SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测人c-myc基因方法的建立 被引量：1

1

作者 孙秀静 朱圣韬 +1 位作者 徐有青 张澍田 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2009年第6期821-826,共6页

目的构建含有c-myc基因的重组质粒并以其为模板,建立以SYBR GreenⅠ染料为荧光指示剂的实时荧光定量PCR(FQ-PCR)技术检测c-myc的标准曲线,为FQ-PCR准确检测c-myc奠定基础。方法用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法从人食管鳞癌组织的总mRNA... 目的构建含有c-myc基因的重组质粒并以其为模板,建立以SYBR GreenⅠ染料为荧光指示剂的实时荧光定量PCR(FQ-PCR)技术检测c-myc的标准曲线,为FQ-PCR准确检测c-myc奠定基础。方法用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法从人食管鳞癌组织的总mRNA中反转录扩增c-myc cDNA,将纯化的PCR产物与pGEM-T Easy载体进行连接,转化宿主菌DH-5α,然后挑选阳性克隆重组质粒,分别用PCR扩增、限制性核酸内切酶EcoRⅠ酶切进行鉴定并测序分析。用紫外分光光度计测质粒浓度,计算拷贝数制备FQ-PCR浓度梯度标准品。最后对质粒标准品进行FQ-PCR检测。结果PCR扩增、酶切鉴定及测序分析均证实c-myc重组到pGEM-T Easy载体上。建立了人c-myc标准曲线,其对数与相应的Ct值(循环阈值)具有良好的相关性,相关系数r2=-0.99～-1,斜率为-3.1～-3.6。结论所构建的人c-myc质粒标准品应用SYBR GreenⅠ荧光染料技术建立的标准曲线线性关系好,灵敏性和特异性高,准确可靠,此方法可作为FQ-PCR检测c-myc基因的标准方法。 展开更多

关键词 SYBR GreenⅠ染料 实时荧光定量 反转录聚合酶链反应 C-MYC基因

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两种实时定量RT-PCR方法检测miRNAs表达的技术分析 被引量：6

2

作者 闵自信 杜小云 +5 位作者 宁启兰 钟楠楠 郑悦雯 韩燕 吕社民 张蕊 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期258-262,共5页

目的比较两种实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测microRNAs(miRNAs)表达含量的技术差异,优化不同实验目的和条件下研究miRNAs表达的技术方法。方法取21d和42d两个时间点的SD大鼠关节软骨组织,采用Trizol法提取总RNA备用。选取... 目的比较两种实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测microRNAs(miRNAs)表达含量的技术差异,优化不同实验目的和条件下研究miRNAs表达的技术方法。方法取21d和42d两个时间点的SD大鼠关节软骨组织,采用Trizol法提取总RNA备用。选取rno-miR-15b、rno-miR-16、rno-miR-195、rno-miR-497作为研究对象,分别用茎环引物和试剂公司提供的试剂盒方法反转录总RNA,并应用实时定量PCR方法检测这些miRNAs的表达量。提取人血浆中总RNA,用上述两种RT-qPCR方法实时定量检测has-miR-16的表达量。结果两种方法检测这些miRNAs表达量,在大鼠21d和42d这两个时间点其表达量变化趋势相同,都呈现增高的趋势,这与我们前期Solexa测序结果相同。在血浆中的结果显示,其中茎环引物反转录方法灵敏度相对较高。结论茎环引物法在少量几个重要的miRNAs检测中具有优势,而试剂盒方法适用于大量miRNAs的筛查。 展开更多

关键词 MIRNAS 茎环引物 实时定量反转录聚合酶链反应 软骨 血浆

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乙脑病毒嵌套式RT-PCR检测方法的建立及初步应用 被引量：12

3

作者 高正琴 贺争鸣 +2 位作者 邢瑞昌 卫礼 王吉 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2005年第4期279-282,共4页

目的　建立适用于检测人用猪源性生物制品中外源性乙脑病毒(JEV)的嵌套式RT- PCR方法。方法　根据已公布的JEV序列(GenBank登录号为M5 5 5 0 6 ) ,设计合成两对引物,对JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞抽提RNA进行RT PCR和RT ... 目的　建立适用于检测人用猪源性生物制品中外源性乙脑病毒(JEV)的嵌套式RT- PCR方法。方法　根据已公布的JEV序列(GenBank登录号为M5 5 5 0 6 ) ,设计合成两对引物,对JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞抽提RNA进行RT PCR和RT nestedPCR ,将PCR产物进行了克隆测序;同时对猪细小病毒(PPV)、猴空泡病毒4 0 (SV4 0 )及正常乳鼠脑组织、正常BHK 2 1细胞、PK15细胞、BSC 1细胞提取核酸进行PCR ,并对2 10份临床样品进行了检测。结果　PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测,JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞均扩增出10 15bp和6 2 2bp目的基因片段,而PPV、SV4 0及未感染JEV的乳鼠脑组织、正常BHK 2 1细胞、PK15细胞、BSC 1细胞均未见特异性扩增条带,2 10份猪组织样品中未检出阳性样品。RT nestedPCR检测的最低限度为10PFU病毒。从样品核酸的提取到PCR扩增及检测结果的报告可在8小时内完成。结论　本研究建立的RT NestedPCR方法具有快速、特异、敏感、可靠的特点,可用于人用猪源性生物制品中外源性JEV的污染检测。 展开更多

