数据非依赖采集张量质谱数据计算平台的开发

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作者 周海洋 刘朋欢 金尚忠 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期412-421,I0005,共11页

数据非依赖采集张量(data independent acquisition tensor,DIAT)是一种质谱数据格式,用于处理和分析数据非依赖采集方法获得的蛋白质组学数据。与传统方法相比,DIAT技术具有便捷的数据可视化处理和高效的深度学习模型训练等优势。但由... 数据非依赖采集张量(data independent acquisition tensor,DIAT)是一种质谱数据格式,用于处理和分析数据非依赖采集方法获得的蛋白质组学数据。与传统方法相比,DIAT技术具有便捷的数据可视化处理和高效的深度学习模型训练等优势。但由于目前缺乏支持DIAT格式数据的软件平台,限制了其应用。为解决这一问题,本文基于PyQt框架设计了一款用于处理和分析DIAT数据的软件,涵盖了与DIAT技术相关的所有功能,使用户能够轻松地利用DIAT数据进行复杂分析,降低了使用门槛,为数据非依赖采集(DIA)质谱数据分析注入了活力。 展开更多

关键词 质谱 数据非依赖采集(DIA) 图形化用户交互界面(GUI) 深度学习 视觉变换网络

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基于数据非依赖采集的蛋白质组质谱数据解析方法研究进展 被引量：4

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作者 侯鑫行 周丕宇 +3 位作者 宫鹏云 付嘉乐 刘超 王海鹏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第12期2364-2386,共23页

数据非依赖采集(DIA)是蛋白质组学领域近年来快速发展的质谱采集技术,其通过无偏碎裂隔离窗口内的所有母离子采集二级谱图,理论上可实现蛋白质样品的深度覆盖,同时具有高通量、高重现性和高灵敏度的优点。现有的DIA数据采集方法可以分... 数据非依赖采集(DIA)是蛋白质组学领域近年来快速发展的质谱采集技术,其通过无偏碎裂隔离窗口内的所有母离子采集二级谱图,理论上可实现蛋白质样品的深度覆盖,同时具有高通量、高重现性和高灵敏度的优点。现有的DIA数据采集方法可以分为全窗口碎裂方法、隔离窗口序列碎裂方法和四维DIA数据采集方法(4D-DIA)3大类。针对DIA数据的不同特点,主要数据解析方法包括谱库搜索方法、蛋白质序列库直接搜索方法、伪二级谱图鉴定方法和从头测序方法4大类。解析得到的肽段鉴定结果需要进行可信度评估,包括使用机器学习方法的重排序和对报告结果集合的假发现率估计两个步骤,实现对数据解析结果的质控。本文对DIA数据的采集方法、数据解析方法及软件和鉴定结果可信度评估方法进行了整理和综述,并展望了未来的发展方向。 展开更多

关键词 蛋白质组学 数据非依赖采集 质谱 靶向数据提取

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非定向筛查数据非依赖采集策略研究进展 被引量：1

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作者 杜安 樊子便 +2 位作者 石琳 许秀丽 贾玮 《仪器仪表学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期232-242,共11页

数据采集方式是质谱分析的关键步骤,是影响实验效率以及结果准确度的重要因素。较之于传统的数据采集方式,近年来出现的数据非依赖采集技术具有高通量、高覆盖度、高准确性等优势,从而成为蛋白组学与代谢产物定量和组学研究的强有力工具... 数据采集方式是质谱分析的关键步骤,是影响实验效率以及结果准确度的重要因素。较之于传统的数据采集方式,近年来出现的数据非依赖采集技术具有高通量、高覆盖度、高准确性等优势,从而成为蛋白组学与代谢产物定量和组学研究的强有力工具,对食品分析领域有重要的参考和借鉴价值。综述了目前主要的几种数据非依赖采集原理和数据处理最新进展并突出了在食品分析中的非定向筛查潜力,总结了非定向筛查数据非依赖采集在食品安全性分析、食品真实性分析,食品中功能活性成分分析的应用。最后探讨数据非依赖采集在食品分析中面临的挑战和未来发展趋势。 展开更多

关键词 数据非依赖采集 食品分析 非定向筛查 高分辨质谱 精准定量

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基于非依赖数据采集的呼出气冷凝液蛋白质组加权基因共表达网络分析

