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蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法
1
作者
周文婧
曾文锋
+1 位作者
迟浩
贺思敏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期109-125,共17页
蛋白质组学基于质谱数据鉴定肽段和蛋白质,从而给出基因表达的直接证据,帮助解析蛋白质的结构和功能,研究蛋白质与疾病的关系,提供靶向治疗方案,而这些都取决于鉴定的肽段和蛋白质的准确性。蛋白质组学常采用目标-诱饵库方法 (target-de...
蛋白质组学基于质谱数据鉴定肽段和蛋白质,从而给出基因表达的直接证据,帮助解析蛋白质的结构和功能,研究蛋白质与疾病的关系,提供靶向治疗方案,而这些都取决于鉴定的肽段和蛋白质的准确性。蛋白质组学常采用目标-诱饵库方法 (target-decoy approach,TDA)对鉴定的肽段和蛋白质进行质量控制,并对其进行改进演化后应用到子类肽段(比如突变肽段和修饰肽段等)和交联肽段等特殊鉴定结果的可信度评价中。然而,TDA存在两个局限,即错误率估计值不够准确以及不能评价单个鉴定结果的可信度,经过TDA质量控制后的结果还需要进一步检验,因此领域内也提出了一系列其他方法 (本文统称为Beyond-TDA方法),协同加强肽段的可信度评价。本文对数据依赖模式下采集的质谱数据肽段层面的TDA常规方法和特殊方法进行了综述,对Beyond-TDA方法进行了分类阐述,并总结了各种方法的优势与不足。
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关键词
蛋白质组学
质谱分析
目标-诱饵库方法
假发现率
可信度评价
方法
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职称材料
题名
蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法
1
作者
周文婧
曾文锋
迟浩
贺思敏
机构
中国科学院智能信息处理重点实验室
中国科学院大学
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期109-125,共17页
基金
国家重点研发计划重点专项(2016YFA0501300)
国家自然科学基金优秀青年科学基金(32022046)资助项目。
文摘
蛋白质组学基于质谱数据鉴定肽段和蛋白质,从而给出基因表达的直接证据,帮助解析蛋白质的结构和功能,研究蛋白质与疾病的关系,提供靶向治疗方案,而这些都取决于鉴定的肽段和蛋白质的准确性。蛋白质组学常采用目标-诱饵库方法 (target-decoy approach,TDA)对鉴定的肽段和蛋白质进行质量控制,并对其进行改进演化后应用到子类肽段(比如突变肽段和修饰肽段等)和交联肽段等特殊鉴定结果的可信度评价中。然而,TDA存在两个局限,即错误率估计值不够准确以及不能评价单个鉴定结果的可信度,经过TDA质量控制后的结果还需要进一步检验,因此领域内也提出了一系列其他方法 (本文统称为Beyond-TDA方法),协同加强肽段的可信度评价。本文对数据依赖模式下采集的质谱数据肽段层面的TDA常规方法和特殊方法进行了综述,对Beyond-TDA方法进行了分类阐述,并总结了各种方法的优势与不足。
关键词
蛋白质组学
质谱分析
目标-诱饵库方法
假发现率
可信度评价
方法
Keywords
proteomics
mass spectrometry
target
-
decoy approach
false discovery rate
validation methods
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
TP39 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法
周文婧
曾文锋
迟浩
贺思敏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2023
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