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从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率
被引量：
3
1
作者
郭建秀
饶妮妮
+2 位作者
刘广雄
李杰
王云鹤
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第12期1331-1338,共8页
蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被...
蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被提及.采用伪氨基酸组成的方法提取氨基酸的序列顺序信息,利用蒙特卡洛方法选择最佳特征因子,建立线性回归模型进行折叠速率预测.该方法能在不需要任何(显示)结构信息的情况下,直接从蛋白质的氨基酸序列出发对折叠速率进行预测.在Jackknife交互检验方法的验证下,对含有99个蛋白质的数据集,发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关性,相关系数能达到0.81,预测误差仅为2.54.这一精度明显优于其他基于序列的方法,充分说明蛋白质的序列顺序信息是影响蛋白质折叠速率的重要因素.
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关键词
蛋白质
折叠
折叠速率预测
伪氨基酸组成
蒙特卡罗方法
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职称材料
基于序列特征筛选与支持向量回归预测蛋白质折叠速率
被引量：
1
2
作者
李咏
周玮
+3 位作者
代志军
陈渊
王志明
袁哲明
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期1091-1098,共8页
折叠速率预测对阐明蛋白质折叠机理意义重大.本文收集了115条目前已知折叠速率的蛋白质样本(包括二态、多态和混态蛋白),为了较全面地表征蛋白质分子的一级结构信息,提取序列长度、氨基酸残基多尺度组分、成对残基k-space特征与基于残...
折叠速率预测对阐明蛋白质折叠机理意义重大.本文收集了115条目前已知折叠速率的蛋白质样本(包括二态、多态和混态蛋白),为了较全面地表征蛋白质分子的一级结构信息,提取序列长度、氨基酸残基多尺度组分、成对残基k-space特征与基于残基物理化学性质的地统计学关联总共9357维特征.经改进的二元矩阵重排过滤器和多轮末尾淘汰非线性筛选,获得23个物理化学意义明确的保留特征,建立的非线性支持向量回归模型Jackknife交叉验证的相关系数R=0.95,优于文献报道及其他参比特征选择方法.支持向量回归解释体系表明折叠速率与保留描述符的非线性回归极显著,分析了各保留描述符对折叠速率的影响,结果表明蛋白质折叠速率与序列长度、中短程关联特征、三联体残基组份特征等密切相关.
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关键词
蛋白质
折叠
折叠速率预测
高维特征
特征筛选
支持向量回归
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职称材料
题名
从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率
被引量：
3
1
作者
郭建秀
饶妮妮
刘广雄
李杰
王云鹤
机构
电子科技大学生命科学与技术学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第12期1331-1338,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(30900318
60571047)~~
文摘
蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一.近年来,许多科研工作者开展了大量的研究工作来探索折叠速率的决定因素,许多参数和方法被相继提出.但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的影响从未被提及.采用伪氨基酸组成的方法提取氨基酸的序列顺序信息,利用蒙特卡洛方法选择最佳特征因子,建立线性回归模型进行折叠速率预测.该方法能在不需要任何(显示)结构信息的情况下,直接从蛋白质的氨基酸序列出发对折叠速率进行预测.在Jackknife交互检验方法的验证下,对含有99个蛋白质的数据集,发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关性,相关系数能达到0.81,预测误差仅为2.54.这一精度明显优于其他基于序列的方法,充分说明蛋白质的序列顺序信息是影响蛋白质折叠速率的重要因素.
关键词
蛋白质
折叠
折叠速率预测
伪氨基酸组成
蒙特卡罗方法
Keywords
protein folding； prediction of folding rate； pseudo-amino acid composition； Monte Carlo method
分类号
Q612 [生物学—生物物理学]
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
基于序列特征筛选与支持向量回归预测蛋白质折叠速率
被引量：
1
2
作者
李咏
周玮
代志军
陈渊
王志明
袁哲明
机构
湖南农业大学
湖南农业大学
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期1091-1098,共8页
基金
教育部博士点基金(20124320110002)
国家自然科学基金(31301388)
湖南省自然科学基金(14JJ3092)资助项目~~
文摘
折叠速率预测对阐明蛋白质折叠机理意义重大.本文收集了115条目前已知折叠速率的蛋白质样本(包括二态、多态和混态蛋白),为了较全面地表征蛋白质分子的一级结构信息,提取序列长度、氨基酸残基多尺度组分、成对残基k-space特征与基于残基物理化学性质的地统计学关联总共9357维特征.经改进的二元矩阵重排过滤器和多轮末尾淘汰非线性筛选,获得23个物理化学意义明确的保留特征,建立的非线性支持向量回归模型Jackknife交叉验证的相关系数R=0.95,优于文献报道及其他参比特征选择方法.支持向量回归解释体系表明折叠速率与保留描述符的非线性回归极显著,分析了各保留描述符对折叠速率的影响,结果表明蛋白质折叠速率与序列长度、中短程关联特征、三联体残基组份特征等密切相关.
关键词
蛋白质
折叠
折叠速率预测
高维特征
特征筛选
支持向量回归
Keywords
Protein folding
Folding rate prediction
High-dimensional feature
Feature screening
Support vector regression
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率
郭建秀
饶妮妮
刘广雄
李杰
王云鹤
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于序列特征筛选与支持向量回归预测蛋白质折叠速率
李咏
周玮
代志军
陈渊
王志明
袁哲明
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2014
1
在线阅读
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职称材料
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