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黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)扩增引物筛选及初步应用
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作者 宗凯 赵营莉 +3 位作者 周莉质 李秀秀 宫鹏 夏泉 《安徽农业科学》 CAS 2017年第29期149-152,共4页
[目的]建立并优化黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术扩增反应体系,对中药材黄芪甲基化水平进行研究。[方法]磁珠法提取黄芪DNA后,采用Hpa II/Msp I 2种内切酶进行酶切,将酶切产物加上连接接头序列,经预扩增和选择性扩增反应,最终从黄... [目的]建立并优化黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术扩增反应体系,对中药材黄芪甲基化水平进行研究。[方法]磁珠法提取黄芪DNA后,采用Hpa II/Msp I 2种内切酶进行酶切,将酶切产物加上连接接头序列,经预扩增和选择性扩增反应,最终从黄芪MSAP的256对引物中筛选出最佳分辨引物4对。应用筛选到的4对引物,分析12种不同产地黄芪的甲基化模式,并对甲基化水平聚类分析。[结果]经MSAP检测12个黄芪样本半甲基化率在12.5%~26.7%,全甲基化率在25.6%~51.1%,总甲基化率在48.7%~73.5%,总体上黄芪样本的全甲基化率大于半甲基化率。采用NTSYSpc软件对黄芪样品Hpa II和Msp I多态性数据进行分析,获得UPGMA聚类图和主成分分析PCA图。[结论]MSAP技术能够很好地用于黄芪的甲基化分析,结合NTSYSpc软件能对不同产地黄芪之间甲基化水平进行聚类分析,且初步分析结果表明从UPGMA和PCA图上来看,地区相近的单株聚类分析表现出了一定的地域性。 展开更多
关键词 黄芪 甲基敏感增多 选择 聚类分析
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山核桃甲基化敏感扩增多态体系的建立与甲基化初步分析 被引量:2
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作者 陈文充 贾宁 +2 位作者 董昂 闫道良 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期468-478,共11页
山核桃Carya cathayensis为浙江省重要的经济树种。近年来细胞生物学及分子标记的研究发现,山核桃中存在无融合生殖,天然群体的多态性不佳,存在印迹数量性状位点(iQTLs)。iQTLs与DNA甲基化有关,而DNA甲基化对生物表观遗传调控起着重要... 山核桃Carya cathayensis为浙江省重要的经济树种。近年来细胞生物学及分子标记的研究发现,山核桃中存在无融合生殖,天然群体的多态性不佳,存在印迹数量性状位点(iQTLs)。iQTLs与DNA甲基化有关,而DNA甲基化对生物表观遗传调控起着重要的作用,是可遗传的生物现象。甲基化敏感扩增多态(MSAP)是基于PCR扩增多态性的DNA甲基化检测方法。在建立山核桃MSAP标记体系的基础上对来自3个天然居群的山核桃单株样品进行了分析。结果表明:山核桃存在甲基化,非甲基化相对水平大于总甲基化相对水平,且两者间差异极显著(Wilcoxon Rank Sum检验P<0.001),内侧胞嘧啶甲基化相对水平远大于半甲基化相对水平,且两者间差异极显著(分子方差分析及邓肯多重比较, P<0.001);天然居群山核桃内侧胞嘧啶甲基化相对水平高,则半甲基化相对水平和非甲基化相对水平则相对较低,反之亦然;居群间存在明显的表观遗传分化,主要变异存在于居群内。此外,山核桃的MSAP体系可用于薄壳山核桃Carya illinoensis, 2个物种在位点及位点数上存在差异。 展开更多
关键词 林木育种学 山核桃 甲基 甲基敏感增多 表观遗传
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急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化的影响 被引量:6
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作者 吴彪 杨爱国 +3 位作者 孙秀俊 刘志鸿 周丽青 宫一震 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2016年第5期140-146,共7页
为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)... 为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)急性胁迫虾夷扇贝(原暂养于9℃的海水中)9 h和24 h后基因组DNA甲基化的变化情况。结果显示,9对引物在各组的总扩增位点数为314–337,总甲基化位点为79–94,所占比例为23.45%–28.51%;所有处理组基因组DNA总甲基化率低于对照组,急性升温胁迫使虾夷扇贝基因组DNA发生去甲基化,而且去甲基化程度随胁迫温差增大和胁迫时间增长而增强,说明急性升温胁迫能够改变DNA甲基化水平和模式。本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了新思路和研究基础,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 展开更多
