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金黄色葡萄球菌型乳房炎奶牛乳腺组织的lncRNA差异表达分析 被引量:1
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作者 周冉 王兴平 +1 位作者 李彦霞 罗仍卓么 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期320-328,共9页
【目的】长链非编码RNA(lncRNA)可参与机体炎症反应,但其在奶牛乳房炎中的表达模式及分子调控机制仍不完全清楚。分析金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)型乳房炎奶牛乳腺组织中的差异表达lncRNA(DElncRNA)及其功能,为后... 【目的】长链非编码RNA(lncRNA)可参与机体炎症反应,但其在奶牛乳房炎中的表达模式及分子调控机制仍不完全清楚。分析金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)型乳房炎奶牛乳腺组织中的差异表达lncRNA(DElncRNA)及其功能,为后续深入研究提供支撑。【方法】利用转录组测序(RNA-Seq)技术和生物信息学方法对健康奶牛和S.aureus诱导乳房炎的奶牛乳腺组织进行lncRNA测序、DElncRNA分析及GO和KEGG功能富集分析。【结果】在两组乳腺组织中共检测到1012个lncRNA。相比于健康奶牛组,S.aureus诱导组筛选到75个表达上调的和114个表达下调的lncRNA。GO和KEGG富集分析结果表明,上述DElncRNA可通过免疫相关信号通路而调节奶牛乳房炎症。进一步分析发现,DElncRNA TCONS_00042123、TCONS_00068055、TCONS_00108420和TCONS_00076361可能参与MAPK、NLR、Jak-STAT和TLR信号通路,进而调节S.aureus型奶牛乳房炎的发生与发展。【结论】在S.aureus诱导炎症的奶牛乳腺组织中获得了189个DElncRNA,可能通过潜在靶基因调控S.aureus型奶牛乳房炎的发生与发展过程。 展开更多
关键词 奶牛 乳房炎 lncRNA 差异表达分析 金黄色葡萄球菌
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兔植入前移核胚中发育相关基因的差异表达分析 被引量:11
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作者 李文雍 齐冰 +3 位作者 王玉阁 郁卫东 杜淼 陈清轩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期813-818,共6页
与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(M... 与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(MⅡ卵、2细胞、4细胞、8~ 16细胞克隆胚胎)为材料进行单胚差示,分离了 80个差异片段.经反向RNA印迹验证、亚克隆、序列分析及NCBIGenBank数据库检索,结果表明:A0 2 8片段与CstF3基因有 93%的同源性,在早期胚胎发育过程中的表达有阶段特异性,该基因在兔克隆胚的早期发育过程中起重要作用.RNA印迹显示:该基因在所检测的组织中,只在卵巢中有表达. 展开更多
关键词 差异表达分析 发育相关基因 兔克隆胚胎 再程序化 单胚差异显示技术
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鲤鱼白细胞介素-1β全长cDNA的克隆·鉴定及其差异表达分析 被引量:8
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作者 何江帅 卢强 +3 位作者 李伟 赵晓 冯祥汝 陈义龙 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第12期7301-7304,共4页
[目的]进行鲤鱼白细胞介素-1β(IL-1β)全长cDNA的克隆、鉴定及其差异表达分析。[方法]利用DD-RTPCR方法获得差异表达cDNA片段,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行筛选,克隆了鲤鱼IL-1β的全长cDNA,并进行了序列分析和差... [目的]进行鲤鱼白细胞介素-1β(IL-1β)全长cDNA的克隆、鉴定及其差异表达分析。[方法]利用DD-RTPCR方法获得差异表达cDNA片段,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行筛选,克隆了鲤鱼IL-1β的全长cDNA,并进行了序列分析和差异表达分析。[结果]获得的阳性克隆含有1个大小为831 bp编码276个氨基酸的完整开放阅读框。聚类分析表明,鲤鱼IL-1β氨基酸序列与日本鲤鱼紧密聚为一支,氨基酸序列的同源性达95%,之后聚类顺序依次为鲫鱼、斑马鱼、猪、牛、马、人和小鼠。差异表达分析表明,经有丝分裂原刺激后前期(4 h)白细胞中IL-1β的表达量显著增大,但随着时间推移(12,24 h)并非一直较同期大,表达量总体趋势成峰形。[结论]为进一步研究IL-1β在体内的表达方式、功能特点和调控机理以及在炎症反应、应急反应和免疫应答的作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 鲤鱼 白细胞介素-1Β CDNA克隆 鉴定 差异表达分析
