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生命条形码新秀:DNA微型条形码技术
被引量:
6
1
作者
程鹏
张爱兵
《生物安全学报》
2011年第1期77-80,共4页
近些年来,DNA条形码技术为便捷的物种鉴定提供了很大的帮助,但随着该技术的发展,也出现了一系列的问题。微型条形码技术是作为DNA条形码技术的补充而出现的一项新兴技术,具体是指通过通用引物扩增出比细胞色素c氧化酶I号基因全序列更短...
近些年来,DNA条形码技术为便捷的物种鉴定提供了很大的帮助,但随着该技术的发展,也出现了一系列的问题。微型条形码技术是作为DNA条形码技术的补充而出现的一项新兴技术,具体是指通过通用引物扩增出比细胞色素c氧化酶I号基因全序列更短的一段序列,并通过该序列进行物种鉴定、分类等研究工作。作为一项新兴技术,其优点包括,适用于部分降解的DNA样品的目的基因扩增,能够很好地解决环境混合样品多样性的调查等。但是,该技术所选DNA片段非常短,因此标记序列包含的遗传信息有限,在鉴定的精确度方面和COI全条形码存在一定的差距。本文在总结前人研究的基础上,简要概述了微型条形码技术的优缺点,并对其未来在害虫分子识别方面的应用做了初步探讨。
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关键词
微型条形码
物种鉴定
DNA降解
环境混合样品
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职称材料
DNA微型条形码和复合条形码研究进展
被引量:
6
2
作者
马兰
《农业灾害研究》
2013年第6期58-60,63,共4页
DNA微型条形码(DNA minibarcoding)是指利用标准条形码基因序列的一部分长度为100~200 bp进行鉴定物种的DNA序列.DNA复合条形码(DNA metabarcoding)是指利用高通量测序技术获得环境样本中所有物种的条形码基因序列以同时鉴定很多物...
DNA微型条形码(DNA minibarcoding)是指利用标准条形码基因序列的一部分长度为100~200 bp进行鉴定物种的DNA序列.DNA复合条形码(DNA metabarcoding)是指利用高通量测序技术获得环境样本中所有物种的条形码基因序列以同时鉴定很多物种.介绍了DNA微型条形码和复合条形码的产生背景、工作原理和应用进展,并对这2种条形码的研究前景进行了展望.
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关键词
DNA
条形码
微型条形码
复合
条形码
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职称材料
DNA条形码技术在食品鉴定中的应用
被引量:
32
3
作者
吕冬梅
黄原
+2 位作者
文慧
赵晓铃
黄冲
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第9期248-253,共6页
近年来,国内外不断出现有关食品掺假造假等食品安全问题的报道。产品与标签不符,肉类掺假,以次充好等商业欺诈问题影响着人们的利益与健康。食品掺假造假问题越来越受到重视,而传统的检测方法已不能满足食品鉴定的需要。DNA条形码技术...
近年来,国内外不断出现有关食品掺假造假等食品安全问题的报道。产品与标签不符,肉类掺假,以次充好等商业欺诈问题影响着人们的利益与健康。食品掺假造假问题越来越受到重视,而传统的检测方法已不能满足食品鉴定的需要。DNA条形码技术是从分子水平上对食品进行鉴定,弥补了传统鉴定方法的不足,其准确、高效、简单的特点为食品鉴定领域带来了新的革命。本文在简要介绍DNA条形码研究现状的基础上,主要总结目前国内外关于DNA条形码技术在食品鉴定中的应用情况,包括在渔类产品、肉类产品、可食用植物、加工食品鉴定中的应用,最后讨论DNA条形码技术在食品鉴定中的优缺点以及发展趋势。
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关键词
食品鉴定
DNA
条形码
复合
条形码
微型条形码
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职称材料
基于微型DNA条形码的多种动物源性成分的鉴定
被引量:
5
4
作者
潘艳仪
邱德义
+2 位作者
陈健
杨维东
岳巧云
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期326-332,共7页
通过分析51种动物的DNA条形码序列,新设计一对微型DNA条形码的通用引物,建立一种联合微型DNA条形码和克隆测序法对动物源性多组分样品进行准确、高效鉴定的方法。用微型DNA条形码分别鉴定11种常见食用肉类,判断其对物种鉴定的准确性,并...
