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磷酸化蛋白质组学技术及其在肿瘤研究中的应用 被引量:3
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作者 刘洁琼 贺智敏 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期559-564,共6页
磷酸化蛋白质组是指机体细胞在特定时间和空间上表达的所有磷酸化蛋白质;磷酸化蛋白质组学是在整体水平上研究磷酸化蛋白质在细胞中的组成成分、表达水平、修饰状态及相互作用规律的学科。近年来,磷酸化蛋白质学技术已广泛应用于肿瘤研... 磷酸化蛋白质组是指机体细胞在特定时间和空间上表达的所有磷酸化蛋白质;磷酸化蛋白质组学是在整体水平上研究磷酸化蛋白质在细胞中的组成成分、表达水平、修饰状态及相互作用规律的学科。近年来,磷酸化蛋白质学技术已广泛应用于肿瘤研究,为阐明肿瘤的发生机制,提高肿瘤的诊治水平提供了重要信息。 展开更多
关键词 磷酸化蛋白质组学技术 恶性肿瘤 诊断 治疗
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磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin抑制人肺腺癌A549细胞增殖的作用机制 被引量:2
2
作者 贾琴琴 杨婷婷 +2 位作者 王雅蓉 张倩楠 王秀青 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1229-1238,共10页
目的:以磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin处理人肺腺癌A549细胞后细胞内磷酸化蛋白质表达的差异,探究merecidin对肺腺癌A549细胞蛋白质活性、功能的影响以及涉及的信号通路。方法:采用9μmol/L merecidin处理肺腺癌A549细胞6 h... 目的:以磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin处理人肺腺癌A549细胞后细胞内磷酸化蛋白质表达的差异,探究merecidin对肺腺癌A549细胞蛋白质活性、功能的影响以及涉及的信号通路。方法:采用9μmol/L merecidin处理肺腺癌A549细胞6 h,收集并提取总蛋白,SDS-PAGE检验全蛋白提取效果,加入胰酶来对蛋白质进行酶解。酶解所获肽段用TMT标记、采用HPLC分级分离、经IMAC磷酸化修饰富集以及液相色谱-质谱联用(HPLC-MS/MS)分离肽段。使用localization probability>0.75的标准对鉴定数据进行过滤,利用GO(Gene Ontology)数据库、KEGG(KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes)数据库和STRING数据库对磷酸化蛋白组学数据进行分析。结果:SDS-PAGE结果显示,经9μmol/L merecidin处理后的A549细胞全蛋白分离效果清晰、无明显降解,且实验组与对照组条带差异明显;质谱共鉴定出位于3 089个蛋白上的10 320个磷酸化修饰位点,以|Fold change|>或<1.5且P<0.05为阈值从中筛选出差异明显的753个蛋白质及其1 172个磷酸化位点。蛋白质功能富集显示,磷酸化水平显著变化的蛋白质功能主要集中在蛋白质分子结合、代谢活性、分子功能调节、细胞进程、生物功能调节等方面;整合通路生物信息学分析结果显示,差异蛋白与Ras、PI3K/AKT、mTOR、AMPK等多条通路相关联;经过COG数据库筛选,发现差异性磷酸化蛋白主要集中在细胞信号转导、RNA转录、翻译后加工和修饰、核糖体合成蛋白质、细胞骨架蛋白形成及细胞内的物质转运和分泌、囊泡运输等多个方面;蛋白质互相作用层面分析结果显示,merecidin处理后的A549细胞中形成以MAPK1、RPL23A、SRSF3H、NCBP1等为关键蛋白的相互作用网,其中ATG2B、ULK1等蛋白显著上调,MAPK1、AKT1等蛋白显著下调。结论:磷酸化蛋白组学分析结果显示,抗菌肽merecidin可能通过MAPK、RPL23A、SRSF3H和AKT1等关键蛋白质在多方面生物功能和多条信号通路中发挥作用,促进肺腺癌A549细胞凋亡和自噬,从而抑制细胞的增殖。 展开更多
关键词 肺腺癌 抗菌肽 merecidin A549细胞 磷酸化蛋白质
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基于蛋白质组学技术探讨7-羟乙基白杨素防治高原脑水肿的作用靶点
3