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作者 马琳 孙东晓 +1 位作者 镇华君 修光利 《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期649-656,共8页

呼出气冷凝液(Exhaled Breath Condensate,EBC)是一种呼吸道衬液,其收集过程无创、便捷,常常被作为肺部疾病研究的载体。建立了基于DIA(Data-Independent Acquisition)的EBC蛋白组学方法,共鉴定到2052个蛋白。通过加权基因共表达网络分... 呼出气冷凝液(Exhaled Breath Condensate,EBC)是一种呼吸道衬液,其收集过程无创、便捷,常常被作为肺部疾病研究的载体。建立了基于DIA(Data-Independent Acquisition)的EBC蛋白组学方法,共鉴定到2052个蛋白。通过加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)筛选出61个关键蛋白,分析发现这些关键蛋白活跃参与多个与人类疾病相关的代谢通路。结果表明,基于DIA的EBC蛋白组学方法,结合WGCNA分析,可以有效地挖掘出EBC中与疾病相关的生物标志物,未来可应用于大规模的临床研究。 展开更多

关键词 呼出气冷凝液 非依赖数据采集 加权基因共表达网络分析 蛋白质组学 生物信息学

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基于数据非依赖性采集质谱技术对注射用曲妥珠单抗及其类似药结构的表征及相似性研究

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作者 李克 李恒 周琴 《医药导报》 CAS 北大核心 2022年第4期519-523,共5页

目的基于数据非依赖性采集(DIA)质谱技术对注射用曲妥珠单抗(赫赛汀)及其类似药进行结构表征和相似性研究。方法用液相色谱/质谱(LC/MS)对赫赛汀及其类似药的完整蛋白及轻链和重链的相对分子质量进行测定;应用DIA质谱技术进行肽图分析,... 目的基于数据非依赖性采集(DIA)质谱技术对注射用曲妥珠单抗(赫赛汀)及其类似药进行结构表征和相似性研究。方法用液相色谱/质谱(LC/MS)对赫赛汀及其类似药的完整蛋白及轻链和重链的相对分子质量进行测定;应用DIA质谱技术进行肽图分析,确定赫赛汀及其类似药的氨基酸全序列。结果LC/MS可准确测定赫赛汀的相对分子质量,赫赛汀类似药与原研药相对分子质量的偏差在1Da以内。应用DIA质谱技术对检测到的106个肽段进行肽图分析,显示赫赛汀类似药的氨基酸序列覆盖率>99%。赫赛汀类似药与原研药的相对分子质量和糖型信息相符、氨基酸序列完全一致。结论DIA质谱技术可用于赫赛汀及其类似药的结构表征和相似性比较研究,为今后其他单克隆抗体结构表征平台的建立提供了依据。 展开更多

关键词 赫赛汀 类似药 抗体药物 结构表征 数据非依赖性采集 质谱技术

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基于4D-FastDIA定量蛋白质组的富硒与非富硒鸡蛋差异表达蛋白鉴定及功能分析

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作者 袁琳 赵文竹 +2 位作者 吴春剑 于一丁 于志鹏 《食品科学》 北大核心 2025年第12期163-170,共8页

本研究旨在利用四维快速数据非依赖性采集(4D-fast data-independent acquisition,4D-FastDIA)定量蛋白质组学技术,解析富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋中差异表达的蛋白及其功能特性。通过液相色谱-串联质谱分析技术结合生物信息学方法,比较组间... 本研究旨在利用四维快速数据非依赖性采集(4D-fast data-independent acquisition,4D-FastDIA)定量蛋白质组学技术,解析富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋中差异表达的蛋白及其功能特性。通过液相色谱-串联质谱分析技术结合生物信息学方法,比较组间相对定量的蛋白质,探讨蛋白质的差异表达规律,并利用基因本体论注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析法对蛋白质功能和代谢通路进行分析。蛋白质组学分析共鉴定到257种蛋白质,其中251种蛋白质被定量分析。蛋清中共鉴定到48种差异蛋白,其中28种蛋白表达下调,20种蛋白表达上调。蛋黄中共鉴定到82种差异蛋白,其中58种蛋白表达下调,24种蛋白表达上调。通过比较天然富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋中蛋白质的表达水平,发现丝氨酸肽酶抑制剂、免疫球蛋白样结构域蛋白、卵转铁蛋白和黏蛋白-6在富硒鸡蛋中的表达水平显著高于非富硒鸡蛋。通过基因本体注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,天然富硒鸡蛋中与免疫调节、抗菌、抗氧化相关的蛋白质在表达水平上显著高于非富硒鸡蛋。研究结果可为揭示富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋在营养成分价值上的差异及其分子机制提供科学依据。 展开更多