通过分析51种动物的DNA条形码序列,新设计一对微型DNA条形码的通用引物,建立一种联合微型DNA条形码和克隆测序法对动物源性多组分样品进行准确、高效鉴定的方法。用微型DNA条形码分别鉴定11种常见食用肉类,判断其对物种鉴定的准确性,并比较其与标准DNA条形码对物种的鉴定效果,然后将11种常见商品肉类等比例混合,探究克隆测序法对混合肉样品的鉴定效果。结果表明:引物有较好的通用性,能对具有不同的引物同源性水平的11个物种进行有效扩增并获单一条带。微型条形码能准确鉴定11个肉类物种,与常规DNA条形码鉴定效果一致。经克隆测序法,把混合样品的9个物种一并检出,总体上达到了较高的检出效率,同时深入讨论了未能检出全部物种的原因。微型条形码良好的物种鉴定能力的研究结果为联合微型DNA条形码与二代测序技术进行混合样品中物种的高效鉴定提供参考依据。
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关键词
微型
DNA
条形码
物种鉴定
DNA
条形码
技术
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职称材料
微型DNA条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究
被引量:
2
5
作者
邢炳鹏
张稚兰
+2 位作者
王彦国
孙柔鑫
王春光
《应用海洋学学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期559-565,共7页
以台湾海峡11目38科66属85种355个鱼类样品为研究对象,选取线粒体COⅠ基因中长为313 bp的序列为微型条形码,探讨微型DNA条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。共获取355条基因序列,序列中T、C、A、G碱基的平均含量占比分别为29.50%、30....
以台湾海峡11目38科66属85种355个鱼类样品为研究对象,选取线粒体COⅠ基因中长为313 bp的序列为微型条形码,探讨微型DNA条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。共获取355条基因序列,序列中T、C、A、G碱基的平均含量占比分别为29.50%、30.10%、24.90%和15.50%;AT含量占比均高于50%。样品种内、种间、属间、科间和目间的K2P(Kimrua-2-Parameter)遗传距离分别为0.37%、18.10%、22.10%、25.40%和27.80%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的49倍,表明该微型DNA条形码可用于鱼类的分类鉴定,可有助于渔业资源调查和生物多样性保护。
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关键词
海洋生物学
海洋鱼类
COⅠ基因
微型
DNA
条形码
物种鉴定
台湾海峡
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职称材料
基于微型DNA条形码的黄粉蝶亚科的物种鉴定
被引量:
1
6
作者
孙永岭
孙颖慧
+3 位作者
赵宇
李娇
冀国澳
王莹
《山东林业科技》
2021年第5期1-6,共6页
选用黄粉蝶亚科6属38种38个样本为实验材料,采用虚拟实验(Silico analysis),从BOLD数据库中取得36个样本的序列,同时做实体实验(Empirical test),得到剩余2个样本的COI序列,将所有样本的序列分别拆成648bp、200bp、50bp 3个片段,运用MEG...
选用黄粉蝶亚科6属38种38个样本为实验材料,采用虚拟实验(Silico analysis),从BOLD数据库中取得36个样本的序列,同时做实体实验(Empirical test),得到剩余2个样本的COI序列,将所有样本的序列分别拆成648bp、200bp、50bp 3个片段,运用MEGA7.0软件构建NJ树(Neighbor-Joining,Saitou&Nei,1987),并计算出变异位点、简约位点、种内差异和种间差异;对DNA条形码(DNA Barcode)与微型DNA条形码(Minimalist-barcode)进行比较,找出各自的优缺点并探求微型DNA条形码对黄粉蝶亚科鉴定的可行性。结果表明,在鉴定黄粉蝶亚科的准确性方面,微型DNA条形码与DNA条形码基本相同,均可作为黄粉蝶亚科物种鉴定的有效依据。
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关键词
黄粉蝶亚科
DNA
条形码
微型
DNA
条形码
物种鉴定
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职称材料
中国大陆近海菖鲉属鱼类新记录种——三色菖鲉(Sebastiscus tertius)的形态特征与DNA条形码研究
被引量:
1
7
作者
贾程豪
高天翔
+1 位作者
徐胜勇
宋娜
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期1214-1221,共8页
2018年4月在浙江省舟山近海海域的渔业资源调查中采集到19尾菖鲉属鱼类标本,经鉴定发现为三色菖鲉(Sebastiscus tertius),为中国大陆近海海域的新记录种。本研究对采集到的19尾三色菖鲉标本拍摄照片并对其进行形态特征以及DNA条形码研...
