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布鲁克海文蛋白质数据库结构分析
1
作者 朱丽萍 周果宏 《首都医科大学学报》 CAS 2001年第1期87-90,共4页
关键词 布鲁克海文蛋白质数据库 结构分析 文件结构 大分子结构
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利用自建的活性肽数据库搜寻食物蛋白质中潜在的生物活性肽 被引量:16
2
作者 黎观红 乐国伟 +1 位作者 施用晖 乐小良 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期85-88,共4页
利用MicrosoftOffice 2 0 0 0中的Access数据库软件建立了一个生物活性肽数据库 ,该数据库系统由生物活性肽序列及其相关信息子库、常见食物蛋白质序列子库和蛋白水解酶信息子库构成。同时数据库中引入了序列比对和酶解位点预测等 2个... 利用MicrosoftOffice 2 0 0 0中的Access数据库软件建立了一个生物活性肽数据库 ,该数据库系统由生物活性肽序列及其相关信息子库、常见食物蛋白质序列子库和蛋白水解酶信息子库构成。同时数据库中引入了序列比对和酶解位点预测等 2个自编程序 ,利用该程序可分别用来寻找蛋白质中存在的生物活性肽片段或可能含有具有某种功能的生物活性肽的蛋白质及寻找把蛋白质中潜在的生物活性肽从该蛋白质中释放出来的适宜的酶。该数据库还具有数据的输入、修改删除、查询检索等功能。 展开更多
关键词 食物 蛋白质 生物活性肽 活性肽数据库 营养学 序列比对 酶解位点预测
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高血压相关基因和蛋白质数据库的初构 被引量:4
3
作者 张其鹏 张丹 +5 位作者 刘贝 朱晓华 卢铭 陈光慧 尚彤 汤建 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期178-183,共6页
目的 :构建高血压相关基因和蛋白质数据库 ,以促进高血压医学生物信息学的研究。方法 :以GenBank、LocusLink、GDB、GenCard、Proteome等数据库作为信息数据来源 ;根据高血压相关信息的内容将数据库设计为基因、蛋白质和功能 3部分 ;编... 目的 :构建高血压相关基因和蛋白质数据库 ,以促进高血压医学生物信息学的研究。方法 :以GenBank、LocusLink、GDB、GenCard、Proteome等数据库作为信息数据来源 ;根据高血压相关信息的内容将数据库设计为基因、蛋白质和功能 3部分 ;编写软件从上述信息资源中获取数据 ,分类整理 ,存入数据库 ,利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索。结果 :经过OMIM、文献和相关数据库的检索 ,目前确定了 431个高血压的相关基因 ,379个蛋白质 ;建立高血压相关基因和蛋白质数据库 ,并对其内容进行初步分析。最终实现了网上发布和查询。结论 :通过整合现有相关信息 ,建立一个种类繁多、内容齐全与高血压相关的二级数据库 ,为高血压和心血管的研究提供一个新的便捷的生物信息查询的工具。 展开更多
关键词 高血压 基因 蛋白质数据库 生物信息学
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心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构 被引量:6
4
作者 张其鹏 张丹 +5 位作者 刘贝 朱晓华 卢铭 陈光慧 尚彤 汤健 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期276-280,共5页
目的 :构建心力衰竭相关基因和蛋白质的数据库 ,为心血管疾病分子生物学研究提供信息服务。方法 :以美国国立生物技术信息中心、欧洲分子生物信息学实验室、美国国立图书馆等知名生物信息组织提供的数据库集群作为信息数据来源 ;根据心... 目的 :构建心力衰竭相关基因和蛋白质的数据库 ,为心血管疾病分子生物学研究提供信息服务。方法 :以美国国立生物技术信息中心、欧洲分子生物信息学实验室、美国国立图书馆等知名生物信息组织提供的数据库集群作为信息数据来源 ;根据心力衰竭的特点设计数据库的结构 ;编写软件从上述信息资源中自动获取数据 ,进行分类整理 ,存入数据库 ,利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索。结果 :经过对现有基因和蛋白质数据库的检索 ,目前确定了 4 0 7条与心衰相关的基因 ,4 0 4 6条相关核酸序列和蛋白质序列 ;建立心力衰竭相关基因和蛋白质数据库 ,并对其内容进行初步分析。实现了网上发布和查询。结论 :通过整合现有相关信息 ,建立了一个与心衰相关基因和蛋白质的二级数据库 。 展开更多
