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基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因 被引量：8
1
作者 吴良涛 郑敏 +4 位作者 华敏 万润 程振涛 周碧君 文明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期297-306,共10页
为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因,本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50d鸭后,于接种后66、90和114h采集鸭脾组织样本,提取总RNA,通过高通量RNA-seq技术测序,应用GO和KEGG数据库进行比对注释,并... 为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因,本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50d鸭后,于接种后66、90和114h采集鸭脾组织样本,提取总RNA,通过高通量RNA-seq技术测序,应用GO和KEGG数据库进行比对注释,并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,结果显示:DEV接种66h时鸭脾的差异表达基因有511个,参与免疫相关生物学过程的为70个,其中上调基因46个,下调基因24个;90h时差异表达基因有485个,参与免疫相关生物学过程的为64个,其中上调基因49个,下调基因15个;114h时差异表达基因有531个,参与免疫相关生物学过程的为66个,其中上调基因35个,下调基因31个。GO数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要涉及细胞黏附、抗原加工和呈递、补体激活等免疫反应过程;KEGG数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要富集在细胞黏附分子、ECM受体互作、PPAR等信号通路;荧光定量PCR对7个差异表达基因进行检测显示,差异表达基因相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致。这些结果为进一步阐明DEV感染机制和机体免疫应答机制奠定了基础。 展开更多
关键词 RAN-Seq 鸭肠炎病毒 脾 差异表达 免疫相关基因
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基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs
2
作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多
关键词 GEO数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS
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基于GEO数据库分析高血压肾病的差异表达基因及免疫细胞浸润 被引量：1
3
作者 王益民 苏小艺 +3 位作者 苏文革 彭伟 李焱 王怡斐 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期240-246,共7页
目的:分析高血压肾病(HN)差异表达基因(DEGs)及免疫细胞浸润模式。方法:从GEO数据库中下载HN和健康人肾小管间质组织样本基因芯片数据集,使用R软件分析得到DEGs,并利用Metascape在线分析平台进行DEGs的功能富集分析,通过LASSO、SVM-RFE... 目的:分析高血压肾病(HN)差异表达基因(DEGs)及免疫细胞浸润模式。方法:从GEO数据库中下载HN和健康人肾小管间质组织样本基因芯片数据集,使用R软件分析得到DEGs,并利用Metascape在线分析平台进行DEGs的功能富集分析,通过LASSO、SVM-RFE和RF三种机器学习算法筛选特征基因并验证诊断价值,最后利用CIBERSORT算法进行免疫细胞浸润分析。结果:共获得277个DEGs,功能富集分析发现其与先天免疫反应、体液免疫反应、对细胞因子的反应等多种免疫相关过程有关。机器学习算法共获得3个特征基因,分别为CISH、GADD45A和ZFP36,均具有良好的诊断价值,免疫细胞浸润分析发现调节性T细胞和M1巨噬细胞浸润较多,并且多种免疫细胞之间具有相关性。结论:HN的发病机制可能与多种免疫相关过程有关,调节性T细胞和M1巨噬细胞可能在HN的发病机制中发挥关键作用,CISH、GADD45A和ZFP36是HN潜在的诊断标志物。 展开更多
关键词 高血压肾病 差异表达基因 机器学习算法 诊断标志物 免疫细胞浸润
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点蜂缘蝽滞育和非滞育对嗅觉相关基因表达的影响
4
作者 谢明惠 钟永志 +3 位作者 林璐璐 张光玲 赵伟 陈浩梁 《植物保护》 北大核心 2025年第4期98-108,共11页
