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马铃薯晚疫病数量抗性相关基因的SNP位点检测与抗病育种值分析
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作者 张朝辉 李永杰 +6 位作者 白成娇 卢丽丽 包丽仙 赵志坚 白建明 杨静 潘哲超 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第6期1215-1228,共14页
马铃薯晚疫病数量抗性受微效多基因控制,通过表型评价选择效率低下。为创制马铃薯数量抗性种质资源,本研究选用8个亲本材料杂交构建了9个杂交群体,在基于离体叶片抗性鉴定评价晚疫病抗性的基础上,结合SNP位点检测进行分子辅助选择。基... 马铃薯晚疫病数量抗性受微效多基因控制,通过表型评价选择效率低下。为创制马铃薯数量抗性种质资源,本研究选用8个亲本材料杂交构建了9个杂交群体,在基于离体叶片抗性鉴定评价晚疫病抗性的基础上,结合SNP位点检测进行分子辅助选择。基于数量抗性基因PCR产物测序,检测了60个抗、感杂交后代材料8个数量抗性基因的19个单核苷酸多态性(SNP)位点,结果表明StAOS2-SNP691、StAOS2-SNP692、StGP28-SNP794、PLOX1-SNP8344有利等位基因与抗性存在正向关联,杂交后代群体中抗病材料的有利等位基因纯合基因型占比为9.56%,高于后代群体中的感病材料(5.65%),同时高于亲本材料(7.89%),联合8个基因19个SNP标记的系统发育分析可将60份材料聚类为3个抗病分支和3个感病分支。结合表型、育种系谱和数量抗性基因分子标记计算与抗晚疫病相关的育种值,筛选出育种值高且具有有利等位基因纯合基因型的PC2312-3、PC2312-15、PC2313-19等优异单株,为马铃薯数量抗性群体遗传改良提供了材料。 展开更多
关键词 马铃薯 晚疫病 数量抗性 snp位点 育种值
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海南杂草稻的落粒基因SH4和qSH1落粒SNP位点的序列分析
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作者 夏启玉 孔华 +6 位作者 邹玲敏 吴清娟 姜晓琦 贺萍萍 曹扬 张雨良 赵辉 《热带作物学报》 北大核心 2025年第7期1584-1593,共10页
种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料... 种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料,采集13块水稻田中的杂草稻及其对应栽培稻种子,从中选择144株表型有差异的杂草稻种子及13株对应栽培稻种子进行萌发种植,测定它们的种子落粒率,并对SH4和qSH1的落粒SNP位点进行PCR扩增及序列分析。结果表明:SH4基因的落粒SNP位点为野生落粒型G的杂草稻有77株,突变难落粒型T的杂草稻有48株,杂合型G/T的有19株;所有栽培稻的SH4的落粒SNP位点均为T。落粒率测定发现,SH4基因的落粒SNP位点为G和G/T的96株杂草稻都具有极高的落粒率,而SH4基因的落粒SNP位点为T的48株杂草稻中,40株为中度落粒率,8株为低落粒率。所有杂草稻和栽培稻样品的qSH1落粒SNP位点均为野生落粒型G。以上结果表明,海南杂草稻和栽培稻之间的落粒率差异与qSH1基因的落粒SNP位点无关,而与SH4基因的落粒SNP位点显著相关;SH4基因的落粒SNP位点均为T型的杂草稻和栽培稻间的落粒率差异可能由其他未知的基因或位点的差异导致。本研究结果可为海南杂草稻种子落粒的分子机制提供分子依据。 展开更多
关键词 杂草稻 SH4 qSH1 落粒snp位点 序列分析
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柯乐猪BMP7基因SNP位点鉴定及其与繁殖性状的关联分析
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作者 王倩倩 赵永 +6 位作者 杨齐心 杨红文 向进 吴燕 付红梅 丁义杰 张依裕 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第8期1559-1565,共7页
为了探究BMP7基因单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,本研究选取158头健康经产柯乐猪,采用Sanger测序技术检测BMP7基因的SNP位点,并对其与繁殖性状的相关性进行分析。结果表明,在BMP7基因第3内含子区域鉴定到3个SNP突变位... 为了探究BMP7基因单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,本研究选取158头健康经产柯乐猪,采用Sanger测序技术检测BMP7基因的SNP位点,并对其与繁殖性状的相关性进行分析。结果表明,在BMP7基因第3内含子区域鉴定到3个SNP突变位点,分别为g.57647887 G→A、g.57647990 C→T和g.57648145 C→G,这些位点均符合哈迪-温伯格平衡(P>0.05)。其中,g.57647887 G→A位点与g.57647990 C→T位点完全连锁。关联分析结果表明,H1H1(GG-CC-GG)、H2H2(AA-TT-CC)和H4H4(AA-TT-GG)双倍型个体的总产仔数、产活仔猪数、初生窝重、断奶仔猪数、断奶窝重等繁殖性状较好,且为纯合子,而H2H4(AA-TT-GC)双倍型个体的繁殖性状较差。本研究结果为柯乐猪育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 BMP7 单核苷酸多态性位点 繁殖性能 柯乐猪 关联分析
