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TRIM蛋白家族结构与抗病毒功能 被引量:10
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作者 仇艳光 王江雁 王沛 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期107-110,共4页
TRIM(Tripartitemotif)家族的名称是由于其具有3个保守的结构域而得来。这三个结构域从N端到c端的顺序依次是RING结构域(RINGdo.main)、1个或2个B.box结构域、一个卷曲螺旋结构域(Coiled—coildomain),此外该家族还具有一个可... TRIM(Tripartitemotif)家族的名称是由于其具有3个保守的结构域而得来。这三个结构域从N端到c端的顺序依次是RING结构域(RINGdo.main)、1个或2个B.box结构域、一个卷曲螺旋结构域(Coiled—coildomain),此外该家族还具有一个可变的C一末端,因此TRIM家族也称为RBCC家族。 展开更多
关键词 结构域 抗病毒功能 家族 M蛋白 TRI
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血红素激活含pyrin结构域NOD样受体家族蛋白3(NLRP3)炎性体诱导肾小管上皮细胞焦亡 被引量:3
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作者 刘志新 陈要臻 +7 位作者 徐金梅 安宁 张婧 顾顺利 易静 安群星 尹文 胡兴斌 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期809-814,共6页
目的研究血红素是否通过活化肾小管上皮细胞含pyrin结构域NOD样受体家族蛋白3(NLRP3)炎性体引起焦亡而损伤肾脏功能。方法使用血红素处理人肾小管上皮HK-2细胞,通过扫描电镜观察细胞膜上是否有穿孔,免疫荧光染色检测焦亡执行蛋白消皮素... 目的研究血红素是否通过活化肾小管上皮细胞含pyrin结构域NOD样受体家族蛋白3(NLRP3)炎性体引起焦亡而损伤肾脏功能。方法使用血红素处理人肾小管上皮HK-2细胞,通过扫描电镜观察细胞膜上是否有穿孔,免疫荧光染色检测焦亡执行蛋白消皮素D氨基端蛋白(GSDMD-N)的形成情况,明确血红素是否引起人肾小管上皮HK-2细胞焦亡。通过Western blot法检测NLRP3炎性体相关蛋白分子NLRP3、含胱天蛋白酶募集结构域凋亡相关斑点样蛋白(ASC)、胱天蛋白酶l前体(pro-caspase-1)和剪切体(caspase-1 p20)、白细胞介素1β前体(pro-IL-1β)和IL-1β等确定血红素是否引起人肾小管上皮HK-2细胞中NLRP3炎性体的活化;通过异体输血构建小鼠溶血模型在动物水平进一步验证溶血释放的血红素是否活化NLRP3炎性体而导致肾损伤。采集静脉血进行血涂片进行Wright-Giemsa染色光镜观察,分光光度计比色法检测游离血红蛋白;全自动生化分析仪检测血清尿素氮以及HE染色观察肾组织病变情况确定溶血模型建立是否成功;分离提取溶血小鼠肾小管上皮细胞,Western blot法检测NLRP3、ASC、pro-caspase-1、caspase-1 p20、pro-IL-1β、IL-1β、GSDMD-N蛋白表达情况明确溶血模型中NLRP3炎性体的活化情况以及焦亡执行蛋白的表达。结果血红素造成肾小管上皮HK-2细胞损伤,细胞膜上出现小孔,焦亡执行蛋白GSDMD-N表达增高,HK-2细胞中NLRP3炎性体相关蛋白caspase-1 p20、IL-1β表达上调;溶血模型小鼠的肾脏功能受损,小鼠肾小管上皮细胞中NLRP3炎性体相关蛋白caspase-1 p20、IL-1β、GSDMD-N表达上调。结论血红素活化肾小管上皮细胞的NLRP3炎性体,诱导焦亡,进而导致肾功能损伤。 展开更多
关键词 血红素 肾小管上皮细胞 功能损伤 含pyrin结构域NOD样受体家族3(NLRP3) 消皮素D氨基端蛋白(GSDMD-N)
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玉米DUF668基因家族全基因组鉴定及其表达分析
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作者 夏轲 罗堰木 +1 位作者 黄敏 杜何为 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期20-30,共11页
