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极小种群馨香玉兰特异性单核苷酸多态性位点开发
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作者 张涛 李学 +2 位作者 张竞 印轩鹏 贺水莲 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2022年第4期68-74,共7页
在馨香玉兰全基因组范围内进行特异性单核苷酸多态性(SNP)位点开发,为馨香玉兰濒危保护以及资源利用提供理论依据。利用以云南省5个野生居群和2个栽培居群共70个个体为材料,进行简化基因组测序技术(SLAF-seq),成功开发了843082个用于馨... 在馨香玉兰全基因组范围内进行特异性单核苷酸多态性(SNP)位点开发,为馨香玉兰濒危保护以及资源利用提供理论依据。利用以云南省5个野生居群和2个栽培居群共70个个体为材料,进行简化基因组测序技术(SLAF-seq),成功开发了843082个用于馨香玉兰SLAF建库的标签,其中多态性SLAF标记有287843个,通过数据质控,共获得了180650个高度一致性的群体SNP位点,利用SNP位点对馨香玉兰居群进行遗传多样性分析,结果显示:馨香玉兰的观测杂合度H_(o)为0.2697,期望杂合度H_(e)为0.3355,Shannon指数为0.5069,Nei多样性指数为0.3553。结果表明,利用SLAF-seq技术能够实现全基因组范围内的大量SNP标记位点开发,利用大量的SNP位点解析物种的遗传多样性更具准确性和先进性。 展开更多
关键词 馨香玉兰 特异性单核苷酸多态性 遗传多样性 简化基因组测序技术
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小叶杨GA20氧化酶基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析 被引量:7
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作者 卫尊征 郭琦 +2 位作者 李百炼 张金凤 张德强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第4期19-27,共9页
利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为38... 利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%。组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,在形成层组织中表达丰度极低。在此基础上,组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对小叶杨36株基因型个体的PsGA20Ox基因组DNA序列进行比对和分析,检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,频率为1/35bp。其中,15个是常见SNPs,34个为罕见SNPs。在这些SNPs中,37个属于转换,12个属于颠换。在外显子区域,共检测到26个SNP位点,其中23个为同义突变,3个为错义突变。对PsGA20Ox基因内SNPs进行的连锁不平衡分析表明,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部就迅速衰退,因此,在小叶杨中,基于候选基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的。 展开更多
关键词 小叶杨 赤霉素20氧化酶基因 组织异性反转录PCR表达 单核苷酸多态性
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单核苷酸多态性(SNP)分型的主要方法及研究进展 被引量:4
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作者 刘健 宋倩倩 +1 位作者 翁巧琴 张金枝 《浙江畜牧兽医》 2016年第3期12-14,共3页
近年来,随着现代分子生物学的发展,遗传标记也在不断的发展与进步。目前,基因的单核苷酸多态性(SNP)已成为继RFLP,SSR之后的第三代分子遗传标记。SNP是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基转换、颠换、插... 近年来,随着现代分子生物学的发展,遗传标记也在不断的发展与进步。目前,基因的单核苷酸多态性(SNP)已成为继RFLP,SSR之后的第三代分子遗传标记。SNP是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基转换、颠换、插入及缺失等形式,具有数量丰富,分辨率高,覆盖基因组范围大,遗传稳定等主要优点。因此,SNP可广泛应用于农学、医学及生物进化等相关领域,作为稳定的分子遗传标记从而开展相关研究。 展开更多
关键词 遗传标记 单核苷酸多态性 基因组水平 SNP 序列多态性 颠换 DNA 生物进化 单碱基 等位基因异性
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DNA修复基因XRCC1单核苷酸多态性与SLE的相关性