作者 张冬梅 李晓琳 +3 位作者 杨陈煜 景临林 何蕾 马慧萍 《浙江大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期549-558,共10页
目的:研究7-羟乙基白杨素(7-HEC)治疗大鼠高原脑水肿的作用靶点及机制。方法:54只雄性Wistar大鼠随机分为正常对照组、模型对照组和7-HEC组,每组18只。后两组于实验第4天置于模拟7000 m海拔的大型低压低氧舱持续暴露72 h建模。7-HEC组... 目的:研究7-羟乙基白杨素(7-HEC)治疗大鼠高原脑水肿的作用靶点及机制。方法:54只雄性Wistar大鼠随机分为正常对照组、模型对照组和7-HEC组,每组18只。后两组于实验第4天置于模拟7000 m海拔的大型低压低氧舱持续暴露72 h建模。7-HEC组于造模前三天起每日腹腔注射7-HEC(150 mg·kg^(-1)·d^(-1)),模型对照组注射等量等渗氯化钠溶液。运用串联质谱标签定量蛋白质组学技术检测并筛选差异表达蛋白,筛选标准为表达倍数变化1.2倍以上且P<0.05。采用蛋白质印迹法对差异表达蛋白进行验证,并对其进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与正常对照组比较,模型对照组有256个差异表达蛋白;与模型对照组比较,7-HEC组有87个差异表达蛋白。19个在模型对照组中差异表达的蛋白质在7-HEC干预后得到纠正,其中7个(HSPA4、Arhgap20、SERT、HACL1、CCDC43、POLR3A和PCBD1)经蛋白质印迹法得到验证。对模型对照组与7-HEC组差异表达的蛋白质进行GO富集分析显示,差异表达蛋白共涉及13个生物学过程、5个细胞组分和2个分子功能;KEGG富集分析表明,差异表达蛋白与mRNA监测信号通路、Th17细胞分化、5-羟色胺能突触、RNA聚合酶、内质网中的蛋白质加工、过氧化物酶体、神经活性配体-受体相互作用、叶酸合成等信号通路有关。PPI网络分析结果显示,经蛋白质印迹法验证的差异表达蛋白HSPA4、POLR3A、HACL1与多个信号通路相关,其度值排名前二十,提示其可能为核心调控因子;Arhgap20、SERT和PCBD1也与多个蛋白质发生相互作用,可能是参与调控的关键蛋白质;未发现CCDC43与其他蛋白质相互作用。结论:筛选出7-HEC防治高原脑水肿的7个潜在靶点可能通过维持细胞稳态、改善氧化应激、调节能量代谢和降低血管通透性等途径参与高原脑水肿形成。 展开更多
关键词 蛋白质技术 7-羟乙基白杨素
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酵母蛋白质组学分析与制备技术研究进展
4
作者 赵焱 李宁 +4 位作者 朱绪春 周麟依 韩朝玮 刘晓永 刘红芝 《中国酿造》 北大核心 2025年第3期8-14,共7页
我国传统蛋白的获取大量依赖于种植业和养殖业,存在严重的土地和水资源依赖性,难以应对巨大的蛋白缺口。酵母中蛋白含量超过50%,且必需氨基酸占氨基酸总量的47.58%,是一种完全优质蛋白。目前,工业废酵母多用于提取酵母蛋白,如果可以通... 我国传统蛋白的获取大量依赖于种植业和养殖业,存在严重的土地和水资源依赖性,难以应对巨大的蛋白缺口。酵母中蛋白含量超过50%,且必需氨基酸占氨基酸总量的47.58%,是一种完全优质蛋白。目前,工业废酵母多用于提取酵母蛋白,如果可以通过酵母蛋白质组学分析,筛选高营养的酵母菌株,就能为酵母蛋白资源的利用奠定原料基础。绿色高效的酵母蛋白制备技术直接影响酵母蛋白利用,目前多采用酸碱制备酵母蛋白,亟待开发高效清洁的酵母蛋白制备技术。该文介绍了蛋白质组学相关技术,并探讨了不同种类、不同培养条件以及不同生长阶段的酵母菌株的蛋白质组差异和多种不同酵母蛋白制备工艺的比较,旨在为高产蛋白酵母菌株的筛选和酵母蛋白资源的高值化利用奠定理论基础,并勾勒出未来的发展前景。 展开更多
关键词 酵母蛋白 蛋白质 制备技术 研究进展
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低温胁迫下吉富罗非鱼鳃的蛋白质组学分析 被引量:1
5
作者 李若汐 励翔 +5 位作者 林翰翔 赖鸿伟 陆颖 许强华 陈良标 周艳 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1879-1889,共11页