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猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析 被引量:9
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作者 杨慧 陈宝剑 +3 位作者 兰干球 郭亚芬 蒋钦杨 杨秀荣 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2052-2057,共6页
【目的】探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础。【方法】采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代... 【目的】探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础。【方法】采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析。【结果】猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型。G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同)。A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著。【结论】猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记。 展开更多
关键词 GHR基因 snp位点 多态性 PCR-RFLP CRS-PCR-RFLP 生长性状 关联分析
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海南黑山羊SAA3基因多态位点筛查与生物信息学分析
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作者 陈祥英 陈韬羽 +5 位作者 高宏岩 陈思 满初日嘎 杜丽 王凤阳 陈巧玲 《现代畜牧兽医》 2025年第3期1-6,共6页
试验旨在探究海南黑山羊SAA3基因的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及免疫功能提供参考。试验采集200只海南黑山羊的血液样本,采用Sanger法测序对海南黑山羊SAA3基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,对... 试验旨在探究海南黑山羊SAA3基因的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及免疫功能提供参考。试验采集200只海南黑山羊的血液样本,采用Sanger法测序对海南黑山羊SAA3基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,对检测到的SNPs位点进行连锁不平衡分析,并用生物信息学软件对SAA3基因编码蛋白及其启动子区进行分析。结果显示,在该基因启动子区检测到4个SNPs位点,分别为SNP1(g.25808412C>A)、SNP2(g.25808226C>G)、SNP3(g.25808088A>G)和SNP4(g.25807925C>G);4个SNPs位点中仅SNP3位点在该群体中表现为低度多态性且不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P<0.05)。单倍型分析结果显示,H1、H2和H3单倍型频率分别为0.712、0.258和0.030,H1(CCAC)为优势单倍型。生物信息学分析显示,SAA3基因编码序列(CDS)区长度为131 bp,蛋白分子量为14.59 kDa,理论等电点(pI)为9.44,蛋白质二级结构包括71.76%α-螺旋、28.24%无规则卷曲。系统进化树分析显示,该基因编码氨基酸序列与反刍动物绵羊、牛的亲缘关系最近。研究表明,海南黑山羊SAA3基因较为保守,其CDS区未检测出突变位点,启动子区存在4个SNPS,其中SNP4可能减少转录因子AP-2α与启动子区结合,进而影响SAA3基因的调控表达。 展开更多
关键词 海南黑山羊 SAA3基因 snp位点 生物信息学
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尼罗罗非鱼ghrelin基因的多态性及其与生长性状相关SNP位点的筛选 被引量:9
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作者 王春晓 卢迈新 +7 位作者 高风英 刘志刚 曹建萌 朱华平 可小丽 王淼 叶星 叶卫 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期50-57,共8页
