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大规模并行基因组测序技术应用于无创产前诊断染色体非整倍体的研究 被引量:63
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作者 李玉芝 任景慧 +7 位作者 林琳华 姚秋璇 袁红 郭辉 李启运 何薇 张红云 王威 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期475-480,共6页
目的利用大规模并行基因组测序技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA,行胎儿染色体非整倍体的无创产前诊断。方法选择2009年1月到2010年7月在深圳市人民医院产前诊断中心就诊,孕龄在8~30周之间高龄妊娠、唐氏综合征生化筛查高风险和(或)彩... 目的利用大规模并行基因组测序技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA,行胎儿染色体非整倍体的无创产前诊断。方法选择2009年1月到2010年7月在深圳市人民医院产前诊断中心就诊,孕龄在8~30周之间高龄妊娠、唐氏综合征生化筛查高风险和(或)彩超显示胎儿异常等同意介入产前诊断的孕妇941例,抽取孕妇外周静脉血,提取血浆DNA,制备测序文库,应用Illumina HiSeq2000高通量基因测序仪检测,测得的基因序列与人类的参考基因组比对并作统计分析。同时采集胎儿羊水或脐血,经细胞培养后行羊水或脐血细胞染色体核型分析确定染色体非整倍体。结果①941例孕妇血浆样本处理后经大规模并行基因组测序技术检测判定胎儿为唐氏综合征高风险共27例,非唐氏综合征914例;以羊水或脐血染色体核型分析的结果为金标准进行结果对照,检测出的27例唐氏综合征高风险中2例误诊,其中一例核型为47,XXY,一例核型分析正常。经统计分析胎儿唐氏综合征的检出率为100%,检出正确率99.78%,误诊率0.22%;②941例样本中,检出18-三体高风险14例,18-三体低风险927例。与染色体核型分析相比,统计分析显示无创产前基因检测18-三体胎儿的检出率为93.33%(14/15),漏诊率为6.67%(1/15)、误诊率为0。结论利用大规模并行基因组测序技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA行无创产前诊断胎儿染色体非整倍体,其敏感性、特异性与染色体核型分析技术具有较高的一致性。该技术具有无创性、高准确性、高通量等优势,具有临床实际应用价值。 展开更多
关键词 唐氏综合征 大规模并行基因组测序技术 染色体 无创产前诊断
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基因组测序技术在马种质资源研究中的应用与进展
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作者 王璐珍 黄宾雁 +3 位作者 祝明辉 赵珊珊 王敏 黄娇娇 《中国畜禽种业》 2025年第6期33-44,共12页
中国拥有丰富的马种质资源和悠久的养马历史,然而由于社会需求下降以及开发利用不合理导致许多地方马品种正面临数量减少甚至濒危的严峻形势。近年来基于基因组学的发展,马参考基因组得以构建并持续升级更新。全基因组测序技术被应用于... 中国拥有丰富的马种质资源和悠久的养马历史,然而由于社会需求下降以及开发利用不合理导致许多地方马品种正面临数量减少甚至濒危的严峻形势。近年来基于基因组学的发展,马参考基因组得以构建并持续升级更新。全基因组测序技术被应用于动物遗传多样性解析、进化机制研究、重要性状基因定位以及疾病诊断治疗等方面,在马遗传育种中具有重要的应用前景。该文首先概述了中国马品种资源,继而详细阐述了全基因组测序技术在马遗传多样性的解析、探究马属动物进化机制、定位马重要性状基因以及马疾病诊断治疗中的应用,以期为中国现代马产业的持续发展以及马种质资源的有效开发提供理论参考。 展开更多
关键词 种质资源 基因组技术
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菌落PCR在大规模基因组测序中的应用 被引量:25
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作者 唐晔盛 李英 +4 位作者 朱静洁 胡欣 林志新 韩斌 洪国藩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期316-318,共3页
一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆... 一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆库构建时由连接转化过程中导致的假阳性起筛选和鉴定作用 .采用该法成功测定了籼稻 (Oryzasativaindica)广陆矮 4号的L3173号BACDNA全长序列 (约 10 0kb) ,GenBank登录号 :AL5 12 5 42 . 展开更多
关键词 菌落PCR 大规模基因组 应用 水稻基因组
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人类基因组的物理图谱与大规模DNA测序 被引量:5
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作者 于军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1998年第6期41-47,共7页