关键词 乙脑病毒 反转录-嵌套式聚合酶链反应 检测

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磷酸二酯酶基因在小型猪骨骼肌组织的表达 被引量：5

4

作者 谷金妮 许剑琴 +1 位作者 陈武 于同泉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期434-439,共6页

提取中国实验用小型猪骨骼肌组织总RNA,应用反转录聚合酶链反应测定磷酸二酯酶(PDE)同工酶在骨骼肌组织中的表达分布。结果可见PDE1A、1C、2A、3A、3B、4A、4B、4C、4D、5A、7A、7B、8A、8B、9A和11A共16种PDE同工酶mRNA在中国实验用小... 提取中国实验用小型猪骨骼肌组织总RNA,应用反转录聚合酶链反应测定磷酸二酯酶(PDE)同工酶在骨骼肌组织中的表达分布。结果可见PDE1A、1C、2A、3A、3B、4A、4B、4C、4D、5A、7A、7B、8A、8B、9A和11A共16种PDE同工酶mRNA在中国实验用小型猪骨骼肌组织中表达,其中PDE1A、1C、2A、3A、4B、4C、8A和8B共8 种在人和其他动物骨骼肌组织中的表达分布未见报道,PDE1B和10A 3种同工酶未见表达。16种PDE同工酶mRNA在骨骼肌组织中的表达,从电泳条带上可以看到各种PDE表达量存在着差异,但需要进一步做定量分析加以评定。 展开更多

关键词 肌组织 小型猪 酯酶基因 反转录聚合酶链反应 组织总RNA mRNA 磷酸二酯酶 同工酶 PDE 动物骨骼 定量分析 骨骼肌 表达量 实验 中国 分布

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马动脉炎病毒实时RT-PCR检测方法的建立 被引量：5

5

作者 杨松 梁成珠 +2 位作者 高宏伟 刘永华 陈溥言 《动物医学进展》 CSCD 2007年第5期32-35,共4页

选取马动脉炎病毒基因组中高度保守的开放阅读框7序列,设计了特异性引物和TaqMan探针,利用一步法的实时定量RT-PCR来定量检测马动脉炎病毒。分别使用马动脉炎病毒的总RNA和含有选定检测序列的克隆标准品做扩增曲线,两曲线斜率之差小于0... 选取马动脉炎病毒基因组中高度保守的开放阅读框7序列,设计了特异性引物和TaqMan探针,利用一步法的实时定量RT-PCR来定量检测马动脉炎病毒。分别使用马动脉炎病毒的总RNA和含有选定检测序列的克隆标准品做扩增曲线,两曲线斜率之差小于0.1,证明两者的扩增效率相同,可用选定检测序列的克隆标准品对马动脉炎病毒进行定量检测。该方法敏感,快速,准确,且无交叉污染,能满足海关及检疫部门对马动脉炎病毒快速、准确的检测要求。 展开更多

关键词 实时反转录-聚合酶链反应 定量检测 马动脉炎病毒

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产AmpC酶铜绿假单胞菌对亚胺培南耐药机制的研究 被引量：12

6

作者 李小燕 吴爱武 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2008年第6期423-428,共6页

