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表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析 被引量:13
1
作者 钱骏 董利 +6 位作者 张必成 王洁如 周鸣 李忠花 李伟芳 李小玲 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期323-327,共5页
UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGen... UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 . 展开更多
关键词 表达序列标签 数据库搜索 小鼠 UBAP1基因 数字化表达分析 鼻咽癌 组织表达 基因克隆
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分布式数据库搜索引擎的索引建立和优化 被引量:7
2
作者 蒋维 郝文宁 +1 位作者 杨晓恝 靳大尉 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2008年第18期36-38,共3页
对于使用数据的用户来说,能找到准确的数据且没有遗漏是一件非常困难的事。为了较好地满足用户需求,该文提出了利用分布式数据库搜索引擎架构来实现智能化的搜索和定位。通过建立和优化索引,并使用适当的排序算法,搜索引擎能将最贴近用... 对于使用数据的用户来说,能找到准确的数据且没有遗漏是一件非常困难的事。为了较好地满足用户需求,该文提出了利用分布式数据库搜索引擎架构来实现智能化的搜索和定位。通过建立和优化索引,并使用适当的排序算法,搜索引擎能将最贴近用户需要的结果排在其他结果之前,从而提高搜索引擎的检索效率、查全率和查精率。实验表明,该引擎的查全率为90.02%,查精率为89.78%。 展开更多
关键词 分布式 数据库搜索引擎 索引建立 索引优化
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基于药效团的三维数据库搜索 被引量:1
3
作者 彭涛 周家驹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第9期886-888,共3页
用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团作为提问结构在三维数据库中进行了搜索.从得到的命中结构中挑选了12个化合物用柔性受体模型方法对其活性进行了预测,发现有2个化合物具有一定的预测活性.这2个化合物可能具有酪氨酸激酶抑... 用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团作为提问结构在三维数据库中进行了搜索.从得到的命中结构中挑选了12个化合物用柔性受体模型方法对其活性进行了预测,发现有2个化合物具有一定的预测活性.这2个化合物可能具有酪氨酸激酶抑制剂的活性,可能作为先导化合物进行结构优化. 展开更多
关键词 药效团 三维数据库搜索 酪氨酸激酶抑制剂 表皮生长因子受体 药物设计 生物活性
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一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法
4
作者 于长永 王国仁 +1 位作者 毛克明 翟文丹 《东北大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期50-53,共4页
为了有效地利用蛋白质串联质谱数据,提高蛋白质鉴定的准确性,提出了一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法——ITPIA(information theory based protein identification algorithm)算法.针对多肽串联质谱质量低、噪音多等问题,ITPI... 为了有效地利用蛋白质串联质谱数据,提高蛋白质鉴定的准确性,提出了一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法——ITPIA(information theory based protein identification algorithm)算法.针对多肽串联质谱质量低、噪音多等问题,ITPIA算法利用了信息论中的熵理论提出了一种有效的实验串联质谱和多肽的理论质谱的匹配打分算法.该算法更大程度上从多肽串联质谱中获得蛋白质的结构信息.实验结果表明,ITPIA算法有效地提高了蛋白质鉴定的准确性. 展开更多
关键词 蛋白质鉴定 串联质谱 数据库搜索 信息论 匹配算法
