再测序DNA微阵列的等长变覆盖探针设计方法 被引量：1

1

作者 谢建明 方辉 +2 位作者 胡弘 陆祖宏 孙啸 《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期215-218,共4页

针对再测序DNA微阵列的寡核苷酸探针设计 ,提出了 2种等长变覆盖的方法 :①基于Tm距离的探针优化方法 ,从冗余探针集中逐步删除具有最大Tm 距离的探针 ;②应用遗传算法 ,将候选探针集编码为染色体 ,通过选择、交叉和变异等遗传操作得到... 针对再测序DNA微阵列的寡核苷酸探针设计 ,提出了 2种等长变覆盖的方法 :①基于Tm距离的探针优化方法 ,从冗余探针集中逐步删除具有最大Tm 距离的探针 ;②应用遗传算法 ,将候选探针集编码为染色体 ,通过选择、交叉和变异等遗传操作得到最大适应度的探针集 .这 2种方法 ,都能在探针长度相等的情况下 ,通过改变相邻探针之间的覆盖度使探针的Tm 值尽可能保持一致 .实验结果表明 :等长变覆盖法得到的探针集整体优于等长移位法和变长变覆盖法的结果 ,具有更好的杂交条件一致性 . 展开更多

关键词 探针设计 再测序DNA微阵列 等长变覆盖法 遗传算法

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光纤生物传感器探针锥形设计及参数优化 被引量：1

2

作者 刘茜倩 许雪梅 +3 位作者 李维 吴建好 王华 夏辉 《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期36-40,共5页

对免疫型光纤生物传感器的关键部件——光纤探针进行了分析。以模式匹配理论计算出的匹配半径为基础,采用图解法分析激发光在锥型光纤探头中的光线传输轨迹。根据倏逝波透射深度与光线入射角之间的关系,结合不同形状的探针内面对光线反... 对免疫型光纤生物传感器的关键部件——光纤探针进行了分析。以模式匹配理论计算出的匹配半径为基础,采用图解法分析激发光在锥型光纤探头中的光线传输轨迹。根据倏逝波透射深度与光线入射角之间的关系,结合不同形状的探针内面对光线反射角的影响,提出抛物线锥形光纤探头,并对抛物线参数进行了比较。计算结果表明,为使入射光在均匀感应部分激发的能量最大,入射角在锥形感应部分必须满足在锥形终端最小且刚好是临界角的条件。通过对抛物线参数的选择,在锥形过渡段入射角在满足全反射的同时更接近于临界角,从而激发出更大的倏逝波,并与实验结果较好地符合。 展开更多

关键词 传感器 探针设计 几何光学 透射深度 入射角

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小单孢菌属特异寡核苷酸探针的设计及杂交条件优化 被引量：1

3

作者 李玉梅 李莉 +1 位作者 彭双 闫淑珍 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期144-149,共6页

小单孢菌在生态环境中占有重要地位,也是寻找新的抗生素的重要来源。为了探索小单孢菌的生态分布和在未培养情况下的生态位,在分离和鉴定一定数量的小单孢菌的情况下利用小单孢菌属的16S rDNA基因同源性,采用ClustalX软件进行序列分析,... 小单孢菌在生态环境中占有重要地位,也是寻找新的抗生素的重要来源。为了探索小单孢菌的生态分布和在未培养情况下的生态位,在分离和鉴定一定数量的小单孢菌的情况下利用小单孢菌属的16S rDNA基因同源性,采用ClustalX软件进行序列分析,设计了小单孢菌属的16S rRNA特异寡核苷酸探针Mn1和Mn3两个序列,将这两个序列与GenBank中小单孢和非小单孢菌属的16S rRNA序列进行Blastn比对分析,先在理论上确认Mn1和Mn3对小单孢菌属是特异的。收集小单孢和非小单孢菌株19株,通过原位杂交试验的方法对设计的探针进行特异性验证,结果证明,Mn1能和试验用到的所有小单孢菌属的标准菌株杂交和非小单孢菌均不能杂交;Mn3能和所有小单孢菌属的标准菌株杂交,但也能与链霉菌CGMCC4.891(Streptomyces microflavus)杂交。初步证明Mn1可作为小单孢菌属的特异性探针。并通过杂交条件试验优化了Mn1荧光原位杂交的条件:甲酰胺浓度为30%,溶菌酶处理时间为37℃40min,HCl处理时间为60min,杂交时间为3h。 展开更多

关键词 小单孢菌 荧光原位杂交 特异探针设计 杂交条件

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基因芯片设计及数据分析软件系统 被引量：12

4

作者 孙啸 王晔 +2 位作者 张晓莉 谢建明 陆祖宏 《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 2000年第5期1-6,共6页

基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术 ,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物 .基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用 .本论文分析基因芯片中的信息处理问题 ,介绍一个高密度基因芯片设计及数据... 基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术 ,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物 .基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用 .本论文分析基因芯片中的信息处理问题 ,介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统 ,该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化。 展开更多

