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一种基于表达序列标签(EST)的新型目标分子标记技术——保守区域扩增多态性(CoRAP) 被引量:3
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作者 熊发前 唐荣华 +5 位作者 庄伟建 蒋菁 钟瑞春 韩柱强 贺梁琼 李忠 《广西农业科学》 CAS CSCD 2010年第2期100-103,共4页
CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度... CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度为52℃的常规3步法PCR程序下,扩增产生偏向表达序列标签附近区域的显性或共显性标记。该分子标记可以作为SRAP、TRAP标记有效补充的目标分子标记新技术,在生物多样性分析、遗传图谱构建、重要性状基因标记、QTL定位及分子标记辅助育种等方面均有较大的应用潜力。 展开更多
关键词 保守区域扩增多态性(CoRAP) 目标分子标记 表达序列标签(est) 内含子多态性
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基于表达序列标签(EST)的基因克隆和基因表达分析研究进展 被引量:7
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作者 杨克强 王跃进 +3 位作者 张今今 王西平 张剑侠 万怡震 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2002年第4期141-145,共5页
表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ... 表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用 展开更多
关键词 表达序列标签 (est) 基因克隆 基因表达
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表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用 被引量:14
3
作者 李虹 卢孟柱 蒋湘宁 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2004年第6期804-809,共6页
简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展... 简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 表达序列标签 林木研究 est 基因表达 基因芯片 分子标记 遗传图谱
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苎麻茎皮表达序列标签(ESTs)分析 被引量:3
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作者 佘玮 邢虎成 +2 位作者 秦占军 罗中钦 揭雨成 《热带作物学报》 CSCD 2008年第2期198-201,共4页
以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基... 以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基因的EST91条,已知EST37条,新的EST147条,具已知或推测功能的ESTs大致分为9类,其中与蛋白质合成有关的ESTs所占比例最大。cDNA文库的构建和ESTs分析为苎麻功能基因组学研究提供了一条方便快捷的途径。 展开更多
关键词 苎麻 茎皮 表达序列标签(est)
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新疆雪莲全长cDNA文库构建及表达序列标签(ESTs)特性分析 被引量:7
5
作者 王博 艾秀莲 +2 位作者 王志方 李芳 罗明 《新疆农业科学》 CAS CSCD 2008年第1期56-60,共5页
以野生新疆雪莲(Saussurea involucrata Kar.et Kit)为研究材料,利用Creator SMARTTMcDNA Library Construction技术构建了雪莲全长cDNA文库,从野生雪莲中提取总RNA和mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链。通过长距离PCR扩增得到足够... 以野生新疆雪莲(Saussurea involucrata Kar.et Kit)为研究材料,利用Creator SMARTTMcDNA Library Construction技术构建了雪莲全长cDNA文库,从野生雪莲中提取总RNA和mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链。通过长距离PCR扩增得到足够量的双链cDNA。将SfiⅠ酶切后并纯化的cDNA片段连接到经SfiⅠ酶切的噬菌体λTripIEX2上,并对噬菌体进行包装,建成cDNA的全长库。经大肠杆菌XL1-Blue平板检测,原始文库滴度达4.03×107(pfu/mL)。随机挑选500个克隆进行序列测定,PCR鉴定结果显示多数插入片段均在500 bp以上。将所测序列经GenBank检索和生物信息学比较,共有56个序列为非冗余数据。其中有14个cDNA片段序列在GenBank上无明显的同源性,42个片段与已报道的基因有较高的同源性。这些EST数据为进一步筛选和克隆雪莲特异性表达基因提供了材料平台,为雪莲基因组数据增补了大量信息。 展开更多
关键词 新疆雪莲 CDNA文库 λTirpLEx2 表达序列标签
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植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展 被引量:84