关键词 鸡蛋 天然富硒 非富硒 蛋白质组学 四维快速数据非依赖性采集

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基于超临界流体色谱-高分辨质谱的烟叶农药残留筛查

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作者 周妍 罗辰 +3 位作者 吴达 王先颖 李俊杰 戚大伟 《分析测试学报》 北大核心 2025年第7期1263-1272,共10页

建立了一种用于烟叶农残筛查的超临界流体色谱-高分辨质谱(SFC-HRMS)联用方法,系统考察了SFC柱类型、改性剂组成、补偿泵流速等关键色谱参数,HRMS检测采用数据非依赖采集模式以获取农残的母离子、同位素峰及子离子的精确质量数和丰度比... 建立了一种用于烟叶农残筛查的超临界流体色谱-高分辨质谱(SFC-HRMS)联用方法,系统考察了SFC柱类型、改性剂组成、补偿泵流速等关键色谱参数,HRMS检测采用数据非依赖采集模式以获取农残的母离子、同位素峰及子离子的精确质量数和丰度比。通过对60种农药残留进行空白基质加标实验,考察了方法的筛查能力和定量下限。当回收率在70%~120%范围时,53种农残的定量下限低至10μg/kg,1种农药的定量下限为25μg/kg,满足中国烟草总公司对烟叶农残最大残留限量管控的检测需求。所建方法的定量检测能力与反相色谱-高分辨质谱(RPLC-HRMS)联用法整体差别不大,但对部分农残的分离效果优于RPLC,可用于烟草及烟草制品中农残的快速筛查及确证。 展开更多

关键词 烟叶 农药残留 超临界流体色谱 高分辨质谱 数据非依赖采集

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排黏大熊猫的血液蛋白质组学研究及其生物信息分析

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作者 夏茂华 李祥翔 +6 位作者 刘金鹏 国欣欣 徐海泓 刘彦晖 戴春阔 李曦 王运盛 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期1955-1965,共11页

【目的】探讨圈养大熊猫在排黏期与非排黏期血清蛋白质组学特征,以揭示排黏现象的分子机制,并为圈养大熊猫的健康管理提供科学支持。【方法】以8只圈养大熊猫为研究对象,每只大熊猫在排黏期和非排黏期各采集一次血液样本,将样本分为排... 【目的】探讨圈养大熊猫在排黏期与非排黏期血清蛋白质组学特征,以揭示排黏现象的分子机制,并为圈养大熊猫的健康管理提供科学支持。【方法】以8只圈养大熊猫为研究对象,每只大熊猫在排黏期和非排黏期各采集一次血液样本,将样本分为排黏期组(NY)和非排黏期组(Con)。排黏期组在大熊猫排黏后2 h内完成血液采集,非排黏期组血液采集与排黏期相隔至少30 d。提取血液蛋白后进行酶解,获取的肽段经过脱盐和定量处理。采用数据独立采集(data-independent acquisition,DIA)技术进行液相色谱-质谱联用(liquid chromatography-mass spectrometry,LC-MS/MS)分析,数据导入Spectronaut TM软件,进行分析。检测数据在美吉云平台分析,差异蛋白筛选标准为P<0.05,且差异倍数(FoldChange,FC)>1.2或<0.8。用生物信息数据库对差异蛋白进行聚类分析、GO功能富集分析,对差异蛋白涉及的代谢通路进行富集分析,差异蛋白之间进行蛋白互作分析;采用平行反应监测(parallel reaction monitoring,PRM)验证蛋白数据,将目标蛋白中肽段的定量值根据标肽进行归一化,统计检验的阈值设定为P<0.05,并与PRM验证结果进行对比。【结果】在大熊猫血液样品中共鉴定出273种蛋白,其中258种为共有蛋白,12种为排黏期特有蛋白,3种为非排黏期特有蛋白。差异表达蛋白分析显示,排黏期组和非排黏期组共筛选出25种差异表达蛋白,其中7种蛋白表达上调、18种蛋白表达下调。差异蛋白主要参与细胞生长、免疫应答及炎症反应等生物过程,且主要富集于Rap1信号通路、雌激素(Estrogen)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路和松弛素(Relaxin)信号通路。蛋白互作分析筛选出A0A7N5KNP1(FBLN5)、D2GWB9(THBS1)、D2HUL0(SERPIND1)和D2HHD2(ITGA2)等核心蛋白在排黏期显著变化。【结论】排黏大熊猫与非排黏熊猫血清中发现25种差异表达蛋白。这些蛋白主要富集于PI3K-Akt、Rap1、Estrogen和Relaxin信号通路,其中核心蛋白A0A7N5KNP1(FBLN5)、D2GWB9(THBS1)、D2HUL0(SERPIND1)和D2HHD2(ITGA2)在大熊猫排黏现象中发挥重要作用。 展开更多