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一种基于关键字树的DNA数据库搜索算法
5
作者 邹权 郭茂祖 +1 位作者 刘扬 王春宇 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2009年第10期1944-1947,共4页
针对BLAST等软件在生物数据库中搜索DNA分子序列时,不能兼顾时间开销和搜索敏感性的问题,提出一种基于关键字树的多种子搜索算法。首先将查询序列分割成多个种子并将它们构建成一棵关键字树;然后利用Aho-Corasick算法在数据库中搜索,找... 针对BLAST等软件在生物数据库中搜索DNA分子序列时,不能兼顾时间开销和搜索敏感性的问题,提出一种基于关键字树的多种子搜索算法。首先将查询序列分割成多个种子并将它们构建成一棵关键字树;然后利用Aho-Corasick算法在数据库中搜索,找到每个种子的所有完全匹配;最后检查种子匹配密度大的区域,确定其是否是查询序列的近似出现。实验表明算法兼顾了时间开销和搜索的敏感性,而且能发现基因序列中的移位现象. 展开更多
关键词 DNA数据库搜索 种子 关键字树 Aho—Corasick算法
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广义差错长序列的数据库搜索及其快速算法
6
作者 沈世镒 胡刚 夏树涛 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第1期20-22,共3页
所谓广义差错是指同时可能具有符号改变、插入与删除的差错,在数据库搜索中如何对具有广义差错的语句进行搜索是近期计算科学发展的重要问题,尤其是对长序列的搜索问题的研究还很少开展。论文对此问题进行讨论,并给出它的快速算法。
关键词 广义差错 长序列的数据库搜索 快速算法
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人工解析提高串联质谱鉴定肽段的数据利用度
7
作者 王勇 李水明 +1 位作者 何曼文 冯里茹 《深圳大学学报(理工版)》 EI CAS 北大核心 2013年第5期538-544,共7页
为降低蛋白质鉴定的假阴性,利用标准蛋白和实际样品,探讨影响基质辅助激光解吸电离–串联飞行时间质谱数据利用度的原因.发现误差设置偏小、翻译后修饰、异常酶解和氨基酸突变等是导致蛋白质数据库检索不匹配目标肽段的主要原因.实验表... 为降低蛋白质鉴定的假阴性,利用标准蛋白和实际样品,探讨影响基质辅助激光解吸电离–串联飞行时间质谱数据利用度的原因.发现误差设置偏小、翻译后修饰、异常酶解和氨基酸突变等是导致蛋白质数据库检索不匹配目标肽段的主要原因.实验表明,典型情况下一级和二级质谱误差可设定在0.3Da.对未与数据库匹配的串联质谱进行亚胺离子辅助的人工解析发现,色氨酸双氧化、丝氨酸乙酰胺化和半胱氨酸丙酰胺化等不常见修饰,酪氨酸与苯丙氨酸、天冬氨酸与谷氨酸两两之间的突变和非特异性酶解等现象,该研究可提高质谱鉴定的数据利用度. 展开更多
关键词 蛋白质组学 数据库搜索 基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱 人工解析 亚胺离子
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精确Grover量子搜索算法概述 被引量:2
8
作者 李冠中 李绿周 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期342-346,共5页
Grover算法自提出以来就备受关注,因其对无序数据库搜索问题有相对于经典算法平方级别的加速。但是原始Grover算法通常无法百分之百得到目标元素,即使目标元素占比已知。为此,精确Grover量子搜索算法被提出,它们作为原始Grover算法的扩... Grover算法自提出以来就备受关注,因其对无序数据库搜索问题有相对于经典算法平方级别的加速。但是原始Grover算法通常无法百分之百得到目标元素,即使目标元素占比已知。为此,精确Grover量子搜索算法被提出,它们作为原始Grover算法的扩展,在保持平方加速的同时,能以100%的概率输出目标元素。该文较系统地梳理已有的3种精确Grover量子搜索算法,详细介绍算法的流程、参数设置、背后的几何直观,并针对目标元素占比已知及未知的情况,说明精确量子搜索的查询复杂性下界。 展开更多
关键词 精确Grover量子搜索算法 GROVER算法 量子计算 无序数据库搜索
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HMG-CoA还原酶抑制剂三维药效团的构建 被引量:18
9
作者 鲍红娟 张燕玲 乔延江 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第2期301-306,共6页
