目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随...目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。展开更多
插入/缺失（insertion/deletion，InDel）多态性是指基因组中插入或缺失不同大小的 DNA 片段所形成的多态性遗传标记[1]。InDel 为一种特殊类型的二等位基因遗传标记，PCR 产物能通过现有的毛细管电泳平台进行分型检测，容易获得较短的...插入/缺失（insertion/deletion，InDel）多态性是指基因组中插入或缺失不同大小的 DNA 片段所形成的多态性遗传标记[1]。InDel 为一种特殊类型的二等位基因遗传标记，PCR 产物能通过现有的毛细管电泳平台进行分型检测，容易获得较短的扩增片段，尤其适合高度降解的生物样本分型，突变率低，适合亲缘关系鉴定。展开更多
目的对构建的38重InDel快速族群推断体系进行优化,根据DNA分析方法科学工作组(Scien⁃tific Working Group on DNA Analysis Method,SWGDAM)指南进行性能验证,并对其应用于东亚、欧洲、非洲及其混合人群族群推断的准确性进行验证。方法以...目的对构建的38重InDel快速族群推断体系进行优化,根据DNA分析方法科学工作组(Scien⁃tific Working Group on DNA Analysis Method,SWGDAM)指南进行性能验证,并对其应用于东亚、欧洲、非洲及其混合人群族群推断的准确性进行验证。方法以DNA标准品9947A为模板,通过调整引物平衡性、Mg2+终浓度、优化PCR热循环参数和扩增体积等建立最优扩增条件,比较样本的等位基因丢失、非特异性扩增以及推断样本来源是否与已知信息匹配,评价该体系的相关性能。结果本体系的最佳模板用量为0.125~2 ng DNA,InDel分型结果准确,扩增均衡性好,种属特异性好;对混有血红蛋白(≤80μmol/L)、靛蓝(≤40 mmol/L)、钙离子(≤1.0 mmol/L)以及腐殖酸(≤90 ng/μL)等抑制剂的样本具有一定耐受性;可以直接扩增检测血卡、唾液卡,且族群推断结果准确;能够区分两样本的混合DNA样本;对实际案例常见生物检材的检验结果良好。结论38重InDel快速族群推断体系分型结果准确可靠,体系性能符合SWGDAM指南要求,可以准确推断未知个体的非洲、欧洲、东亚及欧亚混合人群来源,可用于法医鉴定实践。展开更多
文摘目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。
文摘插入/缺失（insertion/deletion，InDel）多态性是指基因组中插入或缺失不同大小的 DNA 片段所形成的多态性遗传标记[1]。InDel 为一种特殊类型的二等位基因遗传标记，PCR 产物能通过现有的毛细管电泳平台进行分型检测，容易获得较短的扩增片段，尤其适合高度降解的生物样本分型，突变率低，适合亲缘关系鉴定。
文摘目的对构建的38重InDel快速族群推断体系进行优化,根据DNA分析方法科学工作组(Scien⁃tific Working Group on DNA Analysis Method,SWGDAM)指南进行性能验证,并对其应用于东亚、欧洲、非洲及其混合人群族群推断的准确性进行验证。方法以DNA标准品9947A为模板,通过调整引物平衡性、Mg2+终浓度、优化PCR热循环参数和扩增体积等建立最优扩增条件,比较样本的等位基因丢失、非特异性扩增以及推断样本来源是否与已知信息匹配,评价该体系的相关性能。结果本体系的最佳模板用量为0.125~2 ng DNA,InDel分型结果准确,扩增均衡性好,种属特异性好;对混有血红蛋白(≤80μmol/L)、靛蓝(≤40 mmol/L)、钙离子(≤1.0 mmol/L)以及腐殖酸(≤90 ng/μL)等抑制剂的样本具有一定耐受性;可以直接扩增检测血卡、唾液卡,且族群推断结果准确;能够区分两样本的混合DNA样本;对实际案例常见生物检材的检验结果良好。结论38重InDel快速族群推断体系分型结果准确可靠,体系性能符合SWGDAM指南要求,可以准确推断未知个体的非洲、欧洲、东亚及欧亚混合人群来源,可用于法医鉴定实践。
