利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发 被引量：7

1

作者 吴玲 付凤玲 +1 位作者 李晚忱 刘海岚 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期968-972,1019,共6页

针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列... 针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签(EST),结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388个SNP标记(www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html),包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量(PIC)大于0.4,具有高度多态性。 展开更多

关键词 表达序列标签 玉米 单核苷酸多态性标记

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DNA分子多态性标记技术及应用 被引量：8

2

作者 平文祥 李海英 《中国糖料》 2002年第4期27-33,共7页

DNA分子多态性标记技术是DNA分子水平上的多态性检测技术,在生物多样性、遗传多样性、濒危物种的鉴定和保护等研究中得到广泛的应用。本文介绍了几种常用的DNA分子多态性标记技术,这些技术准确、可靠,但各有其优缺点,建议在进行DNA分子... DNA分子多态性标记技术是DNA分子水平上的多态性检测技术,在生物多样性、遗传多样性、濒危物种的鉴定和保护等研究中得到广泛的应用。本文介绍了几种常用的DNA分子多态性标记技术,这些技术准确、可靠,但各有其优缺点,建议在进行DNA分子多态性标记的研究中,应该至少使用两种以上的方法进行比较研究,综合数据,得出结论。 展开更多

关键词 DNA分子 多态性标记 生物多样性 分子标记 RFLP RAPD SSCR SCAR SSR AP-PCR

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馒头质构性状与单核苷酸多态性标记关联分析

3

作者 刘娟 陈广凤 +5 位作者 田纪春 吴澎 赵子彤 杨艺 李向阳 唐晓珍 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期269-276,共8页

质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒... 质构是影响馒头品质的一个重要因素,研究馒头质构相关性状的基因位点对改良其品质具有指导意义。以205份小麦品种为实验材料,利用分布于小麦21条染色体的24 355个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记对其制成的馒头质构性状进行全基因组关联分析。共检测到与馒头质构性状显著关联的位点313个。其中,31个极显著(p<0.000 1)关联位点,11个位点至少在两个环境中表达,46个高遗传贡献率位点(R^2>10%),分布在小麦21条染色体中的15条。同时,还得到5个主效关联位点,如控制黏着性的极显著位点Kukri_c13329_800,在两个环境中表达且遗传贡献率>10%。得到的控制馒头质构相关性状的位点为在分子水平上研究馒头品质相关性状提供了一定参考。 展开更多

关键词 小麦 馒头质构 全基因组关联分析 单核苷酸多态性标记

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羊草叶绿体非编码区多态性标记筛选及群体遗传多样性 被引量：4

4

作者 杨艳婷 侯向阳 +4 位作者 魏臻武 乔志宏 常春 任卫波 武自念 《草业学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期147-157,共11页

为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样... 为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P>0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P<0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P<0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。 展开更多

关键词 羊草 叶绿体非编码区片段 多态性标记 单倍型 遗传多样性

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单核苷酸多态性(SNP)分子标记在小麦遗传育种中的研究进展 被引量：14

5

作者 吴澎 刘娟 田纪春 《农学学报》 2019年第1期54-58,共5页

为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了... 为了了解单核苷酸多态性(SNP)标记在小麦遗传育种中的研究进展并为下一步在面粉制品中的应用奠定基础,本研究归纳了SNP分子标记所具有的特点以及应用比较普遍的检测方法,包括DNA构象法、高分辨溶解曲线法及直接测序法等检测方法;总结了近几年SNP标记在小麦遗传图谱的构建、作物育种、全基因组关联分析、遗传多样性和物种进化等方面的研究进展;最后提出可开发不同作物的高通量SNP芯片使SNP的研究向高通量化、全基因组发展,以及培育具有良好面制品感官特性的小麦新品种。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性标记 遗传图谱 全基因组关联分析 作物育种 小麦

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豚鼠基因组26个多态性微卫星标记的筛选 被引量：5

6

作者 刘迪文 杨伟伟 吴宝金 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2014年第3期78-83,共6页