有研究表明滞育和非滞育点蜂缘蝽Riptortus pedestriS对聚集信息素的感受存在显著差异,本研究拟通过测定滞育和非滞育点蜂缘蝽触角转录组,寻找表达差异的嗅觉相关基因,分析与滞育关联的信息素识别机制。利用高通量测序平台BGISEQ-500对... 有研究表明滞育和非滞育点蜂缘蝽Riptortus pedestriS对聚集信息素的感受存在显著差异,本研究拟通过测定滞育和非滞育点蜂缘蝽触角转录组,寻找表达差异的嗅觉相关基因,分析与滞育关联的信息素识别机制。利用高通量测序平台BGISEQ-500对滞育和非滞育点蜂缘蝽雌、雄成虫触角进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行通路富集分析,同时对差异表达的嗅觉基因进行RT-qPCR验证。点蜂缘蝽触角转录组共获得57648条unigenes,其中61.05%在七大公共数据库中成功注释。注释到NR数据库的基因最多(52.90%),匹配到茶翅蝽Halyomorpha halys的序列最多,为55.83%。通过转录组数据分析,与非滞育雌虫相比,滞育雌虫触角中共筛选到2222个差异表达基因,其中上调表达基因1288个,下调表达基因934个;与非滞育雄虫相比,滞育雄虫触角中共筛选到2293个差异表达基因,其中上调表达基因1410个,下调表达基因883个;雌、雄虫触角间差异基因较少,分别为315个(滞育)和584个(非滞育)。进一步对嗅觉相关基因进行分析发现:滞育和非滞育雌虫触角间10个化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)基因和11个气味结合蛋白(odorant-binding proteins,OBPs)基因差异表达;滞育和非滞育雄虫触角有7个CSPS基因和11个OBPS基因差异表达;滞育雌、雄成虫仅有1个OBP基因表达出现差异;非滞育雌、雄虫间有4个CSPS基因和3个OBPS基因差异表达。从差异表达的嗅觉相关基因中选取10个基因(4个OBPS,4个CSPS2个ORS)进行RT-qPCR验证,结果与转录组测序相符。研究结果将为今后点蜂缘蝽识别聚集信息素的分子机制及研发更为高效的化学通讯调控技术提供参考。 展开更多
关键词 点蜂缘蝽 触角转录组 生殖滞育 嗅觉相关基因 差异表达基因
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重症肌无力患者免疫相关基因差异表达的基因芯片研究 被引量：8
5
作者 李吕力 李晓峰 +3 位作者 罗永坚 秦岭 肖继东 刘晓春 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1005-1007,共3页
目的:使用基因芯片技术研究重症肌无力(MG)患者外周血单个核细胞免疫相关基因的差异表达。方法:采用BIOSTAR Human-6-V3型人类全长基因cDNA表达谱芯片筛选30例初次发病MG患者差异表达的免疫相关基因,酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者外周... 目的:使用基因芯片技术研究重症肌无力(MG)患者外周血单个核细胞免疫相关基因的差异表达。方法:采用BIOSTAR Human-6-V3型人类全长基因cDNA表达谱芯片筛选30例初次发病MG患者差异表达的免疫相关基因,酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者外周血IL-6、TNF-α的水平,对MG患者病情按许贤豪绝对评分法进行评分,并比较其临床意义。结果:158条差异表达免疫相关基因中,表达上调的基因76条(Ratio值2.0倍以上),表达下调的基因82条(Ratio值0.5倍以下),差异表达的免疫相关基因主要涉及细胞因子及其受体、趋化因子及其受体、细胞黏附分子、白细胞分化抗原、免疫转录调节分子、天然免疫分子等,细胞因子中IL-6、TNF-αmRNA表达水平显著上调,与MG患者血清IL-6、TNF-α水平检测结果一致,血清IL-6、TNF-α水平与MG临床绝对评分呈正相关。结论:人类全基因芯片技术可以快速、高通量筛选出MG患者差异表达的免疫相关基因,结果证实多个免疫基因参与了MG发病过程,为进一步阐明MG发病的免疫机制及治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 重症肌无力 基因芯片 免疫相关基因 差异表达
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基于生物信息学分析腹膜透析腹膜细胞的免疫相关基因差异表达 被引量：1
6
作者 吴泽归 黄国海 曲廖准 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1379-1382,共4页
目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPorta... 目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPortal数据库下载IRGs列表,并筛选出差异表达的IRGs。应用DAVID、STRING生物信息学分析平台,及Cytoscape软件对筛选所得的差异表达IRGs进行生物学注释(GO)、信号通路富集分析(KEGG)及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与20例短期腹膜透析患者相比,在13例长期腹膜透析患者中筛选出差异表达IRGs 36个(|log2FC|>1.0,校正后P<0.05),其中35个上调基因,1个下调基因。GO分析结果显示差异表达IRG的生物学过程主要富集在免疫应答,细胞学组分主要定位于质膜,子功能主要富集在跨膜信号受体活性,KEGG信号通路主要富集在细胞因子-细胞因子受体的相互作用。在PPI网络中应用MCODE及cytohHubba模块筛选出的关键基因为CCR7、CD40LG、IL7R。结论:随着腹膜透析时间的延长,腹膜细胞的免疫应答活跃,相关基因CCR7、CD40LG、IL7R可能是腹损伤、纤维化形成的重要的免疫学标志物。 展开更多
