核小体定位的转录调控功能研究进展 被引量：11

1

作者 刘辉 壮子恒 +1 位作者 关佶红 周水庚 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第9期843-852,共10页

核小体是真核生物染色质的基本组成单位,组蛋白八聚体在DNA双螺旋上精确位置称为核小体定位.核小体定位已被证实在基因转录调控、DNA复制与修复、调控进化等过程中扮演着重要的角色.随着染色质免疫共沉淀-芯片(ChIP-chip)与染色质免疫... 核小体是真核生物染色质的基本组成单位,组蛋白八聚体在DNA双螺旋上精确位置称为核小体定位.核小体定位已被证实在基因转录调控、DNA复制与修复、调控进化等过程中扮演着重要的角色.随着染色质免疫共沉淀-芯片(ChIP-chip)与染色质免疫共沉淀-测序(ChIP-seq)等高通量技术的出现,已测定了多种模式生物全基因组核小体定位图谱,掀起了一股核小体定位及其功能的研究热潮,并取得了一定的成果.本文介绍了核小体定位的概念,总结了核小体在启动子与编码区域内定位的基本模式.在此基础上,综述了核小体定位在转录起始、转录延伸、基因表达模式多样化以及可变剪接等方面的功能研究进展. 展开更多

关键词 核小体定位 转录调控 可变剪接 基因表达 染色质

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核小体定位与RNA剪接 被引量：6

2

作者 陈伟 罗辽复 +1 位作者 张利绒 邢永强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1035-1040,共6页

根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,... 根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,发现外显子所对应的DNA序列通常倾向参与核小体的形成,并且由它所转录的RNA统计上具有较强的刚性,而剪接位点及其邻近的内含子对应的DNA序列则避免参与核小体的形成,所转录的RNA统计上具有较强的柔性.进一步还发现,DNA序列的核小体定位/缺失和RNA的刚性/柔性具有统计相关性,为从机制上解释为何前体RNA剪接事件与DNA序列中的核小体定位信息有关提供了依据. 展开更多

关键词 多样性增量二次判别方法 核小体定位 剪接位点 RNA柔性

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核小体定位模式及其与DNA甲基化位点分布的关系 被引量：5

3

作者 刘宏德 孙啸 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期248-253,共6页

核小体定位是指DNA双螺旋相对于组蛋白八联体的位置.核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控.本文利用实验检测的人类CD4+T细胞核小体定位数据,研究了核小体定位在转录因子结合位点(TFBS)和转录起始位点(TSS)附近的分布模式,... 核小体定位是指DNA双螺旋相对于组蛋白八联体的位置.核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控.本文利用实验检测的人类CD4+T细胞核小体定位数据,研究了核小体定位在转录因子结合位点(TFBS)和转录起始位点(TSS)附近的分布模式,并分析了在TFBS和TSS周围,核小体定位与DNA甲基化之间的关系.结果表明,在休眠和激活的人类CD4+T细胞中,部分TFBS和TSS周围的核小体定位在动态改变,即在定位和缺失两种状态之间切换.在TFBS周围,核小体定位和DNA甲基化存在一种互补模式,核小体定位与DNA低甲基化相联系;而在TSS周围,两者呈现同步模式,DNA高甲基化伴随高核小体水平.而且,在TFBS和TSS周围,DNA甲基化位点的分布呈周期模式.CD4+T细胞被激活时,较少的转录因子启动了较多的基因. 展开更多