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玉米温敏型核雄性不育基因差异表达分析 被引量:6
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作者 张银东 刘艳鸣 +1 位作者 冯仁军 张云霞 《热带作物学报》 CSCD 2004年第2期66-70,共5页
以玉米温敏型核雄性不育近等位基因系琼42Qms(不育)和琼42(可育)为材料,通过跟踪解剖、显微观察确定了雄穗处于小花分化期为分离纯化mRNA的最佳时期,以琼42Qms的mRNA作检测样本(Tester)、琼42的mRNA作参照样本(Driver)进行抑制消减杂交... 以玉米温敏型核雄性不育近等位基因系琼42Qms(不育)和琼42(可育)为材料,通过跟踪解剖、显微观察确定了雄穗处于小花分化期为分离纯化mRNA的最佳时期,以琼42Qms的mRNA作检测样本(Tester)、琼42的mRNA作参照样本(Driver)进行抑制消减杂交,构建差异表达消减cDNA文库。从文库中选取10个cDNA片段作探针,与琼42Qms和琼42的小花分化期雄穗总RNA进行Northern杂交,获得一个仅在琼42Qms中特异表达的差异cDNA片段。以该片段作探针与琼42Qms小花分化期、抽穗成熟期的叶片和雄穗的总RNA进行Northern杂交,结果表明,该片段只在琼42Qms小花分化期的雄穗总RNA中有杂交信号,说明该片段是与核雄性不育相关的。 展开更多
关键词 玉米 温敏型 核雄性 不育基因 差异表达分析
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小尾寒羊溶菌酶基因的克隆与差异表达分析 被引量:4
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作者 李闯 徐云明 +9 位作者 唐峰 邹德颖 刘楠楠 郭兴 杨咏洁 周玉 柳增善 卢士英 鲁承 任洪林 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第3期19-22,共4页
本试验从猪种布鲁氏菌S2疫苗株免疫雄性小尾寒羊构建的白细胞层SSH cDNA文库中筛选1段cDNA序列,经测序和BLAST同源性搜索比对发现其为溶菌酶重组片段,该片段大小为770bp,编码148个氨基酸残基,编码的蛋白质是一种天然抗感染物质,已提交Ge... 本试验从猪种布鲁氏菌S2疫苗株免疫雄性小尾寒羊构建的白细胞层SSH cDNA文库中筛选1段cDNA序列,经测序和BLAST同源性搜索比对发现其为溶菌酶重组片段,该片段大小为770bp,编码148个氨基酸残基,编码的蛋白质是一种天然抗感染物质,已提交GenBank,登录号为JX263305。经荧光定量PCR分析,与正常组羊相比,在S2免疫14和30d的羊白细胞层中该溶菌酶基因表达轻微上调,但差异不显著(P>0.05);在免疫40d时恢复到正常水平。这也进一步说明溶菌酶是一种存在机体内必不可少的天然免疫因子,为布鲁氏菌病有效防控方面的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 白细胞层 布鲁氏菌 溶菌酶 差异表达分析 荧光定量PCR
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基因芯片与植物基因差异表达分析 被引量:6
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作者 李同祥 王进科 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期310-313,共4页
基因芯片为研究植物不同个体或物种之间以及同一个体在不同生长发育阶段、正常和疾病状态下基因表达的差异、某一性状多基因的协同作用 ,寻找和定位新的目的基因等方面带来了革命性的变革。与传统研究基因差异表达的方法相比 ,它具有微... 基因芯片为研究植物不同个体或物种之间以及同一个体在不同生长发育阶段、正常和疾病状态下基因表达的差异、某一性状多基因的协同作用 ,寻找和定位新的目的基因等方面带来了革命性的变革。与传统研究基因差异表达的方法相比 ,它具有微型化、用材少、快速、准确、灵敏度高。 展开更多
关键词 基因芯片 植物基因 差异表达分析
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犬弓首蛔虫性别相关基因Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk、Tc-stp在不同生殖器官中的差异表达分析 被引量:1
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作者 马光旭 朱宏宏 +3 位作者 胡铃 李蔚林 林洁 周荣琼 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期461-466,共6页