目的筛选豚鼠基因组的多态性微卫星标记,为豚鼠遗传质量控制及基因定位等工作奠定基础。方法采用磁珠富集法和豚鼠基因组数据库筛选法获取微卫星位点序列,通过分析和初步筛选,挑选部分候选位点,根据其序列设计引物,对5种不同来源的豚鼠... 目的筛选豚鼠基因组的多态性微卫星标记,为豚鼠遗传质量控制及基因定位等工作奠定基础。方法采用磁珠富集法和豚鼠基因组数据库筛选法获取微卫星位点序列,通过分析和初步筛选,挑选部分候选位点,根据其序列设计引物,对5种不同来源的豚鼠基因组DNA标本进行PCR扩增,以期获得多态性分子标记。结果本实验采用磁珠富集法共获得微卫星序列304个,设计引物125对,最终获得多态性位点1个,暂未发现多态性的特异性位点17个;用数据库筛选法共获得微卫星序列292个,设计并合成相应引物178对,最终发现多态性位点25个,暂未发现多态性的特异性位点28个。结论本实验获得26个多态性微卫星标记,45个潜在的候选标记,为微卫星标记在豚鼠遗传质量监测及突变基因定位等工作的应用奠定了基础。 展开更多

关键词 豚鼠 微卫星 多态性标记 筛选

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基于全长转录组数据的中国圆田螺微卫星特征分析与标记筛选 被引量：1

7

作者 韦小凯 周康奇 +9 位作者 邹欣汐 林勇 叶华 罗辉 覃俊奇 陈忠 黄姻 杜雪松 张彩群 潘贤辉 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第2期235-242,共8页

通过高通量测序开发中国圆田螺多态性SSR标记,为田螺的种质利用及良种选育提供技术支撑。基于PacBio's SMRT测序获得中国圆田螺全长转录组数据,查找基因组微卫星(SSR)位点并分析其特征,共识别到8 058个SSR位点,1~6个核苷酸重复SSR... 通过高通量测序开发中国圆田螺多态性SSR标记,为田螺的种质利用及良种选育提供技术支撑。基于PacBio's SMRT测序获得中国圆田螺全长转录组数据,查找基因组微卫星(SSR)位点并分析其特征,共识别到8 058个SSR位点,1~6个核苷酸重复SSR均存在,其中二核苷酸重复SSR数量最多(4 647,57.67%),其次为三核苷酸重复SSR(1 274,15.81%)。在二核苷酸重复基元中以AC/GT的重复数最多,占总SSR位点数的34.82%。随机选择合成192对引物筛选获得22对多态性SSR引物,并使用这些标记对广西圆田螺群体进行遗传多样性分析。结果表明,有22个SSR标记扩增产物稳定,22个SSR标记共检测到102个等位基因,平均等位基因数(Na)为4.636,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(He)均值分别为0.286和0.589,多态性信息含量(PIC)为0.247~0.844。在22个SSR位点中,高度多态性位点(PIC>0.50)有13个,中度多态性位点(0.25<PIC≤0.50)有8个,说明中国圆田螺群体遗传多样性较丰富。利用PacBio's SMRT测序技术开发中国圆田螺SSR标记不仅效率高,而且适用于中国圆田螺的资源评估。 展开更多

关键词 中国圆田螺 转录组 微卫星 多态性标记

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AFLP分子标记在香菇F_1代群体中的多态性及分离方式 被引量：3

8

作者 程水明 干建平 +1 位作者 刘世旺 王蔚新 《湖北农业科学》 北大核心 2009年第12期2922-2926,共5页

利用8对引物组合对AFLP标记在两个香菇菌株间(IB01×IB15)杂交F1代的多态性及分离方式进行研究,结果显示,AFLP标记在该F1代群体中的多态性较高,分离位点出现的平均频率是32.55%,分离方式有孟德尔分离、偏孟德尔分离及异常分离3种方... 利用8对引物组合对AFLP标记在两个香菇菌株间(IB01×IB15)杂交F1代的多态性及分离方式进行研究,结果显示,AFLP标记在该F1代群体中的多态性较高,分离位点出现的平均频率是32.55%,分离方式有孟德尔分离、偏孟德尔分离及异常分离3种方式,3种分离位点出现的数量与平均频率分别为602、28.86%,271、12.99%,49、2.35%,其中孟德尔分离位点占分离位点总数的53.99%。15.34%的AFLP标记表现了偏分离,偏离的方向趋于亲本。 展开更多

关键词 香菇 扩增片段长度多态性分子标记 多态性 分离方式 偏分离

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36个水稻骨干系的分子聚类及其遗传育种学意义 Ⅰ分子标记多态性与杂交亲和性关系的研究 被引量：6

