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染色质免疫沉淀技术在研究DNA与蛋白质相互作用中的应用 被引量:5
1
作者 王春雨 石建党 +1 位作者 朱彦 张琚 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期801-807,共7页
在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片... 在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片和分子克隆技术相结合,可用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络。总结了染色质免疫沉淀技术的方法,特别介绍了使用这些方法取得的最新进展。 展开更多
关键词 DNA-蛋白质相互作用 染色质免疫沉淀技术(chip) DNA芯片 chip-克隆
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染色质免疫沉淀试验中基因组DNA超声破碎条件优化策略 被引量:5
2
作者 李敏俐 关善辉 陆祖宏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期121-125,140,共6页
染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提。影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都... 染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提。影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都会对超声效果产生影响。如何获得各个可变参数的优化组合是一个需要多次摸索的过程,借鉴其它研究者已经建立的优化条件进行探索是一条比较省时简便的途径。本研究针对超声时间、细胞裂解方式、超声环境和超声功率等因素进行优化;利用优化的条件超声,得到适合大小的DNA片段;对这些片段进行染色质免疫沉淀试验,获得已知靶基因的特异性富集;证明超声优化条件是成功的。本研究提出的超声优化策略及获得的优化条件为后续ChIPSeq试验创造了前提条件,也对其他研究者具有借鉴意义。 展开更多
关键词 超声 染色质免疫沉淀 基因组DNA chipSeq chipchip
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抗人Elp3的N末端抗体制备及在染色质免疫沉淀中的应用 被引量:3
3
作者 李芬 田树娟 +4 位作者 许森 武玉光 孔艳 张帅 王艳芳 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期919-925,共7页
人Elp3(human elongator protein 3,hElp3)具有组蛋白乙酰转移酶活性,是与延伸中的RNA聚合酶Ⅱ结合的elongator复合物的催化亚基,可参与组蛋白的乙酰化修饰与基因的转录延伸.Elp3及其复合物功能异常与人类多种疾病相关.为运用染色质免... 人Elp3(human elongator protein 3,hElp3)具有组蛋白乙酰转移酶活性,是与延伸中的RNA聚合酶Ⅱ结合的elongator复合物的催化亚基,可参与组蛋白的乙酰化修饰与基因的转录延伸.Elp3及其复合物功能异常与人类多种疾病相关.为运用染色质免疫沉淀等手段深入研究Elp3功能,PCR法克隆pYES2-hElp3质粒中编码hElp3的N端亲水区段(1~69氨基酸残基),构建原核表达载体pMXB10-hElp3-210,经IPTG诱导和几丁质柱纯化后,免疫兔制备多克隆抗体.ELISA检测显示,该抗体有较高的效价(不低于1∶2 500).免疫印迹实验结果表明,该抗体可与纯化的及HeLa细胞中的hElp3蛋白特异性结合.运用该抗体对转入elp3Δ菌株的人Elp3的染色质免疫沉淀实验结果表明,人Elp3可参与酵母SSA3基因的转录调控,这可能是人Elp3能够部分补偿酵母SSA3基因延迟表达缺陷的原因. 展开更多
关键词 hElp3 原核表达 多克隆抗体 染色质免疫沉淀分析
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染色质免疫沉淀技术及其在基因表达调控研究中的初步应用 被引量:1
4
作者 张勇 程小款 +1 位作者 吴宁华 沈珝琲 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期52-55,共4页