关键词 腹膜透析 免疫相关基因 差异表达
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成人与儿童急性髓系白血病患者肿瘤免疫相关的差异表达基因分析 被引量：1
7
作者 李玲玲 李倩 +2 位作者 李明玉 刘峥 沈倩诚 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期579-587,共9页
目的·分析成人与儿童急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者骨髓中肿瘤免疫相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。方法·从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载GSE134589数据集,选取初次确... 目的·分析成人与儿童急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者骨髓中肿瘤免疫相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。方法·从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载GSE134589数据集,选取初次确诊/复发状态的患者,按年龄分为儿童组(0~16岁,34例)、中青年组(17~59岁,62例)和老年组(60~80岁,62例),用R语言程序包筛选不同组患者骨髓样本中肿瘤免疫相关的DEGs。选取中青年组与儿童组,老年组与儿童组共同的DEGs,与完全缓解状态的成人与儿童患者的DEGs进行比对,并进行功能富集分析。利用Kaplan-Meier法筛选与预后显著相关的基因,通过构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选核心调控基因,将以上2种方法筛选出的基因视为关键基因。用GEPIA服务器对比关键基因在AML、弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)和胸腺癌的肿瘤样本与正常人样本的表达量,在GEXC网站分析关键基因在AML患者肿瘤干细胞和健康人的原始造血细胞中mRNA的表达情况。结果·GSE134589数据集中,中青年组与儿童组比,上调的DEGs有51个,下调的有21个;老年组与儿童组比,上调的DEGs有47个,下调的有20个;而中青年组与老年组比,没有发现DEG。筛选了中青年组和老年组共同的肿瘤免疫相关DEGs 57个,其中上调有39个,下调有18个,仅有3个基因的表达水平差异在疾病完全缓解时仍有统计学意义。57个共同DEGs主要富集在白细胞迁移和细胞因子介导的信号通路,其中白细胞介素2受体α亚基(interleukin-2 receptor subunit alpha,IL2RA)、FMS-样酪氨酸激酶3(FMS-like tyrosine kinase 3,FLT3)高表达的患者与低表达的患者相比总体生存期显著缩短(均P<0.05),补体成分3a受体1(complement component 3a receptor 1,C3AR1)是PPI网络的核心调控基因。这3个基因作为关键基因,均在AML肿瘤样本特异性高表达(均P<0.05),IL2RA还在DLBCL患者样本中显著高表达(P<0.05)。IL2RA在AML肿瘤干细胞和健康人的原始造血细胞中均低表达,FLT3均高表达,而C3AR1的表达在AML肿瘤干细胞特异性升高。结论·成人与儿童AML患者预后的差异可能与骨髓中肿瘤免疫相关基因表达的差异有关,其中IL2RA、FLT3和C3AR1可能是发挥重要作用的关键基因。 展开更多
关键词 急性髓系白血病 肿瘤免疫 差异表达基因 白细胞介素2受体α亚基 FMS-样酪氨酸激酶3 补体成分3a受体1
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免疫相关基因在同一膀胱癌亚克隆细胞株中的差异表达 被引量：4
8
作者 杨玉琮 李旭 陈葳 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期625-627,共3页
目的:筛选和鉴定同一膀胱癌亚克隆细胞株中差异表达的与BCG免疫相关的基因。方法:以已建立的两株同一来源、不同生物学表型的膀胱移行细胞癌细胞系BLX和BLS211为材料,采用抑制性削减杂交技术(SSH)筛选差异表达的基因片段。结果:在BLX细... 目的:筛选和鉴定同一膀胱癌亚克隆细胞株中差异表达的与BCG免疫相关的基因。方法:以已建立的两株同一来源、不同生物学表型的膀胱移行细胞癌细胞系BLX和BLS211为材料,采用抑制性削减杂交技术(SSH)筛选差异表达的基因片段。结果:在BLX细胞中获得9个高表达的基因,在BLS211细胞中获得15个高表达的基因。BLX细胞中有3个基因,即与卡介苗(BCG)免疫治疗相关的基因BCG诱导的膜蛋白(BIGM103)基因、纤维连接蛋白(FN)基因和补体因子B(BF)基因;BLS211细胞中有8个基因均为新的表达序列标签(EST),已被GenBank登录(登录号为DY50570813,DY2304478)。结论:SSH技术筛选表明,BIGM103等免疫相关基因的不同,可能与不同膀胱癌细胞对BCG免疫治疗的差异性有关;新的EST的获得,为进一步克隆全长、研究基因的功能创造了条件。 展开更多
