定量磷酸化蛋白质组解析17β-雌二醇致死效应的细胞调控过程

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作者 李亚楠 刘晓艳 +3 位作者 王䶮 刘震 叶明亮 汪海林 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期333-344,共12页

17β-雌二醇(E2)是人体内一种重要的内分泌激素,在生理浓度下(0.2~1.0 nmol/L)对生殖系统、乳腺等靶器官的生长发育起着重要的调节作用。但很多研究表明,高剂量(μmol/L~mmol/L)的E2能够诱导肿瘤组织消退和细胞凋亡,其具体调控机制尚不... 17β-雌二醇(E2)是人体内一种重要的内分泌激素,在生理浓度下(0.2~1.0 nmol/L)对生殖系统、乳腺等靶器官的生长发育起着重要的调节作用。但很多研究表明,高剂量(μmol/L~mmol/L)的E2能够诱导肿瘤组织消退和细胞凋亡,其具体调控机制尚不明确。本工作聚焦于高剂量(μmol/L)的E2致死效应,首先分析了μmol/L水平的E2对HeLa细胞表型的影响,发现在1~10μmol/L下E2以浓度依赖的形式抑制HeLa细胞增殖,并诱导HeLa细胞发生死亡,其中,用5μmol/L E2处理2天后可使约74%的HeLa细胞增殖受到抑制,并引起约50%的HeLa细胞死亡。在此基础上,为了探究高剂量E2诱导细胞死亡的内在调控过程,将基于固相萃取(SPE)的固定化钛离子亲和色谱技术(Ti^(4+)-IMAC)与基于数据非依赖采集模式(DIA)的蛋白质组定量技术结合,用于筛选HeLa细胞内参与高剂量(μmol/L)E2致死效应调控过程的磷酸化位点。最终,在5μmol/L E2和二甲基亚砜(DMSO)处理的HeLa细胞中共鉴定到超过10000个磷酸化位点;t检验分析发现,在E2处理后,有924个磷酸化位点(对应599个蛋白质)的丰度发生了显著变化(显著性水平(p)<0.01,|log 2(倍数变化)|≥1),推测其可能参与调控E2致死效应过程。此外,有453个磷酸化位点(对应325个蛋白质)仅单独发生在E2或DMSO处理后的HeLa细胞样品中,表明这些磷酸化位点在E2处理后发生了磷酸化或去磷酸化,也可能参与E2致死效应的调控过程。分别对以上两种方式筛选的E2调控的磷酸化蛋白质进行富集分析,发现这些磷酸化蛋白质主要参与细胞分裂、核糖体/核质转运、信使核糖核酸(mRNA)加工/剪接及转录等过程,表明高剂量的E2可能通过调控核糖体及mRNA加工等过程影响蛋白质转录,进而诱导细胞发生死亡。此外,我们发现表皮生长因子受体(EGFR)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族蛋白(包括MAPK1、MAPK4和MAPK14)上多个磷酸化位点的修饰水平在高剂量E2处理后发生了明显变化,表明EGFR和MAPK信号通路可能在雌激素诱导的细胞死亡中起着重要调控作用。本实验得到的磷酸化蛋白质组定量结果有助于进一步了解高剂量E2的内在调控过程,为后续解析高剂量E2的作用机制及疾病的治疗提供了参考。 展开更多

关键词 液相色谱-串联质谱 固定化钛离子亲和色谱 数据非依赖采集 磷酸化蛋白质组 17Β-雌二醇 雌激素 致死效应

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磷酸化蛋白质组学分析和定量技术的研究进展 被引量：12

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作者 隋少卉 王京兰 +1 位作者 蔡耘 钱小红 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第3期240-245,共6页

蛋白质的磷酸化是一种可逆性的蛋白质翻译后修饰,在生物体内起着极为重要的作用.近年来蛋白质翻译后修饰日益成为蛋白质组研究的热点之一.定量磷酸化蛋白质组学方法和技术的快速发展为研究蛋白质磷酸化时空动态变化,更好地了解生物学功... 蛋白质的磷酸化是一种可逆性的蛋白质翻译后修饰,在生物体内起着极为重要的作用.近年来蛋白质翻译后修饰日益成为蛋白质组研究的热点之一.定量磷酸化蛋白质组学方法和技术的快速发展为研究蛋白质磷酸化时空动态变化,更好地了解生物学功能调节网络奠定了坚实的基础.作为蛋白质组学研究的一个重要组成部分,定量磷酸化蛋白质组学因其磷酸化蛋白质所具有的独特特征,在技术和方法研究方面将面临更为严峻的挑战.综述了磷酸化蛋白质组学定量的一些分析技术和方法的发展现状、优缺点以及未来的发展趋势. 展开更多