9

作者 王松文 《华北农学报》 CSCD 北大核心 1997年第4期1-6,共6页

对３６个水稻骨干系进行了ＲＦＬＰ（限制性内切酶长度多态性）分析，并对这些水稻材料的１６２个杂交组合育性进行了分组分类研究。杂种育性的遗传基础研究表明，亚种内杂交组合育性显著高于亚种间杂交组合育性。亚种间杂交不育性是由... 对３６个水稻骨干系进行了ＲＦＬＰ（限制性内切酶长度多态性）分析，并对这些水稻材料的１６２个杂交组合育性进行了分组分类研究。杂种育性的遗传基础研究表明，亚种内杂交组合育性显著高于亚种间杂交组合育性。亚种间杂交不育性是由籼粳两个亚种间深刻的遗传分化引起的。广亲和性品种为亲本之一的杂交组合多数（７１．７％）具有正常的育性，ＲＦＬＰ分析表明，这些杂交组合的遗传基础特殊，其遗传距离大于典型的亚种内组合距离，而小于典型的亚种间遗传距离。广亲和性水稻种质的创建、改造和利用潜力是大的，广亲和基因作用及其与杂种优势表现有关的若干遗传育种学问题要协同一并去解决。 展开更多

关键词 水稻 遗传育种 分子标记多态性 杂交亲和性

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凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究 被引量：2

10

作者 王高富 吴登俊 《畜禽业》 2008年第4期44-48,共5页

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA... 利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。 展开更多

关键词 凉山丰细毛羊微卫星标记遗传多态性

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遗传标记多态性的意义及常用评定指标

11

作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 1999年第2期44-45,共2页

１遗传标记多态性的概念上期介绍了遗传标记的基本概念，利用遗传标记可构建畜禽基因图谱、进行质量性状和数量性状基因位点的定位、亲属关系鉴定、群体结构的遗传分析和标记辅助选择等。要进行这方面的分析，遗传标记除了必须符合孟德... １遗传标记多态性的概念上期介绍了遗传标记的基本概念，利用遗传标记可构建畜禽基因图谱、进行质量性状和数量性状基因位点的定位、亲属关系鉴定、群体结构的遗传分析和标记辅助选择等。要进行这方面的分析，遗传标记除了必须符合孟德尔遗传规律由亲代传给子代外，还必须... 展开更多

关键词 畜牧学 遗传标记多态性 概念 评定指标

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‘永泰’杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析 被引量：3

12

作者 陈方永 胡丹 +2 位作者 颜帮国 倪海枝 王引 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期708-717,共10页

采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic sim... 采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic similarity,GS),得出‘永泰’与亲本‘硬丝’的GS为0.99783。系统进化树构建结果表明,10个品种分为2组,其中:‘黑晶’‘东岙早梅’‘乌紫’‘荸荠’‘木叶’5个品种聚为一组;‘早大梅’‘早佳’‘软丝’‘永泰’‘硬丝’5个品种聚为一组,且‘硬丝’与变异品种‘永泰’聚为一小支。同时,‘永泰’在叶片大小、叶缘、叶脉等形态学性状和果实口感上与亲本存在显著差异。通过‘永泰’与参考基因组对比注释,共得到4660个单核苷酸变异位点。根据研究结果推断,‘永泰’叶片和果实产生显著形态变异的原因可能是SNP位点产生了转换和颠换以及核苷酸序列发生了突变。由此可见,‘永泰’既有亲本‘硬丝’的基本特征,也有与其形态学和果实口感上存在的典型差异。 展开更多

关键词 杨梅 亲缘关系 单核苷酸多态性标记开发 变异

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水稻全基因组测序揭示的粳稻与籼稻亚种内品种间多态性研究 被引量：1

13

作者 陈喜娜 袁泽科 +5 位作者 杜彦修 李俊周 张静 彭廷 赵全志 孙红正 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期913-920,共8页

为了评价亚种内杂交进行基因图位克隆的亚种内分子标记多态性水平,从水稻3K测序数据中选取了16份籼稻和16份粳稻种质资源,在全基因组水平对亚种内和亚种间的多态性进行了比较。结果表明,全基因组水平的亚种内多态性只有亚种间多态性的1/... 为了评价亚种内杂交进行基因图位克隆的亚种内分子标记多态性水平,从水稻3K测序数据中选取了16份籼稻和16份粳稻种质资源,在全基因组水平对亚种内和亚种间的多态性进行了比较。结果表明,全基因组水平的亚种内多态性只有亚种间多态性的1/2~1/3,但是,由于整个基因组上多态性标记数量极大,亚种内的多态性标记仍较为丰富。在所选取的种质资源中,籼稻亚种内不同的种质资源间平均含有108850个InDels和650797个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到280~2614个。粳稻亚种内不同种质资源间平均含有57384个InDels和639927个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到520~3201个。这样的标记密度对于基因克隆来说足够丰富,增加了亚种内杂交构建分离群体克隆基因的可能性。 展开更多