关键词 大熊猫 血清蛋白质组 排黏 非数据依赖采集(DIA) 平行反应监测(PRM)

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基于DIA技术的多药耐药性捻转血矛线虫蛋白质组学分析

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作者 李炎夫 贾晓晴 +10 位作者 马梅清 杜山 焦万明 马园 郝陆瑶 张艳妮 李倩楠 郭志凯 丁玉林 陆静 王瑞 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第5期65-72,共8页

为探索驱虫药耐药性产生的机制,本试验对捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)的第3期幼虫(L3)以伊维菌素、阿苯达唑和左旋咪唑药物进行处理,采用数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组测序技术对捻转血矛线虫L3经药物作用前后的蛋白质进行差异... 为探索驱虫药耐药性产生的机制,本试验对捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)的第3期幼虫(L3)以伊维菌素、阿苯达唑和左旋咪唑药物进行处理,采用数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组测序技术对捻转血矛线虫L3经药物作用前后的蛋白质进行差异表达分析,以筛选表达差异的多药耐药性相关蛋白质。结果显示,共鉴定出1 888个差异表达蛋白质,其中63个与多药耐药性相关;进一步的深入分析揭示,有36个蛋白质的表达差异显著(P <0.05),而25个是捻转血矛线虫特有的、与耐药性相关的差异表达蛋白质。基因本体论(GO)分析结果显示,共有60个差异表达耐药性蛋白质被归类于生物学领域的76个分支中;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,有46个表达水平不同的蛋白质富集到脂质代谢和内分泌系统等75条信号通路中。综合分析发现,有5个捻转血矛线虫特有的耐药性蛋白质表达水平差异显著,分别为含有UDP-葡萄糖醛基转移酶结构域的部分蛋白质、抗原H11、免疫球蛋白v组和i组、含有酪氨酸蛋白激酶(PTK)结构域的蛋白质及含有致命巨幼虫同源结构域2的蛋白质,这些蛋白质均参与重要的生物学过程和关键代谢通路。本试验所获结果为揭示差异表达蛋白质与捻转血矛线虫脂类代谢、内分泌系统和多药耐药性的关系提供了基础数据,对探明捻转血矛线虫多药耐药性产生的机制具有重要意义。 展开更多

关键词 多药耐药性 捻转血矛线虫 数据非依赖性采集(DIA) 蛋白质组学 耐药性相关蛋白质

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凉血退紫方治疗过敏性紫癜的作用机制

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作者 许爽 席乐迎 +6 位作者 蔡明阳 徐炎 张霞 姜盈盈 曹佳蕾 宋纯东 任献青 《世界中医药》 北大核心 2025年第11期1912-1922,共11页