关键词 膀胱癌 免疫相关基因 抑制性消减杂交 差异表达
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基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析
9
作者 冯玉飞 金珊 +3 位作者 王玉冰 鲁印飞 庞丽娟 刘克坚 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期749-758,共10页
目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Li... 目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Limma”包筛选出差异表达基因(DEGs)并与免疫相关基因(IRGs)交集获得ISR中DEIRGs。采用R软件进行DEIRGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,以Cytoscape软件可视化并计算核心基因(Hub基因)。绘制Hub基因的受试者工作特征(ROC)曲线,计算ROC曲线下面积(AUC),并评价其诊断价值。采用CIBERSORT软件分析ISR中免疫细胞浸润情况,Pearson相关分析法分析免疫细胞间及其与关键基因之间的相关性。结果:共鉴定出331个DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|>1),其中176个基因表达上调,155个基因表达下调,获得38个DEIRGs。GO功能富集分析,在生物过程(BP)中DEIRGs主要富集在防御反应、免疫反应和免疫系统;在细胞组分(CC)中DEIRGs主要定位于胞外区和细胞质膜等;在分子功能(MF)中主要参与调控信号受体结合和细胞因子受体活性等。KEGG信号通路富集分析,ISR中DEIRGs主要富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。PPI网络,前10位Hub基因中CD19具有最高节点。与non-ISR组比较,ISR组样本中CD19 mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。CD19 mRNA表达的ROC曲线中AUC值为0.92(P<0.05)。免疫细胞浸润分析,与non-ISR组比较,ISR组患者滤泡辅助性T淋巴细胞(Tfh)浸润水平升高(P<0.05),初始B淋巴细胞、 CD8+T淋巴细胞、幼稚CD4+T淋巴细胞和M0巨噬细胞等浸润水平升高,但差异无统计学意义(P>0.05),记忆性B淋巴细胞、活化性记忆CD4+T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞、静息性自然杀伤(NK)细胞、活化性NK细胞、单核细胞、静息性肥大细胞和中性粒细胞等浸润水平降低,但差异无统计学意义(P>0.05)。Tfh与M0巨噬细胞和静息肥大细胞等呈正相关关系(r=0.88,P<0.05;r=0.68,P<0.05),与单核细胞和中性粒细胞呈负相关关系(r=-0.49,P<0.05;r=-0.42,P<0.05)。结论:CD19可能通过调控PI3K-AKT信号通路激活影响Tfh和B淋巴细胞,促进ISR的发生发展。CD19可作为诊断ISR的生物标志物。 展开更多
关键词 支架内再狭窄 CD19 差异表达免疫相关基因 免疫浸润 生物标志物
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脓毒症相关性脑病易感小鼠海马的基因差异性
10
作者 刘宇 吴伟伟 傅迪 《中南大学学报(医学版)》 CSCD 北大核心 2024年第11期1777-1789,共13页
目的:脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy,SAE)属常见的脓毒症并发症,可使患者长期存在认知障碍及焦虑情绪,并可导致脓毒症患者死亡。SAE的发病情况和病情严重程度存在显著的个体差异,而调控SAE易感性差异的机制尚不清... 目的:脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy,SAE)属常见的脓毒症并发症,可使患者长期存在认知障碍及焦虑情绪,并可导致脓毒症患者死亡。SAE的发病情况和病情严重程度存在显著的个体差异,而调控SAE易感性差异的机制尚不清楚。海马损伤程度与SAE患者认知障碍程度和精神状况直接相关。本研究探讨SAE模型小鼠海马中差异表达基因对SAE易感性的影响。方法:将6~8周龄无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级C57BL/6雄性小鼠随机分为生理盐水对照组(Con组)与SAE模型组(SAE组)。通过腹腔注射10mg/kg脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)建立SAE模型,Con组腹腔注射等剂量的生理盐水。采用旷场实验(open field test,OFT)、新物体识别实验(novel object recognition,NOR)及Y迷宫实验比较2组小鼠认知功能及焦虑情绪的差异。