目的研究产AmpC酶的铜绿假单胞菌对亚胺培南耐药的分子机制。方法2003—2007年从临床标本中分离到铜绿假单胞菌220株,采用三维试验筛选产β内酰胺酶(包括AmpC酶)的铜绿假单胞菌,应用多重PCR检测产AmpC酶的铜绿假单胞菌质粒携带的AmpC耐... 目的研究产AmpC酶的铜绿假单胞菌对亚胺培南耐药的分子机制。方法2003—2007年从临床标本中分离到铜绿假单胞菌220株,采用三维试验筛选产β内酰胺酶(包括AmpC酶)的铜绿假单胞菌,应用多重PCR检测产AmpC酶的铜绿假单胞菌质粒携带的AmpC耐药基因,应用荧光定量RT-PCR的方法检测染色体AmpC酶基因和oprD2基因的表达情况。结果共检出40株产β内酰胺酶的菌株,其中产AmpC酶、ESBLs、金属酶(MBL)和未知酶型铜绿假单胞菌的构成比分别是62.5%(25/40)、20%(8/40)、7.5%(3/40)和10%(4/40)。25株产AmpC酶菌株均有不同程度AmpC酶基因表达量升高,其中,仅1株细菌携带DHA质粒型AmpC酶基因,12株菌oprD2基因表达量减低,这些菌株均对亚胺培南耐药,13株菌oprD2基因表达量正常,其中仅5株菌对亚胺培南耐药;7株菌(占产AmpC酶菌株的28%,不产金属酶)的酶粗提物能微弱水解IPM,这7株菌AmpC酶基因的表达量均有明显升高,其中5株菌同时伴有oprD2基因表达量降低。结论铜绿假单胞菌产生的AmpC酶可微弱水解亚胺培南,且其水解亚胺培南可能与AmpC酶产生量有一定关系;产AmpC酶铜绿假单胞菌对亚胺培南耐药的原因可能是细菌AmpC酶表达量增加和oprD2表达量减低两者共同作用的结果。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌 AMPC酶 OprD2蛋白 荧光定量反转录聚合酶链反应

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大豆防御应答相关WRKY转录因子的克隆与表达分析 被引量：2

7

作者 林国强 陈志雄 +2 位作者 胡润芳 张广庆 滕振勇 《福建农业学报》 CAS 2011年第1期29-32,共4页

WRKY转录因子与植物的生物和非生物胁迫应答密切相关。通过RT-PCR方法获得了与拟南芥转录因子WRKY14的相似性高达92%的大豆WRKY转录因子GmWRKY的cDNA序列,并利用半定量RT-PCR分析了GmWRKY在大豆不同组织中及不同非生物胁迫下的表达情况... WRKY转录因子与植物的生物和非生物胁迫应答密切相关。通过RT-PCR方法获得了与拟南芥转录因子WRKY14的相似性高达92%的大豆WRKY转录因子GmWRKY的cDNA序列,并利用半定量RT-PCR分析了GmWRKY在大豆不同组织中及不同非生物胁迫下的表达情况。结果表明:GmWRKY在大豆根、茎、叶中均有表达。在铝、低磷、盐等胁迫下,GmWRKY表达均有不同程度的增加,说明非生物胁迫下GmWRKY在大豆抗逆中可能发挥重要作用。 展开更多

关键词 大豆 WRKY 半定量反转录-聚合酶链反应 非生物胁迫

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2周耐力训练对大鼠骨骼肌肌动蛋白和肌球蛋白重链基因表达的影响 被引量：10

8

作者 逄金柱 王瑞元 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期415-418,共4页

目的:研究2周跑台训练对雄性SD大鼠骨骼肌肌动蛋白(α-actin)和肌球蛋白重链(myosinheavychain,MHC)基因表达的影响。方法:实验以20只雄性SD大鼠为研究对象,将其随机分为对照组和训练组。运动训练组大鼠进行连续2周强度约为75%VO2max(1... 目的:研究2周跑台训练对雄性SD大鼠骨骼肌肌动蛋白(α-actin)和肌球蛋白重链(myosinheavychain,MHC)基因表达的影响。方法:实验以20只雄性SD大鼠为研究对象,将其随机分为对照组和训练组。运动训练组大鼠进行连续2周强度约为75%VO2max(18.5～24米/分钟,坡度为0°,每次运动50分钟,每天2次)的跑台训练,采用半定量反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)测定股四头肌深层肌α-actin和MHCmRNA含量。结果:(1)连续2周跑台训练后,股四头肌α-actinmRNA表达增加了22%(P<0.01)。(2)连续2周跑台训练后,股四头肌MHCIIx、MHCIIbmRNA含量分别是安静对照组的109%(P<0.05)和108%(P<0.001),MHCIIb和MHCImRNA变化不明显,结论:(1)短期耐力训练能够提高骨骼肌α-actin基因表达;(2)短期耐力训练后,快型MHC中的两种慢型MHC异形体———MHCIIx、MHCIIa基因表达增加,但未引起快型MHCIIb和慢型MHCI基因表达的变化。 展开更多

关键词 肌球蛋白重链 基因表达 肌动蛋白 耐力训练 骨骼肌 Α-ACTIN 反转录聚合酶链式反应 RNA含量 股四头肌 mRNA表达 SD大鼠 MHCI chain 训练后 研究对象 PCR) 训练组 对照组 半定量 雄性 运动 短期 慢型 快型

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转录介导的扩增技术与real-time RT-PCR在人类免疫缺陷病毒检测中的应用

9

作者 吴大先 陶淑慧 +3 位作者 刘水平 周杰斌 谭德明 侯周华 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期776-782,共7页