目的验证抑癌基因表达产物p53蛋白在体内是否结合于p21WAF1/CIP1基因的启动子区,并检测p53蛋白对热休克蛋白hsp90β基因启动子区的结合情况。方法采用染色质免疫沉淀(ChIP)及PCR技术检测特异基因调节序列,Western印迹分析p53蛋白。结果... 目的验证抑癌基因表达产物p53蛋白在体内是否结合于p21WAF1/CIP1基因的启动子区,并检测p53蛋白对热休克蛋白hsp90β基因启动子区的结合情况。方法采用染色质免疫沉淀(ChIP)及PCR技术检测特异基因调节序列,Western印迹分析p53蛋白。结果在p53抗体免疫沉淀的DNA片段中含有p21WAF1/CIP1和hsp90β基因的启动子区p53蛋白结合序列,免疫沉淀样品中含有p53蛋白。结论p53蛋白在体内结合于p21WAF1/CIP1和hsp90β基因的启动子区,参与两基因的表达调控。 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀 hsp90β P53 P21^WAF1/CIP1
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染色质免疫沉淀技术分析肺腺癌A549细胞中p53蛋白与p21^(CIP1)和Bim基因转录启动子的结合
5
作者 李智涛 沈飞 +2 位作者 燕贞 吴卫东 吴逸明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期104-108,共5页
为了检测肺腺癌A549细胞内抑癌蛋白p53与CDK抑制蛋白p21CIP1和Bim基因转录调控区的结合情况,采用染色质免疫沉淀技术,用p53特异性抗体沉淀DNA,PCR检测p21CIP1和Bim基因5′端特异性序列。结果表明,在抗体免疫沉淀的DNA片段中扩增出p21CIP... 为了检测肺腺癌A549细胞内抑癌蛋白p53与CDK抑制蛋白p21CIP1和Bim基因转录调控区的结合情况,采用染色质免疫沉淀技术,用p53特异性抗体沉淀DNA,PCR检测p21CIP1和Bim基因5′端特异性序列。结果表明,在抗体免疫沉淀的DNA片段中扩增出p21CIP1和Bim基因5′端的特异性序列。因此证实在A549细胞内,p53蛋白可与p21CIP1和Bim基因转录启动子的特异区域结合,进而参与两基因的表达调控。 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀 P53蛋白 p21CIP1基因 Bim基因
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紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术及其应用
6
作者 刘开辉 丁小维 +2 位作者 邓百万 陈文强 张乐民 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第20期6058-6059,6061,共3页
紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术(UV laser crosslinking and chromatin immunoprecipitation,UV-X-ChIP)是研究蛋白质与DNA的相互作用及鉴定转录因子靶DNA的一条新途径。该技术结合DNA芯片、Southern杂交及DNA文库的构建可用于研究... 紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术(UV laser crosslinking and chromatin immunoprecipitation,UV-X-ChIP)是研究蛋白质与DNA的相互作用及鉴定转录因子靶DNA的一条新途径。该技术结合DNA芯片、Southern杂交及DNA文库的构建可用于研究蛋白质与DNA的相互作用及高通量筛选已知转录因子在全基因组范围内的结合位点,这为转录因子调控网络的绘制奠定基础。笔者对紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术及应用作一综述。 展开更多
关键词 紫外激光交联 染色质免疫沉淀 转录因子
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一种简便的染色质免疫沉淀法的建立 被引量:2
7
作者 傅湘辉 刘德培 +4 位作者 辛立 郝德龙 董文吉 黄粤 梁植权 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期634-638,共5页
染色质结构和基因表达调节是当前国际前沿研究的热点 .染色质免疫沉淀法是研究染色质结构的首选方法 ,它不仅可用来研究体内反式因子与DNA的相互作用 ,也可以用来研究组蛋白修饰与基因表达的关系 .综合国外相关文献 ,建立了一种简便的... 染色质结构和基因表达调节是当前国际前沿研究的热点 .染色质免疫沉淀法是研究染色质结构的首选方法 ,它不仅可用来研究体内反式因子与DNA的相互作用 ,也可以用来研究组蛋白修饰与基因表达的关系 .综合国外相关文献 ,建立了一种简便的染色质免疫沉淀法 ,并通过对诱导前后的MEL细胞中 β 珠蛋白基因簇组蛋白H3乙酰化的研究 ,证实了其可操作性 .结果表明 :高敏位点HS2和活跃基因 βmaj的启动子区域存在较高的组蛋白乙酰化水平 ,且诱导前后变化显著 ,而不活跃基因Ey的启动子区域则几乎检测不到组蛋白的乙酰化 ,且诱导前后无明显变化 . 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀 染色质 MEL细胞 组蛋白乙酰化 基因表达调节