关键词 充血性心力衰竭 数据库 基因蛋白质 基因库
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蛋白质相互作用数据库及其应用 被引量:13
5
作者 余鑫煜 许正平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期189-196,共8页
对蛋白质相互作用及其网络的了解不仅有助于深入理解生命活动的本质和疾病发生的机制,而且可以为药物研发提供靶点.目前,通过高通量筛选、计算方法预测和文献挖掘等方法,获得了大批量的蛋白质相互作用数据,并由此构建了很多内容丰富并... 对蛋白质相互作用及其网络的了解不仅有助于深入理解生命活动的本质和疾病发生的机制,而且可以为药物研发提供靶点.目前,通过高通量筛选、计算方法预测和文献挖掘等方法,获得了大批量的蛋白质相互作用数据,并由此构建了很多内容丰富并日益更新的蛋白质相互作用数据库.本文首先简要阐述了大规模蛋白质相互作用数据产生的3种方法,然后重点介绍了几个人类相关的蛋白质相互作用公共数据库,包括HPRD、BIND、IntAct、MINT、DIP和MIPS,并概述了蛋白质相互作用数据库的整合情况以及这些数据库在蛋白质相互作用网络构建上的应用. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用数据库 网络构建
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蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响 被引量:3
6
作者 邵晨 孙伟 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期129-134,共6页
在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。... 在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题。本研究以人类蛋白质组为例,采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据,比较了常用的IPI数据库、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库的检索结果。结果表明,3个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣,但总体来讲差异很小;每个数据库可鉴定到的、特有的多肽数不超过总数的5%,蛋白数的差异为1%~5%。说明3个数据库都覆盖了常见的人类蛋白序列,完整性很高。因此,推荐采用通过人工注释、在不断更新中的Swiss-Prot数据库作为检索对象。当研究目的为鉴定或定量未收录在Swiss-Prot数据库中的蛋白序列(如一些特殊的蛋白异构体或突变体)时,可将目的序列加入该数据库进行检索,或考虑使用其他完整性更高的数据库。 展开更多
关键词 蛋白质数据库 蛋白质组学 数据库检索
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基于SQL Server的蛋白质二级结构预测样本集数据库的构建 被引量:2
7
作者 张宁 吴捷 +1 位作者 宋卓 张涛 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期619-623,共5页
基于SQL Server数据库管理系统,将蛋白质二级结构预测的样本集CB513、CB396和RS126组织起来,建立了数据库DataSet,并配置了一个IIS服务器以方便网络查询。该数据库将蛋白质二级结构预测样本集有效地组织起来,实现了规范化、结构化... 基于SQL Server数据库管理系统,将蛋白质二级结构预测的样本集CB513、CB396和RS126组织起来,建立了数据库DataSet,并配置了一个IIS服务器以方便网络查询。该数据库将蛋白质二级结构预测样本集有效地组织起来,实现了规范化、结构化统一管理,便于存储、检索和分析数据,减少错误的发生。通过该数据库可以提取供蛋白质二级结构预测研究的样本、序列转换、变换编码以及分析评价预测结果等,取代许多传统编程处理文本文件的繁琐工作,大大提高效率,促进工作的开展。 展开更多
