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通过GO和KEGG通路分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs可能的生物学功能。通过TCGA数据分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与NSCLC患者生存率的直接关系。结果荧光定量PCR验证了PTCH1-3’-UTR上调表达的lnc RNAs(LOC100507547,FAM41C,DOCK4-AS1,AC009305.1,KLF7-IT1,RP11-749H20.1,LINC01511)。GO和KEGG通路分析结果显示,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与一系列的生物过程,包括基因转录、信号转导、蛋白质转运、翻译延伸以及钙信号通路、Jak-STAT信号通路、p53信号通路、胰岛素信号通路有关。TCGA数据分析的结果表明,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs中,NSCLC患者中高表达lnc RNA-CDKN2BAS或FAM66D者预后较差,而高表达lnc RNA-LINC00240、LOC400027、ABCC6P2或FLJ10038者可能预示高存活率。结论本研究结果提示了PTCH1-3’-UTR的功能,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNA可作为NSCLC预后标志物。 展开更多

关键词 长链非编码rna PTCH1-3’-UTR 内源竞争性rna网络 表达谱 非小细胞肺癌

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猪GSKIP基因ceRNA调控网络及其蛋白互作分析 被引量：1

11

作者 代红梅 刘志朋 +5 位作者 张霞 杨忠 曾日彬 王配 常勇诚 霍金龙 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2022年第5期654-661,共8页

利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征,对GSKIP基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建ceRNA转录调控网络,进一步分析GSKIP蛋白的基本功能,构建多物种进... 利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征,对GSKIP基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建ceRNA转录调控网络,进一步分析GSKIP蛋白的基本功能,构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子;基因功能分析表明,GSKIP主要参与Wnt信号通路;基因靶向作用分析表明,猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控;蛋白质结构分析表明,GSKIP包含1个DUF727结构域,α螺旋在二级结构中占比最高;多物种进化分析表明,BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守,与绵羊和牛的亲缘关系最为接近;蛋白互作网络分析表明,BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用. 展开更多

关键词 猪 GSKIP 功能注释 竞争性内源rna 调控网络 蛋白互作

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CeRNA网络在类风湿关节炎的炎症细胞中的作用 被引量：1

12

作者 何晓宇 何豪华 +6 位作者 张妍 吴天宇 陈永杰 唐承志 夏天 张小楠 谢长好 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期750-759,共10页

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免... 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免疫反应失调,使炎症细胞的mRNA表达紊乱,产生促炎细胞因子,激活抗原特异性T/B淋巴细胞应答,促进自身抗体的产生,是RA的重要致病因素。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)能够通过竞争性地结合miRNA来调节mRNA的表达,与之相关的ceRNA网络被发现参与调控RA炎症细胞的增殖、凋亡、侵袭以及炎症因子释放等异常生物学过程。了解ceRNA网络在6种RA常见炎症细胞中的作用有助于为进一步研究RA的发病机制提供新思路,也可为发现新的生物标志物和有效治疗靶点提供理论基础。 展开更多

关键词 竞争性内源rna网络 长链非编码rna 环状rna 微rna 类风湿关节炎 炎症细胞

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围产期奶山羊注射5-HTP后血液ceRNA网络构建分析

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作者 胡凯召 赵海瑛 +3 位作者 陈顺新 杜玮 高慧杰 郑惠玲 《家畜生态学报》 北大核心 2021年第2期19-24,共6页