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北京大学成功研发染色质免疫沉淀测序技术
8
《生物学教学》 北大核心 2015年第2期74-74,共1页
据2014年9月10日《科学网》援引报道,北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊课题组与汤富酬课题组合作,发展了一种基于微流控芯片的微量细胞样品处理与核酸俘获方法,并成功实现了针对1000个细胞的染色质免疫沉淀测序(Ch IP-Seq)。研究... 据2014年9月10日《科学网》援引报道,北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊课题组与汤富酬课题组合作,发展了一种基于微流控芯片的微量细胞样品处理与核酸俘获方法,并成功实现了针对1000个细胞的染色质免疫沉淀测序(Ch IP-Seq)。研究结果在线发表在《细胞研究》上。应用Ch IP-Seq方法,通过有针对性地俘获和富集特定蛋白,得到与这些蛋白结合的DNA片段, 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀 测序技术 北京大学 研发 微流控芯片 DNA片段 光学成像 样品处理
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植物叶片染色质免疫共沉淀方法的优化 被引量:2
9
作者 张媛媛 黄冬梅 +3 位作者 邓班 李丹静 张玉 缪颖 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第3期329-335,共7页
以拟南芥成熟叶片为材料,探索3种不同型号超声破碎仪器的染色质免疫共沉淀(Ch IP)超声破碎条件.根据超声破碎结果推荐使用Covaris M220 Focused-ultrasonicator仪器,并将该仪器破碎条件设置为10%duty cycle、75 Watts Intensity Peak In... 以拟南芥成熟叶片为材料,探索3种不同型号超声破碎仪器的染色质免疫共沉淀(Ch IP)超声破碎条件.根据超声破碎结果推荐使用Covaris M220 Focused-ultrasonicator仪器,并将该仪器破碎条件设置为10%duty cycle、75 Watts Intensity Peak Incident power、200 cycle per Burst、7℃bath temperature、破碎时间12 min时,可获得约500 bp的DNA片段.同时,为检测不同H3K9ac抗体用量对染色质免疫沉淀效率的影响,通过半定量和实时荧光定量PCR检测确定初始量0.25 g的拟南芥叶片所需H3K9ac抗体的最适用量为3μL.此外,以不同衰老程度的水稻旗叶为材料,根据上述破碎条件,进一步优化超声破碎时间,同样可以获得合适的DNA片段,根据优化的样品与抗体用量比例,通过免疫沉淀可以获得适用于后期实时定量PCR(Ch IP-q PCR)和高通量测序(Ch IP-seq)分析的DNA样品. 展开更多
关键词 叶片 染色质免疫沉淀 超声破碎条件 抗体用量 免疫沉淀效率
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基底刚度调控的组蛋白修饰和染色质重构
10
作者 赵彦菁 王英晓 彭琴 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期181-181,共1页
目的探究基底刚度调控组蛋白修饰与染色质重构的动态变化规律和相应机制.方法基于荧光共振能量转移(FRET)技术,开发并表征具有高灵敏度和高特异性的FRET探针,用于组蛋白甲基化及核纤层蛋白磷酸化的活细胞成像。针对不同种类的细胞制备... 目的探究基底刚度调控组蛋白修饰与染色质重构的动态变化规律和相应机制.方法基于荧光共振能量转移(FRET)技术,开发并表征具有高灵敏度和高特异性的FRET探针,用于组蛋白甲基化及核纤层蛋白磷酸化的活细胞成像。针对不同种类的细胞制备不同基底刚度的PAA水凝胶,FRET活细胞影像对不同基底刚度和时间点的核纤层蛋白磷酸化及组蛋白修饰进行实时动态研究。进一步采用蛋白免疫沉淀和磷酸化蛋白质谱筛选磷酸化的核纤层蛋白和染色质结合蛋白。 展开更多
关键词 组蛋白修饰 核纤层蛋白 基底刚度 组蛋白甲基化 磷酸化蛋白质 染色质重构 FRET 免疫沉淀
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表观遗传抑制β2-微球蛋白超级增强子下调人类白细胞抗原构建通用型间充质干细胞
11
《浙江大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期130-130,共1页