【目的】筛选出低温敏感型和低温耐受型吉富罗非鱼的鳃组织差异表达蛋白(DEPs),为揭示罗非鱼低温耐受分子机制提供理论基础,同时为培育低温抗性罗非鱼新品种(系)提供基础遗传资料。【方法】采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术结... 【目的】筛选出低温敏感型和低温耐受型吉富罗非鱼的鳃组织差异表达蛋白(DEPs),为揭示罗非鱼低温耐受分子机制提供理论基础,同时为培育低温抗性罗非鱼新品种(系)提供基础遗传资料。【方法】采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术结合液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)对低温胁迫前后的吉富罗非鱼鳃组织进行蛋白质组学分析,根据差异倍数(Fold Change)>1.3且P<0.05的筛选标准筛选出DEPs,然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,并通过实时荧光定量PCR进行验证。【结果】共鉴定出6603个蛋白,其中746个为DEPs(432个呈上调表达,314个呈下调表达)。GO功能注释分析发现,746个DEPs在生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)三大功能类别中共注释到4772条GO功能条目。KEGG信号通路富集分析结果显示,746个DEPs分别富集到五大KEGG信号通路类别的31个亚群中,其中,免疫系统富集到115个DEPs(占15.4%),信号转导富集到88个DEPs(占11.8%),全局及概览图谱富集到75个DEPs(占10.1%);从富集程度来看,746个DEPs主要富集在肠道IgA免疫网络、造血细胞系、核糖体、补体和凝血级联反应等15条KEGG信号通路上。实时荧光定量PCR检测结果表明,包括C3、C5在内的多个关键基因在低温耐受型吉富罗非鱼鳃组织中均呈明显下调表达趋势,尤其是C1qrs、CD59、C3、C5、C6和Vtn等基因的表达极显著下调(P<0.01)。【结论】低温胁迫后吉富罗非鱼鳃组织中的DEPs主要富集在肠道IgA免疫网络、造血细胞系及补体和凝血级联反应等与特异性/非特异性免疫、糖类代谢和脂质代谢相关的信号通路上,即鱼类免疫系统受抑制,对外界不利因素的抵抗能力下降,是低温环境胁迫下罗非鱼大批量死亡的主要原因。 展开更多
关键词 吉富罗非鱼 低温胁迫 差异表达蛋白(DEPs) 蛋白质 iTRAQ技术
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磷酸化蛋白质组学分析和定量技术的研究进展 被引量:12
6
作者 隋少卉 王京兰 +1 位作者 蔡耘 钱小红 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第3期240-245,共6页
蛋白质的磷酸化是一种可逆性的蛋白质翻译后修饰,在生物体内起着极为重要的作用.近年来蛋白质翻译后修饰日益成为蛋白质组研究的热点之一.定量磷酸化蛋白质组学方法和技术的快速发展为研究蛋白质磷酸化时空动态变化,更好地了解生物学功... 蛋白质的磷酸化是一种可逆性的蛋白质翻译后修饰,在生物体内起着极为重要的作用.近年来蛋白质翻译后修饰日益成为蛋白质组研究的热点之一.定量磷酸化蛋白质组学方法和技术的快速发展为研究蛋白质磷酸化时空动态变化,更好地了解生物学功能调节网络奠定了坚实的基础.作为蛋白质组学研究的一个重要组成部分,定量磷酸化蛋白质组学因其磷酸化蛋白质所具有的独特特征,在技术和方法研究方面将面临更为严峻的挑战.综述了磷酸化蛋白质组学定量的一些分析技术和方法的发展现状、优缺点以及未来的发展趋势. 展开更多
关键词 磷酸化蛋白质 方法 技术 定量
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OSAHS儿童与非OSAHS儿童唾液差异蛋白质组学研究
7
作者 祖丽胡马尔·努尔艾合买提 麦克丽亚·帕力哈提 古力巴哈·买买提力 《口腔医学研究》 北大核心 2025年第4期306-313,共8页
目的:通过蛋白质组学检测技术分析阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(obstructive sleep apnea hypopnea syndrome,OSAHS)儿童和非OSAHS儿童唾液差异蛋白的相关信息,为深入研究OSAHS发病机制,探寻OSAHS生物标志物及关键治疗靶点提供研究... 目的:通过蛋白质组学检测技术分析阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(obstructive sleep apnea hypopnea syndrome,OSAHS)儿童和非OSAHS儿童唾液差异蛋白的相关信息,为深入研究OSAHS发病机制,探寻OSAHS生物标志物及关键治疗靶点提供研究基础。方法:收集6例OSAHS儿童[男5例、女1例,平均年龄(12.00±2.71)岁]及6例非OSAHS健康儿童[男3例、女3例,平均年龄(10.22±2.05)岁]唾液样本,进行总蛋白质提取,采用数据非依赖采集(data-independent acquisition,DIA)质谱分析和对差异蛋白行蛋白质鉴定,最后对被筛选的差异蛋白进行生物信息学分析。结果:非OSAHS组中有5636个蛋白、OSAHS组中有5608个蛋白被鉴定,其中5582个蛋白在所有组中都存在。筛选出两组之间的显著差异蛋白,303个蛋白上调表达和185个蛋白下调表达,其中筛选了KRT80、CXCL10、KRT19、SAA2等差异显著的蛋白。结论:OSAHS儿童和非OSAHS儿童唾液蛋白表达存在差异,相关分子标志物可能与OSAHS发生、发展、发病机制密切相关。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征 唾液蛋白 蛋白质 生物信息分析 DIA技术 差异蛋白 整夜多导睡眠监测 张口呼吸