2018年4月在浙江省舟山近海海域的渔业资源调查中采集到19尾菖鲉属鱼类标本,经鉴定发现为三色菖鲉(Sebastiscus tertius),为中国大陆近海海域的新记录种。本研究对采集到的19尾三色菖鲉标本拍摄照片并对其进行形态特征以及DNA条形码研究。三色菖鲉具有以下主要形态特征:背鳍数ⅩⅡ-12,胸鳍数18—19,腹鳍数Ⅰ-5,臀鳍数Ⅲ-5;第一鳃弓总鳃耙数6—7+13—17;前鳃盖骨有5枚硬棘,鳃盖骨后沿有2枚硬棘;眶前骨下后角有1枚硬棘;胸鳍处有一明显黑斑。测定了19尾标本的12S rRNA和COI序列,结合GenBank中所有学名为Sebastiscus tertius的同源序列进行分析,发现12S rRNA序列完全一致,可作为该物种的微型DNA条形码,而COI序列中所有个体明显分为两个分支,两者遗传距离达到0.044,表明两分支可能为不同的有效种。COI同源序列分析结果显示,GenBank中学名为Sebastiscus tertius的鱼种与褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)聚为一支,表明GenBank中的Sebastiscus tertius存在错误鉴定的情况。
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关键词
三色菖鲉
新记录种
形态特征
DNA
条形码
微型
DNA
条形码
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职称材料
题名
生命条形码新秀:DNA微型条形码技术
被引量:
6
1
作者
程鹏
张爱兵
机构
首都师范大学生命科学学院
出处
《生物安全学报》
2011年第1期77-80,共4页
基金
北京市自然基金重点项目(KZ201010028028)
国家自然基金面上项目(31071963)
北京市人才强教"创新团队"项目资助(PHR201107120)
文摘
近些年来,DNA条形码技术为便捷的物种鉴定提供了很大的帮助,但随着该技术的发展,也出现了一系列的问题。微型条形码技术是作为DNA条形码技术的补充而出现的一项新兴技术,具体是指通过通用引物扩增出比细胞色素c氧化酶I号基因全序列更短的一段序列,并通过该序列进行物种鉴定、分类等研究工作。作为一项新兴技术,其优点包括,适用于部分降解的DNA样品的目的基因扩增,能够很好地解决环境混合样品多样性的调查等。但是,该技术所选DNA片段非常短,因此标记序列包含的遗传信息有限,在鉴定的精确度方面和COI全条形码存在一定的差距。本文在总结前人研究的基础上,简要概述了微型条形码技术的优缺点,并对其未来在害虫分子识别方面的应用做了初步探讨。
关键词
微型条形码
物种鉴定
DNA降解
环境混合样品
Keywords
mini-barcode
species identification
DNA degradation
environmental sample
分类号
Q523 [生物学—生物化学]
S433 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
DNA微型条形码和复合条形码研究进展
被引量:
6
2
作者
马兰
机构
陕西广播电视大学工程管理教学部
出处
《农业灾害研究》
2013年第6期58-60,63,共4页
文摘
DNA微型条形码(DNA minibarcoding)是指利用标准条形码基因序列的一部分长度为100~200 bp进行鉴定物种的DNA序列.DNA复合条形码(DNA metabarcoding)是指利用高通量测序技术获得环境样本中所有物种的条形码基因序列以同时鉴定很多物种.介绍了DNA微型条形码和复合条形码的产生背景、工作原理和应用进展,并对这2种条形码的研究前景进行了展望.