2024年12月,浙江大学医学院/良渚实验室柳华、欧阳宏伟教授团队与浙江大学医学院附属第一医院邹晓晖研究员团队在《自然·生物工程》(Nature Biomedical Engineering)发表题为“Downregulating human leucocyte antigens on mesench... 2024年12月,浙江大学医学院/良渚实验室柳华、欧阳宏伟教授团队与浙江大学医学院附属第一医院邹晓晖研究员团队在《自然·生物工程》(Nature Biomedical Engineering)发表题为“Downregulating human leucocyte antigens on mesenchymal stromal cells by epigenetically repressing a β2-microglobulin super-enhancer”的论文(DOI:10.1038/s41551-024-01264-w)。研究人员基于染色质免疫沉淀测序、RNA测序和CRISPR干扰,在人间充质干细胞(MSC)的β2-微球蛋白(B2M)基因附近发现一个精准调控人类白细胞抗原(HLA)-Ⅰ表达的促炎因子响应型超级增强子(SE)。 展开更多
关键词 浙江大学医学院 人类白细胞抗原 间充质干细胞 促炎因子 染色质免疫沉淀 表观遗传 增强子
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Reverse ChIP:研究DNA-蛋白质相互作用的新方法 被引量:3
12
作者 赵明明 齐锦生 栗彦宁 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期407-410,共4页
反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DN... 反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的.其可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定,特别是寻找已知DNA元件相应的调节蛋白.在发现、鉴定靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA-蛋白质相互作用中有重要应用价值. 展开更多
关键词 反向染色质免疫沉淀技术(Reverse chip) DNA-蛋白质相互作用 靶DNA位点相关蛋白质
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基于ChIP-seq技术的肺癌细胞DNA碱基损伤热点全基因组分析 被引量:1
13
作者 李世勋 程燚 +2 位作者 戴楠 熊艳丽 李梦侠 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期575-583,共9页
目的建立可用于在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法,利用该方法分析非小细胞肺癌A549细胞株中DNA碱基损伤热点区域的分布规律。方法利用染色质免疫沉淀偶联测序(chromatin immunoprecipitation sequencing, ChIP-seq)技术对A... 目的建立可用于在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法,利用该方法分析非小细胞肺癌A549细胞株中DNA碱基损伤热点区域的分布规律。方法利用染色质免疫沉淀偶联测序(chromatin immunoprecipitation sequencing, ChIP-seq)技术对A549细胞中与脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, APE1)和8-氧鸟嘌呤DNA糖化酶1(8-oxoguanine DNA glycosylase 1, OGG1)蛋白特异结合DNA片段进行序列鉴定,通过生物信息学的方法分析全基因组DNA碱基损伤热点分布规律。结果 APE1和OGG1结合峰主要分布在基因启动子区,比例分别为41.70%和49.26%,APE1和OGG1结合峰于TSS上游2 000 bp区域内分别占比38.80%和39.80%,APE1与OGG1结合峰具有显著相关性(r=0.636 3,P<0.01)。APE1和OGG1共同结合峰相关基因数有25 038个,其中与肿瘤发生直接相关的有641个。结论建立在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法;在非小细胞肺癌细胞中,DNA碱基损伤并非随机分布而主要分布于基因调控功能区,碱基损伤修复蛋白结合相关热点区域与肿瘤发生及肿瘤炎症微环境密切相关。 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀偶联测序 非小细胞肺癌 DNA碱基损伤 碱基切除修复
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采用ChIP-DSL启动子芯片筛选Kid下游调控基因
14
作者 王小艳 冯玉梅 +2 位作者 王玉丽 李晓青 王劲峰 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期578-581,586,共5页