1历史的回顾物理图谱的制作是与分子克隆技术分不开的。限制性内切酶的发现,导致了第一个物理图谱的完成(SV40;Danna与Nathans,1971)。新克隆技术,尤其是YAC(YeastArtificialChrom... 1历史的回顾物理图谱的制作是与分子克隆技术分不开的。限制性内切酶的发现,导致了第一个物理图谱的完成(SV40;Danna与Nathans,1971)。新克隆技术,尤其是YAC(YeastArtificialChromosome)和BAC(Bacter... 展开更多
关键词 人类 基因组 物理图谱 大规模
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高深度全基因组测序技术的产前应用进展
5
作者 孔祥东 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期861-864,共4页
全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是一种新兴的基因检测技术,其原理为基于二代测序,使用合适的测序深度对人体基因组进行全范围的测序,分析其遗传信息,有检测类型全面、基因组覆盖度高、测序流程误差少等优点。但由于其检测... 全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是一种新兴的基因检测技术,其原理为基于二代测序,使用合适的测序深度对人体基因组进行全范围的测序,分析其遗传信息,有检测类型全面、基因组覆盖度高、测序流程误差少等优点。但由于其检测成本较高、产出数据量大、测序数据分析复杂等特点,在临床中的实际应用仍较少,目前主要针对临床罕见病进行病因探索研究,在产前诊断领域中的应用尚不成熟。由于产前诊断领域对检测技术的准确性和时效性要求较高,产前有对胎儿遗传病进行全面筛查的需求,近年来逐渐有研究尝试在产前诊断领域使用高深度WGS作为诊断方法,以探索其是否有作为产前诊断手段的潜力及优势,本文收集了目前国内外发表的产前WGS队列研究,浅论其在产前诊断中的应用进展。 展开更多
关键词 产前诊断 罕见病 基因组 基因技术 队列研究 成本 WGS 二代
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纳米孔三代测序技术在禽流感病毒全基因组测序中的应用 被引量:3
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作者 吴炜姿 周扬 +7 位作者 徐成刚 瞿孝云 王福广 吴立炀 叶健 许秀琼 钟文霞 卢受昇 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期747-753,共7页
纳米孔(Nanopore)测序技术是一项新兴三代测序技术,具有巨大应用前景,然而在动物病原领域中的应用还处于起步阶段。为探究该技术在禽流感病毒(AIV)全基因组测序中的应用,本研究对采自农贸市场的2份AIV阳性鸡咽喉拭子样品(分别命名为AIV1... 纳米孔(Nanopore)测序技术是一项新兴三代测序技术,具有巨大应用前景,然而在动物病原领域中的应用还处于起步阶段。为探究该技术在禽流感病毒(AIV)全基因组测序中的应用,本研究对采自农贸市场的2份AIV阳性鸡咽喉拭子样品(分别命名为AIV1和AIV2)进行RNA提取,利用AIV通用引物靶向扩增其全基因组,扩增产物经末端修复、3'末端加A碱基、条形码连接和添加测序接头等步骤,完成测序文库制备。经GridION×5Mk1测序仪测序获得7.16G数据,所获得的测序数据经数据质控、过滤去除低质量reads、比对拼接得到AIV全基因组序列,整个试验流程在13 h内完成。同时,采用一代测序方法验证Nanopore测序结果的准确性。测序数据质控结果显示所有读长(reads)的质量分数均大于10,AIV1产生404474条reads,平均reads为996.7 bp,平均reads质量分数为13.8,AIV2产生76589条reads,平均reads质量分数为13.5,平均reads为1095 bp,表明测序数据质量较高;利用Samtools软件统计AIV 8个基因节段的覆盖率和各基因节段位点的测序深度,结果显示AIV1全基因组的覆盖率达100%,平均测序深度为34473×,AIV2全基因组的覆盖率达100%,平均测序深度为7470×,表明拼接结果可靠性高;所得测序结果与一代测序结果通过Geneious Prime软件对比,结果显示,二者的一致性达98.78%~100%,其中AIV1有7个基因节段测序结果的一致性为100%,AIV2有5个基因节段测序结果的一致性为100%,一致性最低的MP基因的一致性也达98.78%,表明本研究的测序方法准确性良好。本研究成功实现Nanopore三代测序技术在AIV全基因组测序中的应用,通过优化扩增条件和数据处理为AIV全基因组的测序提供了一种新方法,在新发突发禽流感疫情应急检测中将发挥重要作用。 展开更多
关键词 Nanopore技术 禽流感病毒 基因组
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大规模平行测序技术(MPSS)研究进展 被引量:9
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作者 陈杰 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期761-765,共5页
大规模平行测序技术 (massivelyparallelsignaturesequencing ,MPSS)是以DNA测序为基础的大规模高通量基因分析新技术 ,通过标签库的建立、微珠与标签的连接、酶切连接反应和生物信息分析等步骤 ,获得基因表达序列 .MPSS具有能测定表达... 大规模平行测序技术 (massivelyparallelsignaturesequencing ,MPSS)是以DNA测序为基础的大规模高通量基因分析新技术 ,通过标签库的建立、微珠与标签的连接、酶切连接反应和生物信息分析等步骤 ,获得基因表达序列 .MPSS具有能测定表达水平较低、差异较小的基因 ,不必预先知道基因的序列 ,自动化和高通量等特点 。 展开更多