关键词 水稻 QTL定位 亚种间 亚种内 多态性标记

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山羊MSTN基因Cac8I酶切多态性分析 被引量：1

14

作者 刘铮铸 巩元芳 +2 位作者 伍昭龙 李祥龙 刘艳芳 《湖北农业科学》 北大核心 2006年第4期409-412,共4页

采用限制性内切核酸酶Cac8I对山羊MSTN基因的676bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析,检测到三种基因型,其酶切位点分别由两种共显性基因控制;对该片段的纯合型(AA、BB)分别测序发现,BB型在3726碱基处发生了C→A的突变。上述结果为首次... 采用限制性内切核酸酶Cac8I对山羊MSTN基因的676bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析,检测到三种基因型,其酶切位点分别由两种共显性基因控制;对该片段的纯合型(AA、BB)分别测序发现,BB型在3726碱基处发生了C→A的突变。上述结果为首次试验证实山羊MSTN内含子二(676bp)区域存在多态性。 展开更多

关键词 山羊 肌肉抑制素基因 遗传多态性 限制性片段长度多态性分子标记技术

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烟草品种识别方法──扩增片段长度多态性(AFLP~) 被引量：2

15

作者 LucaRossi 赵百东 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 1999年第4期5-5,共1页

关键词 烟草品种 长度多态性 识别方法 扩增片段 AFLP 烤后烟叶 多态性标记 聚丙烯酰胺 遗传多型性 限制性内切酶

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紫花苜蓿PGIP同源基因克隆与序列核苷酸多态性分析 被引量：3

16

作者 桂枝 肖婷 +4 位作者 皮永硕 袁庆华 杨建翔 刘妍 高建明 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1603-1611,共9页

多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是植物重要的防卫蛋白之一,了解PGIP基因的核苷酸序列是对其进行分子遗传学与分子生物学研究的前提与基础。本研究采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿(Medicago sativa)品种的集群DNA中克隆了7个苜蓿PGIP基... 多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是植物重要的防卫蛋白之一,了解PGIP基因的核苷酸序列是对其进行分子遗传学与分子生物学研究的前提与基础。本研究采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿(Medicago sativa)品种的集群DNA中克隆了7个苜蓿PGIP基因的部分基因组编码序列,分别对应于蒺藜苜蓿(M.truncatula)7个不同的PGIP基因,并命名为Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP7、Ms PGIP8、Ms PGIP9、Ms PGIP10和Ms PGIP11。其中,Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP8、Ms PGIP9和Ms PGIP11的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点间的平均距离分别为20、74、34、423和21 bp,差异较大。对Ms PGIP5、Ms PGIP6、Ms PGIP8和Ms PGIP11进行荧光标记PCR单链构象多态性(FPCR-SSCP)分析,结果表明,其等位基因数目与PCR片段长度的比值分别为20、56、22和19 bp,变化趋势与这4个基因SNP位点间的平均距离基本一致。比较而言,在发现的7个苜蓿PGIP基因中,Ms PGIP9序列高度保守,Ms PGIP5和Ms PGIP11的变异较大,而Ms PGIP6与Ms PGIP8的变异中等。 展开更多

