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基于拉伸分子动力学模拟的黄嘌呤氧化酶抑制剂解离途径的理论研究
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作者 齐人睿 李明昊 +5 位作者 常浩 付学奇 高波 韩葳葳 韩璐 李婉南 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期758-766,共9页
采用拉伸分子动力学模拟的方法研究了黄嘌呤氧化酶(Xanthine oxidase,XO)抑制剂别嘌呤醇(Allopuri⁃nol)和葛根素(Puerarin)从XO离去通道解离的动态过程.分子对接结果表明,别嘌呤醇和葛根素均结合在XO的钼蝶呤中心(Molybdopterin,Mo-pt)... 采用拉伸分子动力学模拟的方法研究了黄嘌呤氧化酶(Xanthine oxidase,XO)抑制剂别嘌呤醇(Allopuri⁃nol)和葛根素(Puerarin)从XO离去通道解离的动态过程.分子对接结果表明,别嘌呤醇和葛根素均结合在XO的钼蝶呤中心(Molybdopterin,Mo-pt);丙氨酸扫描的结果显示,Val789,Arg880,Phe911,Phe914和Val1081在XO与抑制剂的结合中起到非常重要的作用.拉伸分子动力学模拟结果显示,相比于葛根素,别嘌呤醇需要更大的外力和更长的时间才能从XO中解离,拉伸过程中Arg880,Phe1009,Thr1010,Val1011和Ala1079均对维持2种复合物的结构稳定起到重要作用,Phe649和Phe1013在抑制剂解离过程中起到门控的作用,His875起到阻碍抑制剂解离的作用. 展开更多
关键词 黄嘌呤氧化酶 别嘌呤醇 葛根素 痛风 拉伸分子动力学模拟
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p53 DNA结合域与抗癌多肽的拉伸分子动力学研究(英文)
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作者 许先进 苏计国 +3 位作者 陈慰祖 王存新 CANNISTRARO Salvatore BIZZARRI Anna-Rita 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第6期598-609,共12页
研究发现,取自蓝铜蛋白azurin的一段多肽p28能够进入癌细胞,结合到肿瘤抑制因子p53的DNA结合域上,进而增加p53的抗癌能力.本工作中,通过拉伸分子动力学方法,在原子尺度上研究了p28-p53 DBD复合物的解离过程.分析结果显示复合物的解离过... 研究发现,取自蓝铜蛋白azurin的一段多肽p28能够进入癌细胞,结合到肿瘤抑制因子p53的DNA结合域上,进而增加p53的抗癌能力.本工作中,通过拉伸分子动力学方法,在原子尺度上研究了p28-p53 DBD复合物的解离过程.分析结果显示复合物的解离过程遵循着一定的分离顺序.对解离力的分析以及对沿着解离路径的不可逆做功的计算,使我们能够从复合物的能量地貌中提取有用的信息,而这些信息也决定了复合物的解离过程. 展开更多
关键词 拉伸分子动力学 P53 抗癌多肽
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噬菌体力学性能的拉伸分子动力学研究
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作者 王志勇 刘伟 +1 位作者 刘燕凯 赵晓西 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期300-300,共1页
目的噬菌体是病毒中最为普遍和分布最广的群体,在泥土和动物肠道等地方都会有发现,其生存过程会面临许多复杂环境,遭遇不同的力学作用,通过研究噬菌体的拉伸力学性能,可以了解噬菌体在拉伸过程中的分子作用机制。方法采用分子动力学方法... 目的噬菌体是病毒中最为普遍和分布最广的群体,在泥土和动物肠道等地方都会有发现,其生存过程会面临许多复杂环境,遭遇不同的力学作用,通过研究噬菌体的拉伸力学性能,可以了解噬菌体在拉伸过程中的分子作用机制。方法采用分子动力学方法,使用Char mm力场描述蛋白质分子,利用Gromacs软件对噬菌体进行拉伸模拟,根据模拟结果计算得到噬菌体的拉伸力学参数,并通过相关分析工具对其力学行为的分子作用机制进行分析。 展开更多
关键词 拉伸分子动力学 分子作用机制 蛋白质分子 生存过程 分子动力学方法 力学作用 噬菌体 力学性能
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纳米孔技术研究蛋白质构象动力学
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作者 张明焜 吕守芹 龙勉 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期211-211,共1页
目的蛋白质在履行生命功能时会形成多种构象态。检测和分析蛋白质的构象和变构对于阐明蛋白质结构和功能的关系至关重要。纳米孔技术具有水环境检测、高时空分辨率、无标记和高通量等优势,在蛋白质检测中具有巨大潜力。本研究将利用纳... 目的蛋白质在履行生命功能时会形成多种构象态。检测和分析蛋白质的构象和变构对于阐明蛋白质结构和功能的关系至关重要。纳米孔技术具有水环境检测、高时空分辨率、无标记和高通量等优势,在蛋白质检测中具有巨大潜力。本研究将利用纳米孔传感技术探索αXβ2整合素的不同构象态和变构过程。方法利用分子动力学(MD)模拟建立了纳米孔传感系统,以检测αXβ2的不同构象态。此外,基于拉伸分子动力学(SMD)模拟建立了纳米孔传感和原子力探针拉伸联用的方法,调控并探测了蛋白质的变构过程,并基于自由能分析了纳米孔空间约束对变构模式的影响。结果成功解耦了αXβ2的构象和取向对纳米孔离子电流的调制,估计了3种构象态的近似椭球形貌。利用椭球体积和形状特征区分了不同的构象态。此外,分析了纳米孔内的电导率的分布,厘清了孔壁和蛋白质对电导率的影响规律。进一步,建立了一种基于电、力耦合传感的新方法,以探测纳米孔中蛋白质的构象动力学,并通过新型SMD-椭球近似方法实时解析了中间态构象的结构特征。结果表明,纳米孔约束增加了αXβ2构象伸展所需克服的能垒。结论本研究通过对离子电流和蛋白质变构的综合分析,提升了纳米孔技术用于蛋白质构象和变构的检测能力。 展开更多
关键词 拉伸分子动力学 构象动力学 蛋白质构象 离子电流 纳米孔 中间态 形状特征 传感技术
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分子动力学模拟3(5)-(9-蒽基)吡唑分子在自组装膜上的选择性沉积 被引量:2