关键词 数据库 蛋白质二级结构预测 样本集 SQL SERVER 生物信息学
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家蚕蚁蚕蛋白质组的质谱鉴定与数据库构建 被引量:2
8
作者 刘艳艳 池旭娟 +4 位作者 谈建中 方向明 阚雪芹 郑必平 平野久 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期676-683,共8页
为尝试构建基于质谱分析的家蚕蛋白质组数据库,采用一维电泳-液相色谱-质谱(1DE-LC-MS)技术对家蚕蚁蚕的蛋白质组进行了分析与鉴定。共检索到511个相匹配的候选蛋白质和92个多肽离子片段,鉴定获得了171个无冗余蛋白质组分,分别属于121... 为尝试构建基于质谱分析的家蚕蛋白质组数据库,采用一维电泳-液相色谱-质谱(1DE-LC-MS)技术对家蚕蚁蚕的蛋白质组进行了分析与鉴定。共检索到511个相匹配的候选蛋白质和92个多肽离子片段,鉴定获得了171个无冗余蛋白质组分,分别属于121种蛋白质或蛋白质亚基,其中有36种蛋白质或亚基尚未在家蚕及昆虫的基因与蛋白质数据库中报道;在171个被鉴定的蛋白质组分中,与细胞骨架和蛋白质代谢相关的组分多达64种。结果还表明,1DE-LC-MS技术也适用于从一维凝胶电泳的差异性条带及蛋白质混合样品中分离和鉴定特异蛋白质组分。 展开更多
关键词 家蚕 蚁蚕 蛋白质数据库 质谱分析 一维电泳-液相色谱-质谱技术
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基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合 被引量:1
9
作者 张智 张正国 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期201-206,共6页
研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋... 研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 异构数据库 数据整合 数据
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蛋白质相互作用数据库 被引量:2
10
作者 王建 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期760-767,共8页
随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分... 随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类:(1)综合蛋白质相互作用数据库;(2)特定物种的蛋白质相互作用数据库;(3)生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用组 数据库 网络资源
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TissueMap:人类基因和蛋白质表达数据库
11
作者 唐鹤云 杨啸林 +1 位作者 陈兴新 张正国 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期187-190,共4页
表达信息(或者是组织特异性)是基因和蛋白质最重要的自然属性之一。在当前主要的序列数据库中,对这些信息的描述没有一致的标准,同时,表达量的描述也没有统一。为了更好地利用基因和蛋白质的表达信息,建立了人类基因和蛋白质表达数据库... 表达信息(或者是组织特异性)是基因和蛋白质最重要的自然属性之一。在当前主要的序列数据库中,对这些信息的描述没有一致的标准,同时,表达量的描述也没有统一。为了更好地利用基因和蛋白质的表达信息,建立了人类基因和蛋白质表达数据库,命名为TissueMap(http://168.160.62.35/cgi-bin/tissuemap/index.pl)。TissueMap整合了来自Swiss-prot和UniGene两个数据库的表达信息,并把跨膜蛋白信息从Swiss-prot专门抽取出来作为一个独立的库提供用户搜索。这个数据库规范化了描述表达信息时使用的组织名称和表达水平。目前,数据库中共有45389条基因,11377条蛋白质,和2796条人类跨膜蛋白的表达信息,将随着Unigene和UniProt同步更新。 展开更多
