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新型登革病毒RNA聚合酶小分子抑制剂Z1降低登革病毒复制和感染的研究 被引量:3
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作者 郭颂欣 何士俊 +2 位作者 黄翠红 姚新刚 刘叔文 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期790-796,共7页
目的 筛选新型的登革病毒RNA聚合酶抑制剂。方法 大肠杆菌原核表达DENV2 RNA聚合酶蛋白NS5RdRp。SPR高通量筛选小分子化合物库,寻找与NS5 RdRp蛋白结合的小分子化合物;CPE、LDH和空斑实验在细胞水平上验证化合物的抗病毒效果;实时荧... 目的 筛选新型的登革病毒RNA聚合酶抑制剂。方法 大肠杆菌原核表达DENV2 RNA聚合酶蛋白NS5RdRp。SPR高通量筛选小分子化合物库,寻找与NS5 RdRp蛋白结合的小分子化合物;CPE、LDH和空斑实验在细胞水平上验证化合物的抗病毒效果;实时荧光定量PCR法检测化合物对病毒RNA合成的影响;免疫荧光法检测病毒复制中间体dsRNA以及病毒蛋白合成;蛋白免疫印迹法检测化合物对病毒蛋白合成量的影响;时间点处理实验判断抗病毒作用阶段。结果 2,5-二氢-1,2-二苯基-4-环己氨基-5-氧代-1H-吡咯-3-甲酸乙酯(Z1)与NS5 RdRp具有结合活性,在细胞水平上具有抗DENV2活性,半数有效浓度(EC50)为4.75μmol·L-1。Z1抑制DENV2 RNA合成,抑制病毒dsRNA的合成,并抑制病毒蛋白的合成,其抑制作用发生在病毒进入后阶段。结论 Z1是新型的登革病毒NS5 RdRp抑制剂,其明显抑制登革病毒RNA的合成,并进一步抑制病毒蛋白的翻译合成,从而抑制子代病毒的复制和释放,其可作为新型的抗登革病毒先导化合物用于进一步的开发。 展开更多
关键词 NS5 RdRp抑制剂 登革病毒rna聚合酶 2型登革病毒 病毒药物 SPR 病毒复制
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T7 RNA聚合酶转录起始过程中嘌呤核苷酸结合机制
2
作者 谢昀 岳慧慧 +1 位作者 安然 梁兴国 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第8期166-174,共9页
转录起始是生物转录过程中的关键和限速步骤。为了探究转录起始过程中三磷酸核苷酸(NTP)嘌呤依赖性的具体机制,本文通过改变转录模板上起始序列+1和+2位的碱基(共16种碱基组合),研究T7 RNA聚合酶(T7 RNAP)对起始序列的偏好性,并通过将... 转录起始是生物转录过程中的关键和限速步骤。为了探究转录起始过程中三磷酸核苷酸(NTP)嘌呤依赖性的具体机制,本文通过改变转录模板上起始序列+1和+2位的碱基(共16种碱基组合),研究T7 RNA聚合酶(T7 RNAP)对起始序列的偏好性,并通过将产物的5′端与另一已知序列RNA的3′端连接以明确起始序列。研究发现,T7 RNAP在转录起始时对+1位有嘌呤依赖性,且对鸟嘌呤(G)的依赖性大于腺嘌呤(A);对于+1位由A起始的产物,其+2位必须为G才能被成功制备。目标产物+1位为非嘌呤时,无法从此位转录,但在这种情况下,若+2位为G,可从+2位起始转录,即产生长度缺失1个核苷酸的RNA产物,这可能是T7 RNAP通过弯折模板链进行的。研究还发现,T7 RNAP也可以通过结合嘌呤单核苷酸(如GMP)起始转录。综上所述,本文阐释了转录起始的机制:T7 RNAP先结合两个游离的核苷酸单体,当模板与其完全配对(同模板结合)时才催化形成第一个磷酸二酯键,且要求起始结合位是G或A。本研究阐明的转录起始新机制对深入研究遗传信息的表达具有重要指导意义。 展开更多
关键词 T7 rna聚合 转录 启动子 序列偏好性 转录起始机制 核苷酸
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RNA依赖性RNA聚合酶作为抗戊型肝炎病毒药物作用靶点的研究进展
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作者 何振文 刘丁语 +7 位作者 刘宝玲 张翩 王晓虎 王刚 黄元 陈晶 刘文俊 蔡汝健 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4568-4577,共10页
戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)是造成急性肝炎最常见的原因之一。HEV基因组由5′非编码区、3个开放阅读框(ORF1、ORF2、ORF3)和3′非编码区组成,仅在HEV-1中发现了ORF4,并与ORF1重叠。各种编码蛋白在HEV的复制和感染中发挥着不... 戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)是造成急性肝炎最常见的原因之一。HEV基因组由5′非编码区、3个开放阅读框(ORF1、ORF2、ORF3)和3′非编码区组成,仅在HEV-1中发现了ORF4,并与ORF1重叠。各种编码蛋白在HEV的复制和感染中发挥着不同的作用,而HEV的复制是由ORF1编码的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)所介导的。HEV RdRp是由多个蛋白亚基组成的复合酶,具有7个保守基序,这些保守基序在RNA合成过程中发挥核苷酸识别、合成、延伸、修饰和稳定等作用,保证了RdRp的功能,在HEV的复制和转录中起到关键作用。因此,以RdRp作为抗HEV药物作用靶点的治疗方案具有很好的应用前景,是目前药物开发的一种主流思路。目前,已发现利巴韦林、索非布韦、2′-C-甲基胞苷(2CMC)等核苷类RdRp抑制剂和锌、GPC-N114等非核苷类RdRp抑制剂对HEV有较强的抑制作用,可作为潜在的抗HEV药物进行深入研究。笔者对HEV编码蛋白和HEV RdRp的结构与功能进行阐述,总结目前发现的对HEV有抑制作用的RdRp抑制剂,以期为HEV的药物开发提供一种新的思路。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒(HEV) rna依赖性rna聚合(RdRp) 药物开发
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TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应检测登革病毒 被引量:19
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作者 柯昌文 郑夔 +3 位作者 张欣 周惠琼 段金花 林立丰 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2005年第8期716-720,共5页
目的建立一种敏感、特异、重复性好的登革病毒(Dengue Virus, DV)鉴定方法.方法根据DV 3'端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan MGB探针.利用1998~2004年收集的26份登革热病人临床血清标本,15例乙脑病人血清,DV 4个... 目的建立一种敏感、特异、重复性好的登革病毒(Dengue Virus, DV)鉴定方法.方法根据DV 3'端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan MGB探针.利用1998~2004年收集的26份登革热病人临床血清标本,15例乙脑病人血清,DV 4个血清型标准毒株及23株1978~1997年DV 地方流行株和相关西尼罗病毒、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒等毒株,同时用克隆了1型DV 基因组3'端非编码区序列片段的质粒DNA作为阳性对照,检测所建立方法的特异性、敏感性.结果所建立方法的最低检测限约为每反应5个基因拷贝.用该方法检测4个血清型DV 标准毒株、23株DV 地方流行株和26例分离到DV 的阳性血清标本,检出率为100 %;用该方法检测15例乙脑病人血清、10例麻疹病人血清和西尼罗病毒、日本脑炎病毒、麻疹病毒、基孔肯亚病毒,结果均为阴性.结论新建的TaqMan MGB探针检测DV 方法是实验室早期诊断登革热较理想的方法. 展开更多
关键词 登革病毒 TAQMAN MGB探针 实时聚合链反应
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流感病毒RNA聚合酶的分离与纯化 被引量:4
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作者 曲章义 赵育莹 +2 位作者 崔洪波 石浜明 谷鸿喜 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1999年第3期56-56,共1页
关键词 流感病毒 rna聚合 分离 纯化
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以T7 RNA聚合酶为基础的病毒拯救系统研究进展 被引量:7
6
作者 郑海学 常艳艳 +2 位作者 靳野 刘湘涛 谢庆阁 《动物医学进展》 CSCD 2007年第11期62-65,共4页
