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应用寡聚核苷酸芯片检测白血病与其同胞供者的白血病基因表达差异
1
作者
孙薏
董陆佳
+7 位作者
田方
王升启
贾治林
黄坚
陈泽建
李伍举
陈喜林
朱平
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
2004年第4期450-454,共5页
为了应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究 9对白血病患者 /同胞供受者对之间的基因表达谱差异以识别主要的疾病相关基因 ,将 16 3条白血病 /肿瘤发病相关基因组群列入芯片设计 ,合成寡核苷酸探针 ,用点样仪点片制成基因芯片。提取病初白...
为了应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究 9对白血病患者 /同胞供受者对之间的基因表达谱差异以识别主要的疾病相关基因 ,将 16 3条白血病 /肿瘤发病相关基因组群列入芯片设计 ,合成寡核苷酸探针 ,用点样仪点片制成基因芯片。提取病初白血病患者及其供者的骨髓 /外周血标本或其相对应的健康同胞供者经G CSF动员后并经CS 30 0 0细胞分离机采集的浓集的 9份外周血造血干细胞的总RNA ;分别逆转录并进行寡核苷酸探针杂交。结果表明 :与其相应的正常供者配对比较 ,发现 4例ALL患者中存在 6条显著差异表达基因 ,其中上调表达基因 5条(RIZ ,STK 1,T cellleukemia/lymphoma 1A ,Cbp/ p30 0 ,Op18) ,下调表达 1条 (hematopoieticproteoglycancorepro tein) ;5例AML M4和AML M5患者中亦存在 7条显著差异表达基因 ,其中上调表达 6条 (STAT5B ,ligandp6 2fortheLckSH2 ,CST3,LTC4S ,myeloidleukemiafactor 2 ,epb72 ) ,下调表达 1条 (CCR5 )。结论 :选择有高度遗传关联的兄弟姐妹供受者对作为差异研究比照对象 ,利用寡聚核苷酸基因芯片技术进行疾病基因的筛查 ,筛查出了 13条主要异常基因 ;进一步确认了上述基因在白血病分子发病机制中的关键性作用。
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关键词
寡聚核苷酸芯片
白血病
供受者对
差异表达基因
造血干细胞移植
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职称材料
寡聚核苷酸芯片表达谱系统偏移的校正算法
2
作者
邱浪波
王广云
王正志
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期556-561,共6页
多芯片对比实验中,由于多方面的变异因素,使得芯片间存在明显的系统偏移.因此,芯片表达谱数据的校正处理是关键的数据预处理步骤.当前,已经提出了很多校正算法,比如:比例常数校正、非线性校正、分位数校正等.提出了一种新的校正算法.在...
多芯片对比实验中,由于多方面的变异因素,使得芯片间存在明显的系统偏移.因此,芯片表达谱数据的校正处理是关键的数据预处理步骤.当前,已经提出了很多校正算法,比如:比例常数校正、非线性校正、分位数校正等.提出了一种新的校正算法.在选择的最小秩差异探针集上,进行非线性M-A校正.并采用迭代策略减弱基准芯片方法对基准芯片选择的敏感性.在标准测试集上,同几种已知的方法进行了对比分析.
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关键词
高密度
寡聚核苷酸芯片
系统偏移
校正
转录产物
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职称材料
题名
应用寡聚核苷酸芯片检测白血病与其同胞供者的白血病基因表达差异
1
作者
孙薏
董陆佳
田方
王升启
贾治林
黄坚
陈泽建
李伍举
陈喜林
朱平
机构
军事医学科学院附属
军事医学科学院附属
军事医学科学院放射医学研究所
北京大学医学部第一附属医院血液内科
出处
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
2004年第4期450-454,共5页
基金
全军医药卫生科研基金 ( 0 1MA0 94)
国家自然科学基金 ( 3 98890 0 1)
军事医学科学院创新基金
文摘
为了应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究 9对白血病患者 /同胞供受者对之间的基因表达谱差异以识别主要的疾病相关基因 ,将 16 3条白血病 /肿瘤发病相关基因组群列入芯片设计 ,合成寡核苷酸探针 ,用点样仪点片制成基因芯片。提取病初白血病患者及其供者的骨髓 /外周血标本或其相对应的健康同胞供者经G CSF动员后并经CS 30 0 0细胞分离机采集的浓集的 9份外周血造血干细胞的总RNA ;分别逆转录并进行寡核苷酸探针杂交。结果表明 :与其相应的正常供者配对比较 ,发现 4例ALL患者中存在 6条显著差异表达基因 ,其中上调表达基因 5条(RIZ ,STK 1,T cellleukemia/lymphoma 1A ,Cbp/ p30 0 ,Op18) ,下调表达 1条 (hematopoieticproteoglycancorepro tein) ;5例AML M4和AML M5患者中亦存在 7条显著差异表达基因 ,其中上调表达 6条 (STAT5B ,ligandp6 2fortheLckSH2 ,CST3,LTC4S ,myeloidleukemiafactor 2 ,epb72 ) ,下调表达 1条 (CCR5 )。结论 :选择有高度遗传关联的兄弟姐妹供受者对作为差异研究比照对象 ,利用寡聚核苷酸基因芯片技术进行疾病基因的筛查 ,筛查出了 13条主要异常基因 ;进一步确认了上述基因在白血病分子发病机制中的关键性作用。
关键词
寡聚核苷酸芯片
白血病
供受者对
差异表达基因
造血干细胞移植
Keywords
oligonucleotide microarray
leukemia
recipient/sibling donor pair
differentially expressed gene
Hematopoietic stem cell transplantation
分类号
R733.7 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
寡聚核苷酸芯片表达谱系统偏移的校正算法
2
作者
邱浪波
王广云
王正志
机构
国防科学技术大学机电工程与自动化学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期556-561,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(60471003).~~
文摘
多芯片对比实验中,由于多方面的变异因素,使得芯片间存在明显的系统偏移.因此,芯片表达谱数据的校正处理是关键的数据预处理步骤.当前,已经提出了很多校正算法,比如:比例常数校正、非线性校正、分位数校正等.提出了一种新的校正算法.在选择的最小秩差异探针集上,进行非线性M-A校正.并采用迭代策略减弱基准芯片方法对基准芯片选择的敏感性.在标准测试集上,同几种已知的方法进行了对比分析.
关键词
高密度
寡聚核苷酸芯片
系统偏移
校正
转录产物
Keywords
high-density oligonucleotide array, system bias, normalization, transcript
分类号
TP183 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
V243 [航空宇航科学与技术—飞行器设计]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用寡聚核苷酸芯片检测白血病与其同胞供者的白血病基因表达差异
孙薏
董陆佳
田方
王升启
贾治林
黄坚
陈泽建
李伍举
陈喜林
朱平
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
2004
0
在线阅读
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职称材料
2
寡聚核苷酸芯片表达谱系统偏移的校正算法
邱浪波
王广云
王正志
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
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职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
统计分析
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