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作者 张鲁格 薛泽旭 +1 位作者 张翀 延辉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第3期505-512,共8页
采用平衡分子动力学和拉伸分子动力学模拟方法研究了模板诱导有机发光小分子3(5)-(9-蒽基)吡唑(ANP)在自组装膜上的选择性沉积,并利用伞形取样方法和加权柱状图分析法计算了沉积过程的均力势.模拟中以二氧化硅为底板分别构筑2种不同密... 采用平衡分子动力学和拉伸分子动力学模拟方法研究了模板诱导有机发光小分子3(5)-(9-蒽基)吡唑(ANP)在自组装膜上的选择性沉积,并利用伞形取样方法和加权柱状图分析法计算了沉积过程的均力势.模拟中以二氧化硅为底板分别构筑2种不同密度的烷烃链自组装膜模板,即低密度的液体扩展相和高密度的液体压缩相.平衡分子动力学结果显示,ANP分子容易沉积至低密度的液体扩展相中,难以沉积至高密度的液体压缩相中.拉伸分子动力学结果表明,当ANP分子沉积至液体压缩相表面时,在进入烷烃膜时遇到较大阻力,因而不易进入到烷烃链单层膜中;而ANP分子在进入液体扩展相的过程中受到的阻力较小.通过比较这2种不同密度自组装膜与ANP分子之间的结合自由能,发现ANP分子进入液体压缩相的能垒较高,而ANP分子与液体扩展相结合更加稳定,导致有机发光小分子在不同密度的模板上具有选择吸附性.所得模拟结果与实验现象一致,在分子水平上为实验提供了更加丰富的微观信息. 展开更多
关键词 自组装膜(SAM) 定位沉积 拉伸分子动力学 伞形取样 3(5)-(9-蒽基)吡唑 低密度的液体扩展相 高密度的液体压缩相 均力势
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基于分子动力学模拟提高嗜热磷酸三酯酶样内酯酶非特异性底物活力的理论研究 被引量:1
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作者 朱镜璇 于正飞 +4 位作者 刘野 詹冬玲 韩佳睿 田晓翩 韩葳葳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期138-146,共9页
采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W2... 采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W263T)结合的构象变化,分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因,发现其能够影响门控残基Phe229的构象变化,导致活性口袋入口变宽(Phe229与Tyr99之间的距离变大),使对氧磷和内酯更容易结合到蛋白质的活性位点上; Asp256和Arg223形成盐桥的几率高于野生型(WT) SsoPox,在Arg223(位于Loop7)的协助下质子更加高效地从活性中心的Asp256(位于Loop8)传递到溶剂中去,因而能够提高SsoPox水解底物的效率.通过比较2个野生型复合物的结构稳定性和结合自由能差异,发现在模拟过程中SsoPox与内酯的复合物体系更加稳定并且具有更低的结合自由能,有利于SsoPox识别底物并使其埋在活性部位的疏水环境中,促进氢氧化物亲核进攻底物的亲电中心.因此,底物与酶稳定的相互作用可能是SsoPox具有天然内酯酶活性的原因之一. 展开更多
关键词 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶 分子动力学模拟 拉伸分子动力学模拟 分子力学-广义玻恩表面积 结构交互指纹分析
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氯离子通道膜蛋白内部离子输运的动力学模拟
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作者 于涛 胡雄飞 +2 位作者 王哲 向泽雨 王鑫 《济南大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2022年第6期718-722,731,共6页
为了方便、直观地研究氯离子通道膜蛋白内部氯离子输运过程的动力学性质,利用全原子分子动力学模拟方法对大肠杆菌氯离子通道膜蛋白的蛋白质-膜-水溶液系统进行能量最小化和平衡模拟,并对氯离子在通道中输运过程的受力进行拉伸分子动力... 为了方便、直观地研究氯离子通道膜蛋白内部氯离子输运过程的动力学性质,利用全原子分子动力学模拟方法对大肠杆菌氯离子通道膜蛋白的蛋白质-膜-水溶液系统进行能量最小化和平衡模拟,并对氯离子在通道中输运过程的受力进行拉伸分子动力学模拟计算。结果表明:平衡模拟约40 ns后,膜蛋白结构逐步达到热力学平衡态;通道内部中间结合位点氯离子与周围氨基酸相互作用最强,稳定性最好;氯离子输运过程中主要受到通道尺寸影响,通道宽处受力小,通道窄处受力大,其中靠近外部结合位点处通道最窄,氯离子所受拉力最大,约为300 pN。 展开更多
关键词 氯离子通道膜蛋白 分子动力学模拟 拉伸分子动力学 离子输运
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Atomic-scale understanding of martensitic transformation and transition-induced twinning in deformed Fe-Mn alloys
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作者 ZHANG Hong-bo LI Hong-kui +2 位作者 OU Xiao-qin SHEN Jie SONG Min 《Journal of Central South University》 2025年第4期1211-1222,共12页
