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基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究
被引量：
10
1
作者
管珊珊
张文杰
+4 位作者
魏以梁
李鹰翔
赵雯婷
范虹
刘京
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期591-599,共9页
目的评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性。方法采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统...
目的评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性。方法采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系。通过不同条件参数筛选SNP,评估位点数对算法预测准确性的影响。结果1~4级亲缘关系预测准确率高达99%,预测误差在1级以内且无假阳性。SNP数量减少对预测准确率无显著影响,即使在较低密度的SNP标记中,该算法也能获得较高的准确率。结论IBS算法是法医系谱推断的有效方法,且对于微量降解的法医现场检材具有很好的应用价值。
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关键词
IBS算法
单核苷酸多态性
状态一致性
亲缘关系等级
法医
遗传学
法医系谱推断
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职称材料
基于高密度单核苷酸多态性的共祖远亲缘关系预测算法准确性研究
被引量：
3
2
作者
刘京
李晶
+6 位作者
杨澜
管珊珊
魏以梁
赵雯婷
江丽
赵东
李彩霞
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CSCD
北大核心
2023年第12期2980-2990,共11页
目的研究构建基于共祖(identity-by-descent,IBD)片段算法预测远亲缘关系分析流程并评估预测准确性。方法采用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片对253份家系样本进行检测,研究基于IBD片段算法的分析流程进...
目的研究构建基于共祖(identity-by-descent,IBD)片段算法预测远亲缘关系分析流程并评估预测准确性。方法采用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片对253份家系样本进行检测,研究基于IBD片段算法的分析流程进行两两个体间亲缘关系预测,评估预测准确性。随机减少SNP位点,评估位点数对算法预测准确性的影响。结果IBD片段算法预测1~7级亲缘关系平均置信区间准确率为94.72%,预测可信度为99.77%,6级及以上亲缘关系预测时出现假阴性。随着SNP数量减少,预测准确性会出现一定程度的下降。结论IBD片段算法可用于7级以内亲缘关系的预测,该算法在群体遗传学、法医遗传学等领域有重要应用价值。
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关键词
共祖片段算法
法医系谱推断
远亲缘关系预测
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职称材料
题名
基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究
被引量：
10
1
作者
管珊珊
张文杰
魏以梁
李鹰翔
赵雯婷
范虹
刘京
机构
陕西师范大学计算机科学学院
公安部物证鉴定中心
江苏师范大学
安澜智能(深圳)有限公司
中国政法大学
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期591-599,共9页
基金
国家科技资源共享服务平台计划(YCZYPT[2017]01-3)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(2019JB011,2021JB004)
+2 种基金
陕西省重点研发计划资助课题(2018SF-251)
公安部“双十攻关”项目(2019SSJH0601)
首都科研领军人才培养工程(Z18110006318006)资助。
文摘
目的评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性。方法采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系。通过不同条件参数筛选SNP,评估位点数对算法预测准确性的影响。结果1~4级亲缘关系预测准确率高达99%,预测误差在1级以内且无假阳性。SNP数量减少对预测准确率无显著影响,即使在较低密度的SNP标记中,该算法也能获得较高的准确率。结论IBS算法是法医系谱推断的有效方法,且对于微量降解的法医现场检材具有很好的应用价值。
关键词
IBS算法
单核苷酸多态性
状态一致性
亲缘关系等级
法医
遗传学
法医系谱推断
Keywords
IBS algorithm
single nucleotide polymorphism
identity-by-state
degree of relatedness
forensic genetics
forensic genealogy inference
分类号
R89 [医药卫生—法医学]
Q812 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
基于高密度单核苷酸多态性的共祖远亲缘关系预测算法准确性研究
被引量：
3
2
作者
刘京
李晶
杨澜
管珊珊
魏以梁
赵雯婷
江丽
赵东
李彩霞
机构
中国政法大学
公安部鉴定中心
江苏师范大学生命科学学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CSCD
北大核心
2023年第12期2980-2990,共11页
基金
国家自然科学基金(82171870)
公安部技术研究计划(2021JSZ15)
中央级公益性科研院所基本科研业务费(2021JB004)资助项目。
文摘
目的研究构建基于共祖(identity-by-descent,IBD)片段算法预测远亲缘关系分析流程并评估预测准确性。方法采用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片对253份家系样本进行检测,研究基于IBD片段算法的分析流程进行两两个体间亲缘关系预测,评估预测准确性。随机减少SNP位点,评估位点数对算法预测准确性的影响。结果IBD片段算法预测1~7级亲缘关系平均置信区间准确率为94.72%,预测可信度为99.77%,6级及以上亲缘关系预测时出现假阴性。随着SNP数量减少,预测准确性会出现一定程度的下降。结论IBD片段算法可用于7级以内亲缘关系的预测,该算法在群体遗传学、法医遗传学等领域有重要应用价值。
关键词
共祖片段算法
法医系谱推断
远亲缘关系预测
Keywords
IBD algorithm
forensic genealogy inference
distant relatives prediction
分类号
R89 [医药卫生—法医学]
Q812 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究
管珊珊
张文杰
魏以梁
李鹰翔
赵雯婷
范虹
刘京
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022
10
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职称材料
2
基于高密度单核苷酸多态性的共祖远亲缘关系预测算法准确性研究
刘京
李晶
杨澜
管珊珊
魏以梁
赵雯婷
江丽
赵东
李彩霞
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CSCD
北大核心
2023
3
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