以Con组OFT、NOR、Y迷宫实验的行为学数据的均数±标准差为基线,将SAE组小鼠分为SAE高敏(high sensitivity for SAE,HS)组和SAE低敏(low sensitivity for SAE,LS)组。采用免疫组织化学染色法观察即刻早期基因家族成员细胞原癌基因(cellular proto-oncogene Fos,c-Fos)、成熟神经元标志物神经元核蛋白(neuronal nuclei,NeuN)的表达,结合尼氏染色观察并分析小鼠海马齿状回(dentate gyrus,DG)、海马角(cornu ammonis,CA)1、CA3亚区的神经元激活程度与功能受损情况。采用高通量转录组RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术对HS组与LS组小鼠组织进行全转录组生物信息学分析,并验证2组的差异表达基因。结果:与Con组小鼠比较,SAE组小鼠认知行为和情绪行为均未表现出显著的易感性差异。进一步分析发现,HS组小鼠较LS组小鼠存在更为严重的认知障碍和焦虑情绪。免疫组织化学染色结果显示,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马c-Fos表达显著增加(P<0.05)。尼氏染色与NeuN染色结果显示,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马神经元功能受损程度显著降低(均P<0.05)。RNA-seq测序和生物信息学分析发现,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马组织中共检出130个表达上调基因,142个表达下调基因。对差异表达基因进行京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析结果显示,LS组小鼠海马组织中表达上调的基因主要涉及多能干细胞调节通路、环腺苷酸(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号通路、Wnt信号通路等;表达下调的基因则主要与细胞连接、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等相关。结论:SAE小鼠海马组织中的基因表达差异性可能是导致认知功能障碍与焦虑情绪的潜在易感机制。 展开更多
关键词 脓毒症相关性脑病 易感性 差异表达基因 海马 遗传因素
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多囊卵巢综合征相关基因的差异表达研究 被引量：25
11
作者 胡振兴 乔杰 +4 位作者 李美芝 张小为 陈咏健 李蓉 孙春玲 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期600-604,共5页
目的：研究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome，PCOS)患者相关基因的差异表达。方法：应用人类全基因组基因芯片 U133A，以体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization embryo transfer，IVF-ET)的多囊卵巢综合征(polycystic ova... 目的：研究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome，PCOS)患者相关基因的差异表达。方法：应用人类全基因组基因芯片 U133A，以体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization embryo transfer，IVF-ET)的多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome，PCOS)患者和对照者取卵后所剩的卵泡颗粒细胞为研究对象，检测5例 PCOS 患者和5例对照者颗粒细胞中相关差异表达的基因。结果：与对照组比较，共筛查出与 PCOS 明显相关的差异表达基因46个，其中25个基因表达增加(上调)，21个表达减少(下调)。这些差异表达基因具有多种生物学功能，如脂类代谢调节、细胞间的信号传导和免疫炎症反应，反映了 PCOS 患者临床症状的多样性。结论：应用基因芯片技术，可筛查出新的 PCOS 遗传相关候选基因。 展开更多
关键词 PCOS 患者 多囊卵巢综合征 相关基因 差异表达基因 筛查 对照 细胞 全基因组 基因芯片
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兔植入前移核胚中发育相关基因的差异表达分析 被引量：11
12
作者 李文雍 齐冰 +3 位作者 王玉阁 郁卫东 杜淼 陈清轩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期813-818,共6页
与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(M... 与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(MⅡ卵、2细胞、4细胞、8～ 16细胞克隆胚胎)为材料进行单胚差示,分离了 80个差异片段.经反向RNA印迹验证、亚克隆、序列分析及NCBIGenBank数据库检索,结果表明:A0 2 8片段与CstF3基因有 93%的同源性,在早期胚胎发育过程中的表达有阶段特异性,该基因在兔克隆胚的早期发育过程中起重要作用.RNA印迹显示:该基因在所检测的组织中,只在卵巢中有表达. 展开更多