6
作者 骆蒙 贾继增 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期494-497,共4页
植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0~ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物... 植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0~ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询。 展开更多
关键词 植物基因组 表达序列标签 生物信息学
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美洲黑杨雄性花芽cDNA克隆测序及表达序列标签(ESTs)特性分析 被引量:4
7
作者 周祥明 张冰玉 +4 位作者 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期37-41,共5页
采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,... 采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。 展开更多
关键词 美洲黑杨 雄性花芽 CDNA文库 表达序列标签
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表达序列标签(EST)分析及藻类EST文库的研究进展 被引量:3
8
作者 陈卓 刘杰 +4 位作者 钱万强 孙杰 沈继红 林学政 王能飞 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第5期1934-1936,1971,共4页
随着生物信息学的发展,表达序列标签(EST)在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对... 随着生物信息学的发展,表达序列标签(EST)在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 表达序列标签 藻类 est文库
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表达序列标签(EST)在基因组学研究中的应用 被引量:24
9
作者 万海伟 杜立新 《生物技术通报》 CAS CSCD 2004年第1期35-38,34,共5页
表达序列标签 (expressedsequencetags)是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本文对EST的产生、概念。
关键词 表达序列标签 基因组学 生物信息学 技术原理
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大规模筛选表达序列标签(ESTs)方法的改进 被引量:1
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作者 刘伟 邵菁 +2 位作者 庞宏 张锡然 曹祥荣 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第24期7410-7411,共2页
介绍一种改进的大规模ESTs筛选的方法。以SMARTTM cDNA Library Construction Kit所构建的毛冠鹿大脑cDNA文库为研究材料,基于该文库噬菌体可自发转化为质粒的特点,直接把噬菌体文库转化为质粒文库。随机选取平板中转化后的质粒cDNA文... 介绍一种改进的大规模ESTs筛选的方法。以SMARTTM cDNA Library Construction Kit所构建的毛冠鹿大脑cDNA文库为研究材料,基于该文库噬菌体可自发转化为质粒的特点,直接把噬菌体文库转化为质粒文库。随机选取平板中转化后的质粒cDNA文库克隆,振荡培养后运用菌液电泳的方法代替传统的PCR筛选法,对重组克隆进行筛选。改进的菌液电泳法可以准确鉴定出重组的质粒,并估计出插入片段的大小。该方法能更好地保持SMARTTM cDNA Library Construction Kit所构建文库的完整性,是一种简单、高效、适用于大规模表达序列标签筛选的有效方法。 展开更多
关键词 CDNA文库 表达序列标签 菌液电泳 筛选
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应用生物信息学技术对植物表达序列标签(EST)的大规模分析 被引量:1
11
作者 汤继凤 曹永生 黎裕 《生物技术通报》 CAS CSCD 2003年第6期32-36,41,共6页
目前 ,一些基因组较小的植物 (如拟南芥 ,水稻等 )的全基因组已经基本完成测序 ,较大基因组的测序工作则主要集中在基因组中表达基因的测序上 ,表达序列标签 (EST)计划由此产生。研究表明 ,对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究... 目前 ,一些基因组较小的植物 (如拟南芥 ,水稻等 )的全基因组已经基本完成测序 ,较大基因组的测序工作则主要集中在基因组中表达基因的测序上 ,表达序列标签 (EST)计划由此产生。研究表明 ,对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究的最佳途经之一。本文着重介绍和讨论应用生物信息学技术对植物EST数据的大规模分析。 展开更多
关键词 生物信息学 植物 表达 序列标签 大规模分析
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表达序列标签(ESTs)及其数据库 被引量:1
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作者 徐琪 肖小珺 +1 位作者 刘博 盛浩伟 《吉林畜牧兽医》 2003年第10期3-5,共3页
