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基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究
被引量：
6
1
作者
苏计国
王宝翰
+2 位作者
焦雄
陈慰祖
王存新
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期479-484,共6页
把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方...
把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础.
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关键词
氨基酸简化模型
相对熵
蛋白质折叠
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职称材料
基于HNP模型及相对熵的蛋白质设计方法在不同蛋白质体系中的应用
被引量：
1
2
作者
齐立省
苏计国
+1 位作者
陈慰祖
王存新
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第9期1070-1076,共7页
详细考察了基于HNP(H:hydrophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对...
详细考察了基于HNP(H:hydrophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对熵的设计方法对于不同结构类型的蛋白质具有普适性.进一步的研究发现,对于α螺旋、β折叠等规则的二级结构,该方法的预测成功率高于无规卷曲结构预测成功率.另外,还比较了对不同氨基酸的预测差异,结果显示亲水残基的预测成功率较高.此外,研究表明该方法对于蛋白质保守残基的预测成功率高于非保守残基.在以上分析的基础上,进一步讨论了导致这些差异的原因.这些研究为基于相对熵的蛋白质设计方法的实际应用和进一步的发展打下了良好基础.
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关键词
蛋白质设计
相对熵
结构类型
氨基酸简化模型
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职称材料
题名
基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究
被引量：
6
1
作者
苏计国
王宝翰
焦雄
陈慰祖
王存新
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
中国科学院生物物理研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期479-484,共6页
基金
国家自然科学基金(10574009)
国家教育部博士点基金(20040005013)资助项目.~~
文摘
把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础.
关键词
氨基酸简化模型
相对熵
蛋白质折叠
Keywords
simplified amino acid model, relative entropy, protein folding
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
基于HNP模型及相对熵的蛋白质设计方法在不同蛋白质体系中的应用
被引量：
1
2
作者
齐立省
苏计国
陈慰祖
王存新
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第9期1070-1076,共7页
基金
国家自然科学基金(10574009,30670497)
北京市自然科学基金(5072002)资助项目~~
文摘
详细考察了基于HNP(H:hydrophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对熵的设计方法对于不同结构类型的蛋白质具有普适性.进一步的研究发现,对于α螺旋、β折叠等规则的二级结构,该方法的预测成功率高于无规卷曲结构预测成功率.另外,还比较了对不同氨基酸的预测差异,结果显示亲水残基的预测成功率较高.此外,研究表明该方法对于蛋白质保守残基的预测成功率高于非保守残基.在以上分析的基础上,进一步讨论了导致这些差异的原因.这些研究为基于相对熵的蛋白质设计方法的实际应用和进一步的发展打下了良好基础.
关键词
蛋白质设计
相对熵
结构类型
氨基酸简化模型
Keywords
protein design, relative entropy, structural classes, simplified amino acid model
分类号
Q6 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究
苏计国
王宝翰
焦雄
陈慰祖
王存新
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
6
在线阅读
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职称材料
2
基于HNP模型及相对熵的蛋白质设计方法在不同蛋白质体系中的应用
齐立省
苏计国
陈慰祖
王存新
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008
1
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职称材料
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