为对犬弓首蛔虫(T.canis)免疫抑制卵巢信息蛋白(Tc-iom)、卵黄原蛋白(Tc-vit)、酪氨酸蛋白激酶(Tctpk)和丝/苏氨酸蛋白磷酸酶(Tc-stp)四个性别相关基因进行差异表达分析。本研究采用SYBR Green I qRT-PCR方法检测Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk... 为对犬弓首蛔虫(T.canis)免疫抑制卵巢信息蛋白(Tc-iom)、卵黄原蛋白(Tc-vit)、酪氨酸蛋白激酶(Tctpk)和丝/苏氨酸蛋白磷酸酶(Tc-stp)四个性别相关基因进行差异表达分析。本研究采用SYBR Green I qRT-PCR方法检测Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk、Tc-stp在T.canis雌虫卵巢、输卵管、子宫和雄虫精巢、贮精囊、输精管的转录情况。结果显示,Tc-vit在雌虫卵巢、输卵管和子宫中均有转录,在雄虫精巢和贮精囊中也有转录,但在输精管中无转录;Tc-iom在雌虫卵巢、输卵管和子宫中高水平转录,在雄虫精巢和贮精囊中转录量较低,输精管中无转录;Tc-tpk在雄虫精巢和贮精囊中的转录明显高于其他生殖组织;Tc-stp在雄虫精巢和输精管中转录量较高,在雌虫卵巢、输卵管和子宫中转录量较低。本试验为T.canis性别相关基因的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 性别相关基因 实时荧光定量PCR 差异表达分析
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基因差异表达分析技术在寄生虫学中的应用研究进展
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作者 夏艳勋 李国清 +2 位作者 苑纯秀 赵传璧 林矫矫 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2009年第3期63-68,共6页
生物体表现出的各种生物学特性,主要是由于基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性差异表达引起的。这些基因的差异表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,决定了生命活动的多样性。而基因差异表达研究的各种分析技术正是在此基础上... 生物体表现出的各种生物学特性,主要是由于基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性差异表达引起的。这些基因的差异表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着,决定了生命活动的多样性。而基因差异表达研究的各种分析技术正是在此基础上发展起来并在兽医寄生虫学中得到广泛应用。以mR-NA差异显示、抑制消减杂交法和DNA微列阵分析等为代表的基因差异表达分析技术,在基因表达谱的分析及基因生物学功能研究,阐述寄生虫的发病机制,寄生虫疾病诊断,筛选合适的药物靶标和疫苗候选分子有效地防病治病方面发挥着重要作用。 展开更多
关键词 基因差异表达分析技术 寄生虫学 应用
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融合多平台表达数据的转录组差异表达分析 被引量:4
9
作者 王凯莉 张礼 刘学军 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2018年第6期1415-1430,共16页
差异表达分析是转录组研究的基本目标之一,对揭示基因功能和调控规律以及选择性剪切的波动变化具有重要作用.基因芯片与RNA-Seq是当前主流的测量转录组表达水平的两种实验平台,并被广泛应用于转录组差异表达分析.随着测序技术的发展,测... 差异表达分析是转录组研究的基本目标之一,对揭示基因功能和调控规律以及选择性剪切的波动变化具有重要作用.基因芯片与RNA-Seq是当前主流的测量转录组表达水平的两种实验平台,并被广泛应用于转录组差异表达分析.随着测序技术的发展,测序成本不断降低,许多研究采用多种测量平台以获得更为准确的结果.当前公共数据库中积累了大量的基因芯片和RNA-Seq表达数据,为多平台转录组数据分析提供了研究空间.研究表明:融合多平台表达数据能够提高差异表达分析的准确性和可靠性.大多数现有的融合多平台表达数据的差异检测研究主要对多种类型的基因芯片表达数据进行融合,较少考虑RNA-Seq表达数据.并且现有方法忽略了很多有用的信息,例如测量误差和重复实验产生的波动性.针对现有方法存在的问题,该文提出了融合多平台转录组数据的差异检测模型mpDE(multi-platform Differential Expression model),寻找差异表达的基因和异构体.该模型将不同实验平台的表达数据和表达水平的技术性测量误差融入到模型中,同时考虑了同一平台在不同条件下的生物重复或技术重复的波动性,从而提高差异检测准确度.该文将mpDE应用到两个人类多平台表达数据集进行差异表达检测,涉及了Affymetrix的传统3’芯片、外显子芯片、HTA2.0芯片,RNA-Seq四种常用的转录组表达水平测量平台.该文将mpDE计算结果与单平台的差异检测结果和其他多平台表达数据融合算法进行了对比.实验结果表明,mpDE获得了更为准确的差异检测结果,差异基因检测准确率与以往方法相比提高了2%~8%;差异异构体检测准确率提高了1%~15%. 展开更多