关键词 磷酸化蛋白质组学 方法 技术 定量

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质谱技术解析磷酸化蛋白质组 被引量：10

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作者 姜颖 徐朗莱 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第3期350-356,共7页

蛋白质磷酸化是生物体内存在的一种普遍的调节方式 ,在细胞信号传递中占有极重要的地位 .质谱已逐渐被人们认为是挑战这一领域的有利工具 .综述了目前利用质谱技术分析磷酸化蛋白质的方法 ,包括利用固定化的金属亲和层析柱、抗体和化学... 蛋白质磷酸化是生物体内存在的一种普遍的调节方式 ,在细胞信号传递中占有极重要的地位 .质谱已逐渐被人们认为是挑战这一领域的有利工具 .综述了目前利用质谱技术分析磷酸化蛋白质的方法 ,包括利用固定化的金属亲和层析柱、抗体和化学标签技术富集目的分子 ,肽片段质量图和前体离子扫描 ( precusorionscans)等技术检测磷酸化肽段 ,串联质谱对磷酸化肽段测序鉴定磷酸化位点 ,以及引入质量标签对蛋白质的磷酸化水平进行定量等 .虽然现在已经有很多可行的方法用于分析磷酸化蛋白质 。 展开更多

关键词 质谱技术 磷酸化蛋白质组 串联质谱 细胞 信号传递 磷酸化水平

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模拟高原低压低氧暴露小鼠记忆损伤与脑海马体磷酸化蛋白质组学分析 被引量：4

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作者 董华平 钟志凤 +4 位作者 李鹏 黄沛 田怀军 谢佳新 周思敏 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期291-301,共11页

目的观察低压低氧致小鼠记忆损伤及脑海马体蛋白磷酸化修饰水平的变化,探寻低压低氧引起记忆损伤的关键磷酸化修饰蛋白和通路。方法40只7~8周龄雄性C57BL/6小鼠,体质量(20±2)g,按体质量顺序编号后采用随机数字表法分为常氧组和低... 目的观察低压低氧致小鼠记忆损伤及脑海马体蛋白磷酸化修饰水平的变化,探寻低压低氧引起记忆损伤的关键磷酸化修饰蛋白和通路。方法40只7~8周龄雄性C57BL/6小鼠,体质量(20±2)g,按体质量顺序编号后采用随机数字表法分为常氧组和低压低氧组(n=20)。常氧组小鼠在常氧条件下喂养,低压低氧组小鼠在模拟海拔6000 m的低压舱中喂养7 d。低压低氧暴露结束后进行Morris水迷宫实验和脑海马体组织磷酸化蛋白质组学检测。结果Morris水迷宫实验结果显示,与常氧组相比,低压低氧组小鼠逃避潜伏期显著延长[(89.66±3.27)vs(38.61±4.83)s,P<0.01]、游泳距离显著增加[(959.21±99.61)vs(550.39±59.43)cm,P<0.01]。磷酸化蛋白质组学分析共检测到显著差异表达磷酸化肽段136个,其中上调92个,来自79个蛋白;下调44个,来自42个蛋白。GO富集分析结果显示:这些差异磷酸化修饰蛋白主要分布在突触后密集区、非对称性突触和基底细胞膜,主要参与细胞连接组装、突触构成、突触中囊泡介导的运输、树突发育、认知等生物学过程。KEGG通路富集分析显示:差异磷酸化修饰蛋白质主要富集在胰岛素分泌、胰液分泌、谷氨酸能突触、内吞和长时程抑制等信号通路。在蛋白质相互作用层面,构成以AGAP2、SYNGAP1、DRP2、DRP3和PSD93等蛋白为核心的蛋白互作网络。结论低压低氧可致小鼠记忆损伤脑海马体磷酸化修饰蛋白及通路发生改变,AGAP2、SYNGAP1、DRP2、DRP3和PSD93可能是关键蛋白。 展开更多

关键词 低氧 海马 记忆 磷酸化蛋白质组学

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草莓响应炭疽菌侵染的差异磷酸化蛋白质组学分析 被引量：2

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作者 余红 严建立 +5 位作者 裘劼人 王淑珍 忻雅 童建新 来文国 方献平 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期418-425,共8页