关键词 虾夷扇贝 温度胁迫 DNA甲基 甲基敏感增多(msap)
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利用MSAP分析硫化氢对盐胁迫大豆甲基化的影响 被引量:4
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作者 何庆元 向仕华 +4 位作者 李正鹏 王松华 祝嫦巍 刘斌 吴萍 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期195-201,共7页
已有研究表明喷施一定浓度的H2S能够缓解大豆的盐胁迫伤害,为进一步研究H2S是否通过调节Na Cl胁迫下大豆的甲基化水平来缓解盐胁迫的影响,本研究以南农1138-2为材料,V2期对其进行0.08mol·L-1的Na Cl溶液的胁迫处理,然后每隔24h以... 已有研究表明喷施一定浓度的H2S能够缓解大豆的盐胁迫伤害,为进一步研究H2S是否通过调节Na Cl胁迫下大豆的甲基化水平来缓解盐胁迫的影响,本研究以南农1138-2为材料,V2期对其进行0.08mol·L-1的Na Cl溶液的胁迫处理,然后每隔24h以不同浓度的Na HS溶液(0.00、0.20、0.40、0.60和0.80 mmol·L-1)喷施大豆植株,利用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)方法分析H2S作用对盐胁迫下大豆V3和V4期甲基化类型及程度的影响。结果表明:Na Cl溶液除在V4期的外侧半甲基化外,其他各类甲基化水平均降低;而喷施一定浓度Na HS后,除V3期内侧甲基化表现不一致,2个时期Na Cl胁迫大豆其他类型的甲基化的水平基本都表现为先升高后降低。喷施H2S溶液可能通过恢复盐胁迫大豆所改变的甲基化类型和程度来缓解盐胁迫对大豆植株造成的伤害。 展开更多
关键词 大豆 NACL胁迫 甲基敏感增多(msap)
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水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定 被引量:3
5
作者 张勇 邓科君 +4 位作者 张韬 杨足君 彭金华 周建平 任正隆 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第9期983-990,共8页
采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲... 采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲基化修饰比例为20.17%。对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列,通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上。分析表明,这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区(47%)和第一外显子区(22%),在其侧翼序列中存在类似'CpG island'典型序列特征的'CpG'二核苷酸成簇富集区。在此基础上,对应用MSAP技术分离水稻基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及水稻基因组序列中'CpG island'类似序列分布特征和生物意义进行了讨论。 展开更多
关键词 水稻 表观遗传 DNA甲基 甲基敏感增多(msap) CPG岛
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不同辣椒品种果实发育过程中DNA甲基化的MSAP分析 被引量:3
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作者 李宁 帕提古丽.艾斯木托拉 +4 位作者 杨生保 王柏柯 唐亚萍 杨涛 余庆辉 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1601-1607,共7页
【目的】分析辣椒GB14和GB38果实发育过程中酶切位点的甲基化,为在分子水平上研究辣椒红素调控规律、在辣椒遗传育种中奠定理论基础。【方法】对辣椒果实发育成熟过程中的DNA甲基化修饰进行分析。【结果】DNA半甲基化条带比率与全甲基... 【目的】分析辣椒GB14和GB38果实发育过程中酶切位点的甲基化,为在分子水平上研究辣椒红素调控规律、在辣椒遗传育种中奠定理论基础。【方法】对辣椒果实发育成熟过程中的DNA甲基化修饰进行分析。【结果】DNA半甲基化条带比率与全甲基化条带比率均随着籽粒的生长发育而逐渐升高,两种辣椒果实绿熟期和红熟期基因组总体甲基化比例分别为36. 51%、36. 38%、35. 57%和35. 45%。对甲基化表现呈多态性变化的8个片段回收、测序分析表明,DNA甲基化发生的位点既存在于基因组的编码区,也存在于非编码区。【结论】在辣椒果实发育过程中,DNA甲基化修饰发生了巨大的变化; CCGG位点的半甲基化水平与辣椒红素积累呈正比。 展开更多
关键词 辣椒 果实发育 DNA甲基 甲基敏感增多分析
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家鸡胚胎发育过程DNA甲基化的MSAP检测 被引量:7
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作者 班谦 赵宗胜 曹体婷 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第21期9902-9904,共3页
