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题名瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育
- 1
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作者
黄振
郭琼霞
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机构
福州长乐机场海关
福州海关技术中心
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出处
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期482-491,共10页
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基金
福建省自然科学基金项目(2011J01066、2012JO1061)
福州海关科研项目(fk2022-09)。
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文摘
【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。
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关键词
瘤胫果实蝇
线粒体全基因组
序列分析
相对密码子使用频率
tRNA基因二级结构
系统发育
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Keywords
Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)
mitochondrial genome
sequence analysis
relative codon usage frequency
secondary structure of tRNA genes
phylogeny
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分类号
Q969
[生物学—昆虫学]
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题名黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析
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作者
黄振
郭琼霞
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机构
福州长乐机场海关
福州海关技术中心
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出处
《安徽农业科学》
CAS
2024年第19期77-80,共4页
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基金
福建省自然科学基金项目(2011J01066,2012JO1061)
福州海关科研项目(FK2022-09)。
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文摘
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。
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关键词
黑漆实蝇
线粒体全基因组
相对密码子使用频率
trnA基因二级结构
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Keywords
Bactrocera(Zeugodacus)scutellaris
Mitochondrial whole genome
Relative codon usage frequency
Secondary structure of trn A gene
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分类号
S433
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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题名深黑颜实蝇线粒体全基因组测定分析与系统发育
- 3
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作者
黄振
郭琼霞
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机构
福州长乐机场海关
福州海关技术中心
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出处
《福建林业科技》
2024年第4期8-16,42,共10页
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基金
福建省自然科学基金项目(2011J01066、2012JO1061)
福州海关科研项目(fk2022-09)。
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文摘
基于Illumina HiSeq平台测序技术,对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析,测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征,使用最大似然法(ML)构建系统发育树,分析其亲缘关系和系统发育。测定结果表明,深黑颜实蝇线粒体基因组序列总长度15866 bp(GenBank上的登录号为:MW892727),具37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个非编码控制基因。13个蛋白质编码基因22种氨基酸的密码子中,UUA(TTA(leucine))的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为378(3.75);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环外,其余20个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构图;线粒体tRNA基因中,共存在17处碱基对错配,错配的碱基对均为G-U;系统发育分析表明深黑颜实蝇与黑纹实蝇(B.(Z.)caudata)聚成一支,亲缘关系较近,属于镞果实蝇亚属。研究结果与传统形态学分类一致,为进一步的物种诊断、系统发育、进化生物学和防治研究提供参考。
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关键词
深黑颜实蝇
线粒体全基因组
序列分析
相对密码子使用频率
tRNA基因二级结构
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Keywords
Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies
mitochondrial genome
sequence analysis
relative codon usage frequency
secondary structure of tRNA gene
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分类号
S763.41
[农业科学—森林保护学]
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题名斑翅草螽线粒体基因组序列测定与分析
被引量：6
- 4
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作者
周志军
尚娜
黄原
石福明
韦仕珍
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机构
河北大学生命科学学院
陕西师范大学生命科学学院
河北大学图书馆
河池学院化生系
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出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期548-554,共7页
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基金
国家自然科学基金项目(30970346)
教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目(20101301120006)
广西高校优秀人才资助计划(RC2007034)
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文摘
已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序列注释发现:斑翅草螽线粒体基因组序列全长15 898 bp,A+T含量为72.05%,基因排列与典型的节肢动物线粒体基因组一致。全部蛋白质编码基因以典型的ATN作为起始密码子,9个蛋白质编码基因具有完整的终止密码子,其余4个以不完整的T作为终止信号。除trnSAGN外,其余21个tRNAs均可折叠形成典型的三叶草结构,依照Steinberg等(1997)线粒体特殊tRNA结构类型-9,trnSAGN的DHU臂形成一个7 nt环,反密码子臂则长达9 bp,含1个突起碱基,而不是正常的5 bp。斑翅草螽与其他直翅目昆虫线粒体基因组的主要区别在于,在trnSUCN和nad1,nad1和trnLCUN基因间各存在一段罕见的、大段的基因间隔序列,长度分别为78 bp和360 bp。其中,位于nad1和trnLCUN之间的基因间隔序列N链可形成一个包含完整起始、终止密码子(ATT/TAA)、编码103个氨基酸的未知开放阅读框。同义密码子使用偏好与线粒体基因组编码的tRNA反密码子匹配情况无关,但与密码子第3位点的碱基组成紧密相关;相对密码子使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)大于1的密码子,其第3位点全部是A或T。在已经测定的直翅目昆虫线粒体基因组tRNAs中,均存在一定数量的碱基错配,且以G-U弱配对为主,表明G-U配对在线粒体基因组中可能是一种正常的碱基配对形式。本研究测定的斑翅草螽线粒体基因组序列,和先前已经测定的直翅目线粒体基因组序列一起,可以为重建直翅目的进化历史提供数据资源。
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关键词
斑翅草螽
线粒体基因组
序列分析
基因间隔序列
相对密码子使用频率
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Keywords
Conocephalus maculates
mitochondrial genome
sequence analysis
intergenic spacer
relative synonymous codon usage（RSCU）
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分类号
Q966
[生物学—昆虫学]
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