目的:利用转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification,TMA)扩增HIV RNA,探讨TMA技术扩增HIV RNA的敏感性及其与实时荧光定量反转录聚合酶链反应的比较。方法:利用Taq Man探针、特异性引物、鼠白血病反转录酶、T7-RNA聚... 目的:利用转录介导的扩增技术(transcription mediated amplification,TMA)扩增HIV RNA,探讨TMA技术扩增HIV RNA的敏感性及其与实时荧光定量反转录聚合酶链反应的比较。方法:利用Taq Man探针、特异性引物、鼠白血病反转录酶、T7-RNA聚合酶及PCR底物等建立TMA扩增体系。通过扩增一组10倍梯度稀释的HIV RNA转录标准品,评价TMA体系的灵敏性。收集60例HIV感染患者的血浆,同时采用TMA试剂与Cobas Amplicor HIV-1 Monitor 1.5版试剂进行检测,比较两种方法的阳性检出率,并利用线性回归和Bland-Altman法分析两种技术的相关性和一致性。结果:成功建立了TMA扩增体系,这种技术可以检测低至10 copies/m L的HIV转录标准品。60份HIV感染者血浆样本中,TMA及Cobas均检测到阳性46份,均阴性12份,TMA检测阴性而Cobas检测阳性样本2份,检测一致率为96.7%。两种技术阳性检出率差异无统计学意义(P>0.05)。对其中46份TMA检测和Cobas检测均有定量结果的血浆进行线性回归分析,两种技术有非常好的相关性(r=0.997,P<0.001)。Bland-Altman分析显示两种检测方法定量Lg差值平均值为0.02,44份(95.7%)样本在95%的一致性界限内。结论:TMA技术具有高灵敏性潜能。TMA与real-time RT-PCR检测血浆中HIV RNA具有非常好的相关性与一致性。 展开更多

关键词 转录介导的扩增技术 人类免疫缺陷病毒 实时荧光定量反转录聚合酶链反应 线性回归

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荧光定量RT-PCR检测人组织因子mRNA 被引量：6

10

作者 关明苏 兵吕元 《复旦学报（医学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第1期66-68,74,共4页

目的　建立检测组织因子 (tissuefactor ,TF)mRNA荧光定量的方法 ,了解组织中TF的表达水平 ,研究TFmRNA的表达与肿瘤的关系。方法　构建克隆载体 pUC TF作为定量模板 ,在GeneAmp 5 70 0型检测仪上定量检测 4 2例不同恶性程度胶质瘤组织... 目的　建立检测组织因子 (tissuefactor ,TF)mRNA荧光定量的方法 ,了解组织中TF的表达水平 ,研究TFmRNA的表达与肿瘤的关系。方法　构建克隆载体 pUC TF作为定量模板 ,在GeneAmp 5 70 0型检测仪上定量检测 4 2例不同恶性程度胶质瘤组织标本 ,5例正常脑组织标本和人恶性胶质瘤细胞株U 2 5 1。结果　 4 2例肿瘤组织均有mRNA的表达 ,范围从 3 .6× 10 5～ 8.8× 10 7拷贝 / μgRNA ,均值为 2 .9× 10 6 拷贝 / μgRNA ,且拷贝数与恶性程度成正比 ;5例正常脑组织中 ,1例检测不出 ,其他 4例的强度为 3 .8× 10 3～ 5 .1× 10 4拷贝 / μgRNA ,均值为 6.2× 10 3拷贝 / μgRNA ;胶质瘤细胞株U 2 5 1的强度为 2 .8× 10 6 拷贝 / μgRNA。 结论　成功地建立了荧光定量检测TF基因表达方法 ,检测结果可用绝对拷贝数表示 ,定量准确可靠。 展开更多

关键词 组织因子 反转录-聚合酶链反应 细胞株 MRNA 肿瘤 荧光定量 RT-PCR

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MDCK细胞的长链非编码RNA的验证及靶基因预测

11

作者 贺丹 敖慧娟 +2 位作者 杨迪 王家敏 柏家林 《甘肃畜牧兽医》 2020年第1期58-63,共6页

MDCK细胞(Madin-Daby Canine Kidney Cells)由于其病毒感染效率高、增殖快,且不易变异等特点,被认为是三种适合流感病毒复制的细胞系之一,但因为MDCK细胞具有成瘤性,用它作为病毒复制的底物用于流感疫苗生产仍有争议。本研究中,根据lncR... MDCK细胞(Madin-Daby Canine Kidney Cells)由于其病毒感染效率高、增殖快,且不易变异等特点,被认为是三种适合流感病毒复制的细胞系之一,但因为MDCK细胞具有成瘤性,用它作为病毒复制的底物用于流感疫苗生产仍有争议。本研究中,根据lncRNA-Seq,在结果中随机选择6个lncRNA,运用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR),获得这些基因在高成瘤MDCK-W73,低成瘤MDCK-C35和MDCK-C09细胞株中的相对表达量。结果表明,提取的总RNA纯度高,完整性好。各基因在不同成瘤性细胞中的表达具有差异性,且qRT-PCR与lncRNASeq的差异性表达相一致。此外,运用顺式(cis)作用方式预测了lncRNA的靶基因,共获得63个cis作用靶基因,为后续的试验奠定了良好的基础。 展开更多