以作用于鼠肝脏细胞的21个3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶抑制剂(RI)为训练集,训练集化合物具备结构多样性,来源于相同药理模型,活性值IC50范围在0.3-8000nmol·L-1.利用Catalyst计算HMG-CoA还原酶抑制剂最优药效团由一... 以作用于鼠肝脏细胞的21个3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶抑制剂(RI)为训练集,训练集化合物具备结构多样性,来源于相同药理模型,活性值IC50范围在0.3-8000nmol·L-1.利用Catalyst计算HMG-CoA还原酶抑制剂最优药效团由一个氢键受体,一个氢键给体,一个疏水基团和一个芳香环特征组成.药效团模型Fixedcost值,Totalcost值和Configurationcost值分别为88.75、111.5和16.98.训练集化合物活性计算值与实测值相关系数为0.8883,偏差值为1.269,交叉验证结果表明,药效团模型具有较高的置信度,对测试集化合物活性值的预测结果显示有较好的预测能力,可用于数据库搜索发现新的具有该活性的化合物,也可用于中药或天然产物药物的研究开发. 展开更多
关键词 HMG-COA还原酶抑制剂 三维药效团 数据库搜索
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5-HT_3受体拮抗剂药效团模型的构建 被引量:10
10
作者 鲍红娟 张燕玲 乔延江 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1125-1132,共8页
以31个来源于MDDR数据库中具有抑制鼠Bezold-Jarisch反射作用的5-HT3受体拮抗剂作为训练集化合物,构建5-HT3受体拮抗剂药效团模型.训练集化合物具备结构多样性,来源于相同药理模型,活性值ED50范围为0.05~320μg/kgi.v..利用Catalyst计... 以31个来源于MDDR数据库中具有抑制鼠Bezold-Jarisch反射作用的5-HT3受体拮抗剂作为训练集化合物,构建5-HT3受体拮抗剂药效团模型.训练集化合物具备结构多样性,来源于相同药理模型,活性值ED50范围为0.05~320μg/kgi.v..利用Catalyst计算5-HT3受体拮抗剂的最优药效团由一个氢键受体、一个疏水基团、一个正电离子化基团、一个芳香环特征和6个排除体积组成;Fixedcost值、Nullcost值、Δcost值和Configurationcost值分别为112.6,172.0,59.4和7.248.训练集化合物活性的计算值与实测值相关系数为0.9031,偏差值为0.8976,基于Fischer的交叉验证结果表明药效团模型具有较高的置信度,所得药效团对训练集化合物活性值的预测结果显示有较好的预测能力,可用于数据库搜索指导发现新的具有该活性的先导化合物,也可用于中药或天然产物药物研究开发. 展开更多
关键词 5-HT3受体拮抗剂 三维药效团 数据库搜索
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蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略 被引量:4
11
作者 马洁 吴松锋 朱云平 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第8期791-799,共9页
当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大... 当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善. 展开更多
关键词 蛋白质组学 denovo测序 数据库搜索 新蛋白质鉴定
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胃癌相关基因gcI的克隆及其功能预测 被引量:2
12
作者 邢军 徐垚 +2 位作者 刘文天 赵林胜 张维铭 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2005年第20期1148-1151,共4页