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基于质谱的单细胞分辨的空间蛋白质组学新技术研究 被引量:1
8
作者 沈枫林 冯兆莹 +3 位作者 方静 张磊 刘晓慧 周新文 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期48-60,共13页
细胞的异质性普遍存在,单细胞及单细胞分辨的空间蛋白质组学的研究能够帮助人类更加深入地了解疾病机理.然而,受限于单细胞中蛋白含量低以及检测技术灵敏度等问题,单细胞分辨的蛋白质组学的发展面临着一系列重大技术挑战.近年来,随着质... 细胞的异质性普遍存在,单细胞及单细胞分辨的空间蛋白质组学的研究能够帮助人类更加深入地了解疾病机理.然而,受限于单细胞中蛋白含量低以及检测技术灵敏度等问题,单细胞分辨的蛋白质组学的发展面临着一系列重大技术挑战.近年来,随着质谱仪器的灵敏度、分辨率和扫描速度等方面的提升,许多新的基于质谱的单细胞分辨率的空间蛋白组学新技术被开发出来,并用于定量单个细胞中数千种的蛋白,给疾病、环境和医药等研究领域提供了高分辨的数据,具有广阔的应用前景.本文综合评述了这些基于质谱的单细胞分辨率的空间蛋白质组学的新技术,并对其未来的发展趋势进行了展望. 展开更多
关键词 单细胞蛋白质 空间蛋白质 质谱技术
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质谱技术解析磷酸化蛋白质组 被引量:10
9
作者 姜颖 徐朗莱 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第3期350-356,共7页
蛋白质磷酸化是生物体内存在的一种普遍的调节方式 ,在细胞信号传递中占有极重要的地位 .质谱已逐渐被人们认为是挑战这一领域的有利工具 .综述了目前利用质谱技术分析磷酸化蛋白质的方法 ,包括利用固定化的金属亲和层析柱、抗体和化学... 蛋白质磷酸化是生物体内存在的一种普遍的调节方式 ,在细胞信号传递中占有极重要的地位 .质谱已逐渐被人们认为是挑战这一领域的有利工具 .综述了目前利用质谱技术分析磷酸化蛋白质的方法 ,包括利用固定化的金属亲和层析柱、抗体和化学标签技术富集目的分子 ,肽片段质量图和前体离子扫描 ( precusorionscans)等技术检测磷酸化肽段 ,串联质谱对磷酸化肽段测序鉴定磷酸化位点 ,以及引入质量标签对蛋白质的磷酸化水平进行定量等 .虽然现在已经有很多可行的方法用于分析磷酸化蛋白质 。 展开更多
关键词 质谱技术 磷酸化蛋白质 串联质谱 细胞 信号传递 磷酸化水平
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模拟高原低压低氧暴露小鼠记忆损伤与脑海马体磷酸化蛋白质组学分析 被引量:4
10
作者 董华平 钟志凤 +4 位作者 李鹏 黄沛 田怀军 谢佳新 周思敏 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期291-301,共11页
目的观察低压低氧致小鼠记忆损伤及脑海马体蛋白磷酸化修饰水平的变化,探寻低压低氧引起记忆损伤的关键磷酸化修饰蛋白和通路。方法40只7~8周龄雄性C57BL/6小鼠,体质量(20±2)g,按体质量顺序编号后采用随机数字表法分为常氧组和低... 目的观察低压低氧致小鼠记忆损伤及脑海马体蛋白磷酸化修饰水平的变化,探寻低压低氧引起记忆损伤的关键磷酸化修饰蛋白和通路。方法40只7~8周龄雄性C57BL/6小鼠,体质量(20±2)g,按体质量顺序编号后采用随机数字表法分为常氧组和低压低氧组(n=20)。常氧组小鼠在常氧条件下喂养,低压低氧组小鼠在模拟海拔6000 m的低压舱中喂养7 d。低压低氧暴露结束后进行Morris水迷宫实验和脑海马体组织磷酸化蛋白质组学检测。结果Morris水迷宫实验结果显示,与常氧组相比,低压低氧组小鼠逃避潜伏期显著延长[(89.66±3.27)vs(38.61±4.83)s,P<0.01]、游泳距离显著增加[(959.21±99.61)vs(550.39±59.43)cm,P<0.01]。