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基于拉伸分子动力学模拟的黄嘌呤氧化酶抑制剂解离途径的理论研究
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作者 齐人睿 李明昊 +5 位作者 常浩 付学奇 高波 韩葳葳 韩璐 李婉南 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期758-766,共9页
采用拉伸分子动力学模拟的方法研究了黄嘌呤氧化酶(Xanthine oxidase,XO)抑制剂别嘌呤醇(Allopuri⁃nol)和葛根素(Puerarin)从XO离去通道解离的动态过程.分子对接结果表明,别嘌呤醇和葛根素均结合在XO的钼蝶呤中心(Molybdopterin,Mo-pt)... 采用拉伸分子动力学模拟的方法研究了黄嘌呤氧化酶(Xanthine oxidase,XO)抑制剂别嘌呤醇(Allopuri⁃nol)和葛根素(Puerarin)从XO离去通道解离的动态过程.分子对接结果表明,别嘌呤醇和葛根素均结合在XO的钼蝶呤中心(Molybdopterin,Mo-pt);丙氨酸扫描的结果显示,Val789,Arg880,Phe911,Phe914和Val1081在XO与抑制剂的结合中起到非常重要的作用.拉伸分子动力学模拟结果显示,相比于葛根素,别嘌呤醇需要更大的外力和更长的时间才能从XO中解离,拉伸过程中Arg880,Phe1009,Thr1010,Val1011和Ala1079均对维持2种复合物的结构稳定起到重要作用,Phe649和Phe1013在抑制剂解离过程中起到门控的作用,His875起到阻碍抑制剂解离的作用. 展开更多
关键词 黄嘌呤氧化酶 别嘌呤醇 葛根素 痛风 分子动力学模拟
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基于分子动力学模拟提高嗜热磷酸三酯酶样内酯酶非特异性底物活力的理论研究 被引量:1
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作者 朱镜璇 于正飞 +4 位作者 刘野 詹冬玲 韩佳睿 田晓翩 韩葳葳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期138-146,共9页
采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W2... 采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W263T)结合的构象变化,分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因,发现其能够影响门控残基Phe229的构象变化,导致活性口袋入口变宽(Phe229与Tyr99之间的距离变大),使对氧磷和内酯更容易结合到蛋白质的活性位点上; Asp256和Arg223形成盐桥的几率高于野生型(WT) SsoPox,在Arg223(位于Loop7)的协助下质子更加高效地从活性中心的Asp256(位于Loop8)传递到溶剂中去,因而能够提高SsoPox水解底物的效率.通过比较2个野生型复合物的结构稳定性和结合自由能差异,发现在模拟过程中SsoPox与内酯的复合物体系更加稳定并且具有更低的结合自由能,有利于SsoPox识别底物并使其埋在活性部位的疏水环境中,促进氢氧化物亲核进攻底物的亲电中心.因此,底物与酶稳定的相互作用可能是SsoPox具有天然内酯酶活性的原因之一. 展开更多
关键词 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶 分子动力学模拟 分子动力学模拟 分子力学-广义玻恩表面积 结构交互指纹分析
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Atomic-scale understanding of martensitic transformation and transition-induced twinning in deformed Fe-Mn alloys
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作者 ZHANG Hong-bo LI Hong-kui +2 位作者 OU Xiao-qin SHEN Jie SONG Min 《Journal of Central South University》 2025年第4期1211-1222,共12页
In the present study,molecular dynamic simulation(MD)was used to investigate the plastic deformation process of the Fe-Mn alloys with different Mn contents.The influences of Mn contents ranging from 10%to 30%(at%)on t... In the present study,molecular dynamic simulation(MD)was used to investigate the plastic deformation process of the Fe-Mn alloys with different Mn contents.The influences of Mn contents ranging from 10%to 30%(at%)on the deformation behavior and the controlling mechanism of the Fe-base alloys were analyzed.The results show that phase transformations and{112}<111>_(BCC)deformation twinning occur in all Fe-Mn alloys but follow different deformation paths.In the Fe-10%Mn alloy the deformation twinning