文章界定了与病毒拯救相关的一些概念,对T7RNA聚合酶(RNAP)为基础的病毒拯救系统研究进行概述。介绍了体外拯救方法及其缺点,并以最常用的痘病毒载体表达T7RNAP为基础的体内拯救方法为例,介绍了该方法对病毒拯救的研究进展及缺点,进一... 文章界定了与病毒拯救相关的一些概念,对T7RNA聚合酶(RNAP)为基础的病毒拯救系统研究进行概述。介绍了体外拯救方法及其缺点,并以最常用的痘病毒载体表达T7RNAP为基础的体内拯救方法为例,介绍了该方法对病毒拯救的研究进展及缺点,进一步介绍了无痘病毒表达T7RNAP细胞系的RNA病毒拯救体系的建立和研究,为病毒拯救,特别是以T7RNAP为基础的病毒拯救试验方案提供参考。 展开更多
关键词 T7 rna聚合 病毒拯救 感染性克隆 反向遗传操作技术
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SARS冠状病毒RNA聚合酶编码区分析 被引量:3
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作者 芮伟 张其鹏 +4 位作者 石磊 卢铭 景霞 国强华 尚彤 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第B05期137-138,共2页
关键词 SARS 冠状病毒 rna 聚合编码区分析
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甲型流感病毒RNA聚合酶——抗病毒药物靶点 被引量:4
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作者 罗芬 马卫列 张志珍 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期434-440,共7页
甲型流感病毒的RNA聚合酶由PB1、PB2和PA三个亚基组成,在病毒的生命周期中负责行使病毒基因组的转录与复制等多方面功能.甲型流感病毒由于频繁变异,导致其对传统抗病毒药物的敏感性降低,因此开发疗效好、针对性强、毒性低的新型抗病毒... 甲型流感病毒的RNA聚合酶由PB1、PB2和PA三个亚基组成,在病毒的生命周期中负责行使病毒基因组的转录与复制等多方面功能.甲型流感病毒由于频繁变异,导致其对传统抗病毒药物的敏感性降低,因此开发疗效好、针对性强、毒性低的新型抗病毒药物已成为当前亟待解决的问题.由于RNA聚合酶是甲型流感病毒生命周期重要的调控蛋白,并且编码聚合酶各亚基的基因序列具有高度保守性,故成为当前抗病毒药物的重要靶点. 展开更多
关键词 甲型流感病毒 rna聚合 药物靶点
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逆转录病毒载体介导的T7RNA聚合酶在猪源细胞PK15及SK6中的稳定表达 被引量:2
9
作者 吴锦艳 田宏 +4 位作者 郑海学 陈妍 靳野 尚佑军 刘湘涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期527-532,共6页
本研究旨在利用逆转录病毒载体系统将T7RNA聚合酶基因导入猪源细胞,并对该基因的遗传稳定性进行分析。作者克隆并构建含T7RNA聚合酶基因的逆转录病毒重组载体pBABEpuro/T7。将pBABEpuro/T7与水泡性口炎病毒载体pVSV-G共转染GP2-293细胞... 本研究旨在利用逆转录病毒载体系统将T7RNA聚合酶基因导入猪源细胞,并对该基因的遗传稳定性进行分析。作者克隆并构建含T7RNA聚合酶基因的逆转录病毒重组载体pBABEpuro/T7。将pBABEpuro/T7与水泡性口炎病毒载体pVSV-G共转染GP2-293细胞,收获重组病毒并用该病毒在Polybrene的介导下分别感染PK15和SK6细胞,用嘌呤霉素筛选阳性细胞克隆。对此阳性细胞进行传代,并对不同代次细胞中的T7RNA聚合酶基因进行扩增,确定其遗传稳定性。用直接荧光法和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测细胞中T7RNA聚合酶基因的表达及其活性。结果表明T7RNA聚合酶能够被稳定地整合进靶细胞基因组内,细胞系内的T7RNA聚合酶具有较好的转录活性,其活性传代不减弱。免疫荧光检测发现所表达的T7RNAP蛋白具有良好的反应原性。本研究表明T7RNA聚合酶基因稳定整合进猪源细胞,该基因的稳定整合为建立高效体内病毒拯救系统提供了良好的工具。 展开更多
关键词 T7rna聚合基因 逆转录病毒载体 PK15细胞 SK6细胞 稳定表达