目的:前期研究发现驱动蛋白样DNA结合蛋白(kinesin-likeDNAbindingprotein,Kid)的编码基因(ki-nesin-like4,KNSL4)在乳腺原发癌中的表达下调与患者差的预后相关。本研究的目的是筛选Kid下游调控基因,为探讨Kid在乳腺癌发生和发展中的作... 目的:前期研究发现驱动蛋白样DNA结合蛋白(kinesin-likeDNAbindingprotein,Kid)的编码基因(ki-nesin-like4,KNSL4)在乳腺原发癌中的表达下调与患者差的预后相关。本研究的目的是筛选Kid下游调控基因,为探讨Kid在乳腺癌发生和发展中的作用机制提供依据。方法:采用染色质免疫沉淀技术和含人类20045个功能基因启动子序列的Oligo芯片,筛选Kid抗体染色质免疫沉淀的DNA与芯片杂交的荧光强度,与无抗体对照比较差异达2倍以上的基因作为Kid调控的候选基因;采用ChIP-PCR方法验证候选基因的启动子与Kid的结合;采用实时定量RT-PCR方法验证Kid蛋白量改变对候选基因mRNA表达水平的影响。结果:筛选出287个Kid调控的候选靶基因;候选基因ATF7IP和CDC25C的Kid特异性染色质免疫沉淀扩增产物量与非特异对照比较差异分别为2.2倍和2.4倍;ATF7IP和CDC25C在KNSL4siRNA干扰的乳腺癌细胞中的表达水平较对照细胞分别下调1.6倍和5.8倍。结论:Kid对ATF7IP和CDC25C的转录呈负向调节作用;Kid可能通过对靶基因表达的转录调控进而影响乳腺癌的生物学行为。 展开更多
关键词 KID 染色质免疫沉淀 启动子芯片 转录调控
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湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析
15
作者 舒嘉傲 曹少先 +6 位作者 孟春花 钱勇 张俊 张建丽 丁强 李隐侠 李齐发 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期174-182,共9页
[目的]本文旨在研究湖羊长链非编码RNA-269(long no-coding RNA-269,lncRNA-269)序列特征、表达模式和转录调控,为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象,采用5′/3′RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长,利... [目的]本文旨在研究湖羊长链非编码RNA-269(long no-coding RNA-269,lncRNA-269)序列特征、表达模式和转录调控,为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象,采用5′/3′RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长,利用RT-qPCR方法鉴定其在湖羊组织中的表达模式,并利用PCR方法扩增其启动子区,鉴定其启动子区特征,分析其转录调控情况。[结果]湖羊lncRNA-269全长3 146 bp,组织表达谱显示其在湖羊各组织中广泛表达,且在健康卵泡中显著高表达,其表达水平与NR5A1 mRNA水平和血清中雌二醇(E_(2))水平呈正相关。荧光素酶活性分析发现在lncRNA-269启动子区的-359~-17 nt有1个转录激活基序,在-1 485~-942 nt有1个转录抑制基序。JASPAR软件预测发现在lncRNA-269转录抑制启动子区域存在FOXO3、PDX1等转录因子结合位点,在转录激活区域有SMAD4、YY1等转录因子结合位点。过表达SMAD4可显著提升lncRNA-269启动子区荧光素酶活性,染色质免疫沉淀(ChIP)-PCR试验进一步确认了SMAD4特异性与lncRNA-269启动子区结合。[结论]湖羊lncRNA-269在健康卵泡中显著高表达,其启动子区存在一个转录激活区域和一个转录抑制区域,转录因子SMAD4可通过与lncRNA-269启动子区结合显著上调lncRNA-269的启动子活性。 展开更多
关键词 湖羊 卵巢卵泡 lncRNA-269 5′/3′RACE 染色质免疫沉淀(chip)
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全反式维甲酸调控K562细胞红系分化的表观遗传机制
16
作者 刘春亚 贾炳豪 +2 位作者 唐琴 孙元田 任立成 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1441-1452,共12页