以不同炭疽病抗性的草莓品种‘红颊’和‘甜查理’的茎组织为试验材料,采用非标记定量磷酸化蛋白质组学技术分析其在炭疽菌侵染胁迫后磷酸化蛋白组的变化。结果表明,‘红颊’和‘甜查理’中分别有154个和173个磷酸化蛋白在病菌侵染后发... 以不同炭疽病抗性的草莓品种‘红颊’和‘甜查理’的茎组织为试验材料,采用非标记定量磷酸化蛋白质组学技术分析其在炭疽菌侵染胁迫后磷酸化蛋白组的变化。结果表明,‘红颊’和‘甜查理’中分别有154个和173个磷酸化蛋白在病菌侵染后发生了1.5倍以上的差异表达。功能注释归类分析发现,大部分差异磷酸化蛋白参与了大分子复合体形成及结构定位、刺激应答和信号转导等生物学过程。生物信息学分析进一步表明,相对于易感品种‘红颊’,高抗品种‘甜查理’差异磷酸化蛋白特异性表现出S*Y和T*F 2种保守结构域类型,且植物激素信号传导途径和碳固定途径都发生了更高程度的磷酸化。本研究结果揭示出,这些信号通路在防御病菌入侵过程中发挥了重要作用,为后续深入揭示草莓-炭疽病菌互作分子机制及草莓抗病新品种选育奠定了宝贵的理论研究基础。 展开更多

关键词 草莓 胶孢炭疽菌 磷酸化蛋白质组学 '红颊’ '甜查理’

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寄生虫蛋白质磷酸化修饰及磷酸化蛋白质组学研究进展 被引量：4

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作者 赵彬 唐亚兰 +7 位作者 陆珂 曹晓丹 韩倩 吕超 王涛 傅志强 林矫矫 洪炀 《动物医学进展》 北大核心 2017年第10期92-97,共6页

蛋白质的磷酸化修饰是生命体内一种重要的且普遍存在的蛋白质翻译后修饰方式之一,蛋白质的磷酸化和去磷酸化是一种动态的生物调节过程,在生命过程中起着重要的作用。论文介绍了蛋白质磷酸化修饰的研究进展及其在寄生虫领域中的应用,并... 蛋白质的磷酸化修饰是生命体内一种重要的且普遍存在的蛋白质翻译后修饰方式之一,蛋白质的磷酸化和去磷酸化是一种动态的生物调节过程,在生命过程中起着重要的作用。论文介绍了蛋白质磷酸化修饰的研究进展及其在寄生虫领域中的应用,并对其研究前景进行了展望。 展开更多

关键词 磷酸化 寄生虫 磷酸化蛋白质组学

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人肾组织磷酸化蛋白质组二维凝胶电泳的建立与优化 被引量：1

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作者 刘亚伟 戴兵 +3 位作者 梅长林 沙伟 张岩 熊锡山 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期603-606,共4页

目的:利用二维凝胶电泳法分离人肾组织磷酸化蛋白质组。方法:利用金属磷酸盐亲和层析树脂富集人肾组织磷酸化蛋白。样品浓缩除盐后,进行一维等电聚焦分离和二维SDS电泳分离提取人肾组织磷酸化蛋白。结果:成功提取了人肾组织磷酸化蛋白,... 目的:利用二维凝胶电泳法分离人肾组织磷酸化蛋白质组。方法:利用金属磷酸盐亲和层析树脂富集人肾组织磷酸化蛋白。样品浓缩除盐后,进行一维等电聚焦分离和二维SDS电泳分离提取人肾组织磷酸化蛋白。结果:成功提取了人肾组织磷酸化蛋白,并得到了磷酸化蛋白的双向凝胶电泳图谱。结论:磷酸化蛋白富集技术与二维凝胶电泳技术的结合是研究磷酸化蛋白质组的有效方法,为进一步研究人肾组织磷酸化蛋白奠定基础。 展开更多

关键词 蛋白质组学 磷酸化蛋白质组 二维凝胶电泳

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磷酸化蛋白质组学技术及其在肿瘤研究中的应用 被引量：3

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作者 刘洁琼 贺智敏 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期559-564,共6页

磷酸化蛋白质组是指机体细胞在特定时间和空间上表达的所有磷酸化蛋白质;磷酸化蛋白质组学是在整体水平上研究磷酸化蛋白质在细胞中的组成成分、表达水平、修饰状态及相互作用规律的学科。近年来,磷酸化蛋白质学技术已广泛应用于肿瘤研... 磷酸化蛋白质组是指机体细胞在特定时间和空间上表达的所有磷酸化蛋白质;磷酸化蛋白质组学是在整体水平上研究磷酸化蛋白质在细胞中的组成成分、表达水平、修饰状态及相互作用规律的学科。近年来,磷酸化蛋白质学技术已广泛应用于肿瘤研究,为阐明肿瘤的发生机制,提高肿瘤的诊治水平提供了重要信息。 展开更多