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流感病毒RNA聚合酶串联亲和纯化方法的建立 被引量:2
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作者 李印 邓国华 +3 位作者 崔佳莹 于洋 丁晴薇 陈化兰 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期841-844,共4页
为建立流感病毒RNA聚合酶的串联亲和纯化方法,本实验由鸡胚尿囊液中提取病毒核酸,经过RT-PCR和常规PCR方法扩增禽流感病毒株A/Duck/Guangxi/35/01(H5N1)的PB1、PB2和PA的cDNA。分别将PB2基因连接于pcDNATAP载体中,PB1和PA基因连接于pcDN... 为建立流感病毒RNA聚合酶的串联亲和纯化方法,本实验由鸡胚尿囊液中提取病毒核酸,经过RT-PCR和常规PCR方法扩增禽流感病毒株A/Duck/Guangxi/35/01(H5N1)的PB1、PB2和PA的cDNA。分别将PB2基因连接于pcDNATAP载体中,PB1和PA基因连接于pcDNA3A载体中构建了pcDNA-35PB2TAP、pcDNA-35PB1和pcDNA-35PA重组质粒。将构建的真核表达重组质粒共转染293T细胞,经过串联亲和纯化方法获得流感病毒依赖RNA的RNA聚合酶复合体(RdRp)。利用RNA体外合成试验验证获得的RdRp具有生物学活性。 展开更多
关键词 H5亚型禽流感病毒 rna聚合复合体 串联亲和纯化
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聚合酶链反应检测急性病毒性脑炎人类小RNA病毒 被引量:4
11
作者 李双杰 金玉贤 +4 位作者 袁小平 袁玲玲 田算梅 周太国 钟莲芳 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 1996年第6期412-413,共2页
急性病毒性脑炎由多种病毒引起,病因学诊断一直是医学界试图解决的问题。聚合酶链反应(PCR)在病毒学诊断中具有广阔的应用前景,我们用PCR技术对56例临床诊断为急性病毒性脑炎患儿脑脊液进行人类小RNA病毒的检测,现报告如下。 方法与结果... 急性病毒性脑炎由多种病毒引起,病因学诊断一直是医学界试图解决的问题。聚合酶链反应(PCR)在病毒学诊断中具有广阔的应用前景,我们用PCR技术对56例临床诊断为急性病毒性脑炎患儿脑脊液进行人类小RNA病毒的检测,现报告如下。 方法与结果 一、对象 (1)病例组:1994年1月~1995年6月在本院儿科住院患儿,经临床检查(病史、临床表现、脑脊液检查、脑电图等) 展开更多
关键词 病毒性脑炎 rna病毒 聚合链反应
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丙型肝炎病毒依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)研究进展 被引量:2
12
作者 陈忠斌 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第6期605-608,共4页
由于缺乏合适的HCV感染细胞模型 ,严重制约了HCV复制 ,特别是HCV复制的关键因子依赖于RNA的RNA聚合酶 (RdRp)的研究 .对HCV序列比较分析并通过异源表达证明NS5B是HCV复制的RdRp .NS5BC端疏水性氨基酸区域以及NS5B与细胞膜形成复合体等影... 由于缺乏合适的HCV感染细胞模型 ,严重制约了HCV复制 ,特别是HCV复制的关键因子依赖于RNA的RNA聚合酶 (RdRp)的研究 .对HCV序列比较分析并通过异源表达证明NS5B是HCV复制的RdRp .NS5BC端疏水性氨基酸区域以及NS5B与细胞膜形成复合体等影响NS5B溶解性 .在合适的反应条件下NS5B可以多种RNA分子为模板催化RNA复制 ,特别是能有效复制HCV全长 (+ )RNA .高浓度GTP激活HCVRdRp活性 .NS5BN/C端缺失突变和保守性A、B、C区中的点突变影响RdRp活性 ,但D区 345位精氨酸突变为赖氨酸时RdRp活性明显升高 . 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 非结构蛋白NS5B rna聚合
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基于分子对接技术精细分析中药化学成分与新型冠状病毒RNA聚合酶之间的结合模式 被引量:8
