基于弹性网络模型的麦芽糖转运蛋白功能残基的识别

1

作者 周晓峰 谢小露 +4 位作者 张蕾 李春华 楼姣英 刘乃波 丁振山 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1311-1317,共7页

基于弹性网络模型的热力学方法,识别出麦芽糖转运蛋白质体系中的关键残基,探讨了麦芽糖转运蛋白内长程协同效应,研究结果有助于更好地理解该转运体系发挥生物学功能的分子机制.

关键词 麦芽糖转运蛋白 弹性网络模型 热力学循环 变构效应 功能残基

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基于弹性网络模型的细胞色素c折叠核的识别研究

2

作者 苏计国 郝锐 《燕山大学学报》 CAS 2012年第5期465-470,共6页

来自细菌的细胞色素c与来自马的细胞色素c具有很高的序列和结构相似性,但是二者的折叠/去折叠路径及折叠核的位置具有很大的差异,导致这种差异的原因目前并不清楚。本文采用迭代的高斯网络方法研究了上述两个蛋白的去折叠过程,并成功识... 来自细菌的细胞色素c与来自马的细胞色素c具有很高的序列和结构相似性,但是二者的折叠/去折叠路径及折叠核的位置具有很大的差异,导致这种差异的原因目前并不清楚。本文采用迭代的高斯网络方法研究了上述两个蛋白的去折叠过程,并成功识别出两个体系的折叠核位置,与实验很好地吻合。结果表明,两个体系拓扑结构的差异是导致二者折叠特征和折叠核位置不同的主要原因。 展开更多

关键词 细胞色素C 折叠核 弹性网络模型 拓扑结构

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基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

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作者 丁喜峰 米春霖 +2 位作者 陈慰祖 苏计国 王存新 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1787-1793,共7页

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中... 蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等. 展开更多

关键词 蛋白质结构-功能关系 弹性网络模型 正则模分析 功能性运动 关键位点

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基于弹性网络模型的蛋白质变构路径与关键残基识别研究

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作者 李娇 王韦卜 苏计国 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1325-1333,共9页

目的 变构效应在蛋白质生物学功能执行过程中发挥着重要的调控作用,如何基于蛋白质空间结构,有效识别变构信号的传播路径和关键的残基位点是蛋白质结构-功能关系研究领域的热点科学问题。方法 本研究利用基于弹性网络模型(elastic netwo... 目的 变构效应在蛋白质生物学功能执行过程中发挥着重要的调控作用,如何基于蛋白质空间结构,有效识别变构信号的传播路径和关键的残基位点是蛋白质结构-功能关系研究领域的热点科学问题。方法 本研究利用基于弹性网络模型(elastic network model,ENM)的力分布计算方法,通过分析蛋白质对外力的响应过程,来识别体系的变构路径以及变构过程中的关键残基。在该方法中,对蛋白质的关键变构位点施加外力,通过对体系形变以及内力分布情况的分析,有效识别与外力承载区域形变相耦合的关键残基,从而得到力信号在蛋白质结构内的传播路径。结果 利用该方法研究了人类磷酸甘油酸激酶(human phosphoglycerate kinase,h PGK)和蛋白质酪氨酸磷酸酶(protein tyrosine phosphatase,PTP) PDZ2结构域的变构调控路径和关键残基。对于h PGK,识别出从底物结合位点到铰链区的两条变构信号传导路径。对于PTP PDZ2,也成功识别出从配体结合位点传递到蛋白质远端的两条长程变构调控路径。计算结果与实验和分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟得到的结果一致。结论 本研究为蛋白质体系关键残基识别及变构路径研究提供了有效的分析方法。 展开更多

关键词 人类磷酸甘油酸激酶 酪氨酸磷酸酶PDZ2结构域 弹性网络模型 力分布 关键残基 变构路径

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基于弹性网络回归的实际采暖热指标估算方法 被引量：4

5

作者 康敬德 黄嘉驷 +8 位作者 乔磊 李杰 孙鹏 贺凯 刘圣冠 尚海军 王钰泽 史耀辉 宋佳怡 《热力发电》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期114-123,共10页