处于围产期的奶山羊由于血液中钙离子迅速降低极易引发低血钙症,5-羟色胺(5-hydorxytyrptamine,5-HT)可以调节生物体内钙代谢,但具体调节机制尚不明确。该研究通过注射5-羟色氨酸(5-HTP,5-hydroxytryptophan)来增加围产期奶山羊体内的5... 处于围产期的奶山羊由于血液中钙离子迅速降低极易引发低血钙症,5-羟色胺(5-hydorxytyrptamine,5-HT)可以调节生物体内钙代谢,但具体调节机制尚不明确。该研究通过注射5-羟色氨酸(5-HTP,5-hydroxytryptophan)来增加围产期奶山羊体内的5-HT浓度,采集血液提取RNA后,采用全转录组测序技术筛选鉴定差异表达mRNA、microRNA、LncRNA和CircRNA。通过Metascape对差异表达的基因进行富集分析,发现这些差异表达基因主要参与钙代谢、脂质代谢、免疫反应、细胞凋亡等过程。通过预测转录本之间的结合情况构建LncRNA/CircRNA-microRNA-mRNA的竞争内源性RNA(Competing Endogenous RNA,ceRNA)调控网络,并对网络中的基因进行富集分析发现3个与钙代谢相关的基因,分别是Toll样受体9(Toll Like Receptor 9,TLR9)、缝隙连接蛋白γ2(Gap Junction Protein Gamma 2,GJC2)和连接素1(Junctophilin1,JPH1),LncRNA MSTRG.1354.2可与TLR9竞争性地结合microRNA NC.030825.1_6027,进而调控TLR9的表达,MSTRG.56601.1和MSTRG.101405.3都可以与GJC2、JPH1竞争性地结合NC.030814.1_19917,进而调控GJC2和JPH1的表达。该研究结果为5-HT调控山羊钙代谢提供了一种全新的分子机制。 展开更多

关键词 围产期 全转录组 竞争性内源性rna 低血钙症

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环状RNA Circ HIPK3在非小细胞肺癌中的研究进展 被引量：1

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作者 王宇恒 陈亮 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期629-636,共8页

肺癌是全世界发病率和致死率最高的恶性肿瘤之一,虽然针对肺癌的靶向、免疫治疗等新兴治疗手段取得了显著进展,但如何治愈肺癌仍是一项备受瞩目的话题。其中环状RNA(circular RNA,circRNA)作为最近发现的一类具有共价闭合结构的环状RNA... 肺癌是全世界发病率和致死率最高的恶性肿瘤之一,虽然针对肺癌的靶向、免疫治疗等新兴治疗手段取得了显著进展,但如何治愈肺癌仍是一项备受瞩目的话题。其中环状RNA(circular RNA,circRNA)作为最近发现的一类具有共价闭合结构的环状RNA,具有结构稳定、序列保守及疾病特异性表达等特点。当前医学前沿揭示了circRNA的失调与多种癌症的发展过程有关。其中,研究热点之一的环状RNA HIPK3(circular RNA HIPK3,circ HIPK3)是一种致癌基因,主要起源于基因HIPK3的第二个外显子。越来越多的证据表明circ HIPK3参与了非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)等多种恶性肿瘤的发展,并且circ HIPK3的异常表达与NSCLC的疾病机制、诊断、治疗以及预后密切相关。本文旨在对circ HIPK3在NSCLC中的最新研究进展进行综述,以推动肺癌的精准诊疗。 展开更多

关键词 环状rna HIPK3 肺肿瘤 竞争性内源性rna 生物标志物

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环状RNA:潜在的新型miRNA活性调控分子 被引量：7

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作者 张燕燕 任国诚 张晾 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1158-1163,共6页

环状RNA(circular RNA,circRNA)是近年来RNA领域最新的研究热点.它是一类由特殊的选择性剪切产生且在真核细胞中广泛表达的环形内源性RNA分子.研究发现,circRNA富含microRNA(miRNA)结合位点,可以发挥竞争性内源RNA作用,作为miRNA"... 环状RNA(circular RNA,circRNA)是近年来RNA领域最新的研究热点.它是一类由特殊的选择性剪切产生且在真核细胞中广泛表达的环形内源性RNA分子.研究发现,circRNA富含microRNA(miRNA)结合位点,可以发挥竞争性内源RNA作用,作为miRNA"海绵"来解除对其靶基因的抑制效应.近年来,circRNA作为一种新型调控分子调控miRNA功能的发挥,受到众多研究者的青睐.本文综述circRNA的产生机制,及其调控miRNA的最新研究进展与研究方法等. 展开更多