[目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果... [目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果]共发现甲基化位点880个,CCGG位点单链外侧的胞嘧啶甲基化位点比例为20.48%,双链CCGG位点的内侧胞嘧啶甲基化19.30%,两者总比例为39.78%。[结论]鸡胚发育过程,DNA甲基化随着胚胎的发育呈升高趋势。 展开更多
关键词 甲基敏感增多 表观遗传 鸡胚 检测
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瓜实蝇DNA甲基化的MSAP体系建立与优化 被引量:1
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作者 龚治 周世豪 +2 位作者 马华博 张亚楠 符悦冠 《热带农业科学》 2016年第5期37-43,共7页
瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]是中国重要的蔬菜害虫,但其DNA甲基化研究尚未见报道。甲基化敏感扩增多态性是研究DNA甲基化的重要技术之一。通过对酶切反应、连接、PCR扩增和引物筛选等条件优化,建立瓜实蝇MSAP反应体系,即... 瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]是中国重要的蔬菜害虫,但其DNA甲基化研究尚未见报道。甲基化敏感扩增多态性是研究DNA甲基化的重要技术之一。通过对酶切反应、连接、PCR扩增和引物筛选等条件优化,建立瓜实蝇MSAP反应体系,即:120μL酶切体系中加入10 U的限制性内切酶与600 ng基因组DNA,于37℃酶切反应过夜;220μL连接体系中加入T4连接酶1 U,HpaⅡ-MspⅠ-adapter接头50 pmol,Eco R I-adapter接头5 pmol,并于16℃反应12 h;3连接产物稀释后进行PCR预扩增和选择性扩增,再经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测结果。通过该体系筛选出适用于瓜实蝇基因组DNA甲基化多态性研究的6对引物;瓜实蝇MSAP体系为瓜实蝇的表观遗传学研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 瓜实蝇 DNA甲基 甲基敏感增多 表观遗传
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不同感温性甘蓝型冬油菜DNA甲基化差异及At4g02000-like结构预测 被引量:5
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作者 白静 孙万仓 +8 位作者 刘丽君 武军艳 马骊 何辉立 常瑜 蒲媛媛 米文博 方彦 李学才 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期349-359,共11页
为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及... 为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及模式的变化情况进行检测,并对差异片段进行序列比对及克隆。结果发现:低温胁迫后,弱抗寒的14美切实7、14美切实16、14美切实20、14美切实3和美切实38等品系DNA甲基化水平有所升高,且具有较高的甲基化程度;而强抗寒的15TS306、14NS52-3、15TS309、14NS54-7和15TS312等品系去甲基化程度较高。经过对22条DNA甲基化特异片段的序列分析,有16条片段序列与已知和假定功能的酶及蛋白具有同源性,其中以At4g02000-like蛋白变化最为明显。克隆及生物信息学分析显示,At4g02000-like蛋白等电点9. 20,相对分子质量38. 89kD。甘蓝型冬油菜受低温胁迫后,抗寒性强的品种DNA甲基化水平降低,以去甲基化为主;抗寒性弱的材料DNA甲基化水平升高;而且油菜对低温环境的适应性与某些特定基因不同的甲基化模式密切相关。 展开更多
关键词 甘蓝型冬油菜 低温胁迫 DNA甲基 甲基敏感增多
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低温胁迫下水稻基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量:3
10
作者 王亚男 范思静 《安徽农业科学》 CAS 2017年第4期135-137,186,共4页
[目的]研究低温胁迫对水稻幼苗DNA甲基化水平及模式变化。[方法]以水稻幼苗为材料,利用66个不同的引物组合对来自对照(CK)、4℃低温胁迫1 d(T_1)、4℃低温胁迫2 d(T_2)、4℃低温胁迫3 d(T_3)和恢复2 d(T_4)的水稻DNA样品进行甲基化敏感... [目的]研究低温胁迫对水稻幼苗DNA甲基化水平及模式变化。[方法]以水稻幼苗为材料,利用66个不同的引物组合对来自对照(CK)、4℃低温胁迫1 d(T_1)、4℃低温胁迫2 d(T_2)、4℃低温胁迫3 d(T_3)和恢复2 d(T_4)的水稻DNA样品进行甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析,探讨低温胁迫和恢复后,DNA的甲基化水平及模式变化。[结果]甲基化水平分析表明,CK、T_1、T_2、T_3处理样本中总甲基化率分别为37.19%、33.79%、33.67%和32.67%。进一步分析表明低温胁迫处理导致水稻DNA总甲基化水平降低,然而恢复处理组(T_4)减缓了这种趋势。[结论]水稻基因组部分位点的甲基化可能参与了水稻对低温胁迫的响应。 展开更多
