目的依据血浆中存在游离DNA的理论,采用磁珠作为固相吸附载体并使用特定设计的试剂体系及提取流程,建立一种简便、高效提取尿液样本中游离甲基化DNA的方法,评价其作为用于尿液样本的甲基化基因检测技术的可行性。方法使用磁珠法提取40...目的依据血浆中存在游离DNA的理论,采用磁珠作为固相吸附载体并使用特定设计的试剂体系及提取流程,建立一种简便、高效提取尿液样本中游离甲基化DNA的方法,评价其作为用于尿液样本的甲基化基因检测技术的可行性。方法使用磁珠法提取40例成人尿液中游离甲基化DNA,进行甲基化修饰后,紫外分光光度计测定DNA的浓度和纯度。结果结果显示,提取50 m L尿液可得61~200 ng/μL的甲基化DNA,OD260/280为1.8±0.05。使用甲基化阳性对照DNA引物进行PCR及电泳后可见目的条带,说明其纯度可以满足后续甲基化基因检测和PCR等操作要求。结论尿液中确实存在游离甲基化DNA,同时磁珠法提取尿液游离DNA提取过程简单,且提取纯度高,是一种高效的提取方法。展开更多
目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性。方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者21...目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性。方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者216例,抽提肿瘤组织DNA和血浆游离DNA,重亚硫酸盐处理后,利用DD-PCR进行CIMP分型。CIMP分型选用CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3、SOCS1五个基因的甲基化位点,利用免疫组织化学技术(IHC)检测P53突变情况,以巢式PCR测序方法检测K-RAS和BRAF突变。结果:216例肿瘤中17例(7.9%)存在BRAF突变,96例(44.4%)存在K-RAS突变和112例(51.9%)P53-IHC(+)。31.5%(68/216)的结直肠癌为CIMP(+)(5个基因位点中高甲基化位点数目≥3),82.3%(14/17)的BRAF突变属于CIMP(+),而只有9.4%(9/96)的K-RAS突变和7.1%(8/112)的P53突变属于CIMP(+)。除了K-RAS,BRAF和P53突变外,同CIMP(-)结直肠癌相比,CIMP(+)肿瘤还具有独特的临床病理特征:肿瘤更易发生在结直肠的近端位置,黏液性癌比例偏高,分化程度较高,CIMP(+)患者生存时间显著短于CIMP(-)患者。利用血浆游离DNA进行分型和利用肿瘤组织进行分型的一致性为93.4%、灵敏度为87.2%、特异性为100%。结论:CIMP(+)结直肠癌具有独特的临床病理特征,且预后较差;在缺乏肿瘤组织的情况下,利用DD-PCR对血浆游离DNA进行CIMP分型是可行的。展开更多
文摘目的依据血浆中存在游离DNA的理论,采用磁珠作为固相吸附载体并使用特定设计的试剂体系及提取流程,建立一种简便、高效提取尿液样本中游离甲基化DNA的方法,评价其作为用于尿液样本的甲基化基因检测技术的可行性。方法使用磁珠法提取40例成人尿液中游离甲基化DNA,进行甲基化修饰后,紫外分光光度计测定DNA的浓度和纯度。结果结果显示,提取50 m L尿液可得61~200 ng/μL的甲基化DNA,OD260/280为1.8±0.05。使用甲基化阳性对照DNA引物进行PCR及电泳后可见目的条带,说明其纯度可以满足后续甲基化基因检测和PCR等操作要求。结论尿液中确实存在游离甲基化DNA,同时磁珠法提取尿液游离DNA提取过程简单,且提取纯度高,是一种高效的提取方法。
文摘目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性。方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者216例,抽提肿瘤组织DNA和血浆游离DNA,重亚硫酸盐处理后,利用DD-PCR进行CIMP分型。CIMP分型选用CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3、SOCS1五个基因的甲基化位点,利用免疫组织化学技术(IHC)检测P53突变情况,以巢式PCR测序方法检测K-RAS和BRAF突变。结果:216例肿瘤中17例(7.9%)存在BRAF突变,96例(44.4%)存在K-RAS突变和112例(51.9%)P53-IHC(+)。31.5%(68/216)的结直肠癌为CIMP(+)(5个基因位点中高甲基化位点数目≥3),82.3%(14/17)的BRAF突变属于CIMP(+),而只有9.4%(9/96)的K-RAS突变和7.1%(8/112)的P53突变属于CIMP(+)。除了K-RAS,BRAF和P53突变外,同CIMP(-)结直肠癌相比,CIMP(+)肿瘤还具有独特的临床病理特征:肿瘤更易发生在结直肠的近端位置,黏液性癌比例偏高,分化程度较高,CIMP(+)患者生存时间显著短于CIMP(-)患者。利用血浆游离DNA进行分型和利用肿瘤组织进行分型的一致性为93.4%、灵敏度为87.2%、特异性为100%。结论:CIMP(+)结直肠癌具有独特的临床病理特征,且预后较差;在缺乏肿瘤组织的情况下,利用DD-PCR对血浆游离DNA进行CIMP分型是可行的。