关键词 大规模平行技术 MPSS 基因 克隆 生物信息分析 酶切连接反应
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基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究
8
作者 夏会楠 郝刘斌 +3 位作者 田雨 李海康 王春霞 郑素月 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第18期41-49,共9页
以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和... 以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。 展开更多
关键词 平菇 变异菌株 基因组技术 酯酶同工酶
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大规模平行测序技术筛选人肾细胞癌组织中差异表达microRNAs及其验证
9
作者 翟庆娜 周亮 +3 位作者 余振东 唐爱发 王勇 桂耀庭 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期306-310,共5页
目的:以大规模平行测序技术(massively parallel signature sequencing,MPSS)筛选人肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)和癌旁组织中差异表达的microRNAs(miRNAs),并验证差异表达miRNAs之一的miR-660在人RCC中的表达。方法:MPSS检测10... 目的:以大规模平行测序技术(massively parallel signature sequencing,MPSS)筛选人肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)和癌旁组织中差异表达的microRNAs(miRNAs),并验证差异表达miRNAs之一的miR-660在人RCC中的表达。方法:MPSS检测10例RCC组织及相应癌旁组织中miRNAs的表达,筛选RCC组织中差异表达miRNAs。RT-PCR检测5例RCC与癌旁组织中miR-660的表达,qPCR检测40例RCC与癌旁组织中miR-660的表达。结果:MPSS结果显示,RCC组织中283个miRNAs表达下调,187个表达上调,其中miR-660在RCC组织中表达量是癌旁组织的17.5%。RT-PCR初步验证了此结果;qPCR验证结果显示,40例RCC组织中33例miR-660表达显著低于癌旁组织,RCC组织中miR-660平均表达量是癌旁的19.5%。结论:人RCC组织中283个miRNAs表达下调、187个上调。miR-660在RCC组织中低表达,有可能成为RCC诊断及治疗的新靶点。 展开更多
关键词 肾细胞癌 MICRORNAS 大规模平行技术 miR-660
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宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值 被引量:1
10
作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页
目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多
关键词 基因组二代 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究
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我国首次完成海藻基因组大规模测序
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《农村科技》 2005年第11期55-55,共1页
由中国科学院北京基因组研究所和中国科学院海洋研究所共同主持的“坛紫菜大规模测序和生物信息学分析”研究项目目前取得重大进展。
关键词 大规模 基因组 中国科学院海洋研究所 生物信息学分析 海藻 坛紫菜
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白芷全基因组测序分析及BGLU基因家族分析 被引量:2
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作者 王雅兰 周罗静 +3 位作者 张灵迂 章景 卞金辉 高继海 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期777-792,共16页
白芷为常用的药食同源物种,既是临床常用中药,又是香料,用途十分广泛。为获取白芷全基因组序列信息,该研究首次以杭白芷叶片DNA为材料,采用Nanopore测序技术构建杭白芷全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装... 白芷为常用的药食同源物种,既是临床常用中药,又是香料,用途十分广泛。为获取白芷全基因组序列信息,该研究首次以杭白芷叶片DNA为材料,采用Nanopore测序技术构建杭白芷全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明:(1)原始测序数据过滤后获得662 Gb三代数据,Read N50约为32932 bp,经过组装得到杭白芷基因组大小为5.6 Gb,Contig N50约为806638 bp。(2)组装后的序列通过与KOG、GO、KEGG等功能数据库比对,得到了功能注释的基因占66.47%,KOG功能注释结果表明杭白芷的蛋白功能主要集中在一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制;GO功能分类表明杭白芷的基因集中在生物学过程及细胞组分;KEGG通路注释表明参与代谢途径的基因占主要地位。(3)杭白芷中鉴定到45个BGLU家族基因。该研究首次利用第三代测序技术对杭白芷全基因组进行解析,为杭白芷的系统生物学研究和BGLU在杭白芷生长发育中的后续功能研究提供了重要的理论参考。 展开更多