关键词 多平台 数据融合 差异表达分析 基因芯片 RNA-SEQ 生物信息学
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几种基因差异表达分析技术在原核生物差异基因筛选中的应用 被引量:5
10
作者 胡烨 李影 钱爱东 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第2期103-106,共4页
原核生物差异基因筛选方面,目前代表性差异分析方法(RDA)、消减抑制杂交法(SSH)、限制性酶切片段差异显示(RFDD-PCR)以及cDNA-AFLP等技术经改良后,可用于原核生物差异基因筛选的研究。论文对这几种方法的优缺点及应用进行了介绍。
关键词 基因差异表达分析技术 差异基因筛选 原核生物
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基于转录组测序的花生籽粒不同发育时期油脂合成相关基因差异表达分析 被引量:5
11
作者 陈玉梅 李璐璐 +3 位作者 陈锦玲 徐媛 李惠敏 秦新民 《河南农业科学》 北大核心 2019年第7期24-37,共14页
为研究花生籽粒不同发育时期油脂合成过程中基因的表达调控模式,对花后20、35、50、60d的花生籽粒(分别表示为HS20、HS35、HS50、HS60)进行转录组测序。通过对转录组测序数据进行分析,HS20、HS35、HS50、HS60样品的文库分别获得了109321... 为研究花生籽粒不同发育时期油脂合成过程中基因的表达调控模式,对花后20、35、50、60d的花生籽粒(分别表示为HS20、HS35、HS50、HS60)进行转录组测序。通过对转录组测序数据进行分析,HS20、HS35、HS50、HS60样品的文库分别获得了109321068、106867224、109313082、107123540条Cleanreads。将得到的花生籽粒转录组数据按发育时期的先后顺序进行两两比对,HS20-vs-HS35、HS35-vs-HS50和HS50-vs-HS60的差异表达基因总数分别是25769、18403、12308个,其中上调表达基因分别占12.55%、62.92%、26.28%。对差异表达基因进行KEGGPathway分析,得到135条代谢通路,其中与油脂合成相关的有脂肪酸生物合成、不饱和脂肪酸生物合成、脂肪酸延长、脂肪酸代谢、花生四烯酸代谢等代谢通路。 展开更多
关键词 花生 转录组 差异表达分析 油脂合成相关基因
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金乌贼端粒酶逆转录酶基因鉴定和组织差异表达分析
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作者 项子龙 刘长琳 +5 位作者 张金勇 胡鹏 何暮春 柳淑芳 庄志猛 薛同明 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第3期158-164,共7页
本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT(Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT... 本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT(Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT基因在不同组织、不同发育时期和不同性别的相对表达量差异。结果显示,与产卵期相比,濒死期的心、肝、胰、鳃、性腺、食道上神经团(除去视腺和视叶后的脑组织)等6个组织的TERT基因表达量呈显著下调趋势,推测与濒死期的器官组织分裂和增殖能力下降有关。TERT基因在金乌贼不同组织中具有明显的组织特异性,说明金乌贼各组织器官的衰老状态并不一致。本研究结果可为深入研究头足类生殖与衰老等生命过程的端粒酶调控机制提供基础数据。 展开更多
关键词 金乌贼 TERT基因 QRT-PCR 系统进化树 基因差异表达分析
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鲤鱼诱导型一氧化氮合成酶全长cDNA克隆及其在外周血白细胞中的差异表达分析
13
作者 温振才 曹津津 卢强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第5期1133-1139,共7页