关键词 基因芯片 DNA阵列 探针设计 优化 数据分析软件系统

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一种高密度基因芯片设计的新方法 被引量：5

5

作者 孙啸 王晔 +2 位作者 赵雨杰 马建明 陆祖宏 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2001年第3期293-296,共4页

基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错... 基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 .本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针设计的新思想 ,即变长变覆盖探针优化设计方法 ,通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一致 ,可有效地减少碱基杂交错配 ,提高基因芯片检测结果的可靠性 .根据上述核心思想 。 展开更多

关键词 基因芯片 探针设计 动态规划 DNA芯片

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无重金属近红外量子点及其荧光成像应用进展

6

作者 袁野 李万万 《中国材料进展》 北大核心 2025年第6期581-591,共11页

荧光成像作为一种高灵敏、实时响应的生物医学成像方式已被广泛应用。近红外(NIR)组织光学窗口内生物组织光吸收和光散射低,易于获取信噪比高、穿透深和灵敏度高的生物成像。量子点(QDs)因量子限域效应,具备独特可控的光电特性和出色的... 荧光成像作为一种高灵敏、实时响应的生物医学成像方式已被广泛应用。近红外(NIR)组织光学窗口内生物组织光吸收和光散射低,易于获取信噪比高、穿透深和灵敏度高的生物成像。量子点(QDs)因量子限域效应,具备独特可控的光电特性和出色的光学性能,是荧光成像的理想材料。相比于高毒性重金属(镉、汞和铅)QDs,磷化铟、铜铟硫和银基QDs等低生物毒性无重金属QDs更受青睐。通过选择性调节合成方法和材料结构制备高量子效率、NIR发光和低渗透毒性的无重金属QDs仍是挑战。NIR QDs探针构建需要进行靶向、伪装和时效的多种策略方案考虑。聚焦用于荧光成像的无重金属NIR QDs,兼顾材料的性能调控、光学特性及其荧光成像设计策略,并展望其在临床应用中的前景。 展开更多

关键词 近红外窗口 无重金属量子点 生物毒性 荧光成像 探针设计

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高频响气动探针研究综述 被引量：4

7

作者 李新年 周骛 蔡小舒 《中国电机工程学报》 EI CSCD 北大核心 2020年第19期6246-6256,共11页

为了应对高效发电趋势,提高汽轮机和燃气轮机的效率,必须对动叶流场气动性能进行准确的测量和分析。高频响气动探针可以有效的对涡轮机械中三维非定常流场进行时间分辨测量。而探针的研制主要涉及探头形状、大小,气动腔动态特性,标定以... 为了应对高效发电趋势,提高汽轮机和燃气轮机的效率,必须对动叶流场气动性能进行准确的测量和分析。高频响气动探针可以有效的对涡轮机械中三维非定常流场进行时间分辨测量。而探针的研制主要涉及探头形状、大小,气动腔动态特性,标定以及数据后处理。文中对这几个方面的国内外研究现状和发展趋势进行了详细阐述,总结了它们各自的特点、适用范围和局限性,并指出了今后的研究方向以及难点所在,为相关科研人员进一步开展探针理论分析、数值模拟研究和应用设计提供参考。 展开更多

关键词 涡轮机械 非定常压力测量 探针设计 高频响应 动态特性分析

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烟草全基因组覆瓦式(Tiling)基因芯片设计理念实现及差异基因图谱绘制 被引量：1

8

《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期F0002-F0002,I0001,共2页

烟草覆瓦式（Tiling）基因芯片设计理念中一个重要的考虑，就是针对绒毛状烟草和林烟草之间高度同源性基因（18418对），依据Allele—Specjfic Gene Exoression设计策略，专门针对高度同源基因对之间差异位点（SNP、UnDel等）进行探针... 烟草覆瓦式（Tiling）基因芯片设计理念中一个重要的考虑，就是针对绒毛状烟草和林烟草之间高度同源性基因（18418对），依据Allele—Specjfic Gene Exoression设计策略，专门针对高度同源基因对之间差异位点（SNP、UnDel等）进行探针设计， 展开更多

关键词 设计理念 基因芯片 烟草 基因图谱 全基因组 同源基因 设计策略 探针设计

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基于Bayes推断的基因芯片探针特异性估计模型

9

作者 彭柳 冯圣中 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2007年第24期100-103,共4页

序列相似性计算是生物信息处理中的基本问题。针对基因芯片设计中的特异性评价问题,基于Bayes推断,建立了DNA序列快速估计算法,该算法不需要序列联配(alignment-free),性能好于广泛应用的相似性计算工具,可以大幅提高基因芯片设计性能。

关键词 探针设计序列相似性估计贝叶斯推断特异性

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基于咪唑并吡啶pH探针的合成及其光谱性质 被引量：1

10

作者 张月鹏 陈芳 +2 位作者 黄珂 王帅珂 王瑞 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第4期387-391,共5页