关键词 差异表达分析 发育相关基因 兔克隆胚胎 再程序化 单胚差异显示技术
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福尔马林灭活柱状黄杆菌对草鱼免疫相关基因表达的影响 被引量：11
13
作者 刘毅 隗黎丽 +3 位作者 李莉 李楠 姚卫建 聂品 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期794-801,共8页
在本研究中,将福尔马林灭活的柱状黄杆菌菌苗(FKG4)经腹腔注射免疫草鱼,以注射灭菌PBS作对照,分别在免疫后1、7、15和28d,提取受免鱼和对照鱼肝脏、脾脏和头肾3种组织中的总RNA并反转录成cDNA,利用Real-time PCR方法对不同组织中C-反应... 在本研究中,将福尔马林灭活的柱状黄杆菌菌苗(FKG4)经腹腔注射免疫草鱼,以注射灭菌PBS作对照,分别在免疫后1、7、15和28d,提取受免鱼和对照鱼肝脏、脾脏和头肾3种组织中的总RNA并反转录成cDNA,利用Real-time PCR方法对不同组织中C-反应蛋白(CRP)、主要组织相容性复合体I(MHCⅠ)、肿瘤坏死因子(TNFα)、白介素1(IL-1β)、白介素8(IL-8)、Ⅰ型干扰素(IFNⅠ)等6种免疫相关基因的表达进行定量分析。结果发现CRP在受免鱼肝脏中的表达于免疫后1、7d显著高于对照鱼,而在脾脏与头肾中的表达未出现显著差异;MHCⅠ在受免鱼3种组织中的表达于免疫后1、7、15d都显著高于对照鱼;TNFα在3种组织中的表达水平都较低,但都于免疫后1、7d显著高于对照鱼;IL-1β在3种组织中的表达于免疫后1d都显著高于对照鱼,但只有在头肾中的表达在免疫后7d时仍保持显著差异;IL-8在3种组织中的表达都只是于免疫后1d显著高于对照鱼;TNFα、IL-1β及IL-8等3种炎症因子的基因表达在免疫后15d都恢复到对照鱼的水平;而IFNⅠ在3种组织中的表达与对照组之间未出现显著差异。结果表明,FKG4注射免疫可以显著提高草鱼3种组织中与抗菌免疫相关的基因表达,从而增强鱼体抵抗细菌性病原的免疫力。 展开更多
关键词 柱状黄杆菌 草鱼 免疫相关基因 实时荧光PCR 基因表达
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蛋鸡与肉鸡卵巢组织基因差异表达与产蛋数杂种优势的相关性研究 被引量：8
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作者 王慧 张沅 +1 位作者 孙东晓 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期111-115,共5页
以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数... 以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数的杂种优势率的相关性。结果:24 种引物组合共扩增出 1 572 条带,其中能够重现的有1 126条,重现率为71.63%。在6个正反杂交群中检测到7类基因差异表达模式:P1杂种超强表达(22 .29%);P2杂种特异表达(9. 84%); P3 杂种减弱表达(9. 85%); P4 杂种沉默(3. 42%); P5 单亲特异表达(22. 91%);P6单亲显性表达(25.74%);P7共显性表达(5.95%)。相关性分析表明:32 周龄产蛋数的杂种优势率与杂种特异型表达模式(P2)呈显著的负相关(P<0 05);而与杂种减弱型表达模式呈显著的正相关(P<0. 05)。这一研究结果为探索鸡的产蛋性状杂种优势的分子遗传机理奠定了基础,同时探讨了差异表达基因与杂种优势的关系。 展开更多
关键词 杂种优势 产蛋 蛋鸡 肉鸡 周龄 基因差异表达 杂交 卵巢组织 相关性研究 减弱
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大豆异黄酮合成途径相关基因差异表达分析 被引量：7
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作者 崔艳伟 李文龙 +2 位作者 常文锁 李喜焕 张彩英 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期719-725,共7页
大豆异黄酮是一种应用广泛、具有医用和保健功能的活性物质。为揭示异黄酮合成途径相关基因表达差异,本研究采用实时定量PCR技术分析相关基因在不同大豆品种、发育时期及组织部位的表达。结果发现,苯丙氨酸解氨酶基因PAL、肉桂酸羟化酶... 大豆异黄酮是一种应用广泛、具有医用和保健功能的活性物质。为揭示异黄酮合成途径相关基因表达差异,本研究采用实时定量PCR技术分析相关基因在不同大豆品种、发育时期及组织部位的表达。结果发现,苯丙氨酸解氨酶基因PAL、肉桂酸羟化酶基因C4H、香豆酸辅酶A连接酶基因4CL在高异黄酮品种中豆27 R2期叶片中的表达量显著高于低异黄酮品种楚秀;查尔酮合成酶基因CHS、异黄酮合成酶基因IFS在中豆27 R8期子粒中的表达量显著高于楚秀;细胞色素还原酶基因CPR在中豆27 R7期叶片与子粒的表达量与楚秀相比显著降低。这些差异表达的基因可能是形成大豆品种异黄酮含量高低的重要原因。 展开更多