为了研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长激素促分泌素基因(ghrelin)的多态性及其与生长的相关性,研究以两个尼罗罗非鱼群体(快长群体和基础群体)的DNA样本各40份为模板,通过PCR扩增和测序获得ghrelin基因序列。通过Dnasp v5和ME... 为了研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长激素促分泌素基因(ghrelin)的多态性及其与生长的相关性,研究以两个尼罗罗非鱼群体(快长群体和基础群体)的DNA样本各40份为模板,通过PCR扩增和测序获得ghrelin基因序列。通过Dnasp v5和MEGA 5.0分析序列多态性、筛选有效SNP位点;采用Snapshot法对两个群体子代ghrelin基因中SNP位点进行基因分型,然后分析SNP位点基因型与生长性状的相关性。结果表明,快长群体ghrelin基因中的单核苷酸变异位点数(S)比基础群体要少,而核苷酸多态性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)要略高于基础群体。共筛得3个有效SNP位点(S1、S2和S3),均分布于第1个内含子中。遗传结构分析表明,3个SNP位点在两个群体的子代中均为低度多态性位点(PIC<0.25),但处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);快长群体子代中3个SNP位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数均小于基础群体子代的相应值,3个SNP位点的遗传多样性参数、基因型和基因频率在同一群体中高度一致,SNP位点之间完全连锁。两个群体子代中3个SNP位点处的优势基因型相同,但快长群体子代中优势基因型频率要明显大于基础群体子代中相应基因型频率。对两个群体子代的生长性状与SNP基因型进行关联性分析的结果表明,尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)在不同基因型中存在显著差异(S1:GG>AG,S2:TT>AT,S3:AA>AT)(P<0.05)。D1双倍型(S1:GG,S2:TT,S3:AA)所对应的尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)显著高于D2双倍型(S1:AG,S2:AT,S3:AT)。以上结果表明,尼罗罗非鱼ghrelin基因3个SNP位点完全连锁,D1双倍型与快长性状密切相关,可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 生长激素促分泌素基因 单核苷酸多态性位点 生长性状
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用于玉米品种真实性鉴定的最优核心SNP位点集的研发 被引量:5
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作者 田红丽 杨扬 +8 位作者 范亚明 易红梅 王蕊 金石桥 晋芳 张云龙 刘亚维 王凤格 赵久然 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1115-1123,共9页
品种真实性是种子质量监测的一个重要指标。为建立准确可靠、快速简便、高通量、低成本的玉米品种真实性鉴定技术,本文利用200个核心SNP位点构建的5816个玉米杂交品种,3274个自交系的指纹数据,基于遗传算法、品种识别率评估确定了一套... 品种真实性是种子质量监测的一个重要指标。为建立准确可靠、快速简便、高通量、低成本的玉米品种真实性鉴定技术,本文利用200个核心SNP位点构建的5816个玉米杂交品种,3274个自交系的指纹数据,基于遗传算法、品种识别率评估确定了一套高鉴别力的核心SNP位点集,包含96个SNP位点。这96个SNPs全部位于基因内区域,相对均匀分布在10对染色体上。采用上述杂交品种和自交系的指纹数据评估显示这96个位点具有较高多态性和品种区分能力,PIC、MAF、DP平均值分别为0.36、0.40、0.60和0.36、0.39、0.48,对杂交品种、自交系的品种识别率达到99.14%和99.24%。两两样品成对比较结果显示,99.99%的品种间差异位点数目≥3个,杂交品种和自交系中96.74%和95.67%的成对比较差异位点数目集中在30~65个和30~60个。基于221个主推杂交品种的40个SSR位点、96个SNP位点的基因型数据分析结果显示,这2组标记集的鉴定结果具有较高的一致性。综上所述,本研究报道了一套具有位点数量最少、区分能力最强,兼容多平台、适于自动化分型等优点的最优核心SNP集。期望位点集将在玉米品种真实性监测、种子质量控制中得到广泛应用,进而维护玉米种子市场秩序、保障育种者权利以及保护农民利益。 展开更多
关键词 玉米品种 真实性鉴定 snp位点 高鉴别力
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基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘 被引量:1
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作者 焦阳 姜晓旭 +4 位作者 徐洋 谌苗苗 钟亮 徐亮 李喜升 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期213-221,共9页