关键词 低温胁迫 水稻 甲基敏感增多 DNA甲基
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重金属铅镉对濒危植物中华水韭(Isoetes sinensis)DNA甲基化的影响 被引量:10
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作者 丁国华 郭丹蒂 +2 位作者 关旸 刘保东 池春玉 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期246-249,共4页
为研究古老植物对重金属胁迫的分子水平的响应,探究重金属对濒危植物DNA甲基化影响的特点,选择两种重金属Pb和Cd对濒危植物中华水韭进行胁迫处理,每种重金属设置3个处理浓度,胁迫处理至第28 d选取叶片,采用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)... 为研究古老植物对重金属胁迫的分子水平的响应,探究重金属对濒危植物DNA甲基化影响的特点,选择两种重金属Pb和Cd对濒危植物中华水韭进行胁迫处理,每种重金属设置3个处理浓度,胁迫处理至第28 d选取叶片,采用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)技术测定DNA甲基化程度。试验结果表明:重金属铅和镉均能够对中华水韭DNA甲基化产生影响,甲基化总体水平基本一致(对照、Pb处理和Cd处理分别为46.96%、48.23%和48.1%),但全甲基化水平(Pb处理是28.34%,Cd处理是20.25%)均低于对照(33.91%),而半甲基化水平(Pb处理是19.89%,Cd处理是27.85%)均高于对照(13.04%)。甲基化增强的变化,以无甲基化或内外侧胞嘧啶半甲基化向内外侧胞嘧啶全甲基化变化的模式为主。去甲基化的变化,以内外侧胞嘧啶全甲基化向无甲基化或内侧胞嘧啶半甲基化或全甲基化变化的模式为主。铅和镉胁迫在导致中华水韭DNA甲基化增强所占比率方面几乎相等(39.04%和39.71%),而在去甲基化所占比率方面镉(46.86%)高于铅(33.92%)。 展开更多
关键词 中华水韭 DNA甲基 甲基敏感增多(msap)
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泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化 被引量:3
12
作者 周贺 徐雯 +5 位作者 李雅娟 秦艳杰 李霞 麻天宇 肖逸啸 马海艳 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期550-555,共6页
为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切... 为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0.8μL、0.2 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1.5μL、0.375 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24.1%、20.8%、22.3%,半甲基化率分别41.4%、20.8%、33.3%,总甲基化率分别为65.5%、41.6%、55.6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。 展开更多
关键词 泥鳅 DNA甲基 甲基敏感增多(msap) 反应体系
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稻曲病菌休眠与非休眠厚垣孢子的MSAP分析 被引量:1
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作者 李小娟 李杰 +2 位作者 周瑚 任佐华 刘二明 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期129-134,共6页
本研究以稻曲病菌Ustilaginoidea virens黄色(非休眠)厚垣孢子、黑色(休眠)厚垣孢子、厚垣孢子萌发后产生的分生孢子(非休眠)3种孢子为材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性技术对供试材料基因组DNA进行甲基化分析,探究稻曲病菌休眠与非休... 本研究以稻曲病菌Ustilaginoidea virens黄色(非休眠)厚垣孢子、黑色(休眠)厚垣孢子、厚垣孢子萌发后产生的分生孢子(非休眠)3种孢子为材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性技术对供试材料基因组DNA进行甲基化分析,探究稻曲病菌休眠与非休眠厚垣孢子DNA甲基化的水平和模式。结果显示,3种形态孢子的基因组DNA甲基化水平差异明显,分生孢子基因组DNA中CCGG序列的总甲基化率为20.56%,黑色休眠厚垣孢子为25.63%,黄色非休眠厚垣孢子为33.52%。黄色和黑色的厚垣孢子主要是全甲基化模式,其全甲基化率高于半甲基化率,其中黄色厚垣孢子全甲基化率高达17.68%;分生孢子则是以半甲基化模式为主。结果对揭示稻曲病菌厚垣孢子休眠的分子机制,探究真核生物孢子的分子休眠机制有普遍意义。 展开更多
关键词 稻曲病菌 厚垣孢子 分生孢子 DNA甲基 甲基敏感增多
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