关键词 大豆 异黄酮合成 相关基因 差异表达
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低温胁迫下鹅掌楸抗寒性相关基因的差异表达分析 被引量：8
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作者 陆畅 李斌 郑勇奇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期25-31,共7页
对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense（Hemsl.）Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明：获得的总... 对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense（Hemsl.）Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明：获得的总RNA样品质量符合实验要求。数字基因表达谱分析结果表明：每个样品的质量控制后序列的总长度均在0.5 Gbp以上,碱基错误率为0.01%,Q20值超过99%,Q30值为96.99%~97.23%,GC含量为44.97%~47.06%,并且每个样品比对成功的序列条数占质量控制后序列总数的百分率均在90%以上。差异表达基因筛选结果显示：共发现9个与鹅掌楸抗寒性有关的差异表达基因,分别为HSP、MYB、NAC、AP2、Zinc finger、WRKY、FAD、Phospholipase和β-amylase基因。实时荧光定量PCR分析结果表明这9个基因共有3种表达模式,其中,HSP和FAD基因的相对表达量均随着温度的降低而减少,表现为基因下调表达;AP2、NAC和Zinc finger基因的相对表达量随着温度的降低而增多,表现为基因上调表达;而β-amylase、WRKY、Phospholipase和MYB基因的相对表达量则表现为4℃时增加、-30℃时减少。从基因的相对表达量来看,最大相对表达量超过5的基因有NAC和WRKY,介于2~5之间的基因有AP2、Zinc finger、β-amylase和MYB,低于2的基因有Phospholipase、HSP和FAD。结果显示NAC和WRKY基因可能在鹅掌楸的抗寒过程中起主要作用。 展开更多
关键词 鹅掌楸 低温胁迫 抗寒性相关基因 数字基因表达谱 差异表达基因 相对表达量
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基因芯片研究与衰老相关免疫基因的表达 被引量：6
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作者 余榕捷 蒲含林 林剑 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第8期532-535,共4页
目的:利用基因表达谱芯片,研究免疫相关基因在衰老过程中表达水平的改变。方法:分别提取20只20月龄SD大鼠和20只4月龄SD大鼠的脾脏mRNA,并通过逆转录制备成杂交探针;老年大鼠用Cy5d-UTP标记,青年大鼠用Cy3 d-UTP标记。将两种探针等量混... 目的:利用基因表达谱芯片,研究免疫相关基因在衰老过程中表达水平的改变。方法:分别提取20只20月龄SD大鼠和20只4月龄SD大鼠的脾脏mRNA,并通过逆转录制备成杂交探针;老年大鼠用Cy5d-UTP标记,青年大鼠用Cy3 d-UTP标记。将两种探针等量混合后与包含416个免疫相关基因的cDNA芯片进行杂交。通过扫描仪扫描芯片荧光信号和计算机分析,比较老年组和青年组大鼠脾脏的基因表达水平的差异。同步检测老年组大鼠和青年组大鼠的心、肝、肾和血液中的与自由基相关的生化指标。结果:生化指标检测证实20月龄老年大鼠与4月龄青年大鼠清除自由基的能力有显著的差异,说明其生理机能有显著差异,适用于芯片的研究。而芯片结果显示在所研究与免疫相关的基因中,13个基因在老年大鼠脾脏中表达下调,其中包括参与应激和免疫应答的基因,部分参与细胞增殖、分化的调节基因和参与DNA/RNA修复基因;只有1个基因,即编码良性肿瘤淀粉酶的基因在老年大鼠脾脏中表达特异增高。结论:运用基因表达谱芯片可以帮助我们了解免疫系统在衰老过程中的变化,深入理解衰老的发生和发展机制。 展开更多
关键词 基因芯片 研究 衰老 相关免疫基因 基因表达谱芯片
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感染球孢白僵菌的家蚕免疫应答差异表达基因分析 被引量：3
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作者 侯成香 覃光星 +4 位作者 耿涛 高坤 潘中华 钱荷英 郭锡杰 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期13-24,共12页