关键词 MDCK细胞 实时荧光定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR) lncRNA靶基因

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蟾酥醇提物对多重耐药铜绿假单胞菌头孢他啶敏感性的影响

12

作者 周鸿威 王成祥 +8 位作者 吕思缘 林英 张悦 刘国星 李磊 王玉婷 郭雨菲 薛贝 于会勇 《世界中医药》 北大核心 2024年第23期3592-3596,共5页

目的:探讨蟾酥醇提物通过铜绿假单胞菌主动外排系统(MexABOprM)对多重耐药铜绿假单胞菌(MDRPA)头孢他啶敏感性的影响。方法:筛选MexAB-OprM阳性的铜绿假单胞菌菌株,通过肉汤稀释法建立MDRPA体外抑菌实验模型,测定蟾酥醇提物及其联合头... 目的:探讨蟾酥醇提物通过铜绿假单胞菌主动外排系统(MexABOprM)对多重耐药铜绿假单胞菌(MDRPA)头孢他啶敏感性的影响。方法:筛选MexAB-OprM阳性的铜绿假单胞菌菌株,通过肉汤稀释法建立MDRPA体外抑菌实验模型,测定蟾酥醇提物及其联合头孢他啶时的最小抑菌浓度;蟾酥醇提物干预前后用实时荧光反转录PCR检测MDRPA铜绿假单胞菌主动外排系统MexAB-OprM中mexB、mexR、oprM基因mRNA表达量。结果:蟾酥醇提物对MDRPA的最小抑菌浓度值是6.25 mg/mL。蟾酥醇提物联合头孢他啶的联合指数低于1,两药联合应用时存在相加作用。随蟾酥醇提物浓度升高,MDRPA外排泵MexAB-OprM的mexB、oprM相对表达量降低(P<0.05),mexR相对表达量升高(P<0.05)。结论:蟾酥醇提物通过抑制MexABOprM外排泵的表达提高MDRPA对头孢他啶的敏感性。 展开更多

关键词 蟾酥醇提物 多重耐药铜绿假单胞菌 体外抑菌 肉汤稀释法 实时荧光反转录聚合酶链反应 铜绿假单胞菌主动外排系统 抗耐药作用 逆转外排泵机制

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N-甲基-N-亚硝基脲诱导大鼠视网膜变性早期基因表达谱分析 被引量：1

13

作者 杨柳 瞿远珍 +1 位作者 李岱 吴开力 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1131-1136,共6页

背景N-甲基-N-亚硝基脲（MNU）诱导的大鼠光感受器细胞凋亡可用于研究视网膜变性类疾病，但视网膜变性类疾病早期基因水平的研究尚未见报道。目的应用基因芯片技术研究MNU诱导的视网膜变性大鼠早期基因表达谱的变化。方法6周龄雌性SD大... 背景N-甲基-N-亚硝基脲（MNU）诱导的大鼠光感受器细胞凋亡可用于研究视网膜变性类疾病，但视网膜变性类疾病早期基因水平的研究尚未见报道。目的应用基因芯片技术研究MNU诱导的视网膜变性大鼠早期基因表达谱的变化。方法6周龄雌性SD大鼠50只分为正常组20只、12h模型组20只和24h模型组10只。模型组大鼠皮下注射MNU（40mg／kg），正常组大鼠皮下注射等容量的生理盐水作为对照。分别于造模后12、12、24h处死正常组和12h模型组、24h模型组大鼠，大鼠右眼球进行常规视网膜组织病理学检查，正常组和12h模型组大鼠左眼的新鲜视网膜用基因芯片技术检测差异基因的表达，用荧光实时定量PCR（real—timePCR）法验证基因芯片技术检测出的差异表达率≥2．0的基因mRNA表达水平。结果全层视网膜厚度测量表明，24h模型组大鼠的厚度值明显低于正常组大鼠和12h模型组大鼠，差异均有统计学意义（t=9．926，P=0．002；t=2．736，P=0．028）。24h模型组大鼠外核层厚度值为（26．58±2．90）仙m，明显低于正常组的（38．11±1．01）μm和12h模型组的（35．07±3．03）μm，差异均有统计学意义（t=6．028，P=0．009；f=6．839，P=0．006），正常组与12h模型组间大鼠全层视网膜厚度和外核层厚度值比较差异均无统计学意义（全层厚度：t=1．541，P=0．324；外核层厚度：t=2．040，P=0．134）。大鼠cDNA基因芯片技术检测结果表明，12h模型组大鼠全部17000个基因的表达谱中涉及生物过程的基因为142个，涉及分子功能的基因为94个，排除重复基因共有74个基因，差异表达基因主要涉及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路、Toll样受体通路和细胞凋亡通路。对基因芯片技术检测的差异表达率≥2．0的基因进行的real．timePCR定量分析表明，CCL2、，L—Jb、CCL3、c-fos、c—myc、p53和MMP3基因mRNA表达值与基因芯片技术检测的表达趋势一致。结论MNU诱导的视网膜变性早期有明显的基因表达改变。基因芯片检测的基因表达改变结果与real—timePCR定量分析结果一致。 展开更多