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作者 张敏 齐名 +3 位作者 车敦发 管海宏 胡文星 邓德权 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期115-117,共3页
目的分析中国汉族人群SLE患者与健康对照人群中DNA修复基因X线修复交叉互补基因1(XRCC1)的单核苷酸多态性(SNP)分布,探讨其对SLE易感性的影响及与临床表现、实验室指标的关联程度。方法用等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测39例中国汉族SLE... 目的分析中国汉族人群SLE患者与健康对照人群中DNA修复基因X线修复交叉互补基因1(XRCC1)的单核苷酸多态性(SNP)分布,探讨其对SLE易感性的影响及与临床表现、实验室指标的关联程度。方法用等位基因特异性PCR(AS-PCR)检测39例中国汉族SLE患者和40例中国汉族健康人的XRCC1基因多态位点Arg194Trp、Arg280His和Arg399G1n的SNP型别。结果 SLE组XRCC1多态位点Arg399G1n等位基因和基因型频率分布与健康人对照组比较具有显著性差异(P<0.05)。XRCC1多态位点Arg194Trp与SLE患者的血液系统损害及抗SS-A抗体的存在相关(P<0.05)。结论 XRCC1基因SNP与SLE发生及临床表现和自身抗体可能相关。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 系统性红斑狼疮 X线修复交叉互补基因1 DNA修复 等位基因异性聚合酶链反应
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等位基因特异性PCR技术在5-脂氧合酶基因多态性检测中的应用 被引量:3
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作者 白春英 史铁伟 +6 位作者 瑞云 于晓明 张朝军 仝丽娟 李秀君 高丽枫 周静 《山东医药》 CAS 2012年第31期28-29,共2页
目的探讨等位基因特异性PCR技术检测5-脂氧合酶基因六个位点的单核苷酸多态性(SNP)的效果。方法采集36例哮喘患者外周静脉血2 mL,用0.2%氯化钠处理收集白细胞,采用基因组DNA提取试剂盒抽提基因组DNA,采用等位基因特异性PCR(AS-PCR)法直... 目的探讨等位基因特异性PCR技术检测5-脂氧合酶基因六个位点的单核苷酸多态性(SNP)的效果。方法采集36例哮喘患者外周静脉血2 mL,用0.2%氯化钠处理收集白细胞,采用基因组DNA提取试剂盒抽提基因组DNA,采用等位基因特异性PCR(AS-PCR)法直接对已知位点的SNP进行扩增分型。针对野生型和突变型设计3'端的碱基,且倒数第二位的碱基设计故意错配的碱基,用以提高引物的特异性。结果 5-脂氧合酶六个位点的SNP检测结果准确清晰。结论采用本研究设计的引物可以对5-脂氧合酶的六个位点直接扩增分型;与测序法和限制性内切酶酶切法相比,等位基因特异性PCR技术检测5-脂氧合酶六个位点的SNP具有经济、快速、简便、易行等特点。 展开更多
关键词 等位基因异性PCR 5-脂氧合酶 单核苷酸多态性
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热性惊厥患儿白细胞介素-6基因多态性分析及血清神经元特异性烯醇化酶水平的研究 被引量:7
6
作者 吴晖 章武强 +2 位作者 李军 徐南平 柯江维 《中国医药导报》 CAS 2014年第33期51-53,共3页
目的 探讨白细胞介素-6(IL-6)基因多态性及血清神经元特异性烯醇化酶(NSE)水平与小儿热性惊厥(FS)的关系.方法 选择2011年6月~2013年4月江西省儿童医院收治的FS患儿90例为FS组,同期门诊健康体检儿童70例为对照组.采用PCR/RFLP对F... 目的 探讨白细胞介素-6(IL-6)基因多态性及血清神经元特异性烯醇化酶(NSE)水平与小儿热性惊厥(FS)的关系.方法 选择2011年6月~2013年4月江西省儿童医院收治的FS患儿90例为FS组,同期门诊健康体检儿童70例为对照组.采用PCR/RFLP对FS组与对照组小儿的IL-6基因的-572位点基因进行分析;同时采用ELISA法对患儿的NSE进行测定.结果 IL-6基因-572位启动区-572位点存在C→G单核苷酸替换多态性,在FS组与对照组间分布差异有统计学意义(P<0.05),FS组-572位点G等位基因频率均显著高于对照组(P< 0.05);FS组NSE水平明显高于对照组(P<0.01).结论 IL-6基因-572C/G多态性可能是儿童FS发病的遗传危险因素之一;惊厥患儿易发生脑损伤,应尽早检测血清NSE,且尽早进行干预治疗. 展开更多
关键词 热性惊厥 白细胞介素-6 基因多态性 神经元异性烯醇化酶
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应用富含GC区SNP分型的序列特异性PCR新方法检测子宫内膜癌特定位点C729T多态性 被引量:1
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作者 王彩凤 陈葳 李旭 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期986-992,共7页