关键词 磷酸化蛋白质组学技术 恶性肿瘤 诊断 治疗

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4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯对人胃癌SGC-7901细胞的磷酸化蛋白质组学研究 被引量：1

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作者 王佳丽 夏泉 +2 位作者 陈飞虎 乔文豪 张冬玲 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2015年第11期1625-1628,共4页

目的研究观察新型维甲酸衍生物4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯(ATPR)作用于胃癌SGC-7901细胞后蛋白质的磷酸化情况来了解ATPR诱导分化作用的可能机制和作用靶点。方法 ATPR作用于胃癌SGC7901细胞48 h后,收集并提取总蛋白,通过胰蛋白酶酶... 目的研究观察新型维甲酸衍生物4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯(ATPR)作用于胃癌SGC-7901细胞后蛋白质的磷酸化情况来了解ATPR诱导分化作用的可能机制和作用靶点。方法 ATPR作用于胃癌SGC7901细胞48 h后,收集并提取总蛋白,通过胰蛋白酶酶解,Ti O2磁珠法富集磷酸肽,高分辨率液质联用仪器检测磷酸肽,使用Proteome Discoverer1.2软件寻找差异的蛋白质和磷酸化位点,利用生物信息学网站和DAVID、KEGG、IPA软件,分析这些磷酸化蛋白质的功能及亚细胞定位等信息。结果最终鉴定出109个蛋白质,其中45个磷酸化蛋白质,共有121个磷酸化位点,差异蛋白中有15个仅出现在ATPR组,20个仅出现在正常组。DAVID分析结果显示差异磷酸化的蛋白质参与调控细胞进程、生物进程、基因表达、细胞的代谢过程等;KEGG分析结果显示差异磷酸化蛋白质主要有参与ERBB信号通路、RNA的转运、内质网蛋白加工过程、p53信号通路等。IPA软件分析一些差异蛋白质之间的关联蛋白是泛素连接酶(UBC)。结论 ATPR对胃癌细胞SGC-7901细胞诱导分化的机制可能是通过作用于多种蛋白质或基因,如肝癌衍生生长因子(HDGF)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)、ATP结合盒G亚族蛋白4(ABCG4)和腺苷酸环化酶关联蛋白1(CAP1)而发挥作用,并通过影响这些蛋白质的磷酸化从而实现ATPR对胃癌细胞的诱导分化作用。 展开更多

关键词 ATPR 人胃癌SGC-7901细胞 诱导分化 磷酸化蛋白质组学

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小鼠肝细胞线粒体磷酸化蛋白质组的初步研究

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作者 陈丽 李红梅 +7 位作者 夏高晓 赵明哲 胡水旺 王继刚 徐佳 刘靖华 邓鹏 姜勇 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期163-165,共3页

目的提取小鼠肝细胞线粒体磷酸化蛋白并利用双向凝胶电泳技术对其进行分离。方法提取小鼠肝细胞线粒体蛋白并利用金属磷酸盐亲和层析树脂富集磷酸化蛋白后,进行一维等电聚焦分离和二维聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,质谱鉴定感兴趣的蛋白点。... 目的提取小鼠肝细胞线粒体磷酸化蛋白并利用双向凝胶电泳技术对其进行分离。方法提取小鼠肝细胞线粒体蛋白并利用金属磷酸盐亲和层析树脂富集磷酸化蛋白后,进行一维等电聚焦分离和二维聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,质谱鉴定感兴趣的蛋白点。结果成功提取了小鼠肝细胞线粒体磷酸化蛋白,并通过双向凝胶电泳分离技术成功建立了小鼠肝细胞线粒体磷酸化蛋白质组图谱。结论磷酸化蛋白纯化技术与二维凝胶电泳分离技术的结合是研究亚细胞器磷酸化蛋白质组的有效方法,为进一步全面鉴定和研究线粒体磷酸化蛋白的功能打下了基础。 展开更多

关键词 线粒体 肝 磷酸化蛋白质组 电泳 凝胶 双向

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植物磷酸化蛋白质组学研究进展 被引量：8

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作者 刘秋林 钟月仙 +7 位作者 万伟峰 田甜 林授楷 黄健 薛李春 艾玉芳 柯玉琴 何华勤 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2015年第3期225-231,共7页