关键词 杭白芷 基因组 第三代技术 BGLU 基因家族 药用植物
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复杂基因组测序技术研究进展 被引量:28
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作者 高胜寒 禹海英 +4 位作者 吴双阳 王森 耿佳宁 骆迎峰 胡松年 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期944-963,共20页
复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术... 复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术平台、组装算法与策略3个方面进行深入研究。本文详细介绍了复杂基因组测序组装相关的现有技术与方法,并结合复杂基因组经典实例介绍了复杂基因组测序的技术解决途径和发展历程,可为制订合适的复杂基因组测序策略提供参考。 展开更多
关键词 复杂基因组 基因组组装 基因组技术
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快速低成本全基因组DNA测序技术 被引量:10
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作者 陆祖宏 吕华 +1 位作者 肖鹏峰 白云飞 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期182-186,190,共6页
人类个体的全基因组序列信息,是最为重要的生物医学信息,是实现未来个体化医疗的基础;实现个体全基因组DNA序列的快速低成本检测,是人类基因组计划完成后又一个重要的技术挑战。对该技术当前的发展现状进行回顾和分析,预计在不长的时间... 人类个体的全基因组序列信息,是最为重要的生物医学信息,是实现未来个体化医疗的基础;实现个体全基因组DNA序列的快速低成本检测,是人类基因组计划完成后又一个重要的技术挑战。对该技术当前的发展现状进行回顾和分析,预计在不长的时间内人类个体全基因组的测序成本能够降低到1万元人民币以下。 展开更多
关键词 基因组 个体化医疗 功能基因组 快速DNA技术
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二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用 被引量:9
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作者 高阳 薛大伟 +1 位作者 钱前 高振宇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期208-214,共7页
二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包... 二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包括结构基因组学和功能基因组学以及转录组学研究中的应用,并就当前测序技术的发展趋势作了展望。 展开更多
关键词 二代技术 水稻 基因组 转录组学
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茶树基因组与测序技术的研究进展 被引量:9
16
作者 王鹏杰 杨江帆 +1 位作者 张兴坦 叶乃兴 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期743-752,共10页
茶树具有高度杂合、基因组庞大及高度重复等特点,这导致茶树基因组的前期研究进展缓慢。基因组测序技术的迅速发展有力推动茶树基因组的解析与完善。综述了基因组测序技术的发展,将近年来茶树基因组的组装与研究进展按照草图水平、染色... 茶树具有高度杂合、基因组庞大及高度重复等特点,这导致茶树基因组的前期研究进展缓慢。基因组测序技术的迅速发展有力推动茶树基因组的解析与完善。综述了基因组测序技术的发展,将近年来茶树基因组的组装与研究进展按照草图水平、染色体水平和单体型水平进行分类,探讨茶树基因组未来的应用与发展方向,为茶树功能基因组学研究和精确分子育种提供参考。 展开更多
关键词 茶树 技术 基因组 染色体水平 单体型
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宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值 被引量:10
17
作者 姚黎明 姚晓伟 +3 位作者 董昭良 刘丰胜 王连波 贾晨光 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第3期292-296,共5页
目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关... 目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准,比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ^(2)=7.575,P=0.015;χ^(2)=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准,mNGS诊断髋/膝关节结核的敏感度[93.8%(15/16)]、阴性预测值[94.7%(18/19)]和Kappa值(0.942)均明显高于常规培养[分别为25.0%(4/16)、60.0%(18/30)和0.260]和MTB-DNA扩增检测[分别为50.0%(8/16)、69.2%(18/26)和0.515],但3种检测方法的特异度和阳性预测值均为100.0%。结论:mNGS技术可有效检出髋/膝关节感染性疾病病原菌,在关节结核诊断中具有更高的诊断效能,可提供重要临床指导。 展开更多