mechanism obeys the FCC-related path,the Fe-20%Mn alloy involves both the FCC-and HCP-related paths,and the deformation of the Fe-30%Mn alloy is dominated by the HCP-related twinning path.The addition of Mn can increase the stacking fault energy and retard the activation of slip systems as well as the formation of stacking faults.Thus,a higher content of Mn can delay the FCC®ε-martensite and the subsequentε-martensite®BCC phase transition at the intersection of twoε-martensitic bands.Therefore,the addition of Mn alloying element increases the yield strength and reduces the elastic modulus of the Fe-Mn alloys.The formation of deformation twins will contribute to the work-hardening effect and delay the necking and fracture of alloys.It is expected that the results in the present study will provide theoretical reference for the design and optimization of high-performance steels. 展开更多
关键词 Fe-Mn steel tensile deformation molecular dynamics simulation phase transformation
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力经PSGL-1介导ERM蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点的暴露 被引量:1
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作者 吴建华 邝晓敏 +1 位作者 刘文平 方颖 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第3期128-135,共8页
炎症反应阶段,P-选择素糖蛋白配体1(PSGL-1)与埃兹蛋白/根蛋白/膜突蛋白(ERM)的结合在招募脾酪氨酸激酶(Syk)并促进白细胞激活中发挥了重要作用.文中通过晶体结构分析发现,位于ERM蛋白非传统的免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM-like)上的两... 炎症反应阶段,P-选择素糖蛋白配体1(PSGL-1)与埃兹蛋白/根蛋白/膜突蛋白(ERM)的结合在招募脾酪氨酸激酶(Syk)并促进白细胞激活中发挥了重要作用.文中通过晶体结构分析发现,位于ERM蛋白非传统的免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM-like)上的两个磷酸化位点(Y191和Y205)周围存在较大的空间位阻,这将阻碍其被Src家族激酶酪氨酸磷酸化继而招募Syk的过程.文中用拉伸分子动力学模拟的方法模拟力学环境下PSGL-1与根蛋白FERM结构域的相互作用,构象分析和残基溶剂可及表面积的变化都表明,经由PSGL-1传导的力学信号可以介导根蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点Y205的暴露.文中结果揭示了一条经由PSGL-1胞内域激活Syk的力学信号通路,并且在原子层面上对PSGL-1/ERM/Syk之间的相互作用给予了阐释. 展开更多
关键词 PSGL-1 ERM蛋白 SYK ITAM-like序列 分子动力学模拟
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TCR-CD3复合物跨膜区自组装的分子机制
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作者 王凤丽 陈佳林 +1 位作者 何程智 罗施中 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1094-1102,共9页
目的T细胞受体-共受体复合物(TCR-CD3)在适应性免疫应答中起着重要作用,其亚基间的相互作用一直是研究热点。由于传统实验的局限性,对于跨膜蛋白TCR-CD3复合物的研究不能深入到微观层面。方法利用分子动力学模拟方法(包括粗粒化模拟、... 目的T细胞受体-共受体复合物(TCR-CD3)在适应性免疫应答中起着重要作用,其亚基间的相互作用一直是研究热点。由于传统实验的局限性,对于跨膜蛋白TCR-CD3复合物的研究不能深入到微观层面。方法利用分子动力学模拟方法(包括粗粒化模拟、拉伸动力学、全原子模拟)分析TCR-CD3复合物的自组装机制。结果通过粗粒化模拟(CGMD)发现,TCR-CD3复合物在组装过程中存在着αβ依次结合δε’、γε、ζζ’的组装顺序,并阐述了α;突变会降低α;与δε’的相互作用。结论本文论证了仅存在TCR-CD3复合物的跨膜区不足以介导TCR-CD3复合物亚基间的特异性相互作用。拉伸动力学(SMD)和全原子模拟(AAMD)的结果说明,ζζ’与TCR-CD3其余部分之间的胞外区相互作用强于跨膜区,同时ζζ’的缺失对αβδε’γε的稳定性影响最小,而δε’的缺失对αβγεζζ’的稳定性影响最大。 展开更多
关键词 TCR-CD3复合物 粗粒化模拟 全原子模拟 拉伸动力学模拟 跨膜蛋白
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