关键词
DNA
条形码
微型条形码
复合
条形码
Keywords
DNA barcoding
Minibar-coding
Metabarcoding
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
DNA条形码技术在食品鉴定中的应用
被引量:
32
3
作者
吕冬梅
黄原
文慧
赵晓铃
黄冲
机构
陕西师范大学生命科学学院
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第9期248-253,共6页
基金
陕西师范大学勤助科研创新基金项目(QZZD13016)
文摘
近年来,国内外不断出现有关食品掺假造假等食品安全问题的报道。产品与标签不符,肉类掺假,以次充好等商业欺诈问题影响着人们的利益与健康。食品掺假造假问题越来越受到重视,而传统的检测方法已不能满足食品鉴定的需要。DNA条形码技术是从分子水平上对食品进行鉴定,弥补了传统鉴定方法的不足,其准确、高效、简单的特点为食品鉴定领域带来了新的革命。本文在简要介绍DNA条形码研究现状的基础上,主要总结目前国内外关于DNA条形码技术在食品鉴定中的应用情况,包括在渔类产品、肉类产品、可食用植物、加工食品鉴定中的应用,最后讨论DNA条形码技术在食品鉴定中的优缺点以及发展趋势。
关键词
食品鉴定
DNA
条形码
复合
条形码
微型条形码
Keywords
food identification
DNA barcoding
meta-barcoding
mini-barcoding
分类号
TS201.6 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
基于微型DNA条形码的多种动物源性成分的鉴定
被引量:
5
4
作者
潘艳仪
邱德义
陈健
杨维东
岳巧云
机构
暨南大学生命科学技术学院
中山出入境检验检疫局检验检疫技术中心
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第10期326-332,共7页
基金
"十三五"国家重点研发计划重点专项(2016YFF0203205)
国家质量监督检验检疫总局科技计划项目(2017IK165)
广东检验检疫局科技计划项目(2017GDK63)
文摘
通过分析51种动物的DNA条形码序列,新设计一对微型DNA条形码的通用引物,建立一种联合微型DNA条形码和克隆测序法对动物源性多组分样品进行准确、高效鉴定的方法。用微型DNA条形码分别鉴定11种常见食用肉类,判断其对物种鉴定的准确性,并比较其与标准DNA条形码对物种的鉴定效果,然后将11种常见商品肉类等比例混合,探究克隆测序法对混合肉样品的鉴定效果。结果表明:引物有较好的通用性,能对具有不同的引物同源性水平的11个物种进行有效扩增并获单一条带。微型条形码能准确鉴定11个肉类物种,与常规DNA条形码鉴定效果一致。经克隆测序法,把混合样品的9个物种一并检出,总体上达到了较高的检出效率,同时深入讨论了未能检出全部物种的原因。微型条形码良好的物种鉴定能力的研究结果为联合微型DNA条形码与二代测序技术进行混合样品中物种的高效鉴定提供参考依据。
关键词
微型
DNA
条形码
物种鉴定
DNA
条形码
技术
Keywords
mini-DNA barcode
species identification
DNA barcode technique
分类号
Q959 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
微型DNA条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究
被引量:
2
5
作者
邢炳鹏
张稚兰
王彦国
孙柔鑫
王春光
机构
自然资源部第三海洋研究所
出处
《应用海洋学学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期559-565,共7页
基金
自然资源部第三海洋研究所基本科研经费资助项目(海三科2017009,海三种2013016)
自然资源部海洋生态环境科学与工程重点实验室资助项目(MESE-2017-04)。
文摘
以台湾海峡11目38科66属85种355个鱼类样品为研究对象,选取线粒体COⅠ基因中长为313 bp的序列为微型条形码,探讨微型DNA条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。共获取355条基因序列,序列中T、C、A、G碱基的平均含量占比分别为29.50%、30.10%、24.90%和15.50%;AT含量占比均高于50%。样品种内、种间、属间、科间和目间的K2P(Kimrua-2-Parameter)遗传距离分别为0.37%、18.10%、22.10%、25.40%和27.80%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的49倍,表明该微型DNA条形码可用于鱼类的分类鉴定,可有助于渔业资源调查和生物多样性保护。
关键词
海洋生物学
海洋鱼类
COⅠ基因
微型
DNA
条形码
物种鉴定
台湾海峡
Keywords
marine biology
marine fish
COⅠgene
mini-DNA barcoding
species identification
Taiwan Strait
分类号
P735 [天文地球—海洋生物学]
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职称材料
题名
基于微型DNA条形码的黄粉蝶亚科的物种鉴定
被引量:
1
6
作者
孙永岭
孙颖慧
赵宇
李娇
冀国澳
王莹
机构
德州学院生命科学学院
出处
《山东林业科技》
2021年第5期1-6,共6页
基金
国家自然科学基金项目(32000323)
德州学院2019年度培育基金项目(2019xjpy01)
+3 种基金
德州学院横向课题项目(kjxz2013010)