关键词 基因组学 视网膜 变性 N-甲基-N-亚硝基脲 基因芯片 实时定量反转录聚合酶链式反 应 动物模型

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莱茵衣藻硫胁迫相关microRNA检测及其靶基因分析 被引量：3

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作者 胡章立 舒龙飞 苟德明 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS 北大核心 2011年第3期237-242,共6页

采用特异反转录引物,构建莱茵衣藻microRNA(miRNA)的cDNA文库.选用U4核仁小分子RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)作为内参,用SYBR green RT-PCR对3种与莱茵衣藻缺硫胁迫反应相关的miRNA进行检测,利用在线平台软件Web MicroRNAs Designer... 采用特异反转录引物,构建莱茵衣藻microRNA(miRNA)的cDNA文库.选用U4核仁小分子RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)作为内参,用SYBR green RT-PCR对3种与莱茵衣藻缺硫胁迫反应相关的miRNA进行检测,利用在线平台软件Web MicroRNAs Designer(WMD3)对miRNA靶基因进行预测.结果表明,在缺硫胁迫下,3种miRNA(miRNA1145.2、miRNA1146和miRNA1158)的表达水平均明显上调,与正常培养的莱茵衣藻表达miRNA的相对丰度比值分别为3.11、2.38和3.67.靶基因预测分析表明,miRNA1145.2能影响脂肪酸氧化反应,miRNA1146与辅酶Q代谢相关,miRNA1158可能参与磷酸戊糖途径调控. 展开更多

关键词 生物工程 分子生物学 莱茵衣藻 缺硫胁迫 小分子核糖核酸 实时定量反转录聚合酶链式反应

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蓝莓叶总黄酮的体外抗炎功效评价 被引量：20

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作者 赵丹 苏宁 +3 位作者 杨丽 郑洪艳 霍彤 王昌涛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第17期231-235,共5页

目的:通过体外实验方法从分子水平对蓝莓叶总黄酮的抗炎功效进行评价。方法:建立人永生化表皮细胞HaCaT与蓝莓叶总黄酮的共培养体系,利用反转录实时荧光定量聚合酶链式反应检测在不同培养时间点(0、15、30、60、120 min)白细胞介素-6(in... 目的:通过体外实验方法从分子水平对蓝莓叶总黄酮的抗炎功效进行评价。方法:建立人永生化表皮细胞HaCaT与蓝莓叶总黄酮的共培养体系,利用反转录实时荧光定量聚合酶链式反应检测在不同培养时间点(0、15、30、60、120 min)白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、IL-8、干扰素诱导蛋白-10(interferon-inducible protein-10,IP-10)等炎症细胞因子相关基因表达情况,观察蓝莓叶总黄酮的添加对这些基因表达的影响,并探讨蓝莓叶总黄酮在分子水平上的抗炎机理。结果:蓝莓叶总黄酮的添加能够提高抗炎因子IL-6、CXCR-2基因的表达量(P<0.05),降低促炎因子IL-8、IP-10基因的表达量(P<0.05),对CXCR-1基因的表达呈复杂型调节。结论:蓝莓叶总黄酮通过对炎症相关因子表达量产生影响,从而减弱促炎症反应,增强抗炎症反应,最终发挥抗炎功效。 展开更多

关键词 蓝莓叶总黄酮 炎症因子 反转录实时荧光定量聚合酶链式反应 抗炎

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马铃薯卷叶病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量：11

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作者 高彦萍 吕和平 +3 位作者 张武 王国祥 吴雁斌 梁宏杰 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1943-1950,共8页