关键词 环状rna 竞争性内源性rna 微rna

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消化系统恶性肿瘤中ceRNA的研究进展 被引量：1

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作者 曹金玉 张德元 刘繁荣 《临床与实验病理学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第11期1238-1240,共3页

消化系统肿瘤是最常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展机制尚不清楚是影响肿瘤治疗的重要原因。研究表明RNA在消化系统肿瘤的转录后调控机制中发挥重要的作用,lncRNA、mRNA、假基因转录物、环状RNA等各类RNA分子,仅需相同的miRNA应答元件,... 消化系统肿瘤是最常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展机制尚不清楚是影响肿瘤治疗的重要原因。研究表明RNA在消化系统肿瘤的转录后调控机制中发挥重要的作用,lncRNA、mRNA、假基因转录物、环状RNA等各类RNA分子,仅需相同的miRNA应答元件,就可竞争性结合相同的miRNA调控靶基因,从而调节各自的表达。这些RNA分子互为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文着重探讨ceRNA假说及其在消化系统恶性肿瘤中的研究进展,并展望其研究前景。 展开更多

关键词 食管肿瘤 胃肿瘤 肝细胞肿瘤 结肠直肠肿瘤 竞争性内源性rna cerna假说 文献综述

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MicroRNA参与肿瘤发生发展的调控机制 被引量：9

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作者 赵然 周鸣 +3 位作者 王贺冉 熊炜 李小玲 李桂源 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1282-1288,共7页

MicroRNAs(miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能,其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型,从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA,miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系,增加了miRNA调控的复... MicroRNAs(miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能,其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型,从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA,miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系,增加了miRNA调控的复杂性,从而影响肿瘤的生物学特征;miRNA加工过程中,Drosha和Dicer的表达和活性影响成熟miRNA的加工合成;竞争性內源RNA(ceRNA)与miRNA的靶基因竞争相同的miRNA,从而作为miRNA的拮抗子影响miRNA功能的发挥,ceRNA表达和结构异常是肿瘤发生发展的又一重要分子机制。这种多维调控模式构成了miRNA调控的复杂网络,参与肿瘤发生发展的精细调控,从而为肿瘤诊断和治疗提供了新的靶点。 展开更多

关键词 MICROrna 肿瘤 转录因子 靶基因 竞争性内源rna 网络调控

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长链非编码RNA通过ceRNA在乳腺癌中的调控机制 被引量：4

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作者 翟博雅 龚予希 +2 位作者 杨野梵 张响 张智弘 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期309-312,共4页

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一种长度大于200 nt的不具有编码蛋白质功能的RNA。lncRNA在多种肿瘤中存在差异性表达,通过转录调控、转录后调控等方式影响肿瘤的增殖、侵袭、转移、耐药等。多项研究表明,lncRNA可通过竞... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一种长度大于200 nt的不具有编码蛋白质功能的RNA。lncRNA在多种肿瘤中存在差异性表达,通过转录调控、转录后调控等方式影响肿瘤的增殖、侵袭、转移、耐药等。多项研究表明,lncRNA可通过竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)机制与miRNA相互作用,并影响其它RNA、蛋白的表达,影响疾病进程;提示lncRNA可能是一种肿瘤标志物和潜在的治疗靶点。该文现就lncRNA通过ceRNA调控乳腺癌的研究进展进行综述。 展开更多

关键词 乳腺肿瘤 长链非编码rna 竞争性内源性rna 文献综述

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长非编码RNA TNRC6CAS1作为ceRNA在肥厚型心肌病发生发展中调控BPTF表达的研究 被引量：1

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作者 匡野 董玉琳 +1 位作者 吉永 曹向红 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期130-141,共12页

肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌细胞肥厚为特征的原发性心肌病,其发病的分子机制尚未明确。本研究整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中编号GSE130036和GSE36946的数据集。利用R语言对数据集中的RNA... 肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌细胞肥厚为特征的原发性心肌病,其发病的分子机制尚未明确。本研究整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中编号GSE130036和GSE36946的数据集。利用R语言对数据集中的RNA表达矩阵进行表达差异性分析。对差异mRNA进行生物功能富集分析,明确研究对象染色质重塑因子以BPTF(bromodomain PHD finger transcription factor)为核心。预测miRNA靶向mRNA和lncRNA的结合位点,构建lncRNATNRC6CAS1,miR-30c-1-3p-BPTF内源竞争RNA(ceRNA)网络。利用实时定量PCR,酶联免疫吸附测定或免疫印迹检测,在肥厚型心肌病临床样本(20例健康人和20例肥厚型心肌病患者外周血)和心肌肥大细胞模型中验证了BPTF和lncRNA TNRC6CAS1表达的明显上调(P<0.001),而miR-30c-1-3p的表达明显下调(P<0.001)。同时,在AC16细胞中对三者的表达相关性进行初步验证。最后,分别沉默BPTF,lncRNA TNRC6CAS1或过表达miR-30c-1-3p可以抑制心肌肥大标志性蛋白质的表达。以上结果表明,lncRNA TNRC6CAS1,miR-30c-1-3p,BPTF构成的ceRNA网络可能参与调控肥厚型心肌病心肌肥大病理现象的产生。三者作为潜在的肥厚型心肌病致病分子,有望成为新的检测和治疗靶点。 展开更多

关键词 肥厚型心肌病 内源性竞争rna网络 染色质重塑因子 长非编码rna TNRC6CAS1 微rna 30c-1-3p

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基于高通量测序研究清润方改善2型糖尿病大鼠肝脏胰岛素抵抗的作用机制 被引量：4

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作者 卜祥伟 郝晓晖 +6 位作者 张美珍 王泽 王皓朔 史佩玉 张润云 倪青 林兰 《世界中医药》 CAS 北大核心 2024年第11期1599-1607,1613,共10页

目的:基于高通量转录组测序(RNA-seq)研究清润方改善2型糖尿病(T2DM)大鼠肝脏胰岛素抵抗的作用机制。方法:采用高脂饲料喂养联合链脲佐菌素腹腔注射构建T2DM大鼠模型,将成模大鼠采用随机数字表随机分为模型组,二甲双胍组(150 mg/kg),清... 目的:基于高通量转录组测序(RNA-seq)研究清润方改善2型糖尿病(T2DM)大鼠肝脏胰岛素抵抗的作用机制。方法:采用高脂饲料喂养联合链脲佐菌素腹腔注射构建T2DM大鼠模型,将成模大鼠采用随机数字表随机分为模型组,二甲双胍组(150 mg/kg),清润方大(11.2 g/kg)、中(5.6 g/kg)、小(2.8 g/kg)剂量组,另设正常组,灌胃干预8周。观察空腹血糖(FBG)、胰岛素抵抗指数(IRI)、胰岛素敏感指数(ISI)变化,利用RNA-seq结合生物信息学分析筛选差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、微RNA(miRNA)、信使RNA(mRNA),对差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及qPCR验证,构建竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。结果:与模型组比较,干预第6、8周清润方大剂量组FBG明显降低(P<0.05);第8周清润方各剂量组IRI降低(P<0.01),清润方大、小剂量组ISI升高(P<0.01,P<0.05)。通过差异表达筛选得到85个关键mRNA、12个miRNA、37个lncRNA,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络得到12个核心基因,并构建lncRNA-miRNA-mRNA网络。KEGG富集分析显示,差异基因主要涉及Janus激酶/信号转导及转录活化因子(JAK-STAT)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)、氨基酸代谢、脂质代谢等通路。结论:清润方可能通过lncRNA-miRNA-mRNA网络调控CYP2、Acer2等基因,并影响Lpin1、Insig1等基因和PPAR、JAK-STAT、氨基酸代谢、脂质代谢等信号通路,改善2型糖尿病大鼠肝脏胰岛素抵抗。 展开更多

关键词 清润方 2型糖尿病 胰岛素抵抗 转录组测序 竞争性内源性rna网络 差异基因 信号通路 作用机制

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