【目的】筛选家蚕Bombyx mori应对白僵菌Beauveria bassiana侵染的应答基因,以进一步研究家蚕抵御真菌侵染的分子机制。【方法】采用新一代Solexa高通量测序技术对感染白僵菌及未感染白僵菌的对照组家蚕进行了测序分析,筛选差异表达基因... 【目的】筛选家蚕Bombyx mori应对白僵菌Beauveria bassiana侵染的应答基因,以进一步研究家蚕抵御真菌侵染的分子机制。【方法】采用新一代Solexa高通量测序技术对感染白僵菌及未感染白僵菌的对照组家蚕进行了测序分析,筛选差异表达基因;结合生物信息学工具分析差异表达基因的功能注释、分类及涉及的信号通路等;应用荧光定量PCR技术验证10个基因的差异表达。【结果】通过测序和生物信息学分析共获得377个差异表达基因,其中表达上调基因236个,下调基因141个;KEGG通路分析表明,各通路中既有表达上调的基因,也有下调基因;12个上调基因、26个下调基因参与3个显著性富集的KEGG通路,即核糖体、氨酰tRNA生物合成和剪接体通路。定量PCR与测序结果显示,溶菌酶、热激蛋白、谷胱甘肽S-转移酶、肽聚糖识别蛋白等与免疫应激相关的蛋白基因均呈现表达上调。【结论】本研究筛选获得的差异表达基因,特别是上调表达的基因可能与家蚕应对白僵菌侵染的应答机制有关,其中与免疫应激相关的蛋白基因如溶菌酶、热激蛋白、谷胱甘肽S-转移酶、肽聚糖识别蛋白基因等可能直接参与了家蚕对白僵菌的免疫识别和防御,研究结果为从分子水平阐明家蚕抵御真菌侵染的防御机制和白僵菌对家蚕的致病机理提供新的依据。 展开更多
关键词 家蚕 球孢白僵菌 免疫应答 转录组 差异表达基因
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不同IBV疫苗免疫鸡感染GVI-1型毒株后固有免疫相关基因的表达差异研究
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作者 李敏 吕佳玳 +5 位作者 刘月月 李俐睿 周潇潇 李桂黎 岳建国 黄勇 《四川畜牧兽医》 2022年第9期32-35,共4页
本试验选取国内常用的IBV两个商品化疫苗株(H120和4/91)及在西南地区分离到的GVI-1型IBV分离株(ZQX株)作为研究对象,进行动物免疫攻毒试验,测定不同时间固有免疫相关基因的表达变化,从天然免疫角度对两个疫苗株的免疫机理进行分析,为IB... 本试验选取国内常用的IBV两个商品化疫苗株(H120和4/91)及在西南地区分离到的GVI-1型IBV分离株(ZQX株)作为研究对象,进行动物免疫攻毒试验,测定不同时间固有免疫相关基因的表达变化,从天然免疫角度对两个疫苗株的免疫机理进行分析,为IBV的免疫机理和GVI-1型毒株的致病机理提供参考。结果显示:疫苗株H120和4/91对ZQX都有一定的保护作用;所选取的5个目的基因(MDA5、TLR3、TLR7、IFN-β、IL-6)在抵御IBV ZQX感染中都发挥了一定的作用,但MDA5和TLR3发挥的作用更为显著;H120免疫组感染ZQX后,固有免疫相关基因的表达比4/91免疫组更为迅速。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒(IBV) 荧光定量PCR 固有免疫相关基因 表达差异
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正常与退变椎间盘纤维环细胞相关基因的差异表达 被引量：6
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作者 叶冬平 梁伟国 +2 位作者 戴丽冰 沈雁 陈鸿辉 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期168-172,共5页
目的:研究人正常和退变椎间盘纤维环细胞椎间盘退变相关基因表达量的差异,探讨这些相关基因与椎间盘退变的关系,筛选明显差异基因作为退变纤维环细胞体外刺激因子,逆转椎间盘退变。方法:实时荧光定量PCR(real-time qRT-PCR,SYBR Green)... 目的:研究人正常和退变椎间盘纤维环细胞椎间盘退变相关基因表达量的差异,探讨这些相关基因与椎间盘退变的关系,筛选明显差异基因作为退变纤维环细胞体外刺激因子,逆转椎间盘退变。方法:实时荧光定量PCR(real-time qRT-PCR,SYBR Green)技术检测人正常和退变纤维环细胞TGF-β、IGF-1、bFGF、IL-1、TIMP-1、COL1A1、BMP-14、PDGF、aggrecan、COL2A1、SOX 9、BMP-2、iNOS、EGF、MMP3、BMP-4和BMP-7mRNA表达水平。结果:与正常纤维环细胞相比,退变纤维环细胞TGF-β、IL-1、PDGF和IGF-1 mRNA表达量降低(P<0.01,P<0.05);bFGF、TIMP-1、BMP-14和COL1A1 mRNA表达升量高(P<0.01);正常纤维环细胞aggrecan和BMP-2 mRNA高表达,退变纤维环细胞两者表达阴性;COL2A1、iNOS和MMP3在正常纤维环细胞mR-NA有表达,在退变纤维环细胞表达阴性;EGF在正常纤维环细胞mRNA表达阴性,而在退变纤维环细胞有表达。Sox-9、BMP-4和BMP-7在正常和退变纤维环细胞mRNA表达均为阴性。结论:椎间盘纤维环退变与TGF-β、IL-1、PDGF、IGF-1、aggrecan和BMP-2 mRNA低表达,bFGF、TIMP-1、BMP-14和COL1A1 mRNA高表达相关;BMP-2、TGF-β、PDGF和IGF-1可作为退变纤维环细胞体外刺激因子,用于逆转椎间盘退变的研究;bFGF、TIMP-1和BMP-14可能是椎间盘纤维环细胞退变的标志物。 展开更多
关键词 正常纤维环细胞 退变纤维环细胞 差异表达 椎间盘退变相关基因
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