RNA结合蛋白(RBPs)在细胞中广泛存在,在多种生物学过程中发挥着重要作用。紫外交联和蛋白质免疫共沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation,CLIP)技术是一种用于鉴定蛋白质直接结合RNA的技术。随着高通量测序技术的发展,CLIP技...RNA结合蛋白(RBPs)在细胞中广泛存在,在多种生物学过程中发挥着重要作用。紫外交联和蛋白质免疫共沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation,CLIP)技术是一种用于鉴定蛋白质直接结合RNA的技术。随着高通量测序技术的发展,CLIP技术已成为鉴定RNA结合蛋白所结合的具体RNA种类和序列的关键方法。为了满足不断增长的科研需求,CLIP技术经历了多次改进,衍生出多种版本,如HITS-CLIP、PAR-CLIP和iCLIP等。日益完善的CLIP技术在揭示新型蛋白质-RNA相互作用、解析RNA修饰和调控机制等方面具有重要价值,在RNA生物学研究中不可或缺。本文详细回顾了这些技术的演进与创新,比较了它们的优势与局限性,探讨了近年来CLIP技术在非经典蛋白质-RNA相互作用的研究中的应用,并展望了CLIP技术在未来RNA生物学中的创新应用与发展方向。展开更多
XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步...XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.展开更多
文摘RNA结合蛋白(RBPs)在细胞中广泛存在,在多种生物学过程中发挥着重要作用。紫外交联和蛋白质免疫共沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation,CLIP)技术是一种用于鉴定蛋白质直接结合RNA的技术。随着高通量测序技术的发展,CLIP技术已成为鉴定RNA结合蛋白所结合的具体RNA种类和序列的关键方法。为了满足不断增长的科研需求,CLIP技术经历了多次改进,衍生出多种版本,如HITS-CLIP、PAR-CLIP和iCLIP等。日益完善的CLIP技术在揭示新型蛋白质-RNA相互作用、解析RNA修饰和调控机制等方面具有重要价值,在RNA生物学研究中不可或缺。本文详细回顾了这些技术的演进与创新,比较了它们的优势与局限性,探讨了近年来CLIP技术在非经典蛋白质-RNA相互作用的研究中的应用,并展望了CLIP技术在未来RNA生物学中的创新应用与发展方向。
文摘XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.
