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染色质构象捕获及其衍生技术被引量：3: 1; 作者翟侃武治印于典科《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第9期939-944,共6页; 染色质的构象在基因表达调节方面起重要作用.介绍了染色质构象捕获、环状染色质构象捕获、3C碳拷贝、ChIP-loop、ChIA-PET和Hi-C等技术的基本原理及发展历程,对影响实验结果准确性的主要因素进行了分析.目的是为在三维层面研究基因的表... 展开更多; 关键词染色质空间构象染色质构象捕获基因表达调控染色质相互作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于染色质交互数据的基因组组装方法被引量：2: 2; 作者陶婧芬谢婷 +2 位作者郑觉非杨庆勇张红雨《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期43-50,共8页; 伴随着高通量DNA测序技术的不断推陈出新和价格持续下调,如何将scaffolds定位于染色体逐渐成为完整参考基因组获得的关键。高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,简称Hi-C)的出现为基因组组装过程... 展开更多; 关键词高通量染色质构象捕获技术染色质交互基因组组装 scaffolds锚位; 在线阅读下载PDF 职称材料

植物三维染色质构型研究进展被引量：2: 3; 作者董芊里王金宾 +1 位作者李晓宠宫磊《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期73-86,共14页; 染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质... 展开更多; 关键词染色质构型高通量染色质构象捕获测序末端配对标签测序染色质区室拓扑偶联结构域; 在线阅读下载PDF 职称材料

全反式维甲酸调控K562细胞红系分化的表观遗传机制: 4; 作者刘春亚贾炳豪 +2 位作者唐琴孙元田任立成《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1441-1452,共12页; 全反式维甲酸(ATRA)是早幼粒细胞分化的有效诱导剂,其对红系分化过程的作用尚不完全清楚。为研究ATRA在红系分化进程中的作用及其表观遗传调控机制,本文以诱导白血病细胞K562向红系分化为模型,对ATRA干扰红系分化过程的调控机制进行研... 展开更多; 关键词全反式维甲酸红系分化染色质构象捕获染色质免疫沉淀基因表达调控; 在线阅读下载PDF 职称材料

下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展被引量：26: 5; 作者沈圣屈彦纯张军《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-275,共20页; 下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencin... 展开更多; 关键词下一代测序技术表观遗传学 DNA甲基化组蛋白修饰染色质构象捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