首先阐述了植物细胞蛋白质磷酸化的作用机制,并从植物磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术、植物磷酸化蛋白质数据库及植物蛋白质磷酸化位点的预测工具,对植物磷酸化蛋白质组的研究进展进行综述.最后分析了植物磷酸化蛋白质组研究中亟需关注的... 首先阐述了植物细胞蛋白质磷酸化的作用机制,并从植物磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术、植物磷酸化蛋白质数据库及植物蛋白质磷酸化位点的预测工具,对植物磷酸化蛋白质组的研究进展进行综述.最后分析了植物磷酸化蛋白质组研究中亟需关注的3个问题,即磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术的提升、位点预测工具的完善及蛋白质功能的分析. 展开更多

关键词 植物 磷酸化蛋白质组学 进展

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鸡蛋清磷酸化蛋白质组鉴定与分析 被引量：4

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作者 杨燃 宋洪波 +3 位作者 黄群 刘丽莉 邱宁 马美湖 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第11期30-35,共6页

为了系统地阐明鸡蛋清磷酸化蛋白质的结构和功能特性,本研究采用蛋白质组学策略对鸡蛋清的磷酸化修饰蛋白质组进行鉴定与分析。鸡蛋清酶解产物首先经固定化金属螯合亲和层析分离富集磷酸肽,再经纳升液相色谱-串联质谱分析和鉴定。通过... 为了系统地阐明鸡蛋清磷酸化蛋白质的结构和功能特性,本研究采用蛋白质组学策略对鸡蛋清的磷酸化修饰蛋白质组进行鉴定与分析。鸡蛋清酶解产物首先经固定化金属螯合亲和层析分离富集磷酸肽,再经纳升液相色谱-串联质谱分析和鉴定。通过数据库检索匹配,共鉴定出33个特异性磷酸化修饰多肽,包含41个磷酸化修饰位点,归属于25种鸡蛋清磷酸化蛋白。基序分析显示,大多数磷酸化修饰位点的序列特征为"S-X-E";基因本体功能注释分析表明,鸡蛋清磷酸化蛋白质主要参与"生物调节"、"刺激反应"、"发育过程"等生物学过程,主要涉及"结合"、"催化"等分子功能。本研究结果将为鸡蛋清蛋白质相关研究提供关键的磷酸化修饰结构信息。 展开更多

关键词 鸡蛋清 蛋白质 磷酸化蛋白质组 基因本体分析 卵白蛋白

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基于质谱的磷酸化蛋白质组学:富集、检测、鉴定和定量 被引量：6

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作者 石文昊 童梦莎 +2 位作者 李恺 王钰珅 丁琛 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1250-1258,共9页

磷酸化是一种调控生命活动的重要翻译后修饰,调控生物的生长发育、信号转导、以及疾病的发生发展.从上世纪80年代开始,质谱应用于蛋白质磷酸化的检测中,极大地推动了磷酸化蛋白质组学的发展.质谱检测拥有高灵敏度、高通量的特点,更重要... 磷酸化是一种调控生命活动的重要翻译后修饰,调控生物的生长发育、信号转导、以及疾病的发生发展.从上世纪80年代开始,质谱应用于蛋白质磷酸化的检测中,极大地推动了磷酸化蛋白质组学的发展.质谱检测拥有高灵敏度、高通量的特点,更重要的是具有位点分辨率,因此基于质谱的磷酸化蛋白质组检测方法得到不断的发展和推广.常见的磷酸化蛋白质组研究,首先对磷酸化肽段进行富集,然后进行串联质谱分析,最后通过搜索引擎对修饰位点进行鉴定和定量.本文从这个三个基本方面,对磷酸化蛋白质组研究进行综述,并对未来研究发展方向进行讨论. 展开更多

关键词 磷酸化蛋白质组学 方法 串联质谱 修饰位点解析

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小鼠肝脏磷酸化蛋白质组的二维液相色谱分离 被引量：4

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作者 黎永明 陈腾祥 +2 位作者 杨丽萍 刘亚伟 姜勇 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第9期1152-1154,1157,共4页