关键词 基因 蛋白质 表达 组织特异性 数据库
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一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法
12
作者 于长永 王国仁 +1 位作者 毛克明 翟文丹 《东北大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期50-53,共4页
为了有效地利用蛋白质串联质谱数据,提高蛋白质鉴定的准确性,提出了一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法——ITPIA(information theory based protein identification algorithm)算法.针对多肽串联质谱质量低、噪音多等问题,ITPI... 为了有效地利用蛋白质串联质谱数据,提高蛋白质鉴定的准确性,提出了一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法——ITPIA(information theory based protein identification algorithm)算法.针对多肽串联质谱质量低、噪音多等问题,ITPIA算法利用了信息论中的熵理论提出了一种有效的实验串联质谱和多肽的理论质谱的匹配打分算法.该算法更大程度上从多肽串联质谱中获得蛋白质的结构信息.实验结果表明,ITPIA算法有效地提高了蛋白质鉴定的准确性. 展开更多
关键词 蛋白质鉴定 串联质谱 数据库搜索 信息论 匹配算法
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蛋白质相互作用数据库系统的设计与实现
13
作者 夏艳军 周建军 向昌盛 《湖南农业科学》 2010年第8期157-159,163,共4页
蛋白质相互作用的研究是当前生命科学的前沿和热点,随着研究逐渐深入,已经产生了大量的实验数据。为了保存、利用这些宝贵的数据,给有关研究工作提供一个便捷的工具,基于Apache、MySQL、CakePHP开发环境,初步构建了蛋白质相互作用数据... 蛋白质相互作用的研究是当前生命科学的前沿和热点,随着研究逐渐深入,已经产生了大量的实验数据。为了保存、利用这些宝贵的数据,给有关研究工作提供一个便捷的工具,基于Apache、MySQL、CakePHP开发环境,初步构建了蛋白质相互作用数据库系统,具备信息远程增、删、改、查功能,并优化了人机界面,从而为设计功能更加强大的蛋白质相互作用数据库研究平台创造了有利条件。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 数据库系统 生物信息学
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统计物理与人工智能驱动的蛋白质结构生物信息学 被引量:1
14
作者 夏辰亮 张泽成 +1 位作者 管星悦 唐乾元 《合成生物学》 北大核心 2025年第3期547-565,共19页
结构生物信息学聚焦于生物分子的三维结构及其功能,蛋白质的结构是其核心研究对象。深度学习引发的蛋白质结构预测革命,特别是AlphaFold2的突破,实现了仅凭氨基酸序列即可达到原子精度的蛋白质结构预测,从根本上重构了该领域的数据生态... 结构生物信息学聚焦于生物分子的三维结构及其功能,蛋白质的结构是其核心研究对象。深度学习引发的蛋白质结构预测革命,特别是AlphaFold2的突破,实现了仅凭氨基酸序列即可达到原子精度的蛋白质结构预测,从根本上重构了该领域的数据生态。统计物理学与大数据分析方法的深度融合,使研究者能够突破传统个案研究的局限,从海量数据中系统性揭示蛋白质设计的普适性规律。大规模蛋白质结构数据的积累为定量化研究蛋白质动力学中的长程关联及其与进化的对应关系奠定了重要基础,这不仅为理解蛋白质的结构、动力学、功能与进化提供了统一的理论框架,其揭示的普适规律与设计原则也为人工蛋白质设计提供了关键指导。在此基础上,基于AlphaFold数据库的跨物种蛋白质结构对比统计分析,突显了数据驱动方法在揭示蛋白质进化过程中随生物复杂性增加而呈现的普适统计规律方面的核心作用,为理解生命进化的分子机制提供了全新视角。鉴于蛋白质功能的实现往往依赖于多种构象状态间的动态转换,蛋白质动力学的精确预测已成为当前研究的核心方向。统计物理与人工智能相结合的研究范式将持续引领蛋白质科学的创新发展,通过提升高通量筛选和理性设计效率,加速从基础发现到实际应用的转化,为合成生物学、精准医学等领域开辟新的可能性。 展开更多