为满足热电联产企业估算区域热负荷的需求,提出一种使用弹性网络回归模型的估算方法。首先对实际采暖热指标的影响因素进行分析,确定模型的输入参数;然后以西安市123个小区2022—2023年采暖季的实际运行数据为基础建立估算模型,并证明... 为满足热电联产企业估算区域热负荷的需求,提出一种使用弹性网络回归模型的估算方法。首先对实际采暖热指标的影响因素进行分析,确定模型的输入参数;然后以西安市123个小区2022—2023年采暖季的实际运行数据为基础建立估算模型,并证明该模型相较于Lasso回归和岭回归模型的拟合优度分别提高了3.88%和4.22%;最后从多角度选取西安市部分小区相关数据构成验证集对弹性网络回归模型进行验证。验证结果表明:弹性网络回归模型综合了Lasso回归和岭回归的优点,模型的均方根误差和拟合优度分别为1.150和0.953,相较于传统模型能在符合热负荷需求的同时降低4%的能源消耗。说明该方法能准确估算不同参数条件下的实际采暖热指标,可以满足热电联产企业的实际需求。 展开更多

关键词 热电联产 实际采暖热指标 弹性网络回归模型 热负荷估算

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基于计量数据超分辨重构接线错误漏电用户快速定位方法 被引量：1

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作者 魏洪吉 陈超强 +2 位作者 苏盛 邓乐 陈凤 《仪器仪表学报》 北大核心 2025年第4期88-101,共14页

低压配电台区中用户零线、地线接线错误漏电故障多发,易酿成人身触电伤亡事故。目前基于多元回归分析的方法虽已应用在定位接线错误漏电故障用户,但受制于台区电流监测设备采样频率不足,存在定位时效性差的固有缺陷。于是提出基于计量... 低压配电台区中用户零线、地线接线错误漏电故障多发,易酿成人身触电伤亡事故。目前基于多元回归分析的方法虽已应用在定位接线错误漏电故障用户,但受制于台区电流监测设备采样频率不足,存在定位时效性差的固有缺陷。于是提出基于计量数据超分辨重构的接线错误漏电用户快速定位方法,通过实现低分辨率数据的重构,突破传统方法在时间分辨率层面的技术瓶颈。首先分析接线错误漏电故障时台区剩余电流的构成,明确台区剩余电流与用户负荷电流的关联特性。继而系统评估传统多元线性回归,Lasso回归,岭回归以及弹性网络回归模型的泛化性能差异,揭示自变量共线性对参数估计稳定性的影响。进一步将时序电流数据映射为二维特征图像,采用增强型超分辨生成对抗网络(ESRGAN)模型进行超分辨重构,通过均方根误差、峰值信噪比与结构相似性指数多维度验证数据重构质量。最终使用重构的高分辨率数据建立弹性网络回归模型定位接线错误漏电用户。基于实验室仿真平台与现场实测数据的对比分析表明所提方法数据重构质量更高,模型拟合程度和接线错误漏电用户定位准确率更高,且故障定位时间与传统方法相比成倍数缩短。 展开更多

关键词 接线错误 多元回归分析 定位时效性 数据重构 生成对抗网络 弹性网络回归模型

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网络口碑对网络销售农产品的作用机理——基于“天猫”某品牌茶叶销售的实证研究 被引量：11

7

作者 王克喜 崔准 《农林经济管理学报》 CSSCI 2014年第2期186-191,共6页

以网络广泛销售的农产品———茶叶为研究对象,在收集并处理网上顾客评论数据的基础上,探究网络口碑对这类农产品线上销售的作用机理。在控制相关内生性因素的前提下,建立农产品网络口碑弹性模型EK,并对面板数据进行分位数回归分析。结... 以网络广泛销售的农产品———茶叶为研究对象,在收集并处理网上顾客评论数据的基础上,探究网络口碑对这类农产品线上销售的作用机理。在控制相关内生性因素的前提下,建立农产品网络口碑弹性模型EK,并对面板数据进行分位数回归分析。结果表明,在农产品网络销售中,网络口碑数量、评分及产品价格对农产品的销售都有显著影响。在不同销量分位数下,各变量对销量的影响不同:口碑数量的弹性趋势相对平稳;口碑评分弹性则呈现出不规则的U型趋势;价格的弹性值均为负,整体走势趋于缓慢上升。 展开更多

关键词 网络口碑 农产品网络销售 分位数回归 elastic model of electronic WORD-OF-MOUTH ( EK)

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人分泌型磷脂酶A2-ⅡA的功能性动力学特征研究 被引量：1

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作者 张珊 巩卫康 +1 位作者 张娜 李春华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1318-1324,共7页