磷酸化蛋白质组学分析共检测到显著差异表达磷酸化肽段136个,其中上调92个,来自79个蛋白;下调44个,来自42个蛋白。GO富集分析结果显示:这些差异磷酸化修饰蛋白主要分布在突触后密集区、非对称性突触和基底细胞膜,主要参与细胞连接组装、突触构成、突触中囊泡介导的运输、树突发育、认知等生物学过程。KEGG通路富集分析显示:差异磷酸化修饰蛋白质主要富集在胰岛素分泌、胰液分泌、谷氨酸能突触、内吞和长时程抑制等信号通路。在蛋白质相互作用层面,构成以AGAP2、SYNGAP1、DRP2、DRP3和PSD93等蛋白为核心的蛋白互作网络。结论低压低氧可致小鼠记忆损伤脑海马体磷酸化修饰蛋白及通路发生改变,AGAP2、SYNGAP1、DRP2、DRP3和PSD93可能是关键蛋白。 展开更多
关键词 低氧 海马 记忆 磷酸化蛋白质
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寄生虫蛋白质磷酸化修饰及磷酸化蛋白质组学研究进展 被引量:4
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作者 赵彬 唐亚兰 +7 位作者 陆珂 曹晓丹 韩倩 吕超 王涛 傅志强 林矫矫 洪炀 《动物医学进展》 北大核心 2017年第10期92-97,共6页
蛋白质的磷酸化修饰是生命体内一种重要的且普遍存在的蛋白质翻译后修饰方式之一,蛋白质的磷酸化和去磷酸化是一种动态的生物调节过程,在生命过程中起着重要的作用。论文介绍了蛋白质磷酸化修饰的研究进展及其在寄生虫领域中的应用,并... 蛋白质的磷酸化修饰是生命体内一种重要的且普遍存在的蛋白质翻译后修饰方式之一,蛋白质的磷酸化和去磷酸化是一种动态的生物调节过程,在生命过程中起着重要的作用。论文介绍了蛋白质磷酸化修饰的研究进展及其在寄生虫领域中的应用,并对其研究前景进行了展望。 展开更多
关键词 磷酸化 寄生虫 磷酸化蛋白质
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人胃黏膜上皮细胞与胃癌细胞间酪氨酸磷酸化的比较蛋白质组学研究 被引量:3
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作者 贾红玲 朱用阳 +2 位作者 晏光荣 徐振 孙黎 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期83-86,共4页
比较人正常胃黏膜上皮细胞GES-1与人胃癌细胞SGC-7901间酪氨酸磷酸化蛋白质的差异,筛选差异磷酸化蛋白质分子,为揭示胃癌发生发展的分子机制提供新的理论依据。采用免疫沉淀方法从人胃黏膜上皮细胞GES-1与人胃癌细胞SGC-7901总蛋白质中... 比较人正常胃黏膜上皮细胞GES-1与人胃癌细胞SGC-7901间酪氨酸磷酸化蛋白质的差异,筛选差异磷酸化蛋白质分子,为揭示胃癌发生发展的分子机制提供新的理论依据。采用免疫沉淀方法从人胃黏膜上皮细胞GES-1与人胃癌细胞SGC-7901总蛋白质中免疫沉淀出酪氨酸磷酸化蛋白质,用SDS-PAGE和二维凝胶电泳技术分离沉淀出的酪氨酸磷酸化蛋白质,银染,差异蛋白点进行胶内酶解,采用MALDI-TOF/TOF-MS质谱进行差异蛋白质鉴定。结果显示获得了7个差异酪氨酸磷酸化蛋白质,这些蛋白质涉及细胞骨架、细胞调控等。通过比较正常胃黏膜上皮细胞与胃癌细胞内酪氨酸磷酸化蛋白质的差异,筛选获得7个差异酪氨酸磷酸化蛋白质分子,有助于深入研究胃癌发生发展的分子机制,进而为胃癌的早期诊断和防治提供新的理论依据和作用靶标。 展开更多
关键词 胃癌 酪氨酸磷酸化 蛋白质
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草莓响应炭疽菌侵染的差异磷酸化蛋白质组学分析 被引量:2
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作者 余红 严建立 +5 位作者 裘劼人 王淑珍 忻雅 童建新 来文国 方献平 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期418-425,共8页
以不同炭疽病抗性的草莓品种‘红颊’和‘甜查理’的茎组织为试验材料,采用非标记定量磷酸化蛋白质组学技术分析其在炭疽菌侵染胁迫后磷酸化蛋白组的变化。结果表明,‘红颊’和‘甜查理’中分别有154个和173个磷酸化蛋白在病菌侵染后发... 以不同炭疽病抗性的草莓品种‘红颊’和‘甜查理’的茎组织为试验材料,采用非标记定量磷酸化蛋白质组学技术分析其在炭疽菌侵染胁迫后磷酸化蛋白组的变化。结果表明,‘红颊’和‘甜查理’中分别有154个和173个磷酸化蛋白在病菌侵染后发生了1.5倍以上的差异表达。功能注释归类分析发现,大部分差异磷酸化蛋白参与了大分子复合体形成及结构定位、刺激应答和信号转导等生物学过程。生物信息学分析进一步表明,相对于易感品种‘红颊’,高抗品种‘甜查理’差异磷酸化蛋白特异性表现出S*Y和T*F 2种保守结构域类型,且植物激素信号传导途径和碳固定途径都发生了更高程度的磷酸化。本研究结果揭示出,这些信号通路在防御病菌入侵过程中发挥了重要作用,为后续深入揭示草莓-炭疽病菌互作分子机制及草莓抗病新品种选育奠定了宝贵的理论研究基础。 展开更多