关键词 紫花苜蓿 PGIP 基因组序列分离 单核苷酸多态性 荧光标记PCR单链构象多态性

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棉花纤维品质SNP标记研究进展

17

作者 冯常辉 李林 +4 位作者 张友昌 王琼珊 张教海 王孝刚 夏松波 《湖北农业科学》 2024年第S1期5-9,13,共6页

综述了近10年来基于连锁分析和关联分析的棉花主要纤维品质性状相关SNP标记鉴定的研究进展。QTL定位和分析的研究结果显示,QTL簇、一因多效位点以及QTL互作是纤维品质性状遗传的重要特点。在棉花纤维品质性状上精细定位的QTL和基因数量... 综述了近10年来基于连锁分析和关联分析的棉花主要纤维品质性状相关SNP标记鉴定的研究进展。QTL定位和分析的研究结果显示,QTL簇、一因多效位点以及QTL互作是纤维品质性状遗传的重要特点。在棉花纤维品质性状上精细定位的QTL和基因数量不足以开展优质棉全基因组分子设计育种。随着新一代测序技术的发展应用,利用SNP标记增加遗传图谱标记密度可为棉花纤维品质QTL精细定位以及优异等位基因挖掘提供有利条件。在分子标记辅助育种中,与表型贡献大、稳定的QTL紧密连锁的SNP标记一般可以提高优良纤维品质性状选择的准确性和效率。SNP标记在棉花分子设计育种上深入应用将缩短优质高产棉花新品种的培育周期。 展开更多

关键词 棉花 单核苷酸多态性(SNP)标记 数量性状位点 纤维品质

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鉴定水稻品种的微卫星标记筛选 被引量：84

18

作者 施勇烽 应杰政 +2 位作者 王磊 朱智伟 庄杰云 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期195-201,共7页

选用58个水稻微卫星标记,对目前应用较广的28份杂交水稻亲本材料进行多态性分析,并比较了其中14个标记应用3.0%琼脂糖凝胶电泳和6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果。研究表明,所应用的标记可将所有供试水稻材料区分开,不同标记的... 选用58个水稻微卫星标记,对目前应用较广的28份杂交水稻亲本材料进行多态性分析,并比较了其中14个标记应用3.0%琼脂糖凝胶电泳和6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果。研究表明,所应用的标记可将所有供试水稻材料区分开,不同标记的多态性检测能力差异较大;两种检测方法所得结果高度一致,但非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨率较高、带型清晰,能更准确反映水稻材料间的差异。对于一般水稻材料而言,选用12个标记可将不同材料区别开的几率大于99.9%,但要区分遗传相似性较高的材料,则可能需挑选高多态性标记和(或)增加检测的标记数。 展开更多

关键词 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 标记筛选 水稻品种 鉴定 微卫星标记 多态性分析 琼脂糖凝胶 多态性标记 遗传相似性 亲本材料 杂交水稻 检测结果 检测能力 检测方法 应用 分辨率 选用 挑选

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利用RAPD标记对我国主栽的汕优杂交稻和其亲本进行区别和鉴定 被引量：22

19

作者 向太和 汪秀峰 +2 位作者 李莉 吴家道 杨剑波 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期292-296,共5页

利用 RAPD技术 ,从 50 0个随机寡核苷酸引物 ( 10聚体 )中筛选出 8个引物能在 3个主栽的汕优系统杂交稻组合汕优 63、汕优 64和汕优晚 3及其亲本之间稳定地扩增出 12个强的多态性标记。利用这些多态性标记能够有效地区别汕优 63、汕优 6... 利用 RAPD技术 ,从 50 0个随机寡核苷酸引物 ( 10聚体 )中筛选出 8个引物能在 3个主栽的汕优系统杂交稻组合汕优 63、汕优 64和汕优晚 3及其亲本之间稳定地扩增出 12个强的多态性标记。利用这些多态性标记能够有效地区别汕优 63、汕优 64和汕优晚 展开更多

关键词 RAPD技术 多态性标记 杂交水稻 鉴定

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马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析 被引量：11

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作者 王忠良 丁燏 +2 位作者 许尤厚 王蓓 张健东 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期403-412,共10页

本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平... 本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平均发生频率约为1个SNP/100bp;转换SNP数目与颠换SNP数目比值约为0.5,与理论比率相符;而6种单核苷酸变异类型中,以A/T颠换SNP最多。SNP-unigene功能注释分析表明,30376条unigenes(44.91%)匹配到GO分类条目;18150条unigenes(26.84%)获得COG注释信息,并以"一般功能预测"类最多;10981条unigenes(16.24%)富集到32条KEGG子集,其中以"信号转导"子集中富集的SNP-unigene最多。进一步富集分析显示629个SNP-unigenes注释到"Platelet activation"等多条免疫防御相关信号通路中;同时,根据SNP位点分布情况筛选到123个溶藻弧菌感染前、后转录组中特异分布的免疫防御相关候选SNP位点。基于标准化的基因表达水平分析,在17个差异表达免疫防御相关基因中共检测到1594个SNP位点。 展开更多

关键词 马氏珠母贝 单核苷酸多态性标记 转录组 分子标记

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