表达序列标签(EST)是在生物体中表达基因的一段cDNA序列,它已成为基因定位、基因克 隆、基因表达序列分析的有力工具。本文主要介绍了EST的制备方法,EST数据库,同时分析了EST在应 用中应解决的问题,并展望了其应用前景。
关键词 表达序列标签 est数据库 CDNA 基因定位 基因克隆
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表达序列标签(ESTS)及其应用 被引量:3
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作者 宋宇轩 曹斌云 《家畜生态》 2004年第4期152-155,共4页
 表达序列标签(ESTS)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3′或5′端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列,一般长度为300~500bp。要有效获取ESTS,必须对cDNA文库进行预处理,处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法。在dbEST...  表达序列标签(ESTS)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3′或5′端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列,一般长度为300~500bp。要有效获取ESTS,必须对cDNA文库进行预处理,处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法。在dbEST中收录了大量各种生物的ESTS。ESTS广泛应用于鉴定基因、发现新基因、电子克隆、构建遗传学图谱、制备DNA芯片、分子标记、研究基因的差异表达及检验病原微生物等方面。 展开更多
关键词 表达序列标签 est CDNA文库 电子克隆 差异显示 cDNA库 新基因 分子标记 病原微生物 应用
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表达序列标签(EST)及其在抗孢囊线虫大豆研究中的应用 被引量:1
14
作者 毕影东 郭东林 +4 位作者 杨冬鹤 徐香玲 李集临 王晓萍 柏永军 《黑龙江农业科学》 2006年第3期90-94,共5页
表达序列标签(expressed sequence tags,EST)是一种快捷、高效地揭示基因组信息的方法。本文对EST概念、技术原理及其在基因组研究中的应用和进展等方面内容进行了综述,并对EST在大豆基因组研究和抗孢囊线虫大豆研究中的应用进展作一介绍。
关键词 表达序列标签 大豆 抗孢囊线虫
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中国卤虫(Artemia sinica)早期胚胎发育相关基因表达序列标签(ESTs)分析
15
作者 侯林 邹向阳 +5 位作者 姚锋 林盛国 徐明玉 陈志娟 姜丽娟 孙文静 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期139-144,共6页
以mRNA差异显示技术分析了中国两性生殖卤虫早期胚胎发育相关基因的表达序列标签(ESTs),共回收了2000条差异条带并进行了克隆、测序,在GenBank/DDBJ/EMBL数据库中用BLASTX和BLASTN软件分别与NCBI上的非冗余核酸序列数据库进行同源性比对... 以mRNA差异显示技术分析了中国两性生殖卤虫早期胚胎发育相关基因的表达序列标签(ESTs),共回收了2000条差异条带并进行了克隆、测序,在GenBank/DDBJ/EMBL数据库中用BLASTX和BLASTN软件分别与NCBI上的非冗余核酸序列数据库进行同源性比对,得到分值较高、长度在100bp—2kb以内的ESTs序列133条。所发现的133条ESTs的生物学功能分类为:能量代谢占24%、细胞生长、分裂相关基因占23%、RNA相关占17%、体节形成占12%、蛋白质合成占3%、转录因子占3%、离子转运占5%、细胞信号转导占4%、未知占9%。对所发现的ESTs进行了RT-PCR测定,排除假阳性能够提供足够数量的信息用于获取其全长cDNA,进而获得其全长基因序列以用于功能研究。另外,研究发现了包括小热休克蛋白基因家族、Hox基因家族的abdA和Dfd基因、A-trh基因(排盐器官及盐调节基因)、HIF(缺氧诱导因子)、CK-M2(肌肉型磷酸激酶基因)和GRP基因(富甘氨酸蛋白基因)等20个具有明显功能的相关基因的ESTs和完整基因序列和开放阅读框(ORF)。经初步推断这些ESTs和基因的功能大多为与卤虫发育的生理、生化相关的基因有关。所研究的133条ESTs基本代表了卤虫早期胚胎发育相关功能基因的表达谱。 展开更多
关键词 中国卤虫 早期胚胎发育相关基因 表达序列标签
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基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展 被引量:90
16
作者 李永强 李宏伟 +1 位作者 高丽锋 何蓓如 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2004年第1期91-95,共5页
作为一种新型分子标记 ,EST SSR来自表达基因 ,因而除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外 ,可能与基因功能表达具有直接或间接关系 ,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。本文综述了近几年来EST SSR用于遗传图谱构建、基因定位。
关键词 表达序列标签 微卫星标记 est-SSRS 分子标记 表达基因 遗传
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溶藻弧菌诱导凡纳滨对虾消减文库的构建及其表达序列标签分析 被引量:7