目的:应用生物信息学平台对胃癌相关基因表达片段进行cDNA全长克隆及序列分析和蛋白功能预测。方法:选用人胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织经mRNA差异显示技术筛选获得的差异表达片段,对所获得的1条功能未知基因表达片段“I”,利用5'... 目的:应用生物信息学平台对胃癌相关基因表达片段进行cDNA全长克隆及序列分析和蛋白功能预测。方法:选用人胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织经mRNA差异显示技术筛选获得的差异表达片段,对所获得的1条功能未知基因表达片段“I”,利用5'cDNA末端快速扩增方法扩增全长cDNA,结合Northern杂交印迹方法进行验证分析;利用NCBI、EMBL数据库资源分析其编码氨基酸的生物学特征以及预测其编码蛋白的功能。结果:扩增得到序列I的全长cDNA,命名为gcI。分析显示gcI含有2个跨膜区,定位于胞膜;含有3个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N端豆蔻酰化作用位点。结论:克隆的胃癌相关基因表达全长序列gcI、编码与信号转导有关的跨膜蛋白,可能是参与胃癌发生过程中的相关基因。 展开更多
关键词 胃癌基因 数据库搜索 基因克隆 功能预测
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基于量子计算的用户识别算法 被引量:6
13
作者 朱皖宁 刘志昊 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第1期24-30,共7页
本文提出了基于量子算法的快速用户识别算法.当代社会进入互联网时代后,大量的信息充斥在网络上,许多有价值的信息被隐藏在Weblog中,大数据分析的一项任务就是通过对Weblog的分析得到用户行为模式等重要的信息,在这之前必须要做的是对... 本文提出了基于量子算法的快速用户识别算法.当代社会进入互联网时代后,大量的信息充斥在网络上,许多有价值的信息被隐藏在Weblog中,大数据分析的一项任务就是通过对Weblog的分析得到用户行为模式等重要的信息,在这之前必须要做的是对用户进行识别.以往对用户识别算法的研究较为侧重在准确度方面,识别的速度尚不能令人满意.本文基于Grover搜索算法提出了扩展记录模式和非扩展记录模式的两种快速IP地址搜索算法,将搜索的查询复杂度进行了二次加速. 展开更多
关键词 用户识别 量子计算 数据 Grover搜索算法 无结构数据库搜索
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中药与天然产物研究中药效团的构建与应用 被引量:5
14
作者 张燕玲 王耘 乔延江 《世界科学技术-中医药现代化》 2004年第4期33-38,共6页
药效团是指一个包含药物生物活性所必要的所有特性的结构,亦是指药物分子与受体结合或作用时起重要作用的原子或基团组合。药效团的三维结构数据库搜索方法已成为新药研究开发的重要辅助手段。本文较系统地介绍了中药与天然产物研究中... 药效团是指一个包含药物生物活性所必要的所有特性的结构,亦是指药物分子与受体结合或作用时起重要作用的原子或基团组合。药效团的三维结构数据库搜索方法已成为新药研究开发的重要辅助手段。本文较系统地介绍了中药与天然产物研究中药效团的构建与应用,并对基于药效团三维结构的三维数据库搜索方法及其应用进行了综述。 展开更多
关键词 中药 天然产物 药效团 数据库搜索 三维结构
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一种新颖的蛋白质序列与其串联质谱的匹配打分算法 被引量:1
15
作者 于长永 王国仁 +1 位作者 毛克明 翟文丹 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2010年第3期404-407,共4页
为了有效的利用蛋白质串联质谱数据,提高蛋白质鉴定的准确性,提出一种基于KNN的蛋白质序列与蛋白质串联质谱的匹配打分算法.蛋白质序列与蛋白质串联质谱的匹配打分是蛋白质数据库搜索鉴定过程中的关键技术.然而,现有的算法没有很好的利... 为了有效的利用蛋白质串联质谱数据,提高蛋白质鉴定的准确性,提出一种基于KNN的蛋白质序列与蛋白质串联质谱的匹配打分算法.蛋白质序列与蛋白质串联质谱的匹配打分是蛋白质数据库搜索鉴定过程中的关键技术.然而,现有的算法没有很好的利用蛋白质串联质谱中离子的强度信息.针对此问题,本文根据质谱中离子的类型给出了全体离子的一个合理的划分,进而抽象出一个高维的强度特征向量,在已知的高精度的数据集上建立了强度匹配知识集合,最后基于KNN技术构造了序列和质谱的匹配打分算法.实验结果表明,本文算法更加有效的利用了蛋白质串联质谱的结构信息,提高了蛋白质鉴定的准确性. 展开更多
关键词 蛋白质鉴定 串联质谱 数据库搜索 匹配打分
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实用生物信息技术课程教学实例 被引量:4
16
作者 罗静初 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期102-111,共10页