目的:基于4D-数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术探讨凉血退紫方(LXTZR)对过敏性紫癜(HSP)模型大鼠的影响及可能的作用机制。方法:将36只Wistar大鼠随机抽取9只作为空白组,其余大鼠建立HSP模型。造模成功后,随机分为模型组、复方甘草... 目的:基于4D-数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术探讨凉血退紫方(LXTZR)对过敏性紫癜(HSP)模型大鼠的影响及可能的作用机制。方法:将36只Wistar大鼠随机抽取9只作为空白组,其余大鼠建立HSP模型。造模成功后,随机分为模型组、复方甘草酸苷(CGT)组和LXTZR组,每组8只。连续给药4周后,观察各组大鼠皮肤及肾脏组织病理形态和免疫球蛋白A(IgA)沉积情况,运用4D-DIA蛋白质组学技术比较各组大鼠皮肤组织差异表达蛋白表达变化,并进行生物信息学分析。采用蛋白质印迹法验证关键差异表达蛋白。结果:LXTZR能够明显改善HSP模型大鼠皮肤及肾脏病理损伤,减少皮肤小血管壁和肾小球系膜区IgA沉积。蛋白质组学结果显示,共鉴定出5717个蛋白质,空白组对比模型组有187个差异表达蛋白,模型组对比LXTZR组有575个差异表达蛋白。空白组对比模型组和模型组对比LXTZR组之间共同拥有的差异表达蛋白且具有回调趋势的27个;涉及血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、细胞凋亡、大鼠肉瘤(Ras)信号通路、Ras相关蛋白1(Rap1)信号通路等16条共同富集通路。各组大鼠皮肤组织中NRAS、RALA蛋白表达变化与蛋白质组学结果一致(P<0.01)。结论:LXTZR可通过NRAS、RALA调控VEGF、细胞凋亡、Ras信号通路,从而发挥治疗HSP的作用。 展开更多

关键词 过敏性紫癜 凉血退紫方 4D-数据非依赖性采集 蛋白质组学技术 差异表达蛋白 作用机制 信号通路 大鼠

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定量磷酸化蛋白质组解析17β-雌二醇致死效应的细胞调控过程

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作者 李亚楠 刘晓艳 +3 位作者 王䶮 刘震 叶明亮 汪海林 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期333-344,共12页

17β-雌二醇(E2)是人体内一种重要的内分泌激素,在生理浓度下(0.2~1.0 nmol/L)对生殖系统、乳腺等靶器官的生长发育起着重要的调节作用。但很多研究表明,高剂量(μmol/L~mmol/L)的E2能够诱导肿瘤组织消退和细胞凋亡,其具体调控机制尚不... 17β-雌二醇(E2)是人体内一种重要的内分泌激素,在生理浓度下(0.2~1.0 nmol/L)对生殖系统、乳腺等靶器官的生长发育起着重要的调节作用。但很多研究表明,高剂量(μmol/L~mmol/L)的E2能够诱导肿瘤组织消退和细胞凋亡,其具体调控机制尚不明确。本工作聚焦于高剂量(μmol/L)的E2致死效应,首先分析了μmol/L水平的E2对HeLa细胞表型的影响,发现在1~10μmol/L下E2以浓度依赖的形式抑制HeLa细胞增殖,并诱导HeLa细胞发生死亡,其中,用5μmol/L E2处理2天后可使约74%的HeLa细胞增殖受到抑制,并引起约50%的HeLa细胞死亡。在此基础上,为了探究高剂量E2诱导细胞死亡的内在调控过程,将基于固相萃取(SPE)的固定化钛离子亲和色谱技术(Ti^(4+)-IMAC)与基于数据非依赖采集模式(DIA)的蛋白质组定量技术结合,用于筛选HeLa细胞内参与高剂量(μmol/L)E2致死效应调控过程的磷酸化位点。最终,在5μmol/L E2和二甲基亚砜(DMSO)处理的HeLa细胞中共鉴定到超过10000个磷酸化位点;t检验分析发现,在E2处理后,有924个磷酸化位点(对应599个蛋白质)的丰度发生了显著变化(显著性水平(p)<0.01,|log 2(倍数变化)|≥1),推测其可能参与调控E2致死效应过程。此外,有453个磷酸化位点(对应325个蛋白质)仅单独发生在E2或DMSO处理后的HeLa细胞样品中,表明这些磷酸化位点在E2处理后发生了磷酸化或去磷酸化,也可能参与E2致死效应的调控过程。分别对以上两种方式筛选的E2调控的磷酸化蛋白质进行富集分析,发现这些磷酸化蛋白质主要参与细胞分裂、核糖体/核质转运、信使核糖核酸(mRNA)加工/剪接及转录等过程,表明高剂量的E2可能通过调控核糖体及mRNA加工等过程影响蛋白质转录,进而诱导细胞发生死亡。此外,我们发现表皮生长因子受体(EGFR)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族蛋白(包括MAPK1、MAPK4和MAPK14)上多个磷酸化位点的修饰水平在高剂量E2处理后发生了明显变化,表明EGFR和MAPK信号通路可能在雌激素诱导的细胞死亡中起着重要调控作用。本实验得到的磷酸化蛋白质组定量结果有助于进一步了解高剂量E2的内在调控过程,为后续解析高剂量E2的作用机制及疾病的治疗提供了参考。 展开更多