为建立一种快速准确检测马铃薯卷叶病毒(potato leafroll virus,PLRV)的方法,本研究以PLRV CP(coat protein,CP)基因ORF3保守序列为靶标,建立了PLRV反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系,并对建立的RT-LAMP检测体系的特异性、灵敏度... 为建立一种快速准确检测马铃薯卷叶病毒(potato leafroll virus,PLRV)的方法,本研究以PLRV CP(coat protein,CP)基因ORF3保守序列为靶标,建立了PLRV反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系,并对建立的RT-LAMP检测体系的特异性、灵敏度、实际应用效果进行评估。结果表明,建立的PLRV RT-LAMP检测方法,在62℃恒温下扩增50 min,扩增产物中加入双链嵌合荧光染色(SYBR GreenⅠ),阳性样品颜色变为绿色,阴性样品颜色仍为褐色,可直接目测判断待检测样品是否感染PLRV。该方法只特异性检测PLRV,不与马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯S病毒(PVS)、马铃薯A病毒(PVA)和马铃薯M病毒(PVM)等其他5种马铃薯主要病毒发生交叉反应。此外,建立的PLRV RT-LAMP检测方法的灵敏度较反转录PCR(RT-PCR)方法高100倍。田间样品检测验证,该方法与标准RT-PCR方法符合率达100%。本研究建立的以SYBR GreenΙ为颜色指示的PLRV可视化检测RT-LAMP方法,特异、灵敏、便捷,成本低,可满足科研、基层单位对该病毒快速诊断和检测的需要。 展开更多

关键词 马铃薯卷叶病毒 反转录环介导等温扩增 反转录聚合酶链式扩增 检测

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碳青霉烯类抗生素耐药铜绿假单胞菌外排泵和外膜孔蛋白表达水平的研究 被引量：12

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作者 李红玲 廖康 +2 位作者 陈亚岗 俞云松 李兰娟 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2008年第6期414-418,共5页

目的探讨我国临床分离的碳青霉烯类抗生素耐药铜绿假单胞菌外排泵MexAB-OprM和外膜孔蛋白OprD2表达水平及其与碳青霉烯类抗生素耐药性之间的关系。方法收集我国15个省市28所医院临床分离的铜绿假单胞菌655株,琼脂稀释法测定该菌加入外... 目的探讨我国临床分离的碳青霉烯类抗生素耐药铜绿假单胞菌外排泵MexAB-OprM和外膜孔蛋白OprD2表达水平及其与碳青霉烯类抗生素耐药性之间的关系。方法收集我国15个省市28所医院临床分离的铜绿假单胞菌655株,琼脂稀释法测定该菌加入外排泵抑制剂羟基氰氯苯腙(CCCP)前后对亚胺培南和美罗培南的MIC;RT-PCR检测外排泵MexAB-OprM和孔蛋白OprD2的表达水平;十二烷基硫酸钠-聚丙酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白印迹(Western-blot)检测外膜孔蛋白OprD2。结果收集到的655株铜绿假单胞菌菌株对亚胺培南和美罗培南敏感率分别为52.5%和59.2%,加入CCCP前后其对亚胺培南和美罗培南的敏感率无明显变化;52.0%(51/98)美罗培南耐药株MexAB-OprM显著高表达(P<0.05),43.7%(59/135)亚胺培南耐药株OprD2显著低表达(P<0.05),14.8%(20/135)亚胺培南耐药株OprD2表达缺失;SDS-PAGE和Western-blot显示与标准菌株PAO1相比,OprD2表达水平减低菌株ZZ20显影减低,表达缺失菌株BJ1不显影。结论MexAB-OprM表达升高和OprD2表达降低甚至缺失是我国铜绿假单胞菌对美罗培南和亚胺培南耐药的重要机制。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌 外排泵 外膜孔蛋白 羟基氰氯苯腙 实时荧光定量反转录聚合酶链反应

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小菜蛾化学感受蛋白基因PxylCSP1的克隆和表达 被引量：8

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作者 张志春 王满囷 张国安 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期140-146,共7页

利用RT-PCR和RACE技术克隆到小菜蛾Plutella xylostella化学感受蛋白(CSP)基因PxylCSP1(GenBank登录号:FJ361903),其核苷酸序列全长405 bp,编码134个氨基酸残基,预测N-末端包含19个氨基酸组成的信号肽序列,估测其成熟蛋白分子量为13.56 ... 利用RT-PCR和RACE技术克隆到小菜蛾Plutella xylostella化学感受蛋白(CSP)基因PxylCSP1(GenBank登录号:FJ361903),其核苷酸序列全长405 bp,编码134个氨基酸残基,预测N-末端包含19个氨基酸组成的信号肽序列,估测其成熟蛋白分子量为13.56 kD,等电点为6.12。该基因编码氨基酸序列和其他鳞翅目昆虫CSP的氨基酸序列比对同源性较高(70%～80%)。RT-PCR结果表明PxylCSP1不仅存在于小菜蛾的触角中,还存在于头、足、腹和翅中。Real-time PCR结果表明PxylCSP1的表达水平因被测小菜蛾的性别、日龄、组织不同和交配与否而异。 展开更多

