为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读...为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。展开更多
猪博卡病毒(PBo V)是2009年新发现的一种DNA病毒,常于腹泻仔猪体内检测到该病毒。为建立该病毒的检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的PBo V 1/2型的高度同源保守序列设计一对特异性引物,经PCR扩增条件优化,建立了PBo V 1/2型的PCR检测...猪博卡病毒(PBo V)是2009年新发现的一种DNA病毒,常于腹泻仔猪体内检测到该病毒。为建立该病毒的检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的PBo V 1/2型的高度同源保守序列设计一对特异性引物,经PCR扩增条件优化,建立了PBo V 1/2型的PCR检测方法。特异性试验结果显示,该PCR方法仅从PBo V 1或2型的阳性病料样品中特异性的扩增出751 bp的目的片段,而对猪伪狂犬病毒、圆环病毒、大肠杆菌、沙门氏菌的核酸样品的扩增结果均为阴性。敏感性试验显示,该PCR方法对PBo V 1/2重组质粒标准品的最低检测量为34.8拷贝/μL。对来自河南中牟、开封、兰考、濮阳、洛阳等地猪场发生腹泻疫情的70份猪病料样品,采用该方法进行检测,其中10份样品呈PBo V 1/2型阳性,阳性率为14.29%。该PCR检测方法的建立为PBo V1/2型的诊断和监测提供技术支持。展开更多
为了建立一种快速和高通量检测猪博卡病毒(PBoV)的方法,本研究根据GenBank中登录的PBoV 1/2型NS1基因高度同源保守序列设计并合成一对特异性引物,建立了检测PBoV1/2的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法。结果表明,该方法对常见的其它病毒均...为了建立一种快速和高通量检测猪博卡病毒(PBoV)的方法,本研究根据GenBank中登录的PBoV 1/2型NS1基因高度同源保守序列设计并合成一对特异性引物,建立了检测PBoV1/2的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法。结果表明,该方法对常见的其它病毒均未检测到荧光信号,而仅对PBoV1/2检测为阳性;其灵敏度为45拷贝/μL,比常规PCR方法高100倍;组内和组间变异系数均小于5%。本实验建立的荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,为PBoV的早期诊断和定量分析PBoV感染程度提供参考。展开更多
文摘为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。
文摘猪博卡病毒(PBo V)是2009年新发现的一种DNA病毒,常于腹泻仔猪体内检测到该病毒。为建立该病毒的检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的PBo V 1/2型的高度同源保守序列设计一对特异性引物,经PCR扩增条件优化,建立了PBo V 1/2型的PCR检测方法。特异性试验结果显示,该PCR方法仅从PBo V 1或2型的阳性病料样品中特异性的扩增出751 bp的目的片段,而对猪伪狂犬病毒、圆环病毒、大肠杆菌、沙门氏菌的核酸样品的扩增结果均为阴性。敏感性试验显示,该PCR方法对PBo V 1/2重组质粒标准品的最低检测量为34.8拷贝/μL。对来自河南中牟、开封、兰考、濮阳、洛阳等地猪场发生腹泻疫情的70份猪病料样品,采用该方法进行检测,其中10份样品呈PBo V 1/2型阳性,阳性率为14.29%。该PCR检测方法的建立为PBo V1/2型的诊断和监测提供技术支持。
文摘根据GenBank公布的猪博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV)序列,在VP1/2基因区域设计引物和TaqMan探针建立实时荧光定量PCR检测方法,对上海市10个区(县)规模场2006～2011年间采集的1800份猪血清、2010年种猪场不同月份采集的45份猪粪便、2010年9个规模场采集的27份猪鼻棉拭以及门诊采集的9份高热病死猪内脏进行检测,阳性率依次为24%、30%、0%、67%。6份PBoV阳性病料进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)、猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪细小病毒(Porcineparvovirus,PPV)检测,阳性率依次为83%、100%、0%、0%。检测结果表明,PBoV感染在上海市普遍存在,猪内脏中检出率较高,且春秋两季高发,仔猪比较易感,并与PRRSV、PCV2存在混合感染。
文摘为了建立一种快速和高通量检测猪博卡病毒(PBoV)的方法,本研究根据GenBank中登录的PBoV 1/2型NS1基因高度同源保守序列设计并合成一对特异性引物,建立了检测PBoV1/2的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法。结果表明,该方法对常见的其它病毒均未检测到荧光信号,而仅对PBoV1/2检测为阳性;其灵敏度为45拷贝/μL,比常规PCR方法高100倍;组内和组间变异系数均小于5%。本实验建立的荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,为PBoV的早期诊断和定量分析PBoV感染程度提供参考。