目的建立适合富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,分析子宫内膜癌特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。方法选择22例子宫内膜癌患者与42例良性病患者为研究对象。建立富含GC区序列特异性PCR(SS-PCR)。将两对引物分别进行PCR扩增,... 目的建立适合富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,分析子宫内膜癌特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。方法选择22例子宫内膜癌患者与42例良性病患者为研究对象。建立富含GC区序列特异性PCR(SS-PCR)。将两对引物分别进行PCR扩增,所设计的两条特异性引物即内引物分别与DNA 双链的两条单链相同,其3′端正好与SNP位点重合,由引物的3′端控制着引物的延伸反应,根据延伸产物的条带确定SNP类型;并通过在引物的3′端区域倒数第3位引入一个人为不匹配碱基来提高延伸反应的特异性。应用该方法鉴别Exon3 SNP位点C729T基因型,并通过直接测序法验证。结果建立的序列特异性PCR方法适合富含GC区SNP分型,能够准确分析子宫内膜癌的特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。结论富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,可以用于子宫内膜癌的特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。 展开更多
关键词 序列异性PCR 子宫内膜癌 雌激素受体Α 单核苷酸多态性 直接测序
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等位基因特异性扩增酶联免疫法检测CYP1A1基因多态性 被引量:3
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作者 周新文 石云 周宜开 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期133-134,共2页
目的 建立一种高效的基因多态性检测方法。方法 用等位基因特异性扩增 (ASA)和等位基因特异性扩增酶联免疫法(ASA ELISA)对CYP1A1基因m2多态性进行检测。结果 两种方法的检测结果基本一致 ,仅有 1例不相同。ASA ELISA将地高辛标记在... 目的 建立一种高效的基因多态性检测方法。方法 用等位基因特异性扩增 (ASA)和等位基因特异性扩增酶联免疫法(ASA ELISA)对CYP1A1基因m2多态性进行检测。结果 两种方法的检测结果基本一致 ,仅有 1例不相同。ASA ELISA将地高辛标记在扩增产物上 ,然后通过酶联免疫法检测扩增产物 ,检测灵敏度与等位基因特异性扩增 (ASA)后琼脂糖凝胶电泳相比高 10 0倍。结论 该方法具有操作简单、快速、灵敏度高等特点 ,可用于大标本量的基因多态性检测。 展开更多
关键词 基因多态性 等位基因异性扩增 酶联免疫法 CYP1A1基因
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等位基因特异性PCR检测CYP3A5和MDR-1基因多态性方法的建立及临床应用 被引量:2
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作者 吴洁 侯佳展 +4 位作者 程倩 李佳垚 李丹丹 尹逸丛 苏薇 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2017年第11期844-848,共5页
目的用等位基因特异性PCR(ARMS-PCR)检测细胞色素P450酶CYP3A5(A6986G)和多药耐药基因MDR-1(C3435T)基因多态性,探讨其与肾移植受者他克莫司(Tac)血药浓度和剂量比的相关性。方法根据CYP3A5(A6986G)和MDR-1(C3435T)基因多态性位点分别设... 目的用等位基因特异性PCR(ARMS-PCR)检测细胞色素P450酶CYP3A5(A6986G)和多药耐药基因MDR-1(C3435T)基因多态性,探讨其与肾移植受者他克莫司(Tac)血药浓度和剂量比的相关性。方法根据CYP3A5(A6986G)和MDR-1(C3435T)基因多态性位点分别设计ARMS-PCR引物,分析72例肾移植受者外周血基因组DNA中该2个基因位点的多态性,同时以DNA测序法为金标准进行验证。化学发光微粒子免疫分析法测定肾移植受者血Tac浓度,并比较术后1个月时不同基因型受者之间血Tac浓度、Tac剂量/Tac用量的差异。结果建立的ARMS-PCR法与DNA测序法检测符合率为100%。72例肾移植受者中,CYP3A5*1/*1、*1/*3和*3/*3基因型的发生频率分别为18.1%、31.9%和50.0%,MDR-1 C/C、C/T和T/T基因型的发生频率分别为27.8%、58.3%和13.9%。此外,不同CYP3A5基因型肾移植受者的血Tac浓度(P=0.014)和Tac浓度/Tac用量(P=0.019)均存在明显差异,进一步两两比较发现,CYP3A5*3/*3基因型受者血Tac浓度/Tac用量明显高于*1/*1和*1/*3基因型(P均<0.05)。结论成功建立检测CYP3A5和MDR-1基因多态性的ARMS-PCR法,肾移植受者CYP3A5*3基因多态性与Tac的药代动力学明显相关。 展开更多
关键词 等位基因异性PCR 细胞色素P450酶CYP3A5 多药耐药基因MDR-1 基因多态性
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青霉素过敏病人特异性IgE和IgG抗体、相关细胞因子及其基因多态性 被引量:2