基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支... 基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支撑。以白体色小白蚕为母本、黄体色H04为父本,获得BC1M群体(110个)、F_(1)(3个)、P_(1)(1个)、P_(2)(1个)总计115个柞蚕材料,利用PstⅠ-HF/MspⅠ双酶切基因组构建Super-GBS文库并测序,使用BWA软件将过滤后的序列数据比对到柞蚕参考基因组,采用GATK软件开发SNP标记,使用SnpEff软件注释SNP位点及R语言分析遗传结构。测序共产生序列数据量为106.39 Gb,过滤后的平均读长为0.89 Gb,Q30测序质量值平均为90.11%,比对率平均为98.48%。共得到有效SNP位点141100个,主要位于基因间隔区、内含子区、基因下游、上游,其中C/T、A/G变异类型最多,转换与颠换的比例为1.296187∶1。SNP位点变异主要为同义突变和错义突变,产生修饰(MODIFIER)影响。主成分与聚类分析将115个样品分为4组(P_(1)、P_(2)、F_(1)、BC_(1)M),反映了样品的遗传背景及亲缘关系,群体遗传分化指数F_(ST)在0.0003777~0.8272间,群体遗传距离DR分布在0.0004~1.7556,F_(ST)与DR均表现出明显的遗传背景上的聚类。结果表明,Super-GBS技术能够获得大量柞蚕SNP位点信息,可用于SNP标记开发,且开发的SNP标记能够对115个样品的亲缘关系、体色演变进行解释,为今后柞蚕种质资源评价与鉴定、分子标记辅助育种工作奠定基础。 展开更多
关键词 柞蚕 基因组 snp位点 Super-GBS 遗传结构
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珍稀鱼类多鳞白甲鱼的全基因组单核苷酸多态性发现及遗传多样性评价
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作者 苟妮娜 靳铁治 +1 位作者 王开锋 杨斌 《西北农业学报》 北大核心 2025年第5期779-785,共7页
旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(sing... 旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。秦岭北坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.177、0.200和0.145,而秦岭南坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.261、0.291和0.212。种群结构分析结果表明,秦岭南北坡两个多鳞白甲鱼地理种群的遗传多样性存在明显差异。 展开更多
关键词 遗传多样性 多鳞白甲鱼 群体遗传学 限制性内切位点相关DNA测序 单核苷酸多态性
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务川黑牛TMEM-68基因多态性及其与生长性状的关联性研究
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作者 谭尚琴 徐龙鑫 +6 位作者 陈燕 武俊达 杨丽娟 王鑫 周文章 赵元峰 王华 《贵州农业科学》 2025年第9期68-75,共8页
【目的】探明务川黑牛跨膜蛋白68基因(TMEM-68)多态性及其与生长性状的关联性,为筛选务川黑牛优势群体和保护牛品种资源提供参考。【方法】以务川黑牛为研究对象,采用PCR和lluminaX-10高通量测序平台对TMEM-68基因进行高通量测序,分析TM... 【目的】探明务川黑牛跨膜蛋白68基因(TMEM-68)多态性及其与生长性状的关联性,为筛选务川黑牛优势群体和保护牛品种资源提供参考。【方法】以务川黑牛为研究对象,采用PCR和lluminaX-10高通量测序平台对TMEM-68基因进行高通量测序,分析TMEM-68基因与生长性状相关联的单核苷酸多态性(SNP)位点,挖掘优异等位变异位点。【结果】务川黑牛TMEM-68基因存在224(T/A)、360(G/A)、447(T/C)、557(G/T)、938(A/G)、1 135(A/G)、1 319(G/A)、1 567(T/A)8个SNP位点,与其生长性状显著关联。8个SNP多态位点纯合度较高(0.65~0.71),表现为低度多态(PIC<0.25)。224(T/A)位点,TT基因型个体的胸宽和体重显著高于TA型和AA型;360(G/A)位点,AA基因型个体的十字部高、胸围、体高均显著高于GA型;447(T/C)位点,CC基因型个体的体高、十字部高、胸宽显著高于TT型,体高、十字部高显著高于TC型;557(G/T)位点,GT和TT基因型个体的体斜长显著高于GG型;938(A/G)位点,GG和AA基因型的个体胸宽显著高于AG型;1 135(A/G)位点,AA和GG基因型个体的坐骨端宽显著高于AG型;1 319(G/A)位点,GA和AA基因型个体的十字部高显著高于GG型;1 567(T/A)位点,TT和TA基因型个体的胸宽显著高于AA型。单倍型分析发现,务川黑牛群体中存在7种单倍型,其中,H1单倍型个体数目明显多于其他单倍型组合,为优势单倍型;单倍型组合分析结果表明,H2H6单倍型组合的十字部高、体斜长、管围、坐骨端宽具有较大优势,H1H7单倍型组合的个体胸宽、体高、体重具有优势。【结论】TMEM-68基因与务川黑牛生长性状密切相关,可作为务川黑牛品种资源开发与选育的候选分子标记。 展开更多
关键词 务川黑牛 跨膜蛋白基因 单核苷酸多态性位点 生长性状 lluminaX-10高通量测序平台 分子标记 单倍型