目的 人分泌型磷脂酶A-ⅡA (secretory phospholipase Agroup ⅡA,sPLA-ⅡA)在调节细胞脂质代谢和信号传导中具有重要作用,参与了多种急、慢性炎症反应。研究其动力学和变构与功能的关系具有重要意义。方法 利用弹性网络模型(elastic ne... 目的 人分泌型磷脂酶A-ⅡA (secretory phospholipase Agroup ⅡA,sPLA-ⅡA)在调节细胞脂质代谢和信号传导中具有重要作用,参与了多种急、慢性炎症反应。研究其动力学和变构与功能的关系具有重要意义。方法 利用弹性网络模型(elastic network model, ENM)、微扰响应扫描(perturbation-response scanning, PRS)和蛋白质结构网络(protein structure network,PSN)方法对来自人sPLA-ⅡA的31个分子的结构动力学和变构效应进行分析,并探索其动力学共性和特异性与功能的关系。结果 结果表明,对酶的催化和结构稳定起关键作用的催化残基和参与二硫键形成的半胱氨酸残基具有低运动性,这是对酶共有功能的要求;而涉及与钙离子或膜结合的5个结构区域具有高运动性,它们体现了酶成员的特异性。另外,高运动性区域在PRS分析中显示出对外界微扰响应的高敏感性,表明其在变构调节中起重要作用,而低敏感性残基则在维持结构稳定方面发挥了重要作用。残基运动相关性分析发现,人sPLA分子催化位点周围的强相关运动有利于酶催化功能的发挥。结论 本研究有助于深入理解人sPLA-ⅡA成员分子的动力学及功能性变构机制,可为药物设计和准确设计具有精细调节活性的蛋白质提供指导。 展开更多

关键词 人分泌型磷脂酶A2-ⅡA(sPLA2-ⅡA) 弹性网络模型 微扰响应扫描 结构动力学 变构机制

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基于卡尔曼滤波的矿井移动节点定位算法研究 被引量：44

9

作者 王建平 徐恒 李奇越 《电子测量与仪器学报》 CSCD 2013年第2期120-126,共7页

提出了一种基于无线传感器网络的矿井移动节点的定位算法。针对井下环境特征,巷道纵横交错,移动节点数量庞大以及无规律移动的特殊复杂情况,提出了一种卡尔曼滤波测距预估和弹性粒子模型相结合的定位算法。该算法采用卡尔曼滤波器对RSS... 提出了一种基于无线传感器网络的矿井移动节点的定位算法。针对井下环境特征,巷道纵横交错,移动节点数量庞大以及无规律移动的特殊复杂情况,提出了一种卡尔曼滤波测距预估和弹性粒子模型相结合的定位算法。该算法采用卡尔曼滤波器对RSSI信号强度进行滤波和测距预估,建立弹性粒子网络模型对移动节点定位准确度进行校正,实现了矿井移动节点的实时精确定位。通过仿真实验表明,该算法误差小,精确度高,适合用于井下大规模的移动节点的定位。 展开更多

关键词 无线传感器网络 矿井移动节点定位 卡尔曼滤波 弹性粒子网络模型

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蛋白质折叠的计算机模拟研究进展

10

作者 苏计国 王韦卜 +1 位作者 陈慰祖 王存新 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1818-1827,共10页

蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在... 蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用. 展开更多

关键词 蛋白质折叠 分子动力学模拟 Gō模型 弹性网络模型

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蛋白质分子机器结构的特性分析及去折叠研究 被引量：1

11

作者 张莉莉 蒋益锋 +2 位作者 谢良旭 孔韧 常珊 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2022年第5期1126-1133,共8页

分子机器是指由分子尺度的物质构成且能行使某种加工功能的机器,主要构件是蛋白质等生物分子。三维空间结构决定了蛋白质的相关特性和功能,理解蛋白质的氨基酸(残基)序列如何折叠成特定的三维空间结构,即蛋白质结构的折叠机制及其特性... 分子机器是指由分子尺度的物质构成且能行使某种加工功能的机器,主要构件是蛋白质等生物分子。三维空间结构决定了蛋白质的相关特性和功能,理解蛋白质的氨基酸(残基)序列如何折叠成特定的三维空间结构,即蛋白质结构的折叠机制及其特性对于分子机器的研究具有重要意义。因此,使用一种快速简单的研究蛋白质结构折叠机制信息的模拟方法很有必要。本文主要基于蛋白质的自然状态拓扑,采用高斯网络模型研究了蛋白质GB1,分析了其结构特性及其结构的展开过程,与相关实验和分子动力学模拟数据吻合良好,表明该弹性网络模型适用于蛋白质结构的研究。 展开更多

关键词 蛋白质 弹性网络模型 结构特性 去折叠 GB1

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