目的利用二维液相色谱法分离小鼠肝脏磷酸化蛋白质组。方法取正常小鼠肝脏,裂解肝脏后利用金属磷酸盐亲和层析树脂提取磷酸化蛋白。将磷酸化蛋白用初始缓冲液置换后,进行一维色谱聚焦分离,再将一维收集的pH值在8.5至4.0之间的组分分别... 目的利用二维液相色谱法分离小鼠肝脏磷酸化蛋白质组。方法取正常小鼠肝脏,裂解肝脏后利用金属磷酸盐亲和层析树脂提取磷酸化蛋白。将磷酸化蛋白用初始缓冲液置换后,进行一维色谱聚焦分离,再将一维收集的pH值在8.5至4.0之间的组分分别进行二维无孔硅胶反相高效液相色谱分离。最后利用ProteoVue软件将二维UV图转换成胶图进行分析。结果成功提取了小鼠肝脏磷酸化蛋白,并在浓缩除盐后通过二维液相色谱分离成功建立小鼠肝脏磷酸化蛋白质组pI/UV图谱。其中,一维色谱聚焦分离pH值在8.5至4.0之间共收集16个组分,每个组分的二维UV图转换成pI/UV胶图。结论磷酸化蛋白纯化技术与二维液相色谱技术的结合是研究磷酸化蛋白质组的有效方法,为下一步鉴定和研究磷酸化蛋白的功能打下坚实的基础。 展开更多

关键词 磷酸化蛋白质组 色谱聚焦 反相高效液相色谱 二维液相色谱分离

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磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质 被引量：3

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作者 胡阳 杨杰 +1 位作者 余汝媛 汪洋 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期845-851,共7页

目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope label... 目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)标记细胞,用酪氨酸磷酸化抗体免疫沉淀富集酪氨酸磷酸化蛋白,用LTQ-Orbitrap XL质谱鉴定因敲低PTPLAD1所出现的差异表达的酪氨酸磷酸化蛋白,进一步利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对这些差异蛋白进行生物信息学分析。结果:用real-time PCR筛选得到有效的siRNA干扰片段,Western blot验证其干扰效果及有效干扰时间。质谱鉴定PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白共20个,其中显著上调的8个,显著下调的10个,主要为转录因子及肿瘤标志物相关蛋白。IPA软件的结果表明PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白的功能主要与器官发育分化、维持组织分化类型及细胞凋亡、增殖相关。结论:成功鉴定出PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白,可以为后续研究PTPLAD1在结肠癌的发生发展中的作用及机理提供基础。 展开更多

关键词 含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1 HCT-116细胞 小干扰RNA 氨基酸稳定同位素标记技术 磷酸化蛋白质组学

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强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞的磷酸化蛋白质组学分析 被引量：4

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作者 罗凤婷 姜娜 +4 位作者 王浩 邵先锋 陈瑞冰 白人骁 王毅 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期444-450,共7页

目的探讨强直性脊柱炎(AS)患者外周血单个核细胞(PBMC)中蛋白磷酸化修饰的变化及其在AS中的潜在调控作用。方法分别提取20例未用药AS患者、15例用药AS患者和20例健康人群的PBMC,进行蛋白提取、胰蛋白酶消化、磷酸化肽段富集和质谱检测,... 目的探讨强直性脊柱炎(AS)患者外周血单个核细胞(PBMC)中蛋白磷酸化修饰的变化及其在AS中的潜在调控作用。方法分别提取20例未用药AS患者、15例用药AS患者和20例健康人群的PBMC,进行蛋白提取、胰蛋白酶消化、磷酸化肽段富集和质谱检测,并通过生物信息学分析筛选与AS相关的磷酸化蛋白,同时分析这些蛋白在治疗后表达水平的变化。结果共检测到显著差异磷酸化肽段1561个,上调756个,来自472个蛋白,下调805个,来自363个蛋白。基因注释富集(GO)分析表明,差异磷酸化蛋白主要参与中性粒细胞激活、血小板聚集等生物过程。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析表明,感染、血小板激活、T细胞受体、B细胞受体信号通路等可能与AS密切相关。结论发现并系统性描绘了AS患者外周血PBMC内蛋白磷酸化的改变,对了解AS的发病和疾病进展机制具有重要意义。 展开更多

关键词 强直性脊柱炎 磷酸化蛋白质组学 蛋白磷酸化 信号通路 生物信息学

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柱花草响应炭疽菌侵染的差异磷酸化蛋白质组学分析 被引量：4

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作者 张世子 杨丽云 +2 位作者 高静 王芳 蒋凌雁 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期699-709,共11页