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作者 乔海灵 田鑫 +4 位作者 郜娜 杨静 赵永星 张跃文 温强 《四川生理科学杂志》 2005年第4期182-183,共2页
关键词 青霉素过敏病人 异性IGE 相关细胞因子 IGG抗体 基因多态性 过敏反应机制 青霉素类抗生素 过敏性休克 临床应用
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青霉素类过敏病人血清中特异性IgE与HLA-DRB基因多态性
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作者 杨静 乔海灵 +1 位作者 刘久红 张跃文 《四川生理科学杂志》 2003年第3期136-136,共1页
关键词 青霉素类 过敏反应 血清 异性IGE HLA-DRB 基因多态性 基因频率
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青霉素类过敏病人血清中特异性IgE与IL-4RαQ576R等基因多态性
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作者 张跃文 乔海灵 +1 位作者 刘久红 杨静 《四川生理科学杂志》 2003年第3期136-137,共2页
关键词 青霉素类 过敏反应 血清 异性IGE IL-4RαQ576R 基因多态性
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牛POU1F1基因单核甘酸多态性与产奶性状关系的研究进展 被引量:3
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作者 贾祥捷 秦军 +2 位作者 李秋玲 王长法 杨桂文 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第5期138-142,共5页
垂体特异性转录因子-1(pituitary-specific transcription factor,POU1F1)是与牛产奶性状相关的重要候选基因,发生在POU1F1上的单核苷酸突变与产奶性状密切相关。作者从POU1F1及其蛋白质的结构、功能及与产奶性状的关系等几个方面进行... 垂体特异性转录因子-1(pituitary-specific transcription factor,POU1F1)是与牛产奶性状相关的重要候选基因,发生在POU1F1上的单核苷酸突变与产奶性状密切相关。作者从POU1F1及其蛋白质的结构、功能及与产奶性状的关系等几个方面进行了阐述。 展开更多
关键词 垂体异性转录因子1 结构 功能 多态性 产奶性状
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唐山地区汉族人群特应性皮炎患者外周血IL-10基因多态性分析 被引量:4
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作者 王生 刘洋 康康 《山东医药》 CAS 2018年第32期29-32,共4页
目的探讨唐山地区汉族人群特应性皮炎(AD)发病风险与外周血IL-10基因多态性的相关性。方法选择唐山地区汉族AD患者300例作为观察组,同期体检健康者300例作为对照组。采用Sequenom Mass ARRAY SNP基因分型技术检测两组外周血IL-10基因5个... 目的探讨唐山地区汉族人群特应性皮炎(AD)发病风险与外周血IL-10基因多态性的相关性。方法选择唐山地区汉族AD患者300例作为观察组,同期体检健康者300例作为对照组。采用Sequenom Mass ARRAY SNP基因分型技术检测两组外周血IL-10基因5个SNP位点(rs1554286、rs1518111、rs3021094、rs3024490、rs1800871)基因型,分析IL-10基因多态性与AD发病风险的相关性。结果 IL-10基因5个SNP位点均符合哈德-温伯格平衡(P-HWE>0.05)。观察组IL-10基因rs1554286位点AG、GG基因型,rs1518111位点CT、TT基因型,rs3024490位点AC、CC基因型,rs1800871位点AG、GG基因型占比均高于对照组(P均<0.01);rs3021094位点GT、GG基因型占比均低于对照组(P均<0.01)。观察组IL-10基因rs1554286位点等位基因G、rs1518111位点等位基因C、rs3024490位点等位基因C、rs1800871位点等位基因G频率均高于对照组,rs3021094位点G等位基因频率低于对照组(P均<0.01)。显性、隐性、加性遗传模型下IL-10基因rs1554286、rs1518111、rs3024490、rs1800871位点均与AD发病风险增加有关(P均<0.05);rs3021094位点均与AD发病风险降低有关(P均<0.05)。IL-10基因rs1554286、rs1518111、rs3021094、rs3024490、rs1800871这5个位点具有强连锁关系。ATGAA单体型与AD发病风险增加有关,GTTAA单体型与AD发病风险降低有关(P均<0.01)。结论唐山地区汉族人群AD发病风险可能与其外周血IL-10基因rs1554286、rs1518111、rs3021094、rs3024490、rs1800871位点多态性有关。 展开更多
关键词 应性皮炎 白细胞介素10 单核苷酸多态性 关联分析 汉族 唐山地区