三维基因组学及其应用概述被引量：1: 6; 作者邱格格林胜男黄浩《生物学教学》 2021年第10期4-6,共3页; 基因组携带着生命体完整的遗传信息。人类基因组计划和DNA元件百科全书计划分别在一维和二维水平上研究了基因组序列、基因组结构及其调控组件。但是,对于基因组信息调控基因在特定时空中表达仍然知之甚少。基因组测序技术的发展催生了... 展开更多; 关键词基因组三维基因组学染色质构象捕获技术; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名染色质构象捕获及其衍生技术被引量：3: 1; 作者翟侃武治印于典科; 机构中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所病因及癌变研究室中国生物技术发展中心; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第9期939-944,共6页; 文摘染色质的构象在基因表达调节方面起重要作用.介绍了染色质构象捕获、环状染色质构象捕获、3C碳拷贝、ChIP-loop、ChIA-PET和Hi-C等技术的基本原理及发展历程,对影响实验结果准确性的主要因素进行了分析.目的是为在三维层面研究基因的表达调控介绍新的研究手段,为功能研究提供新思路,也为相关技术的应用提供理论参考.; 关键词染色质空间构象染色质构象捕获基因表达调控染色质相互作用; Keywords chromosome conformation, chromosome conformation capture, gene regulation, chromatin interaction; 分类号 Q75 [生物学—分子生物学] Q-33 [生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于染色质交互数据的基因组组装方法被引量：2: 2; 作者陶婧芬谢婷郑觉非杨庆勇张红雨; 机构华中农业大学信息学院; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期43-50,共8页; 基金国家自然科学基金项目(31301005) 中央高校基本科研业务费专项基金(2015BQ037); 文摘伴随着高通量DNA测序技术的不断推陈出新和价格持续下调,如何将scaffolds定位于染色体逐渐成为完整参考基因组获得的关键。高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,简称Hi-C)的出现为基因组组装过程中scaffolds快速锚位提供了契机。相比于传统的基因组组装方法,基于染色质交互组装基因组的策略实验操作简易、实验和时间成本较低、正确率及分辨率高,在基因组相对复杂的多倍型和高度杂合的物种中有着更大的应用前景。但由于技术本身的限制,该方法还存在分辨率、背景噪声等问题需要解决,有待进一步改进和提高。; 关键词高通量染色质构象捕获技术染色质交互基因组组装 scaffolds锚位; Keywords high-throughput chromosome conformation capture chromatin interaction genome assembly scaffolds anchoring; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名植物三维染色质构型研究进展被引量：2: 3; 作者董芊里王金宾李晓宠宫磊; 机构东北师范大学生命科学学院分子表观遗传学教育部重点实验室; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期73-86,共14页; 基金国家重点研发计划项目(编号：2016YFD0101004) 国家自然科学基金项目(编号：31670220) 2015“长白山学者计划”特聘教授专项资助~~; 文摘染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质构型的研究中,并以新的角度定义了包括:染色体(质)域(chromosome territory)、A/B染色质区室(compartment A/B)、拓扑偶联结构域(topological associated domains,TADs)、染色质环(chromatin loops)等在内的多个更为精细的染色质构型。利用以上两种主流技术,越来越多的植物物种染色质构型特征被鉴定、分析和比较。本文系统分析和总结了近年来以植物细胞为模型的细胞核染色构型领域取得的重要成果,包括各级染色质构型特征的组成、建立机制和主要影响因素等。在此基础上,分析了目前研究植物染色质构型技术的瓶颈和突破性的技术进展,并对后续研究主要关注的问题和研究内容进行了展望,以期为相关领域的研究提供更多的理论参考和依据。; 关键词染色质构型高通量染色质构象捕获测序末端配对标签测序染色质区室拓扑偶联结构域; Keywords chromatin architecture high-throughput chromosome conformation capture(Hi-C) chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing(ChIA-PET) compartment A/B topological associated domains(TAD); 分类号 R73 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名全反式维甲酸调控K562细胞红系分化的表观遗传机制: 4; 作者刘春亚贾炳豪唐琴孙元田任立成; 机构海南医科大学; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1441-1452,共12页; 基金海南省科技专项(No.ZDYF2023SHFZ112) 国家自然科学基金项目(No.31660318) 校级研究生创新科研课题(No.HYYS2022B02)资助。; 文摘全反式维甲酸(ATRA)是早幼粒细胞分化的有效诱导剂,其对红系分化过程的作用尚不完全清楚。为研究ATRA在红系分化进程中的作用及其表观遗传调控机制,本文以诱导白血病细胞K562向红系分化为模型,对ATRA干扰红系分化过程的调控机制进行研究。首先利用血红素(he-min)诱导K562细胞向红系分化;流式细胞术结果显示,ATRA影响细胞向红系分化过程中的谱系变化,阻滞细胞分化进程;ATRA处理分化中的细胞后,红系分化相关基因表达水平降低;而通过3C、FAIRE和ChIP技术对其中的表观遗传机制进行探究发现,ATRA处理细胞后,β-珠蛋白家族基因座位内的染色质可及性降低,LCR与其靶基因启动子之间的相互作用频率降低;而基因座位染色质可及性降低导致了红系相关转录因子GATA1、LDB1、LMO2和TAL1在LCR及珠蛋白家族基因座位的启动子区的富集频率降低。上述结果表明,ATRA处理分化中的细胞导致红系分化相关基因的染色质可及性降低,更加封闭的染色质结构阻碍了LCR招募转录因子与基因启动子区的结合,进而抑制β-珠蛋白家族基因表达,这种动态的变化过程阐明了ATRA调控红系分化的表观遗传机制。; 关键词全反式维甲酸红系分化染色质构象捕获染色质免疫沉淀基因表达调控; Keywords all-trans retinoic acid(ATRA) erythroid differentiation chromatin conformational capture chromatin immunoprecipitation(ChIP) regulation of gene expression; 分类号 Q2 [生物学—细胞生物学] Q3 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展被引量：26: 5; 作者沈圣屈彦纯张军; 机构美国德州理工大学医学中心神经科学研究中心; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-275,共20页; 基金美国国立神经病与中风研究所/美国国立卫生院及Coldwell基金会项目资助; 文摘下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencing,WGBS)、简化代表性亚硫酸氢盐测序法(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA immunoprecipitationsequencing,MeDIP-seq)、染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)、Tet辅助重亚硫酸盐测序法(Tet-assisted bisulfite sequencing,TAB-seq)、各种染色体构象捕获测序(Chromosome conformation capture sequencing,3C-seq)技术、DnaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seq以及RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)。这些方法的应用和普及改变了人们对多种表观遗传现象的传统认识,使研究人员能够更加全面地深入了解各种表观遗传标志在机体内的广泛分布,以及如何在外界因素的影响下发生相应的动态变化。文章概述了当今主要商业NGS平台的原理和特点,系统介绍了以NGS方法为基础衍生出来的各种表观遗传学测序及研究方法,并在此基础上对近年来应用NGS技术在表观遗传学研究领域中取得的最新研究成果进行了综述。; 关键词下一代测序技术表观遗传学 DNA甲基化组蛋白修饰染色质构象捕获; Keywords next generation sequencing epigenetics DNA methylation histone modifications chromosome con-formation capture; 分类号 Q34 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名三维基因组学及其应用概述被引量：1: 6; 作者邱格格林胜男黄浩; 机构福建师范大学生命科学学院; 出处《生物学教学》 2021年第10期4-6,共3页; 基金福建省发育与神经生物学重点实验室开放性课题,No.FJDNBL202102。; 文摘基因组携带着生命体完整的遗传信息。人类基因组计划和DNA元件百科全书计划分别在一维和二维水平上研究了基因组序列、基因组结构及其调控组件。但是,对于基因组信息调控基因在特定时空中表达仍然知之甚少。基因组测序技术的发展催生了一门新兴学科——三维基因组学。本文就三维基因组学的诞生和发展、研究内容和技术以及应用前景进行综述。; 关键词基因组三维基因组学染色质构象捕获技术; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	染色质构象捕获及其衍生技术	翟侃武治印于典科	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2010	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于染色质交互数据的基因组组装方法	陶婧芬谢婷郑觉非杨庆勇张红雨	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2015	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	植物三维染色质构型研究进展	董芊里王金宾李晓宠宫磊	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2020	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	全反式维甲酸调控K562细胞红系分化的表观遗传机制	刘春亚贾炳豪唐琴孙元田任立成	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展	沈圣屈彦纯张军	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2014	26	在线阅读下载PDF 职称材料
6	三维基因组学及其应用概述	邱格格林胜男黄浩	《生物学教学》	2021	1	在线阅读下载PDF 职称材料