山东省动物抗性生物学重点实验室开放课题(2017KF06)
2019年德州学院校级教学改革项目(JG2019032)
国家大学生创新创业训练计划项目(S202010448006,201910448010X)。
文摘
选用黄粉蝶亚科6属38种38个样本为实验材料,采用虚拟实验(Silico analysis),从BOLD数据库中取得36个样本的序列,同时做实体实验(Empirical test),得到剩余2个样本的COI序列,将所有样本的序列分别拆成648bp、200bp、50bp 3个片段,运用MEGA7.0软件构建NJ树(Neighbor-Joining,Saitou&Nei,1987),并计算出变异位点、简约位点、种内差异和种间差异;对DNA条形码(DNA Barcode)与微型DNA条形码(Minimalist-barcode)进行比较,找出各自的优缺点并探求微型DNA条形码对黄粉蝶亚科鉴定的可行性。结果表明,在鉴定黄粉蝶亚科的准确性方面,微型DNA条形码与DNA条形码基本相同,均可作为黄粉蝶亚科物种鉴定的有效依据。
关键词
黄粉蝶亚科
DNA
条形码
微型
DNA
条形码
物种鉴定
Keywords
Colia dinae
DNA Barcode
Minimalist-barcode
species identification
分类号
Q969.42 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
中国大陆近海菖鲉属鱼类新记录种——三色菖鲉(Sebastiscus tertius)的形态特征与DNA条形码研究
被引量:
1
7
作者
贾程豪
高天翔
徐胜勇
宋娜
机构
中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室
浙江海洋大学水产学院
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期1214-1221,共8页
基金
国家重点研发计划,2019YFD0901301号
国家自然科学基金项目,41776171号。
文摘
2018年4月在浙江省舟山近海海域的渔业资源调查中采集到19尾菖鲉属鱼类标本,经鉴定发现为三色菖鲉(Sebastiscus tertius),为中国大陆近海海域的新记录种。本研究对采集到的19尾三色菖鲉标本拍摄照片并对其进行形态特征以及DNA条形码研究。三色菖鲉具有以下主要形态特征:背鳍数ⅩⅡ-12,胸鳍数18—19,腹鳍数Ⅰ-5,臀鳍数Ⅲ-5;第一鳃弓总鳃耙数6—7+13—17;前鳃盖骨有5枚硬棘,鳃盖骨后沿有2枚硬棘;眶前骨下后角有1枚硬棘;胸鳍处有一明显黑斑。测定了19尾标本的12S rRNA和COI序列,结合GenBank中所有学名为Sebastiscus tertius的同源序列进行分析,发现12S rRNA序列完全一致,可作为该物种的微型DNA条形码,而COI序列中所有个体明显分为两个分支,两者遗传距离达到0.044,表明两分支可能为不同的有效种。COI同源序列分析结果显示,GenBank中学名为Sebastiscus tertius的鱼种与褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)聚为一支,表明GenBank中的Sebastiscus tertius存在错误鉴定的情况。
关键词
三色菖鲉
新记录种
形态特征
DNA
条形码
微型
DNA
条形码
Keywords
Sebastiscus tertius
new record species
morphological characters
DNA barcoding
DNA mini-barcoding
分类号
Q178.53 [生物学—水生生物学]
S932.4 [农业科学—渔业资源]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
生命条形码新秀:DNA微型条形码技术
程鹏
张爱兵
《生物安全学报》
2011
6
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职称材料
2
DNA微型条形码和复合条形码研究进展
马兰
《农业灾害研究》
2013
6
在线阅读
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职称材料
3
DNA条形码技术在食品鉴定中的应用
吕冬梅
黄原
文慧
赵晓铃
黄冲
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
32
在线阅读
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职称材料
4
基于微型DNA条形码的多种动物源性成分的鉴定
潘艳仪
邱德义
陈健
杨维东
岳巧云
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
5
微型DNA条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究
邢炳鹏
张稚兰
王彦国
孙柔鑫
王春光
《应用海洋学学报》
CSCD
北大核心
2020
2
在线阅读
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职称材料
6
基于微型DNA条形码的黄粉蝶亚科的物种鉴定
孙永岭
孙颖慧
赵宇
李娇
冀国澳
王莹
《山东林业科技》
2021
1
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职称材料
7
中国大陆近海菖鲉属鱼类新记录种——三色菖鲉(Sebastiscus tertius)的形态特征与DNA条形码研究
贾程豪
高天翔
徐胜勇
宋娜
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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