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作者 彭安堂 苏彦雷 +6 位作者 刘倩 常希龙 汪俊松 霍长虹 王建荣 段绪红 师洋 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2021年第4期94-101,I0034-I0039,共14页
以SARS RNA聚合酶6NUR为模板,采用同源建模方法,构建出了新型冠状病毒RNA聚合酶的三维结构模型,以之为抗病毒的研究靶点,精细分析靶酶中NTPs结合位点处氨基酸与底物抑制剂的分子间相互作用,虚拟筛选得出黄酮类化合物为抗新型冠状病毒活... 以SARS RNA聚合酶6NUR为模板,采用同源建模方法,构建出了新型冠状病毒RNA聚合酶的三维结构模型,以之为抗病毒的研究靶点,精细分析靶酶中NTPs结合位点处氨基酸与底物抑制剂的分子间相互作用,虚拟筛选得出黄酮类化合物为抗新型冠状病毒活性较强成分,研究结果被证明与抗疫临床治疗实践具有非常高的关联性,亦与某些黄酮类化合物为NS5B抑制剂从而具有抗丙型肝炎病毒活性的现实相符合,故认为以黄酮类化合物为代表的某些中药成分是抗新型冠状病毒的有效成分,希望能引起国内外科研人员的注意,能进一步的实验验证,助力于早日研发成功更好的抗新型冠状病毒药物。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 中医 rna聚合 同源建模 6NUR 6M71 分子对接 抑制剂 瑞德西韦 法匹拉韦 黄酮 丙型肝炎病毒 NS5B
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基于T7 RNA聚合酶的传染性法氏囊病病毒反向遗传系统的建立
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作者 魏永伟 章晓栋 +2 位作者 侯贤宏 徐弘 于涟 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期602-607,共6页
为了建立传染性法氏囊病病毒反向遗传系统,应用PCR法在鸡传染性法氏囊病病毒基因组A、B两节段的5末端和3末端分别引入T7启动子和核酶HDV序列,然后分别将含有T7启动子和核酶HDV序列的A、B节段构建到载体PT-Pluc当中,构建感染性载体PT-mA... 为了建立传染性法氏囊病病毒反向遗传系统,应用PCR法在鸡传染性法氏囊病病毒基因组A、B两节段的5末端和3末端分别引入T7启动子和核酶HDV序列,然后分别将含有T7启动子和核酶HDV序列的A、B节段构建到载体PT-Pluc当中,构建感染性载体PT-mA和PT-mB.在脂质体介导下将PT-mA和PT-mB共转染经痘病毒vTF7-3(含T7 RNA聚合酶基因,能稳定表达T7 RNA聚合酶)预先感染1 h的vero细胞.细胞病变观测、间接免疫荧光试验、电镜观察和分子标记检测证实成功实现了鸡传染性法氏囊病病毒的遗传拯救. 展开更多
关键词 IBDV 反向遗传 T7 rna聚合
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逆转录聚合酶链反应检测Ⅲ型登革病毒的敏感性和特异性研究
15
作者 李刚 王飞 +2 位作者 郭日波 柯伟民 廖育煌 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 1993年第3期235-237,共3页
本文应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,检测Ⅲ型登革病毒基因。所设计引物在E基因组,引物2位于核苷酸序列的1139~1158位,引物1位于1453~1471位,反应产物为333bp,内含1个HindⅢ限制性内切酶位点,酶切后有128 bp和199 bp两个片段。... 本文应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,检测Ⅲ型登革病毒基因。所设计引物在E基因组,引物2位于核苷酸序列的1139~1158位,引物1位于1453~1471位,反应产物为333bp,内含1个HindⅢ限制性内切酶位点,酶切后有128 bp和199 bp两个片段。产物在含溴化乙锭的2%琼脂糖中电泳。采用RT-PCR法可测出少至5个半数组织细胞培养感染量(TCID_so)的病毒RNA。 展开更多
关键词 逆转录聚合链反应 登革病毒 特异性研究 E基因 组织细胞培养 引物 敏感性 限制性内切 rna
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基于RNA聚合酶Ⅱ的传染性法氏囊病病毒反向遗传系统的建立
16
作者 魏永伟 侯贤宏 +3 位作者 章晓栋 徐弘 吕冬梅 于涟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期751-754,共4页