关键词 核小体定位 DNA甲基化 转录因子结合位点 转录起始位点

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人类基因组核苷酸多态性位点核小体定位分析 被引量：3

4

作者 刘宏德 孙啸 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第5期427-432,共6页

研究人类基因组核苷酸多态性位点周围核小体的定位,对于分析核苷酸的变异机制有重要意义.分析了人类基因组单核苷酸多态性(SNP)位点、简单插入位点、插入删除位点和删除位点的分布规律,以及这些位点周围的核小体定位特征.结果表明:转录... 研究人类基因组核苷酸多态性位点周围核小体的定位,对于分析核苷酸的变异机制有重要意义.分析了人类基因组单核苷酸多态性(SNP)位点、简单插入位点、插入删除位点和删除位点的分布规律,以及这些位点周围的核小体定位特征.结果表明:转录起始位点下游的核苷酸多态性位点分布呈现约211 bp的周期特征,单核苷多态位点另有一个146 bp的周期;约211 bp的周期与转录起始位点下游核小体的分布周期204 bp非常接近,146 bp的周期恰是核小体核心DNA的长度.这些结果说明核小体与多态性位点的分布关系密切.进一步研究证实,单核苷酸多态性位点多分布于核心DNA上,且多位于核心DNA的两端,这使得单核苷酸多态性位点具有146 bp周期,而插入、插入删除、删除多态性位点多分布于核小体排开区域,间隔约为204 bp.转录起始位点下游核小体等间隔的规则分布使得多态性位点的分布也具有周期性.研究表明,相对于核小体,不同类型变异发生的位置不同,核小体定位在基因组多态性位点的形成过程中具有重要作用. 展开更多

关键词 核苷酸多态性 核小体定位 周期

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一种基于改进Segal模型的核小体定位方法

5

作者 黄星 王加俊 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2014年第1期141-145,共5页

核小体预测是目前遗传学研究的重要内容,但现有的预测算法大部分仅依据核小体的统计特性,定位准确性很受局限。另一方面,经研究发现,DNA连接序列作为两个核小体的连接纽带,存在一定的统计特性。基于此事实,本文对Segal模型做了改进,通... 核小体预测是目前遗传学研究的重要内容,但现有的预测算法大部分仅依据核小体的统计特性,定位准确性很受局限。另一方面,经研究发现,DNA连接序列作为两个核小体的连接纽带,存在一定的统计特性。基于此事实,本文对Segal模型做了改进,通过核小体和连接序列的二核苷酸位置频率建立了核小体和连接序列两组得分函数,并以其差值作为核小体的定位依据。利用该算法模型对酵母染色体中核小体进行定位预测,发现定位准确性得到明显提高。 展开更多

关键词 核小体定位 二核苷酸位置频率 连接DNA序列 核心DNA序列

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核小体定位预测的集成学习方法

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作者 陈伟 李杭 李维华 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2022年第2期285-291,共7页

核小体定位指DNA双螺旋相对于组蛋白的位置,并在DNA的转录阶段起着重要的调节作用。依靠生物实验的手段测得核小体定位会消耗大量的时间和资源,因此基于计算方法利用DNA序列进行核小体定位预测成为了一个重要的研究方向。针对核小体定... 核小体定位指DNA双螺旋相对于组蛋白的位置,并在DNA的转录阶段起着重要的调节作用。依靠生物实验的手段测得核小体定位会消耗大量的时间和资源,因此基于计算方法利用DNA序列进行核小体定位预测成为了一个重要的研究方向。针对核小体定位预测中单一模型和单一编码在DNA序列特征表示和学习方面的不足,文中提出了一种端到端的集成深度学习模型FuseENup,利用3种编码方式从多个维度表示DNA数据,利用不同的模型从不同维度提取数据中隐含的关键特征,构造了一种全新的DNA序列表征模型。在4种数据集上进行20倍交叉验证,相比当前针对核小体定位预测问题综合性能最优的模型CORENup,FuseENup的准确度(Accuracy)和精度(Precision)在HS数据集上提高了3%和9%,在DM数据集上提高了2%和6%,在E数据集上提高了1%和4%,相比其他的机器学习和深度学习基准模型,FuseENup具有更好的性能。实验结果表明,FuseENup能提高核小体定位的预测准确度,说明了该方法的有效性和科学性。 展开更多

关键词 核小体定位 深度学习 集成学习方法 DNA序列编码 交叉验证

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转录起始位点核小体定位的研究进展

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作者 王成爱 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第10期2233-2237,2243,共6页