未知功能域668(DUF668)家族是植物中一个功能尚不清楚的家族。为了解玉米DUF668基因家族成员及其特征,运用生物信息学方法对ZmDUF668基因家族进行鉴定分析。结果表明,玉米8条染色体上共分布19个ZmDUF668基因,分别命名为ZmDUF668-1~ZmDUF... 未知功能域668(DUF668)家族是植物中一个功能尚不清楚的家族。为了解玉米DUF668基因家族成员及其特征,运用生物信息学方法对ZmDUF668基因家族进行鉴定分析。结果表明,玉米8条染色体上共分布19个ZmDUF668基因,分别命名为ZmDUF668-1~ZmDUF668-19;ZmDUF668蛋白以碱性蛋白为主,且大部分成员定位于细胞核、细胞质和叶绿体中。多物种系统进化树将19个ZmDUF668家族蛋白成员分为2个亚组;19个ZmDUF668中鉴定出10种蛋白保守基序,所有成员都含有Motif 1和Motif 5;通过对蛋白保守域分析发现,19个成员中有14个不仅含有DUF668结构域还含有DUF3475结构域;基因结构分析表明,同一亚群中成员基因结构相似。根据共线性分析可知,13个ZmDUF668基因与10个OsDUF668组合形成21种共线性关系。ZmDUF668顺式作用元件分析发现,家族成员启动子区域分布着光响应、植物激素及非生物胁迫相关作用元件。蛋白质互作网络(PPI)预测结果表明,ZmDUF668家族蛋白中只有ZmDUF668-10与其他蛋白存在互作关系。通过RNA-Seq数据分析发现,ZmDUF668基因家族部分成员在受到冷、热、盐胁迫和紫外处理下基因表达量明显变化,实时荧光定量PCR试验验证了ZmDUF668家族部分成员在冷胁迫和热胁迫下的响应。研究主要是将生物信息学运用于对玉米DUF668基因家族的分析,揭示了ZmDUF668基因家族成员的特征,为后续研究玉米DUF668家族基因的分子生物学功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 玉米 未知功能结构域668 基因家族 生物信息学 基因表达
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LIM蛋白家族的研究进展 被引量:7
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作者 郑斌 温进坤 韩梅 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期305-308,共4页
LIM蛋白是分子结构中含有一个或多个LIM结构域的蛋白质家族,该家族中的蛋白质通过其LIM结构域与某些结构蛋白、激酶、转录调控因子等多种蛋白质相互作用,对某些基因的表达、细胞分化与发育、细胞骨架形成等发挥重要调控作用。本文介绍LI... LIM蛋白是分子结构中含有一个或多个LIM结构域的蛋白质家族,该家族中的蛋白质通过其LIM结构域与某些结构蛋白、激酶、转录调控因子等多种蛋白质相互作用,对某些基因的表达、细胞分化与发育、细胞骨架形成等发挥重要调控作用。本文介绍LIM蛋白家族的分类与功能、LIM蛋白及其与其他蛋白之间的相互作用,以及LIM蛋白在心血管系统中的作用。 展开更多
关键词 LIM蛋白家族 研究进展 LIM结构域 功能 发育
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LIM蛋白家族的研究进展 被引量:6
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作者 孙佳 鹿培源 贾弘禔 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期187-189,共3页
LIM结构域是一种在进化上高度保守的双锌指结构 ,LIM蛋白在很多基本的生物学过程中起重要作用。本文综述了LIM蛋白家族成员的性质、生物学功能 。
关键词 LIM蛋白家族 结构域 双锌指结构 生物学功能
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辣椒DUF966基因家族鉴定及表达模式分析 被引量:1
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作者 韩晓文 韩硕 +4 位作者 朱永兴 王飞 高升华 刘奕清 尹军良 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1341-1351,共11页
【目的】鉴定辣椒DUF966基因家族成员,并分析其表达模式,为揭示该家族基因对辣椒生长发育和逆境响应的调控机制及辣椒抗逆育种提供理论参考。【方法】从Pfam数据库下载DUF966(PF06136)的隐马尔可夫模型种子序列,并以拟南芥和水稻DUF966... 【目的】鉴定辣椒DUF966基因家族成员,并分析其表达模式,为揭示该家族基因对辣椒生长发育和逆境响应的调控机制及辣椒抗逆育种提供理论参考。【方法】从Pfam数据库下载DUF966(PF06136)的隐马尔可夫模型种子序列,并以拟南芥和水稻DUF966家族蛋白序列作为参考序列,从辣椒基因组中鉴定出DUF966家族成员,利用生物信息学方法对其基因结构、保守基序、蛋白质特征、启动子顺式作用元件及miRNA和DUF966基因家族间的靶向关系进行系统分析,并利用转录组数据分析辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育及不同激素和胁迫处理下的表达模式。【结果】共鉴定到7个辣椒DUF966基因家族成员,将其命名为CaDUF966-1~CaDUF966-7。将辣椒DUF966基因家族成员分为3个亚群,其中,Ca DUF996-2和Ca DUF996-7属于I亚群,Ca DUF996-3和Ca DUF996-5属于II亚群,CaDUF996-1、CaDUF996-4和CaDUF996-6属于III亚群。7个CaDUF966s基因分布在1、2、6、11和12号染色体上。