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基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因被引量：7: 1; 作者赵研陈丽娜 +4 位作者张良才王倩尚玉奎王宏李琬《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期781-786,共6页; 基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并... 展开更多; 关键词网络拓扑性质共定位特性功能富集分析功能一致性; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种拓扑与生物功能一致的多网络比对算法: 2; 作者夏金芳陈璟《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2020年第10期2146-2151,共6页; 生物网络比对是一种常用的研究生物分子间相互作用的方法,也是分析物种间功能差异的重要手段,有助于更好地理解生物进程及功能.本文提出的ConAlign是一种快速且有效的多对多的多网络全局比对算法.首先,利用网络节点间的拓扑相似性补充... 展开更多; 关键词复杂网络 PPI网络多网络比对拓扑与生物功能一致性图匹配; 在线阅读下载PDF 职称材料

功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用被引量：1: 3; 作者孙智杨宁 +2 位作者娄春波汤超杨晓静《合成生物学》 CSCD 2023年第3期444-463,共20页; 生物网络以超乎寻常的精度、可靠性和鲁棒性执行着各种各样复杂的功能。网络的拓扑结构、动力学性质与功能之间密切相关。如何定量刻画这种关系,找到复杂多样的生物网络的底层设计规律是系统生物学和合成生物学的巨大挑战。本文对功能... 展开更多; 关键词合成生物学系统生物学功能拓扑基因回路; 在线阅读下载PDF 职称材料

阵列型微拓扑结构基底的制备及其对神经细胞电生物物理特性的影响被引量：4: 4; 作者吴泽志朱满根 +6 位作者 Kisaalita W S Wang L Zhao Y P 林雨黄岂平廖彦剑 Li C Z 《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期467-474,共8页; 以紫外光光刻、硅蚀刻及软光刻技术制备了微柱阵列型细胞培养基底。实验发现,在4μm的结构高度下,当微柱特征尺寸大于或等于4μm时,该法能制备结构规整清晰的聚二甲基硅氧烷微柱阵列型基底。特征尺寸为2μm的基底已经接近该法的极限加... 展开更多; 关键词细胞生物传感器功能响应性阵列型拓扑结构基底软光刻倾斜角法电压依从式钙通道静息膜电位; 在线阅读下载PDF 职称材料