核小体定位是参与真核生物基因表达调控的一种重要的表观遗传因素,深刻影响基因转录、DNA复制与修复等生物学过程。对于在许多基因位点,比如转录起始位点(TSS)、转录因子结合位点(TFBS)等处的核小体定位已有不少报道。主要介绍了核小体... 核小体定位是参与真核生物基因表达调控的一种重要的表观遗传因素,深刻影响基因转录、DNA复制与修复等生物学过程。对于在许多基因位点,比如转录起始位点(TSS)、转录因子结合位点(TFBS)等处的核小体定位已有不少报道。主要介绍了核小体的定位特性,综述了转录起始位点处核小体的定位特征,分别从序列依赖性因素和DNA甲基化、组蛋白变体及修饰、染色质重塑、可变剪接等表观遗传因素较为详细地概括了转录起始位点核小体定位的研究进展。 展开更多

关键词 表观遗传 序列依赖性 转录起始位点(TSS) 核小体定位

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细胞重编程过程中核小体定位改变研究进展

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作者 崔浩亮 史佩华 +3 位作者 高锦春 张新博 赵顺然 陶晨雨 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期208-215,共8页

细胞重编程是指在精卵结合或核移植过程中,核遗传物质的表观遗传标记发生删除和重塑,从而使已分化的细胞成为具有全能性的过程。发生细胞重编程的方法主要有细胞融合、体细胞核移植以及诱导多能干细胞等。核小体是染色质的基本结构及功... 细胞重编程是指在精卵结合或核移植过程中,核遗传物质的表观遗传标记发生删除和重塑,从而使已分化的细胞成为具有全能性的过程。发生细胞重编程的方法主要有细胞融合、体细胞核移植以及诱导多能干细胞等。核小体是染色质的基本结构及功能单位,是染色质的一级结构,核小体定位对基因的表达及细胞的状态有着重要的调控作用。细胞重编程过程中核小体的含量和位置也会发生剧烈的变化,同时在相关基因启动子位置的核小体含量也会降低从而促进多能性基因的表达。本文综述了核小体定位在基因激活与抑制、染色质重塑以及转录因子识别中的作用,旨在为深入解析细胞重编程机制提供重要依据。 展开更多

关键词 细胞重编程 核小体定位 染色质重塑 转录起始位点

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盐透析体外组装核小体及检测方法 被引量：2

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作者 赵宏宇 柴荣 +1 位作者 王成爱 蔡禄 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2014年第1期133-136,共4页

核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,体内研究核小体及染色质结构受到诸多因素限制,体外重构核小体结构是研究与核小体及染色质结构相关课题的一种重要的方法手段.实验将ES1,CS1以及601DNA序列克隆到载体中,通过PCR大量扩增回收... 核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,体内研究核小体及染色质结构受到诸多因素限制,体外重构核小体结构是研究与核小体及染色质结构相关课题的一种重要的方法手段.实验将ES1,CS1以及601DNA序列克隆到载体中,通过PCR大量扩增回收得到目的DNA条带,表达纯化了4种组蛋白且装配成组蛋白八聚体,在盐透析的条件下组装形成核小体结构,利用EB染色以及Biotin标记的方法分析检测了形成核小体的效率.结果显示,在盐透析的条件下,可以有效的组装形成核小体结构,而且随着组蛋白八聚体与DNA的比例增加,核小体的形成效率显著提高.本实验为核小体定位、染色质重塑及组蛋白变体等表观遗传学以及结构生物学领域的研究奠定一定的基础. 展开更多

关键词 核小体定位 组蛋白 Biotin标记

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Pre-mRNA选择性剪接的调控及选择性剪接数据库 被引量：10

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作者 邢永强 刘国庆 蔡禄 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期17-28,共12页

Pre-m RNA选择性剪接是真核生物转录组和蛋白质组多样性的主要来源,也是细胞分化、发育等过程中重要的基因表达调控方式。约95%的人类多外显子基因存在RNA选择性剪接;很多人类基因疾病的发生与RNA剪接错误相关。随着共转录现象的发现,RN... Pre-m RNA选择性剪接是真核生物转录组和蛋白质组多样性的主要来源,也是细胞分化、发育等过程中重要的基因表达调控方式。约95%的人类多外显子基因存在RNA选择性剪接;很多人类基因疾病的发生与RNA剪接错误相关。随着共转录现象的发现,RNA选择性剪接调控机制研究也取得了很大进展。本文分别从序列层面和核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化及非编码RNA等表观遗传层面,系统地阐述了RNA选择性剪接的调控机制。为便于搜索,本文介绍了近10年来RNA选择性剪接相关的数据库。 展开更多