全反式维甲酸(ATRA)是早幼粒细胞分化的有效诱导剂,其对红系分化过程的作用尚不完全清楚。为研究ATRA在红系分化进程中的作用及其表观遗传调控机制,本文以诱导白血病细胞K562向红系分化为模型,对ATRA干扰红系分化过程的调控机制进行研... 全反式维甲酸(ATRA)是早幼粒细胞分化的有效诱导剂,其对红系分化过程的作用尚不完全清楚。为研究ATRA在红系分化进程中的作用及其表观遗传调控机制,本文以诱导白血病细胞K562向红系分化为模型,对ATRA干扰红系分化过程的调控机制进行研究。首先利用血红素(he-min)诱导K562细胞向红系分化;流式细胞术结果显示,ATRA影响细胞向红系分化过程中的谱系变化,阻滞细胞分化进程;ATRA处理分化中的细胞后,红系分化相关基因表达水平降低;而通过3C、FAIRE和ChIP技术对其中的表观遗传机制进行探究发现,ATRA处理细胞后,β-珠蛋白家族基因座位内的染色质可及性降低,LCR与其靶基因启动子之间的相互作用频率降低;而基因座位染色质可及性降低导致了红系相关转录因子GATA1、LDB1、LMO2和TAL1在LCR及珠蛋白家族基因座位的启动子区的富集频率降低。上述结果表明,ATRA处理分化中的细胞导致红系分化相关基因的染色质可及性降低,更加封闭的染色质结构阻碍了LCR招募转录因子与基因启动子区的结合,进而抑制β-珠蛋白家族基因表达,这种动态的变化过程阐明了ATRA调控红系分化的表观遗传机制。 展开更多
关键词 全反式维甲酸 红系分化 染色质构象捕获 染色质免疫沉淀 基因表达调控
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软基质诱导RARg核易位促进肝癌转移的力学机制研究
17
作者 张姚 陈俊威 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期413-413,共1页
目的转移导致大多数肝癌相关的死亡,然而驱动转移的生物学机制并不清楚。肿瘤转移是受肿瘤微环境调控的复杂的动态过程,为了模拟肿瘤生理微环境,本项目利用三维纤维蛋白软胶构建肝癌再生细胞(Tumor repopulating cells,TRCs)模型,用于... 目的转移导致大多数肝癌相关的死亡,然而驱动转移的生物学机制并不清楚。肿瘤转移是受肿瘤微环境调控的复杂的动态过程,为了模拟肿瘤生理微环境,本项目利用三维纤维蛋白软胶构建肝癌再生细胞(Tumor repopulating cells,TRCs)模型,用于探索肝癌干性及转移的力学调控机制。方法本项目通过RNA seq及差异基因KEGG富集通路分析不同软硬度基质培养的肝癌细胞的干性基因表达情况;并结合Transwell实验检测肝癌TRCs和普通肝癌细胞的迁移和侵袭能力;利用原子力显微镜(AFM)检测TRCs与普通肝癌细胞的弹性模量;通过蛋白免疫印迹(WB)和免疫荧光实验(IF)分析核受体RARg的表达及定位情况;结合co-IP及染色质免疫沉淀(Ch IP)检测分析RARg调控肝癌干性及转移相关基因表达的分子机制。结果肝癌TRCs在干性相关通路中显著富集,具有更高的迁移和侵袭能力及更柔软的力学特性;软基质培养的高自我更新、高转移性的肝癌TRCs中核受体RARg穿梭转位至细胞质,通过与胞质YAP蛋白相互作用调控肝癌的干性及转移过程。结论基于以上结果,推断RARg在肝癌细胞中是力学信号调控的新靶点,且与肝癌增殖及转移过程密切相关,这不仅为肝癌复发转移的机制研究提供新思路,也为未来肿瘤生物力治疗寻找潜在靶点提供理论依据。 展开更多
关键词 肝癌转移 肿瘤生物 通路分析 染色质免疫沉淀 基质培养 肿瘤转移 肝癌细胞 生物学机制
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核酸-蛋白质互作的生物化学研究方法 被引量:6
18
作者 张金璧 潘增祥 +2 位作者 林飞 马雪山 刘红林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期325-336,共12页
研究核酸-蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础,文章简要综述了用于研究核酸-蛋白质互作的各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度,针对核酸、蛋白以及复合物3个研究水平,概述了硝化纤维膜过滤实验、足迹法、EMSA、Southwestern... 研究核酸-蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础,文章简要综述了用于研究核酸-蛋白质互作的各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度,针对核酸、蛋白以及复合物3个研究水平,概述了硝化纤维膜过滤实验、足迹法、EMSA、Southwestern杂交等经典分析方法的原理、发展和运用。还着重介绍了最近在表观遗传学领域中广泛运用的nChIP、xChIP等基本染色质免疫沉淀(ChIP)技术及其衍生出的ChIP-on-chip等方法。 展开更多
关键词 核酸 蛋白质 互作 足迹 染色质免疫沉淀
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小鼠胚胎心脏发育过程中组蛋白乙酰化酶亚型p300调控心脏特异转录因子的动态表达 被引量:8
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作者 杨雪芳 田杰 +4 位作者 陈国珍 孙慧超 钟立霖 吴晓云 朱静 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期961-965,共5页
