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拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析
被引量：
2
1
作者
邢永强
何泽学
+1 位作者
刘国庆
蔡禄
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期1118-1129,共12页
可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关.本工作基于GEO...
可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关.本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析.该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.
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关键词
拟南芥
差异
表达基因
差异可变剪接
组织特异性
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职称材料
题名
拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析
被引量：
2
1
作者
邢永强
何泽学
刘国庆
蔡禄
机构
内蒙古科技大学生命科学与技术学院
内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期1118-1129,共12页
基金
国家自然科学基金（61662055,61671256,31660322）
内蒙古自然科学基金（2018MS03024）
内蒙古自治区高等学校青年科技英才支持计划资助项目~~
文摘
可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关.本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析.该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.
关键词
拟南芥
差异
表达基因
差异可变剪接
组织特异性
Keywords
Arabidopsis thaliana
differentially expressed gene
differential alternative splicing
tissue specificity
分类号
Q6 [生物学—生物物理学]
Q94 [生物学—植物学]
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1
拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析
邢永强
何泽学
刘国庆
蔡禄
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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