17
作者 蔡小辉 鲁义善 +3 位作者 吴灶和 简纪常 王蓓 蔡双虎 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期157-163,共7页
利用抑制消减杂交技术构建了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)诱导的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)血淋巴细胞cDNA文库。用DNAMAN5.2.2软件对560条高质量的ESTs进行聚类,共获得239个Unigenes。与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,... 利用抑制消减杂交技术构建了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)诱导的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)血淋巴细胞cDNA文库。用DNAMAN5.2.2软件对560条高质量的ESTs进行聚类,共获得239个Unigenes。与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,其中66.9%为已知功能基因,33.1%为未知功能基因,GO分类将其分为7类,包括能量和基础代谢类相关的基因为第一大类占36%,免疫相关基因占15%,其他基因占8%,信号转导类占3%,抗氧化酶和凋亡相关蛋白均为2%,核蛋白类占1%。实验结果表明凡纳滨对虾在溶藻弧菌诱导下可产生一系列特异基因的表达,通过对文库的分析显示,基于PCR方法建立的SSH文库为取得大量免疫相关基因的ESTs序列提供了可能。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 溶藻弧菌 抑制消减杂交(SSH) 表达序列标签(est)
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茶树新梢cDNA克隆测序和表达序列标签(ESTs)特性分析
18
《中国茶叶》 2005年第4期51-51,共1页
采用定向克隆法,构建了茶树[Camellia sinersis(L.)O.Kuntze]龙井43和安吉白茶新梢cDNA文库。对龙井43cDNA文库共4320个克隆的序列进行了测定,获得有用序列2963个,其中空载体和去除载体后序列短于150bp的416个,重复的有863个,首... 采用定向克隆法,构建了茶树[Camellia sinersis(L.)O.Kuntze]龙井43和安吉白茶新梢cDNA文库。对龙井43cDNA文库共4320个克隆的序列进行了测定,获得有用序列2963个,其中空载体和去除载体后序列短于150bp的416个,重复的有863个,首批共获得1684个茶树ESTs。绝大部分ESTs的长度在300~700bp之间,平均为478bp。 展开更多
关键词 茶树 新梢 CDNA克隆 序列分析 表达序列标签
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金钱鱼毒腺cDNA表达文库的构建及EST序列分析 被引量:9
19
作者 陈慧萍 姜孝玉 +4 位作者 涂洪斌 杜晶春 卫剑文 杨文利 徐安龙 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期166-170,共5页
以金钱鱼 (Scatophagusargus)毒腺为出发材料 ,构建以真核表达载体pcDNA3 0为基础的金钱鱼毒腺cDNA表达文库 .应用SMARTTM cDNALibraryConstruction技术和生物信息学分析等方法 ,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析 ,获得了 ... 以金钱鱼 (Scatophagusargus)毒腺为出发材料 ,构建以真核表达载体pcDNA3 0为基础的金钱鱼毒腺cDNA表达文库 .应用SMARTTM cDNALibraryConstruction技术和生物信息学分析等方法 ,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析 ,获得了 2 0 1个金钱鱼新表达序列标签 (ESTs) ,其中已确定全长cDNA的克隆有 2 7个 ,包括多个核糖体大小亚基蛋白 (ribosomalprotein)、细胞凋亡相关蛋白 (programmedcelldeath 10 ) ,G蛋白信号调控子 (Gproteinsignalingregulator)、胸腺素(thymosinbeta 4 )、延伸因子 (translationelongationfactor 1 alpha)和泛素 (ubiquitin)等 .金钱鱼毒腺cDNA表达文库的成功构建 ,为研究金钱鱼毒腺的活性组分及其作用机制奠定了基础 。 展开更多
关键词 金钱鱼 毒腺 CDNA 表达文库 est 序列分析 功能基因
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表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析 被引量:13
20
作者 钱骏 董利 +6 位作者 张必成 王洁如 周鸣 李忠花 李伟芳 李小玲 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期323-327,共5页
UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGen... UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 . 展开更多
关键词 表达序列标签 数据库搜索 小鼠 UBAP1基因 数字化表达分析 鼻咽癌 组织表达 基因克隆
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