关键词 结核 骨关节 基因组二代 诊断技术和方法 对比研究
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全基因组测序技术应用于500例高危孕妇产前诊断的结果分析 被引量:9
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作者 黄宁 刘艳秋 丁书军 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2018年第20期3462-3464,共3页
目的探讨全基因组测序技术在高危孕妇产前诊断中的效用,评估该技术提高产前诊断的检测能力。方法 500例高危孕妇同时进行全基因组测序分析和染色体核型分析,这些高危孕妇产前诊断适应症包括高龄、唐筛高危、无创产前检测阳性、B超检查... 目的探讨全基因组测序技术在高危孕妇产前诊断中的效用,评估该技术提高产前诊断的检测能力。方法 500例高危孕妇同时进行全基因组测序分析和染色体核型分析,这些高危孕妇产前诊断适应症包括高龄、唐筛高危、无创产前检测阳性、B超检查胎儿发育异常、夫妇一方染色体异常及异常产史,分析异常染色体结果构成。结果 500例高危孕妇中,75%为B超检测胎儿发育异常和胎儿无创DNA阳性。共检出异常染色体71例,异常率14.2%。其中胎儿细胞染色体核型分析检出61例异常核型,异常率12.2%(61/500),WGS检出10例微缺失微重复病例,异常率2%。结论相对于传统染色体核型分析,全基因组测序技术对产前诊断染色体病有较大的提升,能更好地发挥降低出生缺陷的作用。 展开更多
关键词 基因组技术 产前诊断 核型分析
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宏基因组二代测序技术诊断骨髓涂片阴性婴幼儿黑热病3例报告 被引量:2
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作者 谢垒 王瑶 +4 位作者 马威 范晓蕾 孙娟 陈晓昕 王怀立 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期859-862,共4页
目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年... 目的对3例骨髓涂片阴性黑热病患儿的病原学宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析,探讨mNGS在临床的应用价值。方法回顾性分析2021年4月至2022年2月PICU收集的3例骨髓涂片阴性患儿黑热病的临床资料。结果3例患儿中女2例,男1例,年龄均<3岁。均有发热,骨髓涂片均阴性,外周血mNGS检测均提示利什曼原虫感染,且未见其他病原感染,经葡萄糖酸锑治疗后均治愈。结论骨髓涂片阴性的婴幼儿黑热病早期诊断困难。对于临床感染性疾病,尤其是常规检测无法确定病原的疑难危重的感染性疾病,mNGS能提供快速准确的病原学诊断支持,助力精准诊治。 展开更多
关键词 黑热病 骨髓涂片 病原 基因组二代技术 婴幼儿
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基于基因组重测序的高产尿苷大肠杆菌工程菌株的构建
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作者 韩琳琳 武子淇 徐大庆 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期93-100,共8页
以大肠杆菌高产胞苷E.coli XD10为出发菌株,首先对其进行基因组重测序,分析其相较于野生型菌株的尿苷合成及降解相关基因变化情况。应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,通过依次构建T7 RNA聚合酶基因T7 gene 1、使用异源T7启动子的催化胞苷向... 以大肠杆菌高产胞苷E.coli XD10为出发菌株,首先对其进行基因组重测序,分析其相较于野生型菌株的尿苷合成及降解相关基因变化情况。应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,通过依次构建T7 RNA聚合酶基因T7 gene 1、使用异源T7启动子的催化胞苷向尿苷转化的胞苷脱氨酶基因cdd以及催化尿苷降解的核苷酸-5′磷酸核苷酶基因ppnN的敲除质粒及其同源修复供体DNA片段,将敲除质粒及相应同源修复供体共转化大肠杆菌感受态细胞,PCR和测序验证正确的转化子进行打靶质粒和pCas质粒的消除,获得基因编辑大肠杆菌工程菌株E.coli URI-1、URI-2和URI-3。半定量PCR实验结果表明,染色体敲入的T7 gene 1和cdd基因在工程菌株中均进行了有效表达。使用T7转录系统过表达cdd基因的URI-2菌株摇瓶发酵产物的HPLC检测结果显示,其发酵液中尿苷产量为8.32 g/L,而出发菌株XD10发酵液尿苷产量为0.80 g/L。进一步敲除ppnN基因的工程菌株URI-3发酵液尿苷HPLC检测产量为10.76 g/L,显著高于URI-2发酵液尿苷产量(P<0.05)。本研究获得的高产尿苷大肠杆菌工程菌株,为尿苷的工业化发酵生产提供了菌种保障。 展开更多
关键词 大肠杆菌 基因组 CRISPR/Cas9基因编辑技术 尿苷生产 工程菌株
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