关键词 草莓 胶孢炭疽菌 磷酸化蛋白质 '红颊’ '甜查理’
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不同来源乳汁外泌体蛋白质及其磷酸化修饰差异分析 被引量:1
14
作者 刘昌梅 胡一帆 +3 位作者 陈文彦 刘丹 施杰 杨刚龙 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1697-1710,共14页
目的外泌体是一种由不同类型细胞分泌到胞外的囊泡结构,其粒径范围在30~150 nm,广泛存在于血液、尿液、乳汁等多种生物流体。由于外泌体内部含核酸、脂质、蛋白质等多种生物活性分子,因此被认为是潜在的生物标记物和药物载体。乳汁来源... 目的外泌体是一种由不同类型细胞分泌到胞外的囊泡结构,其粒径范围在30~150 nm,广泛存在于血液、尿液、乳汁等多种生物流体。由于外泌体内部含核酸、脂质、蛋白质等多种生物活性分子,因此被认为是潜在的生物标记物和药物载体。乳汁来源的外泌体获取成本低、生物相容性高且免疫原性低,已被广泛应用于药物递送等领域以治疗相关疾病。目前对于乳汁外泌体磷酸化的研究尚未报道。本文旨在对不同来源乳汁外泌体进行磷酸化蛋白质组学分析,以期寻找其中具有特殊功能的通路与蛋白质,为探索寻找更加丰富多样的疾病治疗手段提供思路。方法利用多肽和磷酸化多肽富集技术,分离牛乳、猪乳、羊乳来源外泌体与乳清中样品进行全蛋白质组学与磷酸化蛋白质组学分析,并结合多种生物信息学工具,分析不同来源乳汁外泌体蛋白质信号通路相关信息。结果从上述3种不同物种乳汁外泌体中鉴定到4191种蛋白质,1640种磷酸化修饰蛋白质以及4064个磷酸化修饰肽段,其中不同物种外泌体蛋白质及其磷酸化修饰的种类均明显高于乳清,且不同物种样品中蛋白质种类差异较大,表明外泌体中蛋白质种类与其来源细胞种类和状态密切相关。结果显示,牛乳来源外泌体蛋白质在吞噬作用(由Fcγ受体介导)通路的富集,羊乳外泌体蛋白质显著富集于神经与免疫相关通路,猪乳外泌体所含蛋白质参与多个生命活动的正/负调控。结论本研究将为不同来源外泌体在疾病靶向治疗和载药方面的应用提供理论依据。 展开更多
关键词 乳汁外泌体 质谱 蛋白质 磷酸化蛋白质
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4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯对人胃癌SGC-7901细胞的磷酸化蛋白质组学研究 被引量:1
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作者 王佳丽 夏泉 +2 位作者 陈飞虎 乔文豪 张冬玲 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2015年第11期1625-1628,共4页
目的研究观察新型维甲酸衍生物4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯(ATPR)作用于胃癌SGC-7901细胞后蛋白质的磷酸化情况来了解ATPR诱导分化作用的可能机制和作用靶点。方法 ATPR作用于胃癌SGC7901细胞48 h后,收集并提取总蛋白,通过胰蛋白酶酶... 目的研究观察新型维甲酸衍生物4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯(ATPR)作用于胃癌SGC-7901细胞后蛋白质的磷酸化情况来了解ATPR诱导分化作用的可能机制和作用靶点。方法 ATPR作用于胃癌SGC7901细胞48 h后,收集并提取总蛋白,通过胰蛋白酶酶解,Ti O2磁珠法富集磷酸肽,高分辨率液质联用仪器检测磷酸肽,使用Proteome Discoverer1.2软件寻找差异的蛋白质和磷酸化位点,利用生物信息学网站和DAVID、KEGG、IPA软件,分析这些磷酸化蛋白质的功能及亚细胞定位等信息。结果最终鉴定出109个蛋白质,其中45个磷酸化蛋白质,共有121个磷酸化位点,差异蛋白中有15个仅出现在ATPR组,20个仅出现在正常组。DAVID分析结果显示差异磷酸化的蛋白质参与调控细胞进程、生物进程、基因表达、细胞的代谢过程等;KEGG分析结果显示差异磷酸化蛋白质主要有参与ERBB信号通路、RNA的转运、内质网蛋白加工过程、p53信号通路等。IPA软件分析一些差异蛋白质之间的关联蛋白是泛素连接酶(UBC)。结论 ATPR对胃癌细胞SGC-7901细胞诱导分化的机制可能是通过作用于多种蛋白质或基因,如肝癌衍生生长因子(HDGF)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)、ATP结合盒G亚族蛋白4(ABCG4)和腺苷酸环化酶关联蛋白1(CAP1)而发挥作用,并通过影响这些蛋白质的磷酸化从而实现ATPR对胃癌细胞的诱导分化作用。 展开更多