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北京油鸡和矮脚鸡心脏型、脂肪型脂肪酸结合蛋白基因多态性的研究 被引量:31
15
作者 叶满红 曹红鹤 +3 位作者 文杰 李宏滨 陈继兰 赵桂萍 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期422-426,共5页
根据不同物种间同一基因核苷酸序列的保守性及相似性,设计特异性引物,利用聚合酶链式反应技术(PCR),扩增鸡心脏型脂肪酸结合蛋白(H FABP)基因第二内含子序列;根据已经发表的鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A FABP)基因mRNA序列,设计特异性引物... 根据不同物种间同一基因核苷酸序列的保守性及相似性,设计特异性引物,利用聚合酶链式反应技术(PCR),扩增鸡心脏型脂肪酸结合蛋白(H FABP)基因第二内含子序列;根据已经发表的鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A FABP)基因mRNA序列,设计特异性引物,扩增鸡A FABP基因第三内含子序列。选用HhaⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ、BamHⅠ、EcoRⅠ、PstⅠ、XmnⅠ和HindⅢ8种限制性内切酶对扩增产物分别进行单酶切,发现H FABP基因第二内含子HhaⅠPCR RFLP及A FABP基因第三内含子HinfⅠPCR RFLP。 展开更多
关键词 北京油鸡 矮脚鸡 心脏型 脂肪型 脂肪酸 蛋白基因 多态性 聚合酶链式反应 异性引物 内切酶
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药物代谢酶CYP3A在中国肾移植人群的遗传多态性 被引量:8
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作者 储小曼 闵佩清 +2 位作者 张静 孔诚 蔡卫民 《医学研究生学报》 CAS 2005年第2期107-111,共5页
目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方... 目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方法:用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性(PCR RFLP)法及特异性等位基因 扩增(PCR ASA)法分别建立了CYP3A的CYP3A4亚型三个新突变点(CYP3A4 4、 5、 6)及CYP3A5亚型的 CYP3A5 3基因分型方法,并对中国肾移植人群进行基因分型。 结果:CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3在中 国肾移植人群的基因频率分别为0.75%、0.76%、0.75%和27.83%;个体突变率分别为2/133、3/197、3/200和 55/115。 结论:研究结果提示,中国肾移植人群中CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3的存在可能使其表达的药 物代谢酶活性改变,从而影响药物在体内的代谢过程。 展开更多
关键词 CYP3A 基因多态性 药物代谢 异性等位基因扩增法 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性
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鹅Pit-1基因部分序列多态性分析 被引量:1
17
作者 程金花 赵文明 +4 位作者 乔娜 王学斌 姜庆林 张康宁 陈国宏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期658-663,共6页
根据鸡Pit-1 mRNA和基因组序列设计1对引物,以籽鹅、狮头鹅、皖西白鹅、四季鹅、浙东白鹅和朗德鹅6个群体的DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段。结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB;与AA基因型相... 根据鸡Pit-1 mRNA和基因组序列设计1对引物,以籽鹅、狮头鹅、皖西白鹅、四季鹅、浙东白鹅和朗德鹅6个群体的DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段。结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB;与AA基因型相比,BB基因型分别在扩增片段的132和145 bp后插入3和13 bp。所有群体在该突变位点上的等位基因频率均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);朗德鹅群体基因型分布与其他5个鹅群体均存在极显著差异(P<0.01);籽鹅和狮头鹅群体内基因型的分布与其他3个鹅群体存在显著差异(P<0.05)。在狮头鹅和朗德鹅群体内,等位基因A为优势等位基因,而在皖西白鹅、四季鹅和浙东白鹅群体内等位基因B为优势等位基因。 展开更多
关键词 垂体异性转录因子 多态性
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基于竞争性等位基因特异性PCR技术对啤酒花进行纯度检测 被引量:2