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云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析 被引量:8
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作者 朱兰 王鹏 +3 位作者 洪琼花 杨红远 赵小红 兰蓉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第4期1294-1301,共8页
为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点(rs268286450、rs268286391和rs268244272),采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA... 为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点(rs268286450、rs268286391和rs268244272),采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28498787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30971277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2707491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量(PIC)分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01),而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著(P<0.01),与CC基因型差异不显著(P>0.05),TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著(P>0.05),TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著(P>0.05),rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关(P<0.05)。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。 展开更多
关键词 云上黑山羊 28号染色体 snp位点 飞行质谱 产羔数 关联分析
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绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾、瘦尾绵羊群体中的多态性检测及分析 被引量:10
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作者 张伟 沈敏 +6 位作者 李欢 高磊 梁耀伟 杨井泉 刘守仁 王新华 甘尚权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1384-1390,共7页
为了探讨绵羊X染色体上两处SNP(59571364和59912586)与绵羊尾脂沉积性状的关系,继而为利用分子标记辅助选择育种技术培育低脂绵羊品种提供依据,文章以尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、中国美利奴细毛羊以及萨福克羊为研究对象,利用PCR-R... 为了探讨绵羊X染色体上两处SNP(59571364和59912586)与绵羊尾脂沉积性状的关系,继而为利用分子标记辅助选择育种技术培育低脂绵羊品种提供依据,文章以尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、中国美利奴细毛羊以及萨福克羊为研究对象,利用PCR-RFLP检测两位点在群体中的多态性,并分析了两个SNP位点在阿勒泰羊群体中的单倍型。结果表明:59571364位点的TT基因型和59912586位点的GG基因型在瘦尾中国美利奴与萨福克羊群体中属于优势基因型,而两种基因型在脂尾(臀)阿勒泰羊与湖羊群体中比率均不足2%;两位点在阿勒泰羊群体中的单倍型分析结果显示,CA单倍型为主单倍型,比率高达55%,CA与TA两单倍型约占88.33%。以上结果提示,绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾(臀)与瘦尾绵羊群体中分布存在较大差异,可作为理想的分子标记应用于高、低脂绵羊品种选育。 展开更多
关键词 脂尾性状 阿勒泰羊 snp位点 多态性 基因型
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用Amp-FLP方法分析江浙沪汉族人群D1S80位点多态性 被引量:11
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作者 冯哲 张雁征 +2 位作者 杨颖 张工梁 陈仁彪 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1996年第4期15-18,共4页