应用重叠PCR法在鸡传染性法氏囊病病毒基因组A、B两节段的5'末端和3'末端分别引入具有自我剪切功能的核酶HamRz和HDV序列,然后分别将含有核酶序列的A、B节段构建到pCI真核载体当中,构建真核载体pCI-ma核pCI-mb。在脂质体介导下,... 应用重叠PCR法在鸡传染性法氏囊病病毒基因组A、B两节段的5'末端和3'末端分别引入具有自我剪切功能的核酶HamRz和HDV序列,然后分别将含有核酶序列的A、B节段构建到pCI真核载体当中,构建真核载体pCI-ma核pCI-mb。在脂质体介导下,将pCI-ma和pCI-mb共转染Vero细胞。细胞病变观测、间接免疫荧光试验和分子标记检测证实成功实现了鸡传染性法氏囊病病毒的遗传拯救。 展开更多
关键词 IBDV rna聚合 反向遗传
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重组西尼罗病毒NS5融合蛋白依赖RNA的RNA聚合酶特性鉴定
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作者 李晓峰 陈水平 +4 位作者 姜涛 邓永强 秦成峰 于曼 秦鄂德 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期630-636,共7页
西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)非结构蛋白NS5是病毒基因组复制的关键蛋白.以病毒全长cDNA克隆为模板,PCR扩增获得NS5的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)活性区(NS5pol)及该蛋白完整的编码序列(NS5F),分别克隆于原核表达载体pET-28a并转化至... 西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)非结构蛋白NS5是病毒基因组复制的关键蛋白.以病毒全长cDNA克隆为模板,PCR扩增获得NS5的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)活性区(NS5pol)及该蛋白完整的编码序列(NS5F),分别克隆于原核表达载体pET-28a并转化至大肠杆菌E.coli BL21(DE3)中诱导表达.表达的可溶性重组蛋白经Ni柱亲和层析纯化后进行SDS-PAGE和Western印迹鉴定.结果显示,二者均为病毒特异蛋白,且纯度均在90%以上.进一步的体外RdRp分析及EMSA的结果表明,NS5pol和NSF5均有较高的RdRp活性,且该活性具有RNA模板序列和二级结构的特异性.获得的具有RdRp活性的NS5pol和NS5F为西尼罗病毒基因组复制相关元件的研究奠定了基础. 展开更多
关键词 西尼罗病毒 NS5蛋白 rna依赖的rna聚合
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鸭坦布苏病毒RNA依赖RNA聚合酶的真核表达及生物信息学分析
18
作者 韩凯凯 严若峰 +7 位作者 刘青涛 刘宇卓 李银 赵冬敏 黄欣梅 章丽娇 杨婧 付晨 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期204-210,共7页
旨在对鸭坦布苏病毒NS5蛋白功能基团RNA依赖RNA聚合酶进行真核表达,同时对其蛋白结构和功能进行生物信息学分析。首先查找GenBank数据库中收录的DTMUV基因序列,以RdRp基因为研究对象,通过软件设计并合成特异性引物,RT-PCR技术扩增RdRp基... 旨在对鸭坦布苏病毒NS5蛋白功能基团RNA依赖RNA聚合酶进行真核表达,同时对其蛋白结构和功能进行生物信息学分析。首先查找GenBank数据库中收录的DTMUV基因序列,以RdRp基因为研究对象,通过软件设计并合成特异性引物,RT-PCR技术扩增RdRp基因,回收PCR产物并与pCMV-N-Flag真核表达载体相连接,构建真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp,将测序无误的质粒转染至BHK-21细胞,通过Western Blot和间接免疫荧光技术检测该蛋白在BHK-21细胞内的表达。同时针对RdRp蛋白,利用生物信息学软件进行序列分析、结构解析及功能预测。通过PCR方法成功扩增RdRp基因,构建的真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp经双酶切鉴定证明正确,进一步通过间接免疫荧光技术与Western Blot检测发现,重组质粒pCMV-Flag-RdRp在BHK-21细胞内正常表达,生物信息学分析发现,RdRp蛋白编码606个氨基酸,分子式为C_(3091)H_(4810)N_(870)O_(894)S_(41),编码蛋白亲水性平均系数为-0.536,不稳定指数为42.15,含有丰富的磷酸化位点及O-糖基化位点。其二级结构包含46.37%的α-螺旋、12.54%的延伸链以及35.31%的无规则卷曲。上述结果为进一步研究坦布苏病毒致病性打下了基础。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 rna依赖rna聚合 生物信息学