关键词 液相色谱-串联质谱 固定化钛离子亲和色谱 数据非依赖采集 磷酸化蛋白质组 17Β-雌二醇 雌激素 致死效应

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基于质谱的单细胞蛋白质组学分析

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作者 范智瑞 方群 杨奕 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期61-76,共16页

单细胞蛋白质组学分析能揭示细胞个体之间蛋白质的精细差异,在诸多重要领域具有重要的应用价值,已成为目前的研究热点;其难点在于单细胞内的蛋白质极其微量,需要解决样品处理过程中的损失问题、色谱质谱检测的灵敏度问题和低信号强度质... 单细胞蛋白质组学分析能揭示细胞个体之间蛋白质的精细差异,在诸多重要领域具有重要的应用价值,已成为目前的研究热点;其难点在于单细胞内的蛋白质极其微量,需要解决样品处理过程中的损失问题、色谱质谱检测的灵敏度问题和低信号强度质谱数据的解析利用问题.本文从单细胞分选、样品处理、色谱质谱采集和数据分析等方面,综合评述了目前基于质谱的单细胞蛋白质组学分析方法的研究进展及其在生物医学领域的应用,并展望了其未来的发展前景. 展开更多

关键词 质谱 蛋白质组学 单细胞 微流控 数据非依赖性采集

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标志物研究中常用蛋白组学质谱方法的定量准确性评估

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作者 张磊 申华莉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期191-199,共9页

在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检... 在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检测,定量准确性和稳定性是关键.本文合成了32条标准肽段,对数据非依赖性采集(DIA)、多反应监测(MRM)及平行反应监测(PRM) 3种有潜力在临床质谱方面大规模应用的定量方法进行了比较和评估.将肽段稀释成4个不同的浓度来模拟不同丰度的实际样本,用以上3种质谱方法采集数据后,比较了肽段发现率、标准曲线线性、日间和日内精密度及保留时间(RT)漂移等情况,总结了3种定量方法各自的优缺点和潜在应用方向.结果表明,MRM定量方法最适合临床应用,在于其优异的日间日内稳定性、灵敏度和定量精度;PRM适合科研方向靶向定量,因其拥有最高灵敏度和较高稳定性定量精度;而DIA由于高通量而依赖于软件和算法解析,定量数目多的同时,对于特定肽段定量准确性比PRM/MRM差. 展开更多

关键词 临床质谱 蛋白质组学 平行反应监测 多反应监测 数据非依赖性采集

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多肽色谱保留预测及其在蛋白质组学中的应用 被引量：2

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作者 陈可 李翠翠 李博 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期422-430,共9页

基于串联质谱的蛋白质组学分析方法往往依赖于实际谱图和理论谱图的匹配打分,而大量共洗脱肽的干扰会降低多肽和蛋白的鉴定及定量的准确性。多肽保留时间预测可将多肽色谱保留行为转变为稳定独立的特征时间属性,作为多肽鉴定的辅助和验... 基于串联质谱的蛋白质组学分析方法往往依赖于实际谱图和理论谱图的匹配打分,而大量共洗脱肽的干扰会降低多肽和蛋白的鉴定及定量的准确性。多肽保留时间预测可将多肽色谱保留行为转变为稳定独立的特征时间属性,作为多肽鉴定的辅助和验证指标,改善多肽鉴定的准确性。复杂体系中多肽色谱保留预测也对优化蛋白质组学测定条件、提高数据非依赖采集中质谱数据的检出率和重复性具有重要意义。本文针对未修饰多肽及修饰多肽常用的色谱保留预测方法(包括基于标准化索引、多肽分子模型、氨基酸残基参数和机器学习等)进行了综述,总结各种方法的原理及其特点,并对其在蛋白质组学中的应用及发展方向进行了展望。 展开更多