采用PCR结合PAGE电泳及银染技术,即Amp-FLP方法,分析了148名江浙沪汉族人中D1S80位点的多态性分布,观察到20种等位基因,53种基因型。首次在国际上发现重复单元数为39的等位基因、该位点观察杂合性为0.86个体鉴别力为0.96多态性... 采用PCR结合PAGE电泳及银染技术,即Amp-FLP方法,分析了148名江浙沪汉族人中D1S80位点的多态性分布,观察到20种等位基因,53种基因型。首次在国际上发现重复单元数为39的等位基因、该位点观察杂合性为0.86个体鉴别力为0.96多态性信息含量为0.83,基因频率分布符合Hardy—Weinberg法则。本文结果提示,采用Amp-FLP技术分析D1S80位点多态性,样本分型具有较高的准确性及灵敏度;适用于人类民族演变、法医学个体指认、亲子鉴定、遗传病基因连锁分析等研究领域。 展开更多
关键词 人类遗传学 汉人 多态性 D1S80位点
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中国成都地区汉族人群DHFRP_2位点的遗传多态性研究 被引量:5
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作者 徐振波 吴梅筠 +3 位作者 孙光云 李荣华 张林 赖跃 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期15-18,共4页
用扩增片断长度多态性技术分析短串联重复序列 ( S T R) D H F R P2 位点的 D N A 多态性, 在156 个中国成都地区汉族无关个体中发现6 个等位基因, 19 种基因型, 并首次发现一重复单元数不是4的整数倍的等位... 用扩增片断长度多态性技术分析短串联重复序列 ( S T R) D H F R P2 位点的 D N A 多态性, 在156 个中国成都地区汉族无关个体中发现6 个等位基因, 19 种基因型, 并首次发现一重复单元数不是4的整数倍的等位基因, 该等位基因按孟德尔遗传规律遗传。观察的基因型分布符合 Hardy - Weinberg 定律, 其个人鉴别力 ( D P) 为087 , 杂合度为673 % , 多态性信息量 ( P I C) 为068 , 非父排除率( C E) 为455 % , 家系分析结果表明, 该位点符合孟德尔遗传法则。 展开更多
关键词 DHFRP2位点 PCR DNA 遗传多态性 汉族 成都
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SSR引物及多态性位点数对陆地棉野生种系聚类结果的影响 被引量:7
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作者 高伟 王坤波 +4 位作者 刘方 王春英 张香娣 王玉红 黎绍惠 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期237-242,共6页
利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性的影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,... 利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性的影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,占83.01%。多态信息含量范围为0.046~0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113~2.289之间变动,平均为1.248。显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性位点即可获得较准确的结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性位点才能获得较准确的结果。矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性位点聚类即可达到90对引物时的精度。此外,在引物量较少时,扩增位点数较多的引物所提供的信息量更大,随着引物量的增加,这种差距趋于不明显;等位位点总数较少时,引物数量更重要,随着位点数的增加,引物信息含量的重要性已高于引物数起主导作用。综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系的遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性位点150个以上,增加引物到50对以上为佳。 展开更多
关键词 陆地棉 野生种系 SSR 引物 多态性位点 聚类
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性连锁矮小鸡生长激素受体基因位点多态性分析 被引量:19
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作者 戴茹娟 吴常信 李宁 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第4期315-318,共4页
本研究通过构建鸡基因文库克隆了鸡生长激素受体基因,用克隆的基因片段作探针,分析正常鸡和性连锁矮小鸡在生长激素受体基因位点的多态性。
关键词 性连锁矮小 生长激素受体 基因位点多态性
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猪生长激素基因ApaⅠ酶切位点多态性分析 被引量:7