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Ⅰ型鸭肝炎病毒RNA聚合酶基因的克隆及原核表达
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作者 王超 付玉志 +5 位作者 张伟伟 陈宗艳 李传峰 杨宗伟 吴润 刘光清 《中国动物传染病学报》 CAS 2011年第2期20-25,共6页
根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV-Ⅰ)ZJ-Ⅴ株基因组序列(GenBank登录号:EF382778),设计了一对扩增RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的特异性引物,以ZJ-Ⅴ株基因组为模板,扩增DHV-Ⅰ的RdRp基因。运... 根据Ⅰ型鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV-Ⅰ)ZJ-Ⅴ株基因组序列(GenBank登录号:EF382778),设计了一对扩增RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)的特异性引物,以ZJ-Ⅴ株基因组为模板,扩增DHV-Ⅰ的RdRp基因。运用DNAStar软件对ZJ-Ⅴ株病毒与GenBank上已发表的其他不同DHV毒株的RdRp基因序列进行同源性比较和遗传进化分析,结果表明,ZJ-Ⅴ株与A型DHV-ⅠR85952株(DQ226541)的同源性为97.1%,亲缘关系最近,与2株台湾新型(B型)DHV之间为76.9%和77.0%,与C-GY株和4株韩国新型(C型)DHV株之间为76.2%~76.5%,亲缘关系较远。将RdRp基因克隆至原核表达载体pET-32a(+),获得重组表达质粒pET-RdRp,转化宿主菌E.coli BL21(DE3),用IPTG进行诱导表达。SDS-PAGE分析结果显示RdRp蛋白分子量约为65 kDa,Western blot检测证明RdRp蛋白能与Ⅰ型鸭病毒性肝炎阳性血清产生特异性免疫反应,具有良好的免疫学活性。本文为进一步研究DHV-Ⅰ的复制机理奠定了基础。 展开更多
关键词 Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ) rna聚合基因(RdRp) 原核表达 序列分析
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RNA聚合酶Ⅱ大亚基羧基末端结构域:简单重复不简单
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作者 李淇 董志诚 刘敏 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1028-1041,共14页
转录作为遗传信息传递的关键步骤,由DNA依赖的RNA聚合酶执行。真核生物中,蛋白编码基因的转录由RNA聚合酶II(polymerase Ⅱ,Pol II)完成,Pol Ⅱ最大亚基RPB1羧基末端结构域(carboxy-terminal domain,CTD)包含特殊的串联七肽重复序列,这... 转录作为遗传信息传递的关键步骤,由DNA依赖的RNA聚合酶执行。真核生物中,蛋白编码基因的转录由RNA聚合酶II(polymerase Ⅱ,Pol II)完成,Pol Ⅱ最大亚基RPB1羧基末端结构域(carboxy-terminal domain,CTD)包含特殊的串联七肽重复序列,这些序列对转录过程至关重要。本文系统回顾并总结了真核生物RPB1 CTD的序列特征、演化历程,及其在转录过程中的调控作用,特别是通过翻译后修饰的动态变化来参与调控转录和加工过程,以加深人们对真核生物基因转录的复杂调控机制的理解,并为RPB1 CTD作用机制的进一步研究提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 rna聚合 羧基末端结构域 转录 磷酸化 相分离
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