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一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文) 被引量：1
1
作者 刘齐军 王正华 +3 位作者 刘万霖 李栋 贺福初 朱云平 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第4期402-415,共14页
由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础... 由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础,并且有助于揭示其他细胞条件的基因调控机理.使用一个基因表达微分方程模型(GEDEM),从静态网络中识别了动态的细胞周期相关调控关系.与已经报道的细胞周期相关调控相互作用相比,该方法识别了更多的真实存在的条件特异调控关系,取得了比当前的方法更好的性能.在大数据集上,GEDEM 识别了具有高敏感性和特异性的调控子网.组合调控的深入分析显示,条件特异调控子网的转录因子之间的相关性呈现出比静态网络中转录因子相关性更强,这说明条件特异网络比静态网络更加接近真实情况.另外,GEDEM 方法还识别更多潜在的共调控转录因子. 展开更多
关键词 基因调控网络 细胞周期 基因表达模型 条件特异子网 微分方程模型
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动态分子网络的构建与分析 被引量：3
2
作者 刘伟 谢红卫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第2期115-125,共11页
分子网络研究是从全局角度揭示生物系统的结构和功能的重要手段,现有的网络分析大部分是基于静态网络.实际上,在不同的环境条件、组织类型和疾病状态以及生长和分化的过程中,分子网络时刻都在发生变化.经过研究人员的努力,人们已经提出... 分子网络研究是从全局角度揭示生物系统的结构和功能的重要手段,现有的网络分析大部分是基于静态网络.实际上,在不同的环境条件、组织类型和疾病状态以及生长和分化的过程中,分子网络时刻都在发生变化.经过研究人员的努力,人们已经提出了一些可用于分析分子网络动态的生物信息学方法,如节点的动态性分类、动态蛋白质复合物的预测、条件特异子网的构建以及网络动态行为的模拟等.本文综述了动态分子网络的构建与分析方法.可以预见,动态网络分析将成为未来网络研究的标准模式. 展开更多
关键词 分子网络 条件特异子网 动态分析
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