关键词 RNA选择性剪接 核小体定位 组蛋白修饰 DNA甲基化 非编码RNA

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一种从酵母细胞中提取组蛋白的方法 被引量：1

11

作者 赵玥 赵宏宇 蔡禄 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期225-228,共4页

为了制备体外酵母DNA序列组装核小体所需的组蛋白,利用酸抽提方法从未经饥饿处理和经过不同时间饥饿处理的酿酒酵母细胞中分离组蛋白,经SDS-PAGE电泳分析和Bradford法测定蛋白浓度,发现抽提物中含有组蛋白H1、H2A、H2B、H3和H4,电泳条... 为了制备体外酵母DNA序列组装核小体所需的组蛋白,利用酸抽提方法从未经饥饿处理和经过不同时间饥饿处理的酿酒酵母细胞中分离组蛋白,经SDS-PAGE电泳分析和Bradford法测定蛋白浓度,发现抽提物中含有组蛋白H1、H2A、H2B、H3和H4,电泳条带位置正确、纯度较高,正常细胞的抽提物中蛋白总量达到158μg/mL。试验结果表明该方法可以提取出较高质量的酿酒酵母组蛋白。 展开更多

关键词 酿酒酵母 组蛋白提取 饥饿细胞 核小体定位 体外组装

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表观遗传因素在RNA剪接过程中的作用

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作者 陈伟 罗辽复 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期791-796,共6页

RNA剪接是真核生物基因表达过程中的重要环节,增加了蛋白质的多样性和基因表达的可调节性.日益增多的研究表明,RNA剪接并不是独立的生物过程.RNAⅡ型聚合酶(RNApolymerase-Ⅱ,RNA PolⅡ)、核小体定位和组蛋白修饰等因素都与RNA剪接过程... RNA剪接是真核生物基因表达过程中的重要环节,增加了蛋白质的多样性和基因表达的可调节性.日益增多的研究表明,RNA剪接并不是独立的生物过程.RNAⅡ型聚合酶(RNApolymerase-Ⅱ,RNA PolⅡ)、核小体定位和组蛋白修饰等因素都与RNA剪接过程密切相关.阐明RNA PolⅡ、核小体定位和组蛋白修饰等因素在RNA剪接过程中的作用,将为剪接位点的准确识别和剪接调控机制的研究提供新思路.本文综述了RNA PolⅡ、核小体定位和组蛋白修饰等因素对RNA剪接的影响以及它们在RNA剪接过程中的调控作用. 展开更多

关键词 RNAPolⅡ 核小体定位 组蛋白修饰 RNA剪接

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癌症发生发展中的表观遗传学研究 被引量：24

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作者 张競文 续倩 李国亮 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期567-581,共15页

癌症是由细胞恶性增殖和扩散引发的一类复杂疾病,解析其致病机制是人类目前面临的重大挑战之一。表观遗传学机制对维持基因特定的表达模式和生命个体的正常发育生长至关重要。表观遗传图谱的紊乱如组蛋白修饰、DNA/RNA甲基化和染色质三... 癌症是由细胞恶性增殖和扩散引发的一类复杂疾病,解析其致病机制是人类目前面临的重大挑战之一。表观遗传学机制对维持基因特定的表达模式和生命个体的正常发育生长至关重要。表观遗传图谱的紊乱如组蛋白修饰、DNA/RNA甲基化和染色质三维构象的变化等均能在一定程度上干扰正常基因的表达和功能,进而诱导癌症等多种疾病的发生发展。为促进对表观遗传学在癌症中作用机制的理解,本文概述了表观遗传学研究内容,聚焦其与癌症发生发展之间的关联,同时展望了表观遗传学在癌症临床诊治中的应用。 展开更多

关键词 癌症 表观遗传学 DNA/RNA甲基化 组蛋白修饰 核小体定位 非编码RNA 染色质三维结构

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