In the present study,molecular dynamic simulation(MD)was used to investigate the plastic deformation process of the Fe-Mn alloys with different Mn contents.The influences of Mn contents ranging from 10%to 30%(at%)on t... In the present study,molecular dynamic simulation(MD)was used to investigate the plastic deformation process of the Fe-Mn alloys with different Mn contents.The influences of Mn contents ranging from 10%to 30%(at%)on the deformation behavior and the controlling mechanism of the Fe-base alloys were analyzed.The results show that phase transformations and{112}<111>_(BCC)deformation twinning occur in all Fe-Mn alloys but follow different deformation paths.In the Fe-10%Mn alloy the deformation twinning mechanism obeys the FCC-related path,the Fe-20%Mn alloy involves both the FCC-and HCP-related paths,and the deformation of the Fe-30%Mn alloy is dominated by the HCP-related twinning path.The addition of Mn can increase the stacking fault energy and retard the activation of slip systems as well as the formation of stacking faults.Thus,a higher content of Mn can delay the FCC®ε-martensite and the subsequentε-martensite®BCC phase transition at the intersection of twoε-martensitic bands.Therefore,the addition of Mn alloying element increases the yield strength and reduces the elastic modulus of the Fe-Mn alloys.The formation of deformation twins will contribute to the work-hardening effect and delay the necking and fracture of alloys.It is expected that the results in the present study will provide theoretical reference for the design and optimization of high-performance steels. 展开更多
关键词 Fe-Mn steel tensile deformation molecular dynamics simulation phase transformation
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力经PSGL-1介导ERM蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点的暴露 被引量:1
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作者 吴建华 邝晓敏 +1 位作者 刘文平 方颖 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第3期128-135,共8页
炎症反应阶段,P-选择素糖蛋白配体1(PSGL-1)与埃兹蛋白/根蛋白/膜突蛋白(ERM)的结合在招募脾酪氨酸激酶(Syk)并促进白细胞激活中发挥了重要作用.文中通过晶体结构分析发现,位于ERM蛋白非传统的免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM-like)上的两... 炎症反应阶段,P-选择素糖蛋白配体1(PSGL-1)与埃兹蛋白/根蛋白/膜突蛋白(ERM)的结合在招募脾酪氨酸激酶(Syk)并促进白细胞激活中发挥了重要作用.文中通过晶体结构分析发现,位于ERM蛋白非传统的免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM-like)上的两个磷酸化位点(Y191和Y205)周围存在较大的空间位阻,这将阻碍其被Src家族激酶酪氨酸磷酸化继而招募Syk的过程.文中用拉伸分子动力学模拟的方法模拟力学环境下PSGL-1与根蛋白FERM结构域的相互作用,构象分析和残基溶剂可及表面积的变化都表明,经由PSGL-1传导的力学信号可以介导根蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点Y205的暴露.文中结果揭示了一条经由PSGL-1胞内域激活Syk的力学信号通路,并且在原子层面上对PSGL-1/ERM/Syk之间的相互作用给予了阐释. 展开更多
关键词 PSGL-1 ERM蛋白 SYK ITAM-like序列 拉伸分子动力学模拟
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一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法
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作者 杨坤 王希诚 《计算力学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第6期953-958,共6页
提出一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法。首先,通过建立蛋白质复合物解离的多目标优化模型找出一条能耗小、速度快的拉伸分子动力学SMD(Steered Molecular Dynamics)解离路径,然后,沿此路径计算解离自由能。与Jarzynski按平均力势... 提出一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法。首先,通过建立蛋白质复合物解离的多目标优化模型找出一条能耗小、速度快的拉伸分子动力学SMD(Steered Molecular Dynamics)解离路径,然后,沿此路径计算解离自由能。与Jarzynski按平均力势PMF(Potentials of Mean Force)的外推方法相比,本文方法有较高的预测效率,数值算例也给出了与实验值比较的预测精度。通过拉伸分子动力学模拟还可以揭示小配体与蛋白质之间的解离全过程,为药物设计提供重要的结构信息。 展开更多
关键词 拉伸分子动力学 遗传算法 信息熵 平均力势 解离自由能
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