关键词 统计物理 人工智能 蛋白质结构 蛋白质动力学 结构生物信息学 AlphaFold数据库
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DRSP:蛋白质单残基替换结构数据库(英文)
15
作者 刘继龙 苗智超 +2 位作者 李雷 肖智雄 曹洋 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第8期810-816,共7页
蛋白质残基替换是基因突变的产物之一,它可能改变蛋白质三维结构,对其生物学功能产生重大影响,因此研究蛋白质残基替换与结构改变的关系具有重要意义.随着实验解析蛋白质结构的数量迅猛增长,越来越多的野生型-突变体被应用于结构生物学... 蛋白质残基替换是基因突变的产物之一,它可能改变蛋白质三维结构,对其生物学功能产生重大影响,因此研究蛋白质残基替换与结构改变的关系具有重要意义.随着实验解析蛋白质结构的数量迅猛增长,越来越多的野生型-突变体被应用于结构生物学的比较研究中.本研究从蛋白质三维结构数据库(PDB)出发,收集和计算了大量结构特征数据,构建了一个目前已知最大的野生型-突变体(单残基差异)的结构对数据库DRSP,展示出氨基酸类型和主链偏好性对结构保守性的相关性.DRSP的开放使用可为高精度的蛋白质结构分析预测提供有用信息,它的数据库网址是http://www.labshare.cn/drsp/index.php. 展开更多
关键词 数据库 蛋白质残基替换 主链柔性 蛋白质结构预测 蛋白质设计
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蛋白质组学数据揭示可变剪接蛋白质变体 被引量:2
16
作者 吴怡颖 张炜 孔德志 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第12期3151-3162,共12页
可变剪接使同一个基因产生多种不同的转录本和蛋白质,增加蛋白质多样性和功能复杂性。转录组学和蛋白质组学是鉴定可变剪接的两种主要途径,分别通过分析RNA测序数据和蛋白质测序数据来鉴定可变剪接事件和相应蛋白质产物。尽管RNA水平的... 可变剪接使同一个基因产生多种不同的转录本和蛋白质,增加蛋白质多样性和功能复杂性。转录组学和蛋白质组学是鉴定可变剪接的两种主要途径,分别通过分析RNA测序数据和蛋白质测序数据来鉴定可变剪接事件和相应蛋白质产物。尽管RNA水平的可变剪接研究已经取得了一定的进展,但是对于剪接蛋白亚型的检测和区分仍然不足。本文综述了近年来对可变剪接及其生物功能,可变剪接在不同水平检测的研究进展,详细介绍利用“自下而上”的蛋白质组学数据鉴定可变剪接蛋白质变体的两种主要方法,序列数据库构建和蛋白质鉴定算法开发。鉴定不同的可变剪接蛋白质有利于认识更全面的蛋白质功能,对发现相关生物标志物和关键药物靶点具有重要意义。 展开更多
关键词 可变剪接 质谱数据分析 蛋白质鉴定算法 蛋白质序列数据库
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HOMPPD:一个全面的人类口腔宏蛋白质组序列数据库
17
作者 宋婷婷 邵晨 +3 位作者 杜鹏 张本煜 朱伟民 蒋继志 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期315-323,共9页
与宏基因组学相比,宏蛋白质组学可以系统地描绘微生物功能的动态变化,因此用其研究口腔微生物的组成和功能已成为一个新兴的领域。一个适当、完整的蛋白质组序列数据库在宏蛋白质组的数据分析中至关重要。在口腔宏蛋白质组研究中,常用... 与宏基因组学相比,宏蛋白质组学可以系统地描绘微生物功能的动态变化,因此用其研究口腔微生物的组成和功能已成为一个新兴的领域。一个适当、完整的蛋白质组序列数据库在宏蛋白质组的数据分析中至关重要。在口腔宏蛋白质组研究中,常用的数据库为人类口腔微生物数据库(Human Oral Microbiome Database,HOMD),其中收录来自117个菌属和367个菌种的蛋白质组序列。但在近年来的口腔宏基因组研究中,已报道大量HOMD未收录的菌属。通过对宏基因组研究报道的95个菌属的蛋白质序列进行筛选和去冗余,然后与HOMD进行整合,构建一个更完整的人类口腔微生物蛋白质组数据库HOMPPD(Human Oral MetaProteome Plus Database);同时基于口腔微生物的高度个体化,提出对每个样本进行一次两步搜索的改进的两步检索法,最后利用已发表的唾液蛋白质组数据对其进行测试。通过整合,HOMPPD最终收录184个菌属和2 793个菌种的蛋白质组序列;测试结果表明,采用HOMPPD和改进的两步检索法可以鉴定到39个HOMD中未收录的新菌属和124个新菌种。新鉴定到的菌属主要分布在Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes三个门中。HOMPPD是目前为止收录蛋白质序列最全的口腔细菌蛋白质组数据库,使用其检索可以更加全面地鉴定唾液微生物的类群构成,其下载链接为ftp://111.198.139.72:4000//pub//metaproteomics//homppd.fasta。 展开更多