18
作者 蒋培基 王德良 +4 位作者 江伟 宋涛 李涛 蒲彪 栾春光 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期211-216,共6页
基于已知数据库中啤酒花的基因组信息和测序信息设计引物,筛选出了可以区分7个啤酒花品种的8个多态性良好的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点。并基于竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific PCR... 基于已知数据库中啤酒花的基因组信息和测序信息设计引物,筛选出了可以区分7个啤酒花品种的8个多态性良好的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点。并基于竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific PCR,KASP)技术,利用筛选到的特异SNP标记对8份预混样品与2份企业送检样品进行了检测。结果表明,该技术能对混杂程度低至5%的啤酒花样品进行有效鉴定,可以满足企业对实际啤酒花样品进行检测评价的要求。研究结果完善了啤酒花的SNP数据库,为啤酒企业对于原料质量的把控提供有效的技术手段。 展开更多
关键词 啤酒花 单核苷酸多态性 基因异性PCR 真实性检测 纯度检测
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CASP8基因多态性与食管鳞癌淋巴结转移易感性的关系 被引量:1
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作者 王旭 顾海勇 +3 位作者 尹俊 朱静峰 唐巍峰 陈锁成 《山东医药》 CAS 2013年第29期48-50,共3页
目的探讨天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶8(cAsP8) rs1035142G〉T基因多态性与食管鳞癌淋巴结转移易感性的关系。方法应用sNPscan“高通量基因分型技术检测食管鳞癌淋巴结转移组85例和无淋巴结转移组270例患者cAsP8 rs1035142 G〉T基因... 目的探讨天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶8(cAsP8) rs1035142G〉T基因多态性与食管鳞癌淋巴结转移易感性的关系。方法应用sNPscan“高通量基因分型技术检测食管鳞癌淋巴结转移组85例和无淋巴结转移组270例患者cAsP8 rs1035142 G〉T基因多态性,并计算各种基因型的淋巴结转移风险(以D兄表示)及其95%可信区间(c,)。结果cAsP8 rs1035142G〉T三种基因型GG、CT、TT在淋巴结转移组和无淋巴结转移组的频率分布无统计学差异(P=0.123)。多因素Logistic回归发现,在调整了年龄、性别、吸烟及饮酒状况后,携带GT基因型的个体淋巴结转移风险比携带GG基因型的个体显著增加(调整OR=1.77,95%CI=1.02~3.09,P=0.04)。结论cAsP8 rs1035142GT基因型可能是食管鳞癌淋巴结转移的易感因素。 展开更多
关键词 食管肿瘤 天冬氨酸异性半胱氨酸蛋白酶 多态性 单核苷酸 淋巴结转移
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玻璃红鲤MHCⅡ类基因多态性与组织表达分析 被引量:2
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作者 张天睿 刘至治 +2 位作者 刘俊 赵雪锦 王成辉 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2013年第3期15-20,共6页
以cDNA为模板进行PCR扩增和克隆分析,从7尾玻璃红鲤(Cyprinus carpio var.wananensis)的70个有效克隆中,获得长度为624 bp的MHC IIα/β不同编码序列25/31个,分属于7/10个不同等位基因,揭示玻璃红鲤MHC II类基因的多态性仍较丰富。其中C... 以cDNA为模板进行PCR扩增和克隆分析,从7尾玻璃红鲤(Cyprinus carpio var.wananensis)的70个有效克隆中,获得长度为624 bp的MHC IIα/β不同编码序列25/31个,分属于7/10个不同等位基因,揭示玻璃红鲤MHC II类基因的多态性仍较丰富。其中Cyca-DXA17*01和Cyca-DAB1*1201、Cyca-DAB1*1301、Cyca-DAB3*1901、Cyca-DAB3*2001、Cyca-DAB3*2101、Cyca-DAB3*2201为新发现的7个基因。分析表明,α1/β1结构域的核苷酸/氨基酸变异位点数明显高于α2/β2结构域;α1、β1结构域抗原结合位点(PBR)的ω值(ω=dN/dS,5.209和1.703)都大于1,揭示玻璃红鲤MHC II类基因在进化过程中受到正向选择作用。半定量分析显示,玻璃红鲤MHC II类基因在肾和脾中有较强表达,中等程度表达于胃、肝和肠,而鳃、心和眼的表达较弱。 展开更多
关键词 玻璃红鲤(Cyprinus carpio var wananensis) 主要组织相容性复合体(MHC) 多态性 组织异性表达
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