目的:观察小鼠胚胎心脏发育过程中GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的动态表达和这些基因的启动子区域组蛋白H3乙酰化修饰状态的变化,以及组蛋白乙酰化酶亚型p300对这些基因启动子的直接调控作用,为进一步研究先天性心脏疾病的发生机制... 目的:观察小鼠胚胎心脏发育过程中GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的动态表达和这些基因的启动子区域组蛋白H3乙酰化修饰状态的变化,以及组蛋白乙酰化酶亚型p300对这些基因启动子的直接调控作用,为进一步研究先天性心脏疾病的发生机制奠定基础。方法:选取胎龄(Embryoday,E)10.5d和16.5d小鼠正常胚胎心脏,用实时荧光定量PCR(RealTimePCR)的方法观察上述基因mRNA的动态表达;采用染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitation,ChIP),用ChIP级抗乙酰化H3和抗p300抗体免疫沉淀与其所结合的DNA,采用RealTimePCR扩增抗体所富集的上述基因启动子的DNA量,观察胚胎心脏发育过程中乙酰化组蛋白及组蛋白乙酰化酶亚型p300是否参与调控上述四种心脏特异转录因子的表达。结果:①胎龄E10.5d和E16.5d小鼠胚胎心脏的GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的mRNA表达水平都有明显差异(P<0.05),其中GATA4和MEF2C mRNA相对β-actin的表达水平,E10.5明显低于E16.5,而Nkx2.5和Tbx5mRNA相对表达水平,E10.5明显高于E16.5;并且ChIP结果显示这些基因启动子的乙酰化水平也随着时间而改变,但差异无统计学意义。②E10.5和E16.5胚胎小鼠心脏中,p300抗体均能免疫沉淀GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因启动子,其沉淀的基因量在这两个小鼠心脏发育的关键时间点有所不同,但差异无统计学意义。结论:小鼠胚胎心脏发育过程中,心脏发育相关基因GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5呈现动态表达,提示这些基因在心脏发育不同阶段具有重要作用。ChIP结果提示p300介导的组蛋白乙酰化修饰可能为调节这些基因动态表达的机制之一。 展开更多
关键词 P300 组蛋白乙酰化 转录因子 心脏发育 染色质免疫沉淀
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不同运动能力小鼠在定制负荷运动适应中骨骼肌的基因转录响应——以细胞自噬与线粒体有关基因为例 被引量:3
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作者 漆正堂 刘静霞 +3 位作者 钱帅伟 王贵平 邹勇 丁树哲 《武汉体育学院学报》 CSSCI 北大核心 2022年第2期93-100,共8页
运动能力的差异是生物个体间客观存在的。本研究以细胞自噬与线粒体有关基因为例,探讨不同年龄不同运动能力小鼠在运动适应中骨骼肌进行基因选择性表达的转录调控机制,以及骨骼肌基因响应的个性化特征。将清洁级ICR小鼠分为青年对照组(... 运动能力的差异是生物个体间客观存在的。本研究以细胞自噬与线粒体有关基因为例,探讨不同年龄不同运动能力小鼠在运动适应中骨骼肌进行基因选择性表达的转录调控机制,以及骨骼肌基因响应的个性化特征。将清洁级ICR小鼠分为青年对照组(YC)、青年运动组(YR)、成年对照组(AC)、成年运动组(AR),每组10只。采用递增负荷的运动能力测试确定青年、成年小鼠可以承受的最大跑速,YR、AR组小鼠按各自最大跑速的65%~75%进行耐力训练,每天训练1 h,持续4周。取腓肠肌测试mtDNA、ATP含量以及Caspases酶活性,实时荧光定量PCR检测mRNA表达,Western blot检测蛋白表达,用染色质免疫沉淀+PCR(ChIP-PCR)检测p53、ERRα与靶基因启动子结合的DNA片段。结果表明(1)骨骼肌mtDNA含量在成年小鼠运动后显著提高,ATP含量在成年、青年小鼠运动后均显著提高。(2)运动显著提高成年小鼠Caspase 3,8,9的酶活性,但是对青年小鼠无显著影响。(3)成年、青年小鼠自噬基因对运动响应显著,但线粒体生物发生、COX复合物、代谢调控有关基因只在成年小鼠对运动响应显著。(4)运动促进p53、ERRα与靶基因Tfam、SCO2、PUMA、Bax启动子的结合,但在成年、青年小鼠中靶基因转录水平不一致。结论即使保持相对一致的运动负荷,青年小鼠骨骼肌自噬与线粒体有关基因对运动的响应也比成年小鼠低。尽管运动促进p53、ERRα与靶基因启动子的结合,但靶基因在mRNA水平并不一定表达上调。 展开更多
关键词 运动 骨骼肌 基因选择性表达 染色质免疫沉淀 自噬 线粒体
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