微纳米拓扑结构材料对移植细胞行为功能的影响: 5; 作者张贤祚刘若妍 +2 位作者薛旭凯赵利秦建强《中国临床解剖学杂志》 CSCD 北大核心 2013年第5期611-614,共4页; 在再生医学和生物材料工程的研究中，材料与细胞的接触以及其相互作用是研究热点之一。除了生物材料表面的生物化学性质外，其几何拓扑结构的变化也是用来研究细胞功能和行为的有效手段。相关研究表明，通过设计、调整材料接触表面的拓... 展开更多; 关键词移植细胞行为功能结构材料拓扑结构纳米生物化学性质材料表面生物材料; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因被引量：7: 1; 作者赵研陈丽娜张良才王倩尚玉奎王宏李琬; 机构哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期781-786,共6页; 基金哈尔滨医科大学研究生创新基金(HCXS2008010) 黑龙江省自然科学基金(D2007-48) +1 种基金国家自然科学基金(30571034)资助项目~~; 文摘基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因.预测出了51个新的冠心病致病基因,分析发现大部分基因参与了冠心病的致病过程.为疾病基因的挖掘提出一个新的思路,从而有助于复杂疾病致病机理的研究.; 关键词网络拓扑性质共定位特性功能富集分析功能一致性; Keywords network topological features, co-located attribution, functional enrichment, functional consistency; 分类号 R318.04 [医药卫生—生物医学工程] Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种拓扑与生物功能一致的多网络比对算法: 2; 作者夏金芳陈璟; 机构江南大学人工智能与计算机学院江南大学物联网技术应用教育部工程研究中心; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2020年第10期2146-2151,共6页; 基金江苏省青年科学基金项目(BK20150159)资助。; 文摘生物网络比对是一种常用的研究生物分子间相互作用的方法,也是分析物种间功能差异的重要手段,有助于更好地理解生物进程及功能.本文提出的ConAlign是一种快速且有效的多对多的多网络全局比对算法.首先,利用网络节点间的拓扑相似性补充序列相似性.然后,结合网络整体的拓扑相似性和指定约束条件将蛋白质相互作用网络进行比对.本算法分别在合成网络和真实网络上进行了实验,并与IsoRankN、BEAMS、SMETANA算法对比.实验结果表明,ConAlign算法识别出了更多的直系同源物,在生物和拓扑方面也表现优异,此外,在保证簇的拓扑与生物功能一致性的前提下,比对的效率也得到了提升.; 关键词复杂网络 PPI网络多网络比对拓扑与生物功能一致性图匹配; Keywords complex netw ork PPI netw ork multiple netw ork alignment topology and biological function consistency graph matching; 分类号 TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用被引量：1: 3; 作者孙智杨宁娄春波汤超杨晓静; 机构北京大学定量生物学中心中国科学院深圳先进技术研究院; 出处《合成生物学》 CSCD 2023年第3期444-463,共20页; 基金国家重点研发计划(2018YFA0900700,2021YFF1200501) 北京大学-清华大学生命科学联合中心博士后基金。; 文摘生物网络以超乎寻常的精度、可靠性和鲁棒性执行着各种各样复杂的功能。网络的拓扑结构、动力学性质与功能之间密切相关。如何定量刻画这种关系,找到复杂多样的生物网络的底层设计规律是系统生物学和合成生物学的巨大挑战。本文对功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用进行了综述。生物网络在统计性质上不同于随机网络,其结构呈现出模块化的趋势,本文首先总结了自然生物系统中出现的高频模块及其功能,回顾了最近系统生物学对于功能拓扑设计原理的探索,包括目前搜索功能拓扑的两种常用计算方法,同时对理论获得的典型功能拓扑进行了总结。继而总结了近年来实际合成生物学系统中功能拓扑的设计和构建,以基于转录调控的基因回路为主,按照其内部调控节点的数目,系统地介绍了不同拓扑结构被用来实现的具体功能及其典型实例。最后,介绍了近期自动化设计集成基因线路的发展、非转录多层次调控机制以及网络鲁棒性的设计原理,并简单探讨了对于复杂功能拓扑设计的机遇和挑战。; 关键词合成生物学系统生物学功能拓扑基因回路; Keywords synthetic biology systems biology functional topology genetic circuit; 分类号 Q81 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名阵列型微拓扑结构基底的制备及其对神经细胞电生物物理特性的影响被引量：4: 4; 作者吴泽志朱满根 Kisaalita W S Wang L Zhao Y P 林雨黄岂平廖彦剑 Li C Z; 机构教育部生物流变科学与技术重点实验室佐治亚大学工程部细胞生物工程实验室佐治亚大学物理学及天文学系佛罗里达国际大学生物医学工程系纳米生物工程/生物电子实验室; 出处《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期467-474,共8页; 基金重庆市科技攻关重点项目(CSTC2009AB5202) 国家自然科学基金项目(30870570) 重庆大学"211工程"三期创新人才培养计划建设项目(S-09104); 文摘以紫外光光刻、硅蚀刻及软光刻技术制备了微柱阵列型细胞培养基底。实验发现,在4μm的结构高度下,当微柱特征尺寸大于或等于4μm时,该法能制备结构规整清晰的聚二甲基硅氧烷微柱阵列型基底。特征尺寸为2μm的基底已经接近该法的极限加工能力,所加工的微柱阵列出现倒伏或缺失。采用一种简单的倾斜角法可以制备一种聚苯乙烯微球致密阵列型基底。该基底的微球直径可以小至2μm或亚微米尺度。细胞培养实验发现,拓扑结构基底能促进神经细胞粘附与铺展,影响细胞静息电位水平,增强电压依从式钙通道功能响应。阵列型拓扑结构基底为构建传感器细胞微环境提供了有效的工程化手段。; 关键词细胞生物传感器功能响应性阵列型拓扑结构基底软光刻倾斜角法电压依从式钙通道静息膜电位; Keywords cell-based biosensor functional responsiveness arrayed topographic substrate soft lithography tilting angle method voltage-gated calcium channel resting membrane potential; 分类号 R329.27 [医药卫生—人体解剖和组织胚胎学] Q274 [生物学—细胞生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名微纳米拓扑结构材料对移植细胞行为功能的影响: 5; 作者张贤祚刘若妍薛旭凯赵利秦建强; 机构南方医科大学第一临床医学院南方医科大学基础医学院澳门科技大学中医药学院; 出处《中国临床解剖学杂志》 CSCD 北大核心 2013年第5期611-614,共4页; 基金澳门科技发展基金(016/2009/A1); 文摘在再生医学和生物材料工程的研究中，材料与细胞的接触以及其相互作用是研究热点之一。除了生物材料表面的生物化学性质外，其几何拓扑结构的变化也是用来研究细胞功能和行为的有效手段。相关研究表明，通过设计、调整材料接触表面的拓扑几何图案，可以调控细胞的各种功能和行为；而将细胞粘附配体选择性地修饰到材料表面，则可以将细胞定位在材料表面，研究细胞的粘附、增殖、迁移、分化等各项基本行为和功能。; 关键词移植细胞行为功能结构材料拓扑结构纳米生物化学性质材料表面生物材料; 分类号 R318.08 [医药卫生—生物医学工程] Q421 [生物学—神经生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因	赵研陈丽娜张良才王倩尚玉奎王宏李琬	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2009	7	在线阅读下载PDF 职称材料
2	一种拓扑与生物功能一致的多网络比对算法	夏金芳陈璟	《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心	2020	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用	孙智杨宁娄春波汤超杨晓静	《合成生物学》 CSCD	2023	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	阵列型微拓扑结构基底的制备及其对神经细胞电生物物理特性的影响	吴泽志朱满根 Kisaalita W S Wang L Zhao Y P 林雨黄岂平廖彦剑 Li C Z	《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心	2011	4	在线阅读下载PDF 职称材料
5	微纳米拓扑结构材料对移植细胞行为功能的影响	张贤祚刘若妍薛旭凯赵利秦建强	《中国临床解剖学杂志》 CSCD 北大核心	2013	0	在线阅读下载PDF 职称材料