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分块核偏最小二乘法
被引量：
1
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作者
白裔峰
肖建
于龙
《西南交通大学学报》
EI
CSCD
北大核心
2007年第5期626-630,共5页
针对核偏最小二乘法(KPLS)随核函数矩阵维数膨胀而计算量增加的问题,提出分块核偏最小二乘法(BKPLS).BKPLS根据核函数矩阵对称的性质,将KPLS中的批量算法转变成分块算法,不但减小了对计算机硬件的要求,而且减少了计算时间.仿真结果验证...
针对核偏最小二乘法(KPLS)随核函数矩阵维数膨胀而计算量增加的问题,提出分块核偏最小二乘法(BKPLS).BKPLS根据核函数矩阵对称的性质,将KPLS中的批量算法转变成分块算法,不但减小了对计算机硬件的要求,而且减少了计算时间.仿真结果验证了BKPLS的有效性,而且在样本数量巨大,KPLS无法实现的情况下,BKPLS也能保证辨识算法的实现.
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关键词
核
偏最小二乘
核函数矩阵
维数膨胀
分块
核
偏最小二乘
计算时间
在线阅读
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职称材料
基于TAP分子亲和力模型预测MHCⅠ类分子提呈短肽的免疫原性
被引量：
1
2
作者
盛浩
卢玉峰
包永明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期157-168,共12页
主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类分子亲和力模型有助于筛选出候选短肽,为实验确定可以与MHCⅠ类分子形成复合物从而激活细胞毒性T细胞的短肽提供帮助;抗原处理相关转运体(transporter associated with ...
主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类分子亲和力模型有助于筛选出候选短肽,为实验确定可以与MHCⅠ类分子形成复合物从而激活细胞毒性T细胞的短肽提供帮助;抗原处理相关转运体(transporter associated with antigen processing,TAP)分子亲和力模型也可用于筛选候选短肽;如何更好利用两类亲和力模型筛选出候选短肽、这两类亲和力模型对短肽选择性的异同以及这种选择性异同的生物学机制尚不清楚.本文重新整理了TAP亲和力测试集,使训练样本达到699个;使用核函数平衡矩阵算法建立的TAP亲和力模型预测精度高于同类算法,5折交叉检验Pearson相关系数0.89;结合HLA A3分子亲和力模型、TAP亲和力模型显著提高免疫原性短肽预测精度,AUC值从~0.82上升到0.87.提高的原因是两个亲和力模型对第2、9位置"最佳"氨基酸不同偏好性和这种不同偏好的互补性造成的.TAP分子与短肽模拟对接结果反映了这个结论.TAP亲和力可在线预测(http://www.bilologymaths.top/mbtwo/major.aspx).
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关键词
免疫原性
细胞毒性T细胞
MHCⅠ类分子
抗原处理相关转运体
核
函数
平衡
矩阵
方法
在线阅读
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职称材料
题名
分块核偏最小二乘法
被引量：
1
1
作者
白裔峰
肖建
于龙
机构
西南交通大学电气工程学院
出处
《西南交通大学学报》
EI
CSCD
北大核心
2007年第5期626-630,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(60674057)
高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20060613003)
四川省应用基础研究基金资助项目(05JY029-006-4)
文摘
针对核偏最小二乘法(KPLS)随核函数矩阵维数膨胀而计算量增加的问题,提出分块核偏最小二乘法(BKPLS).BKPLS根据核函数矩阵对称的性质,将KPLS中的批量算法转变成分块算法,不但减小了对计算机硬件的要求,而且减少了计算时间.仿真结果验证了BKPLS的有效性,而且在样本数量巨大,KPLS无法实现的情况下,BKPLS也能保证辨识算法的实现.
关键词
核
偏最小二乘
核函数矩阵
维数膨胀
分块
核
偏最小二乘
计算时间
Keywords
KPLS
kernel matrix
dimensional explosion
BKPLS
calculation time
分类号
O23 [理学—运筹学与控制论]
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职称材料
题名
基于TAP分子亲和力模型预测MHCⅠ类分子提呈短肽的免疫原性
被引量：
1
2
作者
盛浩
卢玉峰
包永明
机构
辽宁石油化工大学理学院
大连理工大学数学科学学院
大连理工大学生命科学与技术学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期157-168,共12页
基金
国家自然科学基金基金(61602228)
辽宁省自然科学基金(L2017LQN03)
辽宁石油化工大学启动基金(1100140109)资助项目~~
文摘
主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类分子亲和力模型有助于筛选出候选短肽,为实验确定可以与MHCⅠ类分子形成复合物从而激活细胞毒性T细胞的短肽提供帮助;抗原处理相关转运体(transporter associated with antigen processing,TAP)分子亲和力模型也可用于筛选候选短肽;如何更好利用两类亲和力模型筛选出候选短肽、这两类亲和力模型对短肽选择性的异同以及这种选择性异同的生物学机制尚不清楚.本文重新整理了TAP亲和力测试集,使训练样本达到699个;使用核函数平衡矩阵算法建立的TAP亲和力模型预测精度高于同类算法,5折交叉检验Pearson相关系数0.89;结合HLA A3分子亲和力模型、TAP亲和力模型显著提高免疫原性短肽预测精度,AUC值从~0.82上升到0.87.提高的原因是两个亲和力模型对第2、9位置"最佳"氨基酸不同偏好性和这种不同偏好的互补性造成的.TAP分子与短肽模拟对接结果反映了这个结论.TAP亲和力可在线预测(http://www.bilologymaths.top/mbtwo/major.aspx).
关键词
免疫原性
细胞毒性T细胞
MHCⅠ类分子
抗原处理相关转运体
核
函数
平衡
矩阵
方法
Keywords
immunogenicity
cytotoxic T lymphocytes
MHCⅠ
TAP
Kernel-function stabilized matrix method
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
R35 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分块核偏最小二乘法
白裔峰
肖建
于龙
《西南交通大学学报》
EI
CSCD
北大核心
2007
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于TAP分子亲和力模型预测MHCⅠ类分子提呈短肽的免疫原性
盛浩
卢玉峰
包永明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
在线阅读
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职称材料
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