关键词 多肽保留时间预测 多肽保留时间 数据非依赖采集 蛋白质组学

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质谱定量蛋白质组学技术筛选结直肠癌外周血单个核细胞差异表达蛋白 被引量：1

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作者 逄雪超 徐燕 纪丽云 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期216-223,共8页

结直肠癌(CRC)是一种常见的、发生及发展过程复杂的消化系统癌症,其复杂、多级的发生发展过程会影响机体免疫功能,引起免疫变化。外周血单个核细胞(PBMC)是机体免疫系统的重要组成部分,且便于获取,是研究机体免疫功能的理想材料。本研... 结直肠癌(CRC)是一种常见的、发生及发展过程复杂的消化系统癌症,其复杂、多级的发生发展过程会影响机体免疫功能,引起免疫变化。外周血单个核细胞(PBMC)是机体免疫系统的重要组成部分,且便于获取,是研究机体免疫功能的理想材料。本研究采用最新的数据非依赖采集(data independent acquision,DIA)质谱新方法结合Skyline软件对结直肠癌患者与良性肠病患者的PBMC蛋白进行定量比较,寻找差异表达蛋白,并对差异蛋白进行Reactome通路及GO分析。结果表明,共找到113个差异表达蛋白,其中,上调蛋白23个,下调蛋白90个,它们参与巨噬细胞、T细胞、树突细胞等多种外周免疫细胞的免疫活动。在这些差异蛋白中,上调蛋白Galectin-1及下调蛋白Dok-2和AHNAK1等蛋白与机体的免疫功能息息相关,有望成为外周血单个核细胞中的结直肠癌免疫标志物。 展开更多

关键词 结直肠癌(CRC) 数据非依赖采集(DIA) 质谱 蛋白质组学 外周血单个核细胞(PBMC)

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超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱法快速辨识芪玉三龙汤化学成分 被引量：12

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作者 黄梦文 吴欢 +5 位作者 于伟 王影 汪逢灿 张纯纯 周龙生 李泽庚 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期730-743,共14页

利用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-QTOF-MS)的数据非依赖性采集(DIA)技术,结合靶向筛查方法,快速辨识芪玉三龙汤(Qi-Yu-San-Long decoction,QYSLD)化学成分。以Waters ACQUITY UPLC BEH C18柱(100 mm×2.1 mm,1.7μm)... 利用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-QTOF-MS)的数据非依赖性采集(DIA)技术,结合靶向筛查方法,快速辨识芪玉三龙汤(Qi-Yu-San-Long decoction,QYSLD)化学成分。以Waters ACQUITY UPLC BEH C18柱(100 mm×2.1 mm,1.7μm)为色谱柱,流速为0.2 mL/min,柱温为35℃,进样量为2μL,以0.1%(v/v)甲酸水溶液-乙腈为流动相进行梯度洗脱。采用电喷雾电离(ESI)源,以全信息串联质谱(MSE)技术在正、负离子模式下分别采集QYSLD复杂组分的质谱数据。通过检索文献和在线数据库,建立QYSLD中各单味药材化学成分库。将采集到的样品原始质谱数据与QYSLD化学成分库导入天然产物后处理筛查(UNIFI)平台;在UNIFI平台中设置参数(保留时间偏差为±0.1 min,精确质量数偏差阈值为±5×10^(-6),正离子模式下,选择[M+H]^(+)和[M+Na]^(+)为准分子离子或加合离子,负离子模式下,选择[M-H]^(-)和[M+HCOO]^(-))。经UNIFI平台对MSE模式下采集的质谱数据与自建数据库中成分作靶向筛查,结合化合物准分子离子、质谱裂解途径及部分对照品进行结构确认。从QYSLD中共识别出166种化学成分,其中皂苷类22种,生物碱类13种,黄酮类27种,萜类32种,氨基酸类20种,苯丙素类16种,有机酸类9种,甾醇类6种,蒽醌类6种,其他类15种。其中16种成分使用对照品作验证。研究建立的方法能够快速、可靠的表征QYSLD中的化学成分,为该复方的药效物质及质量控制研究奠定了基础。 展开更多

关键词 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱 数据非依赖性采集 靶向筛查 芪玉三龙汤

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