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表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析 被引量:13
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作者 钱骏 董利 +6 位作者 张必成 王洁如 周鸣 李忠花 李伟芳 李小玲 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期323-327,共5页
UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGen... UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 . 展开更多
关键词 表达序列标签 数据库搜索 小鼠 UBAP1基因 数字化表达分析 鼻咽癌 组织表达 基因克隆
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盐胁迫下旱地棉叶片数字化基因表达谱分析
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作者 翟彩娇 徐鹏 +4 位作者 范昕琦 郭琪 张香桂 徐珍珍 沈新莲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期481-489,共9页
为了深入研究棉花耐盐的分子机理,利用数字化基因表达谱技术,分析了盐胁迫处理3 h和72 h时旱地棉叶片中基因表达差异,分别获得1 778(1 046个上调、732个下调)和2 873(2 065个上调、808个下调)个差异表达基因。功能注释分析结果表明,这... 为了深入研究棉花耐盐的分子机理,利用数字化基因表达谱技术,分析了盐胁迫处理3 h和72 h时旱地棉叶片中基因表达差异,分别获得1 778(1 046个上调、732个下调)和2 873(2 065个上调、808个下调)个差异表达基因。功能注释分析结果表明,这些差异表达基因主要参与了信号转导、逆境应答、能量代谢和转录调节等方面。随机挑选10个差异表达基因进行qRT-PCR验证,结果表明,qRT-PCR结果与数字化基因表达谱分析结果基本一致。 展开更多
关键词 旱地棉 盐胁迫 数字化表达分析
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中国儿童急性淋巴细胞性白血病染色体6q16.3~21区域候选肿瘤抑制基因的定位与鉴定 被引量:5
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作者 康睿 曹励之 +9 位作者 俞燕 杨明华 张朝霞 郭碧贇 谢岷 陈英 谭志红 王卓 胡婷 吴秀山 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第1期65-71,共7页
为了克隆儿童急性淋巴细胞性白血病(ALL)候选肿瘤抑制基因,首先选取分布于6q16.3~21上的11个多态性微卫星标记,对139例中国儿童ALL标本进行杂合性缺失(LOH)分析.分析显示32%的患者存在至少一个位点的LOH,且高频缺失区位于D6S1709~D6S... 为了克隆儿童急性淋巴细胞性白血病(ALL)候选肿瘤抑制基因,首先选取分布于6q16.3~21上的11个多态性微卫星标记,对139例中国儿童ALL标本进行杂合性缺失(LOH)分析.分析显示32%的患者存在至少一个位点的LOH,且高频缺失区位于D6S1709~D6S301之间,大小为2cM.各位点LOH与白细胞总数、病态细胞数有显著性相关(P<0.05),与年龄、性别、形态学分型和免疫学分型无显著相关(P>0.05).进一步在高频缺失区域内,采用定位候选克隆策略、生物信息学技术及RT-PCR技术筛选、鉴定与儿童ALL相关的候选肿瘤抑制基因及其cDNA片段.在D6S1709~D6S301之间筛选到一个在儿童ALL细胞中低表达的EST(GenBank登录号:AA403058),与正常外周血单个核细胞比较,在15例ALL患者中有10例表达下调(P<0.05).采用数字化差异表达分析显示,位于6q16.3~21区域内的AMD1基因、PPIL6基因和WASF1基因在肿瘤组织中的表达丰度要低于正常组织(P<0.05).上述结果为进一步在6q16.3~21区域克隆肿瘤抑制基因提供了线索. 展开更多
关键词 儿童急性淋巴细胞性白血病 6q16.3~21 肿瘤抑制基因 杂合性缺失 表达序列标签(EST) 数字化差异表达分析
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