关键词 蛋白质组学 口腔微生物 数据库
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蛋白质结构分类数据库
18
作者 于晓丽 《重庆理工大学学报(自然科学)》 CAS 2010年第11期61-65,共5页
对最具代表性,应用最为广泛的3个结构分类数据库SCOP、CATH、FSSP进行了描述和评价。针对目前的分类数据库普遍存在的不足,介绍了一种基于多结构比对的蛋白质结构分类的方法。
关键词 蛋白质结构数据库 结构分类数据库 多结构比对
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微生物宏蛋白质组从样品处理、数据采集到数据分析
19
作者 吴恩慧 乔亮 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期658-668,共11页
微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据... 微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据采集与数据分析成为宏蛋白质组目前面临的三大挑战。在宏蛋白质组分析中往往需要针对不同类型的样品进行前处理优化,采取不同的微生物分离富集、提取和裂解方案。与单一物种蛋白质组相类似,宏蛋白质组学中的质谱数据采集模式有数据依赖性采集(data-dependent acquisition,DDA)模式和数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)模式。DIA数据采集模式可以完整地采集样品的肽段信息,具有很强的发展潜力。但是由于宏蛋白质组样品的复杂性,其DIA数据解析已成为阻碍宏蛋白质组深度覆盖的一大难题。在数据解析方面,最重要的步骤在于蛋白质序列数据库的构建。数据库的大小和完整性不仅对鉴定数量有很大影响,还会影响物种和功能水平上的分析。目前宏蛋白质组数据库构建的金标准是基于宏基因组的蛋白质序列数据库。同时,基于迭代搜库的公共数据库过滤方法也已被证明具有很强的实用价值。从具体的数据解析策略角度,以肽段为中心的DIA数据解析方法占据了绝对的主流。随着深度学习和人工智能的发展,其会极大地推动宏蛋白质组数据解析的准确度、覆盖度与分析速度。在下游生物信息学分析方面,近年来开发了一系列注释工具,可以在蛋白水平、肽段水平、基因水平上进行物种注释来获得微生物群落组成。与其他组学方法相比,微生物群落的功能分析是宏蛋白质组学的一个独特特征。宏蛋白质组已经成为微生物群落多组学分析中的重要组成部分,并且仍在覆盖深度、检测灵敏度、数据解析完整度等方面具有很大的发展潜力。 展开更多
关键词 蛋白质组学 样品前处理 数据库 数据分析策略
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美国科学家创建线粒体蛋白质数据库
20
《生物学教学》 北大核心 2009年第2期71-71,共1页
据东方网2008年7月29日援引《科技日报》消息,由美国麻省理工学院和哈佛大学科学家组成的联合研究小组对老鼠不同组织的线粒体进行了研究,创建了一个包含近1100种蛋白质的线粒体蛋白质数据库,并对几种线粒体的关键蛋白质的生物学功... 据东方网2008年7月29日援引《科技日报》消息,由美国麻省理工学院和哈佛大学科学家组成的联合研究小组对老鼠不同组织的线粒体进行了研究,创建了一个包含近1100种蛋白质的线粒体蛋白质数据库,并对几种线粒体的关键蛋白质的生物学功能和进化历史有了更深入的认识,还证实了一种新的蛋白质编码基因突变,该突变会导致致命性线粒体病。科学家的有关研究结果发表在《细胞》杂志上。 展开更多
关键词 蛋白质数据库 美国科学家 线粒体病 美国麻省理工学院 《科技日报》 基因突变 生物学功能 蛋白质编码
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