磷酸化是重要的蛋白翻译后修饰,在调节植物免疫方面起重要作用,但目前对柱花草与炭疽菌互作的磷酸化知之甚少。本文以太空诱变柱花草抗病株系‘2001-84’和感病株系‘2001-71’为试验材料,通过非标记定量磷酸化蛋白质组学,分析了两种株... 磷酸化是重要的蛋白翻译后修饰,在调节植物免疫方面起重要作用,但目前对柱花草与炭疽菌互作的磷酸化知之甚少。本文以太空诱变柱花草抗病株系‘2001-84’和感病株系‘2001-71’为试验材料,通过非标记定量磷酸化蛋白质组学,分析了两种株系接种炭疽菌前后的差异磷酸化蛋白。结果表明:在‘2001-84’和‘2001-71’中分别有138个和106个蛋白的磷酸化丰度特异性响应炭疽菌侵染。蛋白功能与代谢通路富集分析发现两者具有明显的差异:‘2001-84’特异性磷酸化蛋白主要定位在质膜附近,参与胞内信号传导,并显著富集在MAPK级联信号通路、植物激素信号传导、病原菌互作途径等代谢通路;‘2001-71’则更多的定位于细胞器膜上,参与细胞器的分解,代谢通路只在剪接体途径显著富集。通过对‘2001-84’特异性磷酸化蛋白进一步分析,发掘了跟抗病相关的蛋白。本文研究可为后续解析柱花草抗炭疽病的分子机制和培育柱花草抗病品种提供参考。 展开更多

关键词 柱花草 胶胞炭疽菌 磷酸化蛋白质组学 抗病蛋白

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不同转移潜能的肝癌细胞系定量磷酸化蛋白质组学研究 被引量：1

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作者 衣泰龙 田苗苗 +3 位作者 翟琳辉 徐忠伟 杨晓明 徐平 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2014年第11期1595-1599,共5页

目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的... 目的研究具有不同侵袭转移能力的肝癌细胞系的磷酸化蛋白质组的动态变化。方法首先用含有重稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-L进行重稳定同位素标记氨基酸的细胞培养(SILAC);用含有轻稳定同位素标记的精氨酸和赖氨酸的培养基对MHCC97-H进行SILAC标记。将完成标记的两种肝癌细胞系的蛋白质按照1∶1混合,并用trypsin进行溶液消化;对消化得到的肽段进行除盐,并通过固相金属离子亲和色谱(IMAC)的方法进行磷酸化肽段的富集。磷酸化肽段通过质谱进行检测,并通过MaxQuant进行鉴定和定量。最后通过Z检验进行统计学分析,并对差异调控的磷酸化肽对应的蛋白质进行基因本体(GO)分析和STRING网络分析。结果最终鉴定了918个磷酸化肽段,其中806个磷酸化肽段的磷酸化位点可以定位和定量。通过Z检验,共得到了91个磷酸化修饰水平发生变化的肽段,对应25个磷酸化蛋白质。通过对这25个蛋白质进行GO分析发现,细胞骨架重塑过程中的蛋白质在MHCC97-L和MHCC97-H中磷酸化修饰形式严重失调。通过STRING分析发现,NES和PRKCA处于网络的重要节点位置。结论细胞骨架重塑这一生物学过程与肝癌侵袭转移能力密切相关;参与细胞骨架重塑的NES蛋白和参与MAPK信号通路和黏合斑信号通路的PRKCA蛋白磷酸化修饰水平的变化是影响低转移潜能MHCC97-L细胞向高转移潜能细胞MHCC97-H变化的重要调控机制。 展开更多

关键词 定量磷酸化蛋白质组学 SILAC 固相金属离子亲和色谱 肝细胞癌 侵袭转移

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抗菌肽merecidin作用于人肺腺癌A549细胞株的磷酸化蛋白质组学分析 被引量：2

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作者 杨婷婷 战仕胜 +2 位作者 王雅蓉 贾琴琴 王秀青 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期115-122,共8页