为了得到适用于极酸性环境的pH荧光探针,选用咪唑并[1,2-a]吡啶类化合物作为受体,以双键作为桥梁连接供电体吩噻嗪,设计合成了化合物10-(2-(2-甲氧基乙氧基)乙基)-3-(2-(2-苯基咪唑并[1,2-a]吡啶-7-基)乙烯基)-10H-吩噻嗪。pH滴定实验表... 为了得到适用于极酸性环境的pH荧光探针,选用咪唑并[1,2-a]吡啶类化合物作为受体,以双键作为桥梁连接供电体吩噻嗪,设计合成了化合物10-(2-(2-甲氧基乙氧基)乙基)-3-(2-(2-苯基咪唑并[1,2-a]吡啶-7-基)乙烯基)-10H-吩噻嗪。pH滴定实验表明,随着体系中pH值的降低(7.0~0.4),化合物在399nm的紫外吸收强度逐渐降低,在419nm的紫外吸收强度逐渐增强,在573nm处的荧光发射峰强度随pH值的降低而逐渐减弱。此外,该化合物的解离常数pKa为3.07。实验数据表明,该化合物可作为一种新型的pH荧光探针适用于极酸性环境。 展开更多

关键词 分子探针设计与构建 咪唑并[1 2-a]吡啶 PH荧光探针 紫外吸收光谱 荧光发射光谱 极酸性环境

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TDR研制与应用方面的若干进展 被引量：10

11

作者 柴世伟 刘文兆 张聚庭 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 2001年第2期97-99,共3页

通过分析近年来国内外关于TDR的文献,总结了TDR研制与应用方面的若干新进展,概括了在使用TDR时应注意的几个问题。结果表明,线圈型TDR探针可很好地解决TDR探针在物理长度上的限制;多功能TDR探针可用来同时测定含水量与基质势、含水量与... 通过分析近年来国内外关于TDR的文献,总结了TDR研制与应用方面的若干新进展,概括了在使用TDR时应注意的几个问题。结果表明,线圈型TDR探针可很好地解决TDR探针在物理长度上的限制;多功能TDR探针可用来同时测定含水量与基质势、含水量与土壤热学性质、含水量与盐度和温度。当温度在5～45℃之间变化时随着温度的升高,TDR在沙壤土中测定的土壤含水量降低,而在粘壤土和有机质含量高的土壤测定的土壤含水量值升高。TDR探针应以合适的角度插入土壤,同时尽量避免摇摆、两探针不平行插入等误操作。 展开更多

关键词 时域反射仪 土壤含水量 TDR 测量 探针设计 溶质运移

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针对多种强致病性病毒的基因芯片检测方法的建立

12

作者 康晓平 杨银辉 +3 位作者 刘洪 李永强 孙庆歌 祝庆余 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1076-1080,共5页

为了制备灵敏的可检测多种烈性病毒性病原体的基因芯片,本研究设计了针对21种烈性病毒性病原体的基因芯片检测探针,每种5条,长50 bp.并以甲病毒属的基孔肯亚病毒和黄病毒属的黄热病毒细胞培养物为检测模型,摸索了合适的病毒基因处理与... 为了制备灵敏的可检测多种烈性病毒性病原体的基因芯片,本研究设计了针对21种烈性病毒性病原体的基因芯片检测探针,每种5条,长50 bp.并以甲病毒属的基孔肯亚病毒和黄病毒属的黄热病毒细胞培养物为检测模型,摸索了合适的病毒基因处理与扩增方法.将提取的病毒RNA先用DNaseⅠ处理,以去除掉其中的DNA分子,然后利用病毒属特异性引物进行反转录,以引导病毒基因组的合成,从而尽可能地减少宿主细胞基因成分的干扰.进行随机PCR扩增后将扩增产物与基因芯片进行杂交,分别出现了4条基孔肯亚病毒探针信号和5条黄热病毒的探针信号,说明所设计的检测探针具有较好的特异性,可用于这2种病毒的特异性检测.这种病毒基因样品的处理和扩增方法也为此基因芯片的临床应用奠定了基础. 展开更多

关键词 病毒 探针设计 芯片检测

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RPA检测方法研究进展 被引量：1

13

作者 姜志勇 文华康 +1 位作者 渠洋 王庆 《海洋与渔业》 2022年第1期114-115,共2页

重组酶聚合酶扩增技术(Recombinase polymerase amplification,RPA)是近年来兴起的一种等温核酸扩增技术。RPA引物探针设计要求简单,能在31℃-42℃的温度实现扩增,利用重组酶与引物结合并寻找与引物互补的同源序列,解锁局部双链DNA,不... 重组酶聚合酶扩增技术(Recombinase polymerase amplification,RPA)是近年来兴起的一种等温核酸扩增技术。RPA引物探针设计要求简单,能在31℃-42℃的温度实现扩增,利用重组酶与引物结合并寻找与引物互补的同源序列,解锁局部双链DNA,不需要对模板高温变性,20-30分钟可获得大量扩增产物。 展开更多

关键词 RPA 重组酶聚合酶扩增技术 检测方法研究 探针设计 双链DNA

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