关键词 ATPR 人胃癌SGC-7901细胞 诱导分化 磷酸化蛋白质
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基于质谱的单细胞蛋白质组学技术的发展及应用
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作者 顾蕾 张誉露 +2 位作者 唐尚睿 于浩月 李辰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期125-141,共17页
单细胞多组学技术为生命科学和医学注入新的活力,能够从更微观的细胞尺度、更高维的时空角度、更交叉的组学视野来探索生命的未知、拓展医学的边界。单细胞蛋白质组学是从时间和空间上研究单个或单一类型细胞的蛋白质表达异质性。尽管... 单细胞多组学技术为生命科学和医学注入新的活力,能够从更微观的细胞尺度、更高维的时空角度、更交叉的组学视野来探索生命的未知、拓展医学的边界。单细胞蛋白质组学是从时间和空间上研究单个或单一类型细胞的蛋白质表达异质性。尽管存在通量、灵敏度、分辨率等技术难点,基于质谱的细胞尺度的时空蛋白质组学技术凭借无偏检测、鉴定种类多、定量准确等特点而备受关注。本文综述了近年来单细胞蛋白质组学的发展,从单细胞分选、样品前处理、质谱检测和数据分析四个方面介绍相关技术进展,并探讨了其在生命科学与医学等研究中的应用,展望了未来面临的挑战和发展前景。在单细胞水平上进行时空蛋白质组学研究的挑战与机遇并存,而新兴的单细胞蛋白质组学技术无疑将为相关研究领域提供新的思路方法、认知线索和多模态数据等宝贵资源。 展开更多
关键词 单细胞蛋白质 质谱 细胞尺度的时空蛋白质技术
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邻近标记技术在弓形虫蛋白质组学研究中的应用进展
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作者 潘明 李龙娇 +1 位作者 葛层层 黄思扬 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第5期101-106,共6页
弓形虫编码数量众多的分泌蛋白,储存在微线体、棒状体和致密颗粒等虫体特有的细胞器中,于虫体入侵宿主细胞前后分泌到不同部位,并在虫体的感染、寄生和致病过程中发挥重要作用,对这些分泌蛋白的鉴定和功能研究是弓形虫致病机制研究中的... 弓形虫编码数量众多的分泌蛋白,储存在微线体、棒状体和致密颗粒等虫体特有的细胞器中,于虫体入侵宿主细胞前后分泌到不同部位,并在虫体的感染、寄生和致病过程中发挥重要作用,对这些分泌蛋白的鉴定和功能研究是弓形虫致病机制研究中的热点和难点。传统的蛋白质组学技术在弓形虫亚细胞器的分离和组分鉴定上存在样品纯化困难和蛋白质组学信息覆盖率低等不足,且该技术在检测瞬时的或较弱的蛋白质相互作用时灵敏性较低。近年来,快速发展的邻近标记技术(PL)克服了传统技术的局限性。PL是将具有特定催化活性的工具酶与诱饵蛋白进行融合,进而添加生物素或生物素苯酚对诱饵蛋白邻近的靶蛋白进行生物素酰化标记的一门技术。该技术整合了酶促反应效率高的优点,可将特定空间内的蛋白进行高效标记,并可检测较弱的蛋白质相互作用,近年来在生物学研究中被广泛使用。本文对基于生物素连接酶(BirA)和抗坏血酸过氧化物酶(APEX)催化的PL在弓形虫蛋白质组学研究中的应用进行阐述,介绍2种标记方法在弓形虫分泌蛋白的挖掘和蛋白质相互作用研究中的贡献,为弓形虫致病机制的研究和弓形虫病的防控提供参考。 展开更多
关键词 邻近标记技术(PL) 弓形虫 蛋白质 生物素连接酶(BirA) 抗坏血酸过氧化物酶(APEX)
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单增李斯特菌感染人绒毛膜滋养层细胞比较蛋白质组学研究
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作者 张云怡 张政 +3 位作者 张俊彦 陈鸿鹄 占利 陈建才 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期628-635,共8页