目的:观察抗菌肽merecidin作用于人肺腺癌A549细胞后其细胞内所有蛋白质的磷酸化水平变化,探究抗菌肽对A549细胞生物学功能的影响以及促进细胞凋亡可能涉及到的信号通路与作用靶点。方法:9μmol/L抗菌肽merecidin作用于肺腺癌A549细胞6 ... 目的:观察抗菌肽merecidin作用于人肺腺癌A549细胞后其细胞内所有蛋白质的磷酸化水平变化,探究抗菌肽对A549细胞生物学功能的影响以及促进细胞凋亡可能涉及到的信号通路与作用靶点。方法:9μmol/L抗菌肽merecidin作用于肺腺癌A549细胞6 h后收集并提取总蛋白,通过胰酶酶解肽段,并对肽段进行TMT标记和HPLC分级,IMAC-Fe富集磷酸化肽段,利用高分辨质谱对富集肽段进行检测。利用MaxQuant软件对质谱分析得到的磷酸化肽段进行搜库鉴定和定量,结合生物信息技术分析差异磷酸化蛋白质的功能、通路等信息。结果:通过对对照组和抗菌肽merecidin处理组磷酸化蛋白进行IPA分析,以上调或下调倍数≥2倍且P<0.05的条件鉴定出抗菌肽merecidin处理组中差异磷酸化蛋白质共有753个,其中明显上调有229个、下调有417个;其中与细胞凋亡相关的差异蛋白质有RB1、MAPK1、ARAF、PTK2、FOXO、MARCKS等。生物进程分析结果显示差异磷酸化蛋白主要集中在细胞信号转导、核酸的降解转运以及细胞能量代谢、蛋白质的翻译合成、细胞骨架的形成等,富集结果显示差异磷酸化蛋白质主要参与凋亡相关信号通路有MAPK、ErbB、PI3K-Akt和Ras等,通过蛋白互作分析找出凋亡相关蛋白质PTK2,PRKCA、MA2PK2、MAPK1、LMNA等之间有关联。结论:抗菌肽merecidin可能通过影响RB1、MAPK1、ARAF、PTK2、FOXO、MARCKS等基因和信号通路诱导肺癌A549细胞的凋亡及其他细胞功能的改变。 展开更多

关键词 抗菌肽 merecidin 肺腺癌 A549细胞 磷酸化蛋白质组学

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磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin抑制人肺腺癌A549细胞增殖的作用机制 被引量：2

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作者 贾琴琴 杨婷婷 +2 位作者 王雅蓉 张倩楠 王秀青 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1229-1238,共10页

目的:以磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin处理人肺腺癌A549细胞后细胞内磷酸化蛋白质表达的差异,探究merecidin对肺腺癌A549细胞蛋白质活性、功能的影响以及涉及的信号通路。方法:采用9μmol/L merecidin处理肺腺癌A549细胞6 h... 目的:以磷酸化蛋白质组学技术分析抗菌肽merecidin处理人肺腺癌A549细胞后细胞内磷酸化蛋白质表达的差异,探究merecidin对肺腺癌A549细胞蛋白质活性、功能的影响以及涉及的信号通路。方法:采用9μmol/L merecidin处理肺腺癌A549细胞6 h,收集并提取总蛋白,SDS-PAGE检验全蛋白提取效果,加入胰酶来对蛋白质进行酶解。酶解所获肽段用TMT标记、采用HPLC分级分离、经IMAC磷酸化修饰富集以及液相色谱-质谱联用(HPLC-MS/MS)分离肽段。使用localization probability>0.75的标准对鉴定数据进行过滤,利用GO(Gene Ontology)数据库、KEGG(KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes)数据库和STRING数据库对磷酸化蛋白组学数据进行分析。结果:SDS-PAGE结果显示,经9μmol/L merecidin处理后的A549细胞全蛋白分离效果清晰、无明显降解,且实验组与对照组条带差异明显;质谱共鉴定出位于3 089个蛋白上的10 320个磷酸化修饰位点,以|Fold change|>或<1.5且P<0.05为阈值从中筛选出差异明显的753个蛋白质及其1 172个磷酸化位点。蛋白质功能富集显示,磷酸化水平显著变化的蛋白质功能主要集中在蛋白质分子结合、代谢活性、分子功能调节、细胞进程、生物功能调节等方面;整合通路生物信息学分析结果显示,差异蛋白与Ras、PI3K/AKT、mTOR、AMPK等多条通路相关联;经过COG数据库筛选,发现差异性磷酸化蛋白主要集中在细胞信号转导、RNA转录、翻译后加工和修饰、核糖体合成蛋白质、细胞骨架蛋白形成及细胞内的物质转运和分泌、囊泡运输等多个方面;蛋白质互相作用层面分析结果显示,merecidin处理后的A549细胞中形成以MAPK1、RPL23A、SRSF3H、NCBP1等为关键蛋白的相互作用网,其中ATG2B、ULK1等蛋白显著上调,MAPK1、AKT1等蛋白显著下调。结论:磷酸化蛋白组学分析结果显示,抗菌肽merecidin可能通过MAPK、RPL23A、SRSF3H和AKT1等关键蛋白质在多方面生物功能和多条信号通路中发挥作用,促进肺腺癌A549细胞凋亡和自噬,从而抑制细胞的增殖。 展开更多

关键词 肺腺癌 抗菌肽 merecidin A549细胞 磷酸化蛋白质组学

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