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作者 邢晋祎 帅素容 +1 位作者 李学伟 乔绍权 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2002年第5期44-46,共3页
利用 PCR- RFL P技术 ,分析了大约克猪和长白猪 GH基因的 Apa 酶切位点多态性。结果表明 ,在p GH基因序列中共检测到 5种基因型和 4种等位基因 ;基因型频率和等位基因频率在 2个猪种间分布差异不显著。
关键词 生长激素 基因 APA I酶 位点 多态性分析
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中国畲族群体D17S30位点遗传多态性研究 被引量:5
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作者 郭俊明 钟为群 +3 位作者 赖日勇 叶金花 黄功华 毕新生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1997年第4期29-32,共4页
用聚合酶链反应(PCR)技术对中国畲族群体270名无关个体D17S30位点的VNTR进行了研究,共检出12个等位基因,片段大小为168bp~1008bp,基因频率为0.0056~0.3259,杂合度为79.10%,父... 用聚合酶链反应(PCR)技术对中国畲族群体270名无关个体D17S30位点的VNTR进行了研究,共检出12个等位基因,片段大小为168bp~1008bp,基因频率为0.0056~0.3259,杂合度为79.10%,父权排除率为0.4358。家系分析表明,扩增片段按孟德尔方式遗传。统计学分析证明,本资料符合Hardy-Weinberg平衡定律(χ2=79.97,ν=66,P=0.1158>0.05)。 展开更多
关键词 D17S30位点 遗传多态性 畲族 人类遗传学
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申农Ⅰ号猪MyoG基因多态性位点的PCR-RFLP检测 被引量:10
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作者 刘梅 高勤学 +1 位作者 王林云 张似青 《上海农业学报》 CSCD 2003年第1期80-83,共4页
利用PCR RFLP方法对申农Ⅰ号 (即长大二 )育肥猪的MyoG基因的 2个多态性位点 ,即第二内含子内 (PCR1 RFLP)和 3’ 端 (PCR2 RFLP)多态性位点 ,进行了基因型测定 ,并对其分析。结果表明 ,第二内含子内的多态性位点只有 2种表现型 ,AA型... 利用PCR RFLP方法对申农Ⅰ号 (即长大二 )育肥猪的MyoG基因的 2个多态性位点 ,即第二内含子内 (PCR1 RFLP)和 3’ 端 (PCR2 RFLP)多态性位点 ,进行了基因型测定 ,并对其分析。结果表明 ,第二内含子内的多态性位点只有 2种表现型 ,AA型和AB型 ,其频率分别为 66.7% ,3 3 .3 % ;3’ 端的多态性位点有 3种表现型 ,MM型、MN型和NN型 ,其频率分别为 2 1.2 1% ,60 .61%和 18.18%。 展开更多
关键词 申农I号猪 MYOG基因 多态性位点 PCR-RFLP 检测 肌纤维 肉质
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烟草MITE位点间多态性(IMP)标记开发及其遗传作图应用 被引量:8
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作者 高玉龙 桂毅杰 +3 位作者 肖炳光 薄世平 严广号 樊龙江 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期655-661,共7页
为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP(inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE(miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获... 为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP(inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE(miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获得11 581组具有特异TIR(terminal inverted repeat,末端重复元件)序列的MITE及其多序列联配结果,并根据联配结果设计219条烟草IMP引物;利用9个不同类型烟草代表性品种进行测试,其中119条引物PCR扩增成功,引物开发成功率为54.6%;进一步对一个烤烟遗传群体亲本‘红花大金元’和‘HicksBroadleaf’进行标记筛选,共获得29个多态性标记,群体检测表明有21个标记可以整合定位到一个SSR标记遗传连锁图上.说明IMP标记在烟草中是一种可以利用的分子标记,但跟其他标记一样表现出较低的多态性,需高通量检测平台与之配套来提高其开发效率. 展开更多
关键词 烟草 微型反向重复转座元件(MITE) MITE位点多态性(IMP) 分子标记 遗传图谱
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