试验旨在获得鲤鱼诱导型一氧化氮合成酶(inducible nitric oxide synthase,iNOS)cDNA全长序列,并以此为基础探讨在丝裂原刺激下外周血白细胞中iNOS的表达变化。以从鲤鱼正常外周血白细胞cDNA文库中获得的iNOS的EST序列为基础,采用基因... 试验旨在获得鲤鱼诱导型一氧化氮合成酶(inducible nitric oxide synthase,iNOS)cDNA全长序列,并以此为基础探讨在丝裂原刺激下外周血白细胞中iNOS的表达变化。以从鲤鱼正常外周血白细胞cDNA文库中获得的iNOS的EST序列为基础,采用基因文库筛选和cDNA 5′末端快速扩增技术(5′-RACE)相结合的方法,成功扩增出鲤鱼iNOS cDNA全长序列,然后进行鲤鱼外周血白细胞原代培养,分成对照组和试验组,其中试验组分别为脂多糖(LPS,1.0μg/mL)刺激4、12h,刀豆蛋白A(ConA,1.0μg/mL)刺激4、24h,对照组为相同培养时间无丝裂原刺激的外周血白细胞,根据得到的iNOS cDNA全长序列和鲤鱼β-actin序列分别设计特异性引物,应用实时荧光定量PCR方法检测各组外周血白细胞中iNOS在mRNA水平上的表达情况并进行分析。序列分析结果显示,最后获得的cDNA片段共3 704bp,包含74bp的5′端非编码区,246bp的3′端非编码区,一个3 384bp的完整的开放阅读框(ORF),共编码1 127个氨基酸。序列同源性分析结果显示,该序列与鲫鱼iNOS基因同源性高达100%;实时荧光定量PCR结果显示,经LPS、ConA刺激的试验组外周血白细胞中iNOS表达量均升高,且短时间(4h)刺激的表达量高于长时间(LPS 12h;ConA 24h)刺激的表达量。综上所述,在LPS、ConA刺激过程中,iNOS在外周血白细胞中表达量均有上调,结果提示存在炎症反应的动态变化。 展开更多
关键词 鲤鱼 iNOS CDNA克隆 外周血白细胞 差异表达分析
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健康奶牛与临床型乳腺炎奶牛乳腺核蛋白组差异表达分析
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《今日畜牧兽医》 2010年第4期68-68,共1页
亚细胞蛋白质组的优点在于对低丰度蛋白的研究,运用亚细胞蛋白质组学的研究策略,可以提高低丰度蛋白质在双向电泳中的检出数量。通过分析奶牛乳腺炎乳腺与正常乳腺核蛋白组差异表达情况,为奶牛乳腺炎发病机理研究寻找尽可能多的生物... 亚细胞蛋白质组的优点在于对低丰度蛋白的研究,运用亚细胞蛋白质组学的研究策略,可以提高低丰度蛋白质在双向电泳中的检出数量。通过分析奶牛乳腺炎乳腺与正常乳腺核蛋白组差异表达情况,为奶牛乳腺炎发病机理研究寻找尽可能多的生物标记分子。 展开更多
关键词 临床型乳腺炎 奶牛乳腺炎 差异表达分析 蛋白组 亚细胞蛋白质组 健康 蛋白质组学 双向电泳
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分析基因差异表达的几种方法 被引量:2
15
作者 罗永华 丁兆忠 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2010年第4期65-67,共3页
关键词 基因差异表达 基因组测序 后基因组时代 差异表达分析 功能信息 基因组功能 高等生物 体细胞
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香蕉AP2/ERFs超家族的重新鉴定及在果实采后成熟过程中的差异表达特性 被引量:1
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作者 张海波 郑云柯 +4 位作者 付毛妮 张建斌 贾彩红 李新国 刘菊华 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期861-874,共14页
【目的】在全基因组水平上重新鉴定香蕉A基因组中的AP2/ERF家族成员,研究其在香蕉果实采后成熟过程中的差异表达特性,明确可能参与香蕉果实成熟调控的关键基因。【方法】对香蕉A基因组中AP2/ERF家族成员进行系统进化、结构特征、蛋白质... 【目的】在全基因组水平上重新鉴定香蕉A基因组中的AP2/ERF家族成员,研究其在香蕉果实采后成熟过程中的差异表达特性,明确可能参与香蕉果实成熟调控的关键基因。【方法】对香蕉A基因组中AP2/ERF家族成员进行系统进化、结构特征、蛋白质特性、保守结构域分析和两大类主栽品种巴西蕉(AAA)和粉蕉(ABB)果实采后成熟不同阶段的转录组分析。【结果】发现AP2/ERFs家族共有317个家族成员,分为AP2(49个)、ERF(253)和RAV(15)三个亚家族,他们不均匀地分布在染色体上。根据保守结构域和基因结构特征,ERF又分为a、b、c、d、e、f、h、i、j和k共10个亚类。转录组分析结果表明,在巴西蕉果实采后成熟过程中差异表达的AP2/ERFs家族成员有77个,其中高水平表达的有MaERF15、36、42和AP2-28。在粉蕉果实采后成熟过程中差异表达的AP2/ERFs家族成员有74个,其中高水平表达的有MaERF42和AP2-28。同时在巴西蕉和粉蕉果实成熟过程中差异表达的基因有57个,其中高水平表达的基因有MaERF15、42和AP2-28,只在巴西蕉果实中特异表达的有20个,只在粉蕉中特异表达的有17个。【结论】重新鉴定了香蕉AP2/ERFs超家族成员及其在果实后熟过程中的差异表达特性,为系统深入解析香蕉AP2/ERF基因功能奠定了基础,对为调控香蕉果实成熟提供靶标基因具有一定的理论意义。 展开更多