介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,... 介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。 展开更多
关键词 生物信息技术 血红蛋白 序列比对 数据库检索 Blast数据库搜索 系统发生树构建 蛋白质结构比较分析
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串联质谱的蛋白质序列鉴定技术综述 被引量:5
17
作者 乔彦涛 缪佳铮 +2 位作者 孙世伟 刘金刚 卜东波 《计算机科学与探索》 CSCD 2010年第2期97-107,共11页
蛋白质组学的主要目的是鉴定出生物体内的蛋白质的种类和数量。为达到这个目的,人们开发了多种蛋白质鉴定算法,包括数据库搜索方法、De Novo方法、PST(肽段序列标签)方法和质谱数据库方法。首先介绍了质谱仪中肽段断裂机理的研究,以及... 蛋白质组学的主要目的是鉴定出生物体内的蛋白质的种类和数量。为达到这个目的,人们开发了多种蛋白质鉴定算法,包括数据库搜索方法、De Novo方法、PST(肽段序列标签)方法和质谱数据库方法。首先介绍了质谱仪中肽段断裂机理的研究,以及相关的质谱鉴定方法,然后综述了当前常用的蛋白质鉴定方法,分析了这些方法的优缺点,最后提出了自己的见解和展望。 展开更多
关键词 蛋白质组学 串联质谱 数据库搜索方法 DE Novo算法 质谱数据库方法
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基于nanoUPLC-MS/MS的螺旋藻游离肽组成分析 被引量:2
18
作者 褚宁宁 陈雨豪 +3 位作者 陈娟娟 马斌 陈海敏 骆其君 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期735-744,共10页
为了研究螺旋藻中的多肽成分,以钝顶螺旋藻为原料,采用超滤法提取螺旋藻中的游离肽,利用nanoUPLC-MS/MS和PEAKS Studio分析谱图信息,结合NCBI数据库进行比对和从头测序分析,获得游离肽的结构组成和百分含量信息。结果表明,利用数据库比... 为了研究螺旋藻中的多肽成分,以钝顶螺旋藻为原料,采用超滤法提取螺旋藻中的游离肽,利用nanoUPLC-MS/MS和PEAKS Studio分析谱图信息,结合NCBI数据库进行比对和从头测序分析,获得游离肽的结构组成和百分含量信息。结果表明,利用数据库比对法和从头测序法,分别得到可信的游离肽4485个和20597个,匹配到的蛋白质有1036种。数据库比对结果中的游离肽主要为七肽到二十一肽,少量为二十一肽以上;从头测序结果中游离肽主要为二肽到十六肽,少量为十六肽以上。数据库比对结果中百分含量最高的游离肽是十肽,为15.95%;从头测序结果中百分含量最高的是五肽,达到24.09%。本研究结果为螺旋藻蛋白资源的进一步开发和利用提供了依据。 展开更多
关键词 螺旋藻 游离肽 数据库搜索 从头测序 nanoUPLC-MS/MS
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基于协同重排序的手势识别方法 被引量:4
19
作者 张芷君 钟胜 +1 位作者 吴郢 王建辉 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2018年第11期2182-2192,共11页
手势识别是计算机视觉的一个非常具有挑战性的问题,可运用于人机交互、手语识别、虚拟角色控制等众多领域.然而,由于手本身具有极高的自由度,通过样本直接估计所有手势参数相当困难.为此,提出一种可分解手势参数的手势估计方法——协同... 手势识别是计算机视觉的一个非常具有挑战性的问题,可运用于人机交互、手语识别、虚拟角色控制等众多领域.然而,由于手本身具有极高的自由度,通过样本直接估计所有手势参数相当困难.为此,提出一种可分解手势参数的手势估计方法——协同重排序.首先将手根据指骨的关节角度划分为多个局部观测单元,并建立离线的局部估计数据库;然后利用此数据库,使用k-最邻近(k-NN)搜索算法对从深度图中获得的局部观测单元进行姿态估计;最后依据当前观测单元的k-NN搜索结果对姿态估计结果重新排序,收敛后得到最终估计结果.除了手势局部参数估计方法之外,还提出一种手的全局姿态估计的方法,使得整个方法可更好地适用于多种任务场景.对合成图像和真实深度图像数据集验证文中方法的性能:不用GPU加速的情况下,该方法可以在30 ms内完成手势识别(其中局部姿态估计17 ms,全局姿态估计12 ms),最大平均估计误差小于10°,具有很高的效率和有效性. 展开更多
关键词 协同重排序 手势识别 人机交互 数据库搜索
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