目的分析单核细胞增生李斯特氏菌(简称单增李斯特菌)感染人绒毛膜滋养层细胞HTR-8/Svneo过程中引起的细胞蛋白质组变化。从宿主细胞分子水平对单增李斯特菌感染胎盘的机制进行研究。方法运用TMT(Tandem Mass Tags)蛋白质组学技术对HTR-8... 目的分析单核细胞增生李斯特氏菌(简称单增李斯特菌)感染人绒毛膜滋养层细胞HTR-8/Svneo过程中引起的细胞蛋白质组变化。从宿主细胞分子水平对单增李斯特菌感染胎盘的机制进行研究。方法运用TMT(Tandem Mass Tags)蛋白质组学技术对HTR-8/Svneo感染组和非感染组蛋白质组进行定量分析,运用GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达蛋白进行分子功能、生物过程及代谢途径富集分析。结果共鉴定肽段76285个,可定量蛋白6979个。HTR-8/Svneo感染过程中356个蛋白发生了显著性差异表达。153个表达量上调,203个表达量下调。差异表达量倍数最高的蛋白为微管马达蛋白(B4DYE2),最低为翻译起始因子1(Q6IAV3)。GO功能富集和KEGG代谢途径富集结果表明,上调蛋白参与的生物过程和代谢途径集中在微管、微丝运动,细胞自噬等方面,下调蛋白集中在碳代谢、氮代谢、氨基酸生物合成、核酸代谢等初级代谢途径和泛素介导的蛋白质水解等方面。结论单增李斯特菌侵袭HTR-8/Svneo过程中,宿主细胞的基础代谢可能发生了显著降低,并处于较高的自噬水平。细胞迁移诱导透明质酸酶CEMIP(Q8WUJ3)的显著上调说明该蛋白可能在调节滋养层细胞迁移、侵袭能力进而造成不良妊娠方面具有重要作用,为单增李斯特菌感染胎盘分子机制研究提供新的思路。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 人绒毛膜滋养层细胞HTR-8/Svneo 蛋白质 TMT蛋白质技术
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植物磷酸化蛋白质组学研究进展 被引量:8
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作者 刘秋林 钟月仙 +7 位作者 万伟峰 田甜 林授楷 黄健 薛李春 艾玉芳 柯玉琴 何华勤 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第3期225-231,共7页
首先阐述了植物细胞蛋白质磷酸化的作用机制,并从植物磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术、植物磷酸化蛋白质数据库及植物蛋白质磷酸化位点的预测工具,对植物磷酸化蛋白质组的研究进展进行综述.最后分析了植物磷酸化蛋白质组研究中亟需关注的... 首先阐述了植物细胞蛋白质磷酸化的作用机制,并从植物磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术、植物磷酸化蛋白质数据库及植物蛋白质磷酸化位点的预测工具,对植物磷酸化蛋白质组的研究进展进行综述.最后分析了植物磷酸化蛋白质组研究中亟需关注的3个问题,即磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术的提升、位点预测工具的完善及蛋白质功能的分析. 展开更多
关键词 植物 磷酸化蛋白质 进展
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基于质谱的磷酸化蛋白质组学:富集、检测、鉴定和定量 被引量:6
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作者 石文昊 童梦莎 +2 位作者 李恺 王钰珅 丁琛 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1250-1258,共9页
磷酸化是一种调控生命活动的重要翻译后修饰,调控生物的生长发育、信号转导、以及疾病的发生发展.从上世纪80年代开始,质谱应用于蛋白质磷酸化的检测中,极大地推动了磷酸化蛋白质组学的发展.质谱检测拥有高灵敏度、高通量的特点,更重要... 磷酸化是一种调控生命活动的重要翻译后修饰,调控生物的生长发育、信号转导、以及疾病的发生发展.从上世纪80年代开始,质谱应用于蛋白质磷酸化的检测中,极大地推动了磷酸化蛋白质组学的发展.质谱检测拥有高灵敏度、高通量的特点,更重要的是具有位点分辨率,因此基于质谱的磷酸化蛋白质组检测方法得到不断的发展和推广.常见的磷酸化蛋白质组研究,首先对磷酸化肽段进行富集,然后进行串联质谱分析,最后通过搜索引擎对修饰位点进行鉴定和定量.本文从这个三个基本方面,对磷酸化蛋白质组研究进行综述,并对未来研究发展方向进行讨论. 展开更多
关键词 磷酸化蛋白质 方法 串联质谱 修饰位点解析
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