7个CaDUF966s基因含有2~5个内含子,外显子数为3~6个。所有CaDUF966s均为亲水的不稳定蛋白,亚细胞定位于细胞核内,共含有20个Motif(Motif 1~Motif 20),同一亚群CaDUF966s蛋白含有的Motif越相似。除CaDUF966-3蛋白外,其余6个CaDUF966s蛋白的二级结构和三维结构相似,均以无规则卷曲所占比例较大(36.31%~51.80%),以β-转角所占比例较小(8.56%~10.71%)。基于非同义替换率/同义替换率的比值(Ka/Ks)分析发现,DUF966基因家族成员在辣椒品种间和茄科物种间高度保守,同源基因对的Ka/Ks均小于1.000,表明其在进化过程中经历了强烈的纯化选择压力。7个CaDUF966s基因启动子区域共含有17个生物和非生物胁迫相关顺式作用元件、7个生长发育相关顺式作用元件及10个植物激素反应相关顺式作用元件。7个CaDUF966s基因具有明显的组织和时空特异性,说明CaDUF966s基因参与辣椒的生长发育和胁迫响应。9个miRNA通过切割作用靶向CaDUF966-3和CaDUF966-6基因,5个miRNA靶向CaDUF966-6基因,4个miRNA靶向CaDUF966-3基因。【结论】7个辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育过程及响应生物和非生物胁迫过程中具有调控作用。 展开更多
关键词 辣椒 未知功能结构域的蛋白家族(dufs) 鉴定 系统发育分析 表达分析
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高迁移率族蛋白与真核基因表达调控 被引量:19
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作者 徐佳 刘志锋 姜勇 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期397-402,共6页
高迁移率族蛋白(high mobility group protein,HMG)是一系列的染色质相关蛋白,广泛存在于真核生物细胞中,含量丰富,因其在聚丙烯酰胺凝胶电泳中的高迁移率而得名.HMG蛋白家族可分为HMGB、HMGA和HMGN三类亚家族,各亚家族有其特征的结构域... 高迁移率族蛋白(high mobility group protein,HMG)是一系列的染色质相关蛋白,广泛存在于真核生物细胞中,含量丰富,因其在聚丙烯酰胺凝胶电泳中的高迁移率而得名.HMG蛋白家族可分为HMGB、HMGA和HMGN三类亚家族,各亚家族有其特征的结构域,这些结构域介导了HMG和DNA或染色质相关区域的相互作用.现已发现这些蛋白质具有多种重要生物学功能,其中几乎所有HMG都可以通过修饰、弯曲或改变染色质/DNA的结构,促进各种蛋白质因子形成大分子复合物来调节基因转录. 展开更多
关键词 基因表达调控 迁移率 聚丙烯酰胺凝胶电泳 mobility 真核生物细胞 group 生物学功能 分子复合物 染色质 相关蛋白 相互作用 基因转录 结构域 蛋白 DNA 家族 G蛋白 BMG HMG
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敲低NLRC3促进人结肠癌细胞的增殖和侵袭 被引量:3
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作者 吕云华 韩明伟 +2 位作者 马瑞雪 吴兴安 刘蓉蓉 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期769-774,共6页
目的研究核苷酸结合寡聚结构域样受体家族胱天蛋白酶募集结构域蛋白3(NLRC3)对人结肠癌HCT116和LoVo细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法使用NLRC3特异性小干扰RNA(si-NLRC3)敲低HCT116和LoVo细胞中NLRC3的表达。采用实时定量PCR和Western... 目的研究核苷酸结合寡聚结构域样受体家族胱天蛋白酶募集结构域蛋白3(NLRC3)对人结肠癌HCT116和LoVo细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法使用NLRC3特异性小干扰RNA(si-NLRC3)敲低HCT116和LoVo细胞中NLRC3的表达。采用实时定量PCR和Western blot法分别检测结肠癌细胞NLRC3 mRNA和蛋白表达;敲低NLRC3后,采用CCK-8法检测结肠癌细胞的增殖能力,集落形成实验检测结肠癌细胞的集落形成能力,Transwell^(TM)实验检测结肠癌细胞的侵袭能力,划痕愈合实验检测结肠癌细胞的迁移能力。结果si-NLRC3转染可敲低HCT116和LoVo细胞NLRC3的表达。敲低NLRC3后,结肠癌细胞的增殖及侵袭能力均明显增加,细胞迁移能力无明显变化。结论敲低NLRC3增强HCT116和LoVo结肠癌细胞的增殖和侵袭能力,对癌细胞的迁移无明显影响。 展开更多
关键词 核苷酸结合寡聚结构域样受体家族胱天蛋白酶募集结构域蛋白3(NLRC3) 结肠癌 细胞生物学功能
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