关键词 香蕉 AP2/ERFs 全基因组分析 果实成熟 差异表达分析
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甜糯玉米籽粒不同发育时期基因表达谱和生理生化特性分析
17
作者 高志方 周玲 +4 位作者 梁帅强 张体付 戴惠学 朱英 赵涵 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第5期27-35,共9页
利用快中子诱变糯玉米自交系通系5,获得在同一籽粒上表现甜质与糯质特性的玉米突变材料,命名为甜糯玉米。以甜糯玉米和通系5为研究对象,利用生理生化测定和转录组学技术,揭示甜糯玉米在籽粒发育不同时期的代谢及基因表达差异。结果表明... 利用快中子诱变糯玉米自交系通系5,获得在同一籽粒上表现甜质与糯质特性的玉米突变材料,命名为甜糯玉米。以甜糯玉米和通系5为研究对象,利用生理生化测定和转录组学技术,揭示甜糯玉米在籽粒发育不同时期的代谢及基因表达差异。结果表明,在胚乳发育的各个时间点上甜糯玉米中的淀粉含量均极显著低于通系5玉米,可溶性总糖、蔗糖含量均极显著高于通系5玉米。甜糯玉米胚乳的糊化特征参数均极显著低于通系5,在授粉后20 d开始呈剧烈增加趋势。差异转录组学分析发现,与通系5相比,甜糯玉米中有154个基因在胚乳中的表达显著下调。籽粒发育不同时期的转录组差异表达分析发现,4 914个基因仅在通系5的籽粒发育过程中存在差异表达,富集到生物体发育、RNA修饰等生物过程;1 829个基因仅在甜糯玉米中差异表达,富集到响应化学物质、响应非生物刺激等生物过程。共同差异表达基因在2种玉米中存在动态表达趋势差异。本研究结果为优良甜糯玉米品种的培育与改良提供了种质材料和遗传信息。 展开更多
关键词 甜糯玉米 籽粒发育 物质含量 糊化特征 转录组学 差异表达分析
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经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析 被引量:6
18
作者 张劭俣 刘云海 +5 位作者 倪和民 王灏 顾美超 阎芃 杨菲 郭勇 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2012年第5期15-19,F0003,共6页
目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关... 目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关信号通路的改变。结果经程序化冷冻后的小鼠休眠胚胎与正常休眠胚胎相比,存在228个差异表达基因,其中50个基因表达上调,178个基因表达下调。Pathway分析显示黏着斑通路、细胞外基质受体相互作用通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、细胞凋亡通路、细胞通讯通路、泛素介导的蛋白质水解通路、甘油磷脂代谢通路、小细胞肺癌通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路等基因差异表达变化趋势明显。结论小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后会导致一系列基因调控变化,并可能影响多条信号通路的协同变化。 展开更多
关键词 小鼠 休眠胚胎 程序化冷冻 基因表达差异分析
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花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文) 被引量:4
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作者 单世华 严海燕 +1 位作者 李春娟 万书波 《花生学报》 2005年第4期21-24,共4页
黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异... 黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。 展开更多
关键词 花生 差异基因表达分析 基因芯片技术
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差异显示反转录-PCR及抑制性扣除杂交在基因表达差异分析中的应用 被引量:2
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作者 黄升谋 邹应斌 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2002年第2期183-185,共3页
差异显示反转录 -PCR和抑制性扣除杂交是目前广泛应用于基因表达差异分析的方法 ,它们分别具有灵敏度高假阳性率低等特点 ,对其原理、技术。
关键词 差异显示反转录-PCR 抑制性扣除杂交 基因表达差异分析 应用
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