关键词 小菜蛾 化学感受蛋白 分子克隆 反转录聚合酶链式反应 实时定量聚合酶链式反应

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肠癌患者外周血中肿瘤标志物联合检测的临床研究 被引量：3

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作者 吴方 魏旭倩 +3 位作者 孙璟 楼谷音 王学锋 焦洁茹 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期353-357,共5页

背景与目的:肠癌患者的生存期与是否存在转移密切相关,外周血中肿瘤标志物的检测有助于对肿瘤发生转移的判断,但单个检测指标尚难于判断。本实验旨在研究多种肿瘤标志物与肠癌患者生存期的关系,并评估其同时检测的临床应用价值。方法:... 背景与目的:肠癌患者的生存期与是否存在转移密切相关,外周血中肿瘤标志物的检测有助于对肿瘤发生转移的判断,但单个检测指标尚难于判断。本实验旨在研究多种肿瘤标志物与肠癌患者生存期的关系,并评估其同时检测的临床应用价值。方法:采用实时定量反转录聚合酶链反应(Real-time RT-PCR)方法联合检测92例肠癌、68例肠癌前病变及50例正常对照者外周血生存素(survivin)、癌胚抗原(CEA)、细胞角蛋白20(CK20)基因的转录,并分析其与临床病理因素及预后关系。结果:正常对照组外周血中未检测到CEA、CK20及survivin mRNA的转录;良性病变患者survivin转录的检测阳性率为7.35%,平均拷贝数为(2.5±0.9)。肠癌外周血CEA、CK20、survivin mRNA转录的阳性率分别为41.3%、47.8%、72.8%,其阳性率与疾病的分期、淋巴结转移等相关。survivin mRNA高转录者4年生存率显著低于低转录者。肠癌患者外周血CEA、CK20、survivin mRNA转录的联合检测对肿瘤预后判断具有较高的特异性和阳性似然比。结论:Real-time RT-PCR联合检测肠癌外周血中多个肿瘤标志物基因的表达,是一种较为理想的监测肿瘤复发、判断预后的方法。 展开更多

关键词 肠癌 肿瘤标志物 实时定量反转录聚合酶链反应 转移 预后

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肠炎和肠炎相关结直肠癌miRNA表达检测及生物信息学分析 被引量：12

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作者 殷媛 王成 +1 位作者 戴欣 黄朝晖 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期916-921,共6页

背景与目的:炎症性肠病(inflammatory bowel diseases,IBD)为一组慢性肠道疾病,包括溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)与克罗恩病(Crohn’s disease,CD)。肠炎相关性结直肠癌(colitis-associated colorectal cancers,CAC)是由IBD癌... 背景与目的:炎症性肠病(inflammatory bowel diseases,IBD)为一组慢性肠道疾病,包括溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)与克罗恩病(Crohn’s disease,CD)。肠炎相关性结直肠癌(colitis-associated colorectal cancers,CAC)是由IBD癌化形成的一种恶性肿瘤。该研究通过检测UC、CD和CAC组织中相关微小核糖核酸(mi RNA)的水平,初步探讨其作为肠炎癌转化分子标志物的可能性,并对在肠炎和CAC中显著变化的一组mi RNAs进行靶基因归集和生物信息学分析,为以mi RNAs为靶点的基因治疗提供理论和实验基础。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)技术,检测13例UC组织、3例CD患者组织、12例CAC组织及8例正常肠组织中16种mi RNAs的表达。通过生物信息学对显著变化的一组mi RNA进行靶基因分析,将文献中已报导的所有靶基因进行汇总,并利用DAVID数据库对靶基因进行功能富集分析(GO-analysis)和信号转导通路富集分析(KEGG-analysis,BIOCARTA-analysis)。结果:炎症相关mi R-146a和癌症相关mi R-27a、mi R-29a、mi R-20a、mi R-21在UC、CD和CAC中的表达都显著高于正常结肠组织,且这一组mi RNA的靶基因都富集在癌症相关通路、免疫信号相关通路和炎癌转换相关通路上。结论:mi R-146a、mi R-27a、mi R-29a、mi R-20a和mi R-21可能是参与肠炎向结直肠癌转化的一组mi RNA。 展开更多

关键词 微小核糖核酸 溃疡性结肠炎 克罗恩病 肠炎相关结直肠癌 实时荧光定量聚合酶链反 应 GO分析 KEGG分析 BIOCARTA分析

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