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一种新的DNA序列进化距离及其应用
被引量：
3
1
作者
梁丽萍
解小莉
+3 位作者
程健
王振凤
郭满才
袁志发
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2011年第8期768-776,共9页
为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的...
为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法.
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关键词
选择
模型
DNA序列
进化距离
进化树
核苷酸替代模型
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职称材料
题名
一种新的DNA序列进化距离及其应用
被引量：
3
1
作者
梁丽萍
解小莉
程健
王振凤
郭满才
袁志发
机构
西北农林科技大学理学院
西北农林科技大学生物信息学研究中心
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2011年第8期768-776,共9页
基金
08回国人员科研启动基金资助项目(Z111020834)~~
文摘
为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法.
关键词
选择
模型
DNA序列
进化距离
进化树
核苷酸替代模型
Keywords
selection model, DNA sequences,evolution distance, evolution tree, nucleotide substitution model
分类号
Q332 [生物学—遗传学]
Q349.55 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种新的DNA序列进化距离及其应用
梁丽萍